裁判字號：高雄高等行政法院91年訴字第347號判決
裁判日期：民國91年10月15日
裁判案由：請求退稅
高雄高等行政法院判決九十一年度訴字第三四七號
原告豐年豐和企業股份有限公司代表人甲○○訴訟代理人己○○律師
戊○○會計師被告臺南市稅捐稽徵處代表人乙○○○○訴訟代理人丙○○
丁○○右當事人間因請求退稅事件，原告不服財政部中華民國九十一年二月二十七日台財訴字第○八九○○七四○七二號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如左：
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實
甲、事實概要：緣原告係由豐年工業股份有限公司（下稱豐年公司）及豐和企業股份有限公司（下稱豐和公司）於民國（下同）八十七年八月依行為時公司法規定合併後新設之公司，並屬兼營應稅及免稅貨物之兼營營業人，而豐年公司及豐和公司於合併消滅時，將其原材料、存貨及資產移轉與原告，已依財政部七十九年三月十五日台財稅第000000000號函釋，於八十七年七月至八月當期視為銷售貨物，依法開立發票並繳納銷項稅額有案。原告亦於取得該消滅公司進項憑證後之同期申報進項稅額扣抵銷項稅額計八七、二七六、九二三元，因原告八十七年九月至十二月實際營業期間未滿九個月，故其於報繳八十七年十一月至十二月期營業稅時，系爭進項稅額並未列入調整，俟於八十八年度最後一期，原告乃按當年度不得扣抵比例百分之十八計算調整稅額，計補繳稅額一五、七○九、八四六元後，併同當期（八十八年十一、十二月）辦理申報繳納營業稅計二三、○六四、六三一元在案。原告嗣後以其八十八年十一、十二月期營業稅額核有溢繳一五、七○
九、八四六元情事，於八十九年一月二十四日向被告申請退還上開溢繳稅額，經被告以八十九年二月一日八九南市稅工字第九三五六號函復予以否准，原告不服，申經復查結果，未獲變更，提起訴願，亦遭決定駁回，遂提起本件訴訟。
乙、兩造聲明：
一、原告聲明求為判決：（一）訴願決定及原處分均撤銷。（二）被告應作成退還原告八十八年十一、十二月所溢繳之營業稅款一五、七○九、八四六元之處分。
二、被告聲明求為判決：原告之訴駁回。
丙、兩造之爭點：
壹、原告主張之理由：
一、消滅公司所移轉予存續公司之存貨與資產，其於取得時之進項稅額既已按不可扣抵比例計算調整不可扣抵部分，則若存續公司於取得消滅公司移轉存貨與資產所含之進項稅額，再計入存續公司當年度不可扣抵進項稅額計算調整，顯然有造成同一存貨因合併之故，而有重複列入計算不可扣抵進項稅額之情形：
（一）查營業稅法第十九條第三項授權立法之精神，係本於實質課稅原則，在同條第一項所列「不得扣抵銷項稅額」外，兼顧兼營第八條第一項免稅貨物或勞務，或因同法其他規定而有部分不得扣抵情形下之營業人，令其就進口、銷售均屬免稅之項目與其他應稅項目，因共同使用固定資產與共同營業費用所生之進項稅額（如管理、人事、銷售有關之進項等），依其所佔比例併入調整計算應納稅額，以真實反映營業進銷情形，並便利徵納雙方，此亦為加值型營業稅之精神所在。而其計算不得扣抵進項稅額之計算方式，按兼營營業人營業稅額計算辦法所規範，係將當期因進貨及購置固定資產所產生之進項稅額，依當期免稅貨物銷售額佔當期應稅及免稅貨物銷售額之比例，予以計算出不可扣抵之進項稅額，年底再按全年度免稅貨物銷售貨物銷售額佔全年度應稅及免稅貨物銷售額之比例，予以調整全年度進項稅額屬不可扣抵部分。
（二）而豐年公司及豐和公司於消滅前均係兼營應稅及免稅貨物之兼營營業人，其於每期申報營業稅亦均遵照營業稅法第十九條第三項規定計算調整不得扣抵之進項稅額，嗣因為促進合理經營，依促進產業升級條例申請經主管機關核准，於八十七年七月合併並新創設立豐年豐和企業股份有限公司（即原告），消滅後兩公司均分別於解散當期已依上開規定申報繳納營業稅，並按兼營營業人營業稅額計算辦法第七條規定計算調整並申報自年度開始日至合併消滅日止不可扣抵進項稅額，是以，豐年公司及豐和兩公司於消滅當時所餘存之存貨三七八、
八五三、二九四元及固定資產一、三六六、六八五、一三四元，其所因購進而產生之進項稅額一八、九四二、六六四元及六八、三三四、二五九元，均已於購進當期及消滅時依兼營營業人進項稅額不可扣抵比率相關規定調整申報；今原告因合併設立而承受上開兩公司之存貨三七八、八五三、二九四元及固定資產一、三六六、六八五、一三四元，進而取得上開資產之進項發票，若再將此發票所含進項稅額一八、九四二、六六四元及六八、三三四、二五九元，列入八十八年度不可扣抵進項稅額比例計算，則將造成同一存貨及固定資產所含之進項稅額因合併之故，重複計算不可扣抵比例，而形成損失。
（三）反之，若豐年公司與豐和公司不進行合併，則尚無須依財政部七十九年三月十五日台財稅第000000000號函開立發票並繳納銷項稅額，亦即實質上並無營業稅之租稅負擔，然如前段所述，豐年公司與豐和公司於合併時，須將所移轉予原告之資產先行開立發票並繳納銷項稅額八七、二七六、九二三元，而原告取得是項進項稅額，若可供作留抵或退回，則合併之行為並無對原告產生租稅之負擔，然若前開進項稅項須再列入次年度不可扣抵之比例調整不可扣抵進項稅額，則原告將因是項調整而須喪失一五、七○九、八六四元（即八七、二七六、九二三元×全年不得扣抵比例一八％＝一五、七○九、八四六元）之進項稅額；亦即合併將造成原告一五、七○九、八六四元之營業稅損失，此與首揭營業稅法第十九條第三項之授權立法係本於實質課稅原則之精神，顯然不符。
二、豐年公司及豐和公司因合併設立新公司（即原告），其權利義務主體並未更動，其來自前手所取得之資產，自與外購之原、物料、固定資產有別，若施以相同之處理，顯與合併之本意有所違背。
（一）再就原告係因合併而設立其權利義務主體並未變更之觀點論之，按公司法第七十五條：「因合併而消滅之公司，其權利義務，應由合併後存續或另立之公司承受。」且按財政部六十七年台財稅第三八○○五號函：「說明：公司合併或變更組織，依照公司法有關規定，新公司承受舊公司之權利義務，係屬概括承受性質，．．．。」是以，豐年公司與豐和公司因合併而移轉存貨及固定資產予原告，就其經濟實質而言，實屬同一權利義務主體之內部移轉事項，其與外購之原物料、固定資產實屬有別，故無將該項因合併而取得之進項稅額列入不可扣抵比例計算之理。
（二）況按合併契約的法律性質，亦即以存續或新設公司的股份或其他形式的對價來交換消滅公司股份的一種互易契約，換言之，當初原告因兩公司合併而取得之消滅公司原材料存貨、資產所含之進項稅額，業已由原消滅公司依據兼營營業人稅額計算不得扣抵進項稅額，後始由新創設立之公司承受，並據以作為消滅公司股東按淨值換算成合併後公司股份，顯見其應持有之權利義務應受到公司法相關法律條文及合併契約保障，而免於被重複課稅因而損害原告之權益。
三、按兼營營業人營業稅額計算辦法之立法法源，並未就因合併而移轉之資產列入計算不可扣抵進項稅額之範圍，被告逕將該辦法之適用範圍擴大及非屬一般營業行為所產生，顯與租稅法律主義有所相違。
（一）查營業稅法第十九條第三項授權立法之精神，係本實質課稅原則，在同條第一項所列「不得扣抵銷項稅額」外，兼顧兼營第八條第一項免稅貨物或勞務，或因同法其他規定而有部分不得扣抵情形下之營業人，令其就進口、銷售均屬免稅之項目與其他應稅項目因共同使用固定資產與共同營業費用所生之進項稅額，依其所佔比例併令調整計算應納稅額，以真實反映營業進銷情形，前已述及，然以此精神觀之，上開兼營營業人營業稅額計算辦法，係針對營業人一般正常之營業行為下，避免兼營營業人將免稅貨物之進項稅額扣抵其銷項稅額所訂定，被告逕將該辦法之適用範圍擴及非屬一般進貨營業行為所產生，而將因合併消滅移轉原料、存貨、固定資產依規定「視為銷售」而開立發票，所產生之進項稅額一併計入，顯已違反營業稅法第十九條第三項立法之精神。
（二）況按兼營營業人營業稅額計算辦法第一條即已明定其授權立法之法源為營業稅法第十九條第三項、第三十六條第一項及第四十一條第二項規定，次查營業稅法第三十九條第一項第三款規定：「營業人因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者，其溢付之營業稅，應由主管機關查明後退還之。」是以因合併而溢付之營業稅，在訂定上開兼營營業人計算不可扣抵辦法時，並未依據第三十九條之規定而訂定之，顯見第三十九條所列因合併產生之溢付稅額，應非屬兼營營業人營業稅額計算辦法之規範範圍，而毋須納入兼營營業人營業稅額計算扣抵比例。
四、按復查決定及訴願決定所駁回原告申請之理由，不外乎原告未申請改以直接扣抵法計課，亦未依營業稅法第八條第二項規定申請放棄免稅，是以仍須按兼營辦法攤列計算；然是項理由尚無法解釋重複課稅之事實，且其解釋上亦有瑕疵。
（一）按兼營營業人營業稅額計算辦法第八條之二規定：「經核准採直接扣抵法之兼營營業人，應依左列規定計算營業稅額。兼營營業人應將購買貨物、勞務或進口貨物、購買國外之勞務之用途，區分為左列三種，並於帳簿上明確記載：㈠專供經營本法第四章第一節即規定應稅（含零稅率）營業用者。㈡專供經營免稅及依本法第四章第二節規定計算稅額營業用者。㈢供㈠、㈡兩目共同使用者。」是以，若原告於設立之初即按兼營營業人營業稅額計算辦法申請適用直接扣抵法，然依此辦法其可區分者僅應稅貨物、免稅貨物及共同使用之貨物，並無法將因合併而取得移轉之貨物獨立區分，是以於計算次年度不可扣抵進項稅額之比例時，該進項稅額縱均因移轉應稅貨物而開立，然於現行之法令釋示均未有明確規範之前題下，被告是否可將該合併移轉之存貨予以認定係歸屬於應稅貨物之稅額，實仍有爭議。
（二）次按營業稅法第三條第三項第二款其法律擬制為視同銷售貨物之理由觀之：「營業人廢止或解散時，將貨物抵償債務、分配與股東或出資人，因其性質與銷售相同，故規定視為銷售貨物．．．。」然就合併之角度而言，豐年公司與豐和公司因合併而移轉存貨與新設立之原告，其交易之性質為消滅公司之股權變更為新設立公司之股權，其存貨本身並不具有抵償債務或分配予股東之性質，既非屬銷售，自不應有營業稅之負擔﹔然被告卻以程序上之爭議，核課原告一
五、七○九、八六四元之營業稅負擔，顯與營業稅課徵之本質相違。
五、依近期新修訂之企業併購法及促進產業升級條例，對於企業合併之稅負問題，已予以修正使其趨於合理，進而減少租稅負擔，然原告行為時之合併行為雖無法適用修正後之法令，然按修正前有關合併之租稅本質而言，實亦不應有租稅之負擔。
（一）政府為促進產業全球化，提升國際競爭力，分別於九十一年二月六日及同年一月三十日經立法院三讀通過企業併購法及修訂促進產業升級條例，而於企業併購法第三十四條及促進產業升級條例第十五條，均有規範企業進行合併時得依法免徵營業稅、契稅、印花稅及土地增值稅記存等待遇，其中有關因合併而發生貨物移轉之營業稅部分，經參酌企業併購法第三十四條立法理由第四點：「財政部七十九年三月二十八日台財稅字第七八○七○一六五一號函明釋公司因合併而消滅，其原材料、存貨及固定資產，應視為銷售。惟公司因併購而移轉貨物或勞務，如係依營業稅法之相關規定，計算稅額之營業人，應納之營業稅同時亦為可扣抵之進項稅額，為減輕併購時繳稅資金之負擔，簡化稽徵程序，同時為免與營業稅免稅銷售之概念混淆，爰於第一項第四款明定為非屬營業稅之課徵範圍。」可知於修法前之營業稅規範，對於企業之影響實為先繳納後抵扣之資金負擔，其整體而言並無租稅之損失，是以為簡化稽徵程序及減少企業因資金積壓而失去合併之意願，故增訂法令以化解此不必要之困擾﹔誠如上述，新法令實施前對於合併之營業稅賦，顯僅存有先繳納銷項稅額後再取得進項稅額之資金積壓問題而已，並未有須再行補繳營業稅之瑕疵，然豐年公司及豐和公司於合併時已先繳納八七、二七六、九二三元銷項稅額，而原告於取得進項稅額後，卻僅可抵扣七一、五六七、○五九元，造成合併之營業稅負擔為一
五、七○九、八六四元，顯與前開所述合併營業稅處理本質大異其趣。
（二）況依財政部七十九年三月十五日台財稅字第七八○七○一六五一號函，於採一般稅額計算之營業人而言，並無實質之營業稅負擔，然若依被告所認定，對於兼營營業人而言，確有實質之租稅損失，相同之經營個體，僅因銷售之貨物及勞務不同，即予以課處不同之租稅負擔，亦與租稅公平原則有所相違。
六、綜上所述，原告合併之行為本應無租稅之負擔，被告卻僅就程序之問題，扭曲營業稅課徵之本質，按本合併案件，消滅公司豐年公司及豐和公司已於合併前將當期因進貨及購置固定資產所產生之進項稅額，依兼營營業人營業稅額計算辦法，計算出不可扣抵之進項稅額，又該等存貨及固定資產因合併而須移轉至新創設立豐年豐和企業股份有限公司（即原告），原告因是項合併而須再承受同一權利義務主體因存貨及固定資產移轉所產生之進項稅額，被告視為原告當期之進貨，重新再一次計算當期不可扣抵之進項稅額，顯有重複課稅之事實，訴願決定所謂，並不生原告所稱有重複計算稅額，而有溢繳稅款情事，顯然有誤，請貴院予以斟酌法之本意，撤銷被告原處分、復查暨訴願決定。
貳、被告主張之理由：
一、按「因合併而消滅之公司，其權利義務應由合併後存續或另立公司承受。」為行為時公司法第七十五條所明定。本案豐年公司及豐和公司既因合併而消滅，而所謂之「消滅」，即為權利主體之法人人格消滅，並由合併後另設立之公司即原告概括承受其權利義務，此見解可徵諸行為時公司法第三百九十八條所規定：「公司為合併時，應於實行後十五日內，向主管機關分別依左列各款申請登記：．．
．二、因合併而消滅之公司，為解散之登記。因合併而另立之公司，為設立之登記」，以及財政部七十九年三月十五日台財稅第000000000號函釋：公司因合併而消滅，而其原材料、存貨、資產移轉應視為銷售貨物並開立發票報繳營業稅之意旨甚明。豐年、豐和公司既已因合併而依法辦理解散登記，法人人格當然消滅，權利義務主體亦隨之不存在，足見，原告認公司合併前後權利義務主體未更動、實屬同一權利義務主體，其自消滅公司移轉而來之「進貨及費用」與「固定資產」純屬公司內部移轉事項等主張，顯係對行為當時有效法令之誤解。
系爭原材料、存貨及固定資產之移轉，豐年公司及豐和公司既應依行為時營業稅法規定視為銷售且其亦已按規定開立發票報繳稅款在案，就原告而言，其因合併移轉而來之原材料、存貨及資產是否有別於一般兼營營業人自企業外購買原材料、存貨資產所產生之情形，前亦經被告於本案復查階段就原告所執爭點及上開疑義，以八十九年六月三十日八九南市稅法字第八○三八四號函專案報奉財政部於八十九年九月五日以台財稅第0000000000號函示略以：「依現行營業稅法規定，營業人因合併取自被合併公司移轉原材料、存貨及固定資產之進項稅額，仍應納入『兼營營業人營業稅額計算辦法』計算調整範圍。」在案。本案原告係屬兼營免稅及應稅貨物之兼營營業人，並未申請改以「直接扣抵法」計課，亦未依行為時營業稅法第八條第二項規定申請放棄免稅，其取具之進項憑證既非屬不得扣抵之進項稅額，依前揭財政部函示及行為時營業稅法規定，自應納入行為時「兼營營業人營業稅額計算辦法」攤列計算範圍甚明。所稱不得扣抵之進項稅額係取比率觀念方式計算，就本案而言，該比率計算方式為：當年度（八十七年九月至八十八年十二月止）免稅銷售額占其全部銷售額之比例，原告當年度銷售之免稅貨物，並未與系爭進項稅額八七、二七六、九二三元有直接關係，法規所訂調整公式僅係取其比例計算不得扣抵之進項稅額，並不生原告所稱有重複計算稅額之問題及有溢繳稅款之情事。又原告主張因合併設立承受存貨、固定資產造成重複計算不得扣抵進項稅額乙節，既因原告為新設之公司，依規定應自完成法人登記後始有享受權利負擔義務之人格主體，職是之故，原告所購入之貨物及固定資產而取得之進項憑證皆係首次辦理營業稅申報後才提出扣抵之進項稅額，自應列入首次調整計算不得扣抵進項稅額，並無重複計算不得扣抵之情形。
二、查兼營營業人取得依行為時營業稅法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額、進口供營業用之貨物、購買行為時營業稅法第三十六條第一項之勞務等三種特殊情形，於計算應納稅額時分別於行為時「兼營營業人營業稅額計算辦法」中第四條、第五條、第六條訂有個別適用之計算稅額規定。惟就因合併而移轉之存貨、資產，該辦法其他條文並未於計算稅額時訂有特別條文或明文列舉特別規定，顯見本案之情形應僅能適用該辦法第三條、第七條所規定之一般性公式來計算不得扣抵進項稅額。是原告認為該辦法之立法法源並未就因合併而移轉之資產列入計算不可扣抵進項稅額之範圍，被告逕將該辦法之適用範圍擴大之說，應屬誤解，並無足採。
三、又查行為時營業稅法第三十九條第一項第三款規定：營業人因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者，其溢付之營業稅應由主管稽徵機關查明後退還之。其立法理由書為「凡營業人遇有解散、廢止等情事，其溢付營業稅無從延續留抵，故應准退還。」，係指法人人格既已因解散、廢止等情事而註銷消滅，日後並無銷貨行為致有銷項稅額可供溢付稅額扣抵，遂以此條文明定稽徵作業由主管稽徵機關主動查明後退稅之。如假設之於本案，可適用之對象應為因合併而消滅之豐年公司與豐和公司，如公司主體消滅之最後一期，申報營業稅額時仍有累積留抵稅額，則被告應查明後退還之；原告卻認為此規定係適用於因合併而新設之公司即原告，而主張此規定是以因合併而溢付之營業稅，亦屬誤解。再者，上開兼營營業人計算不可扣抵辦法之訂定，並非以營業稅法第三十九條之規定為法源，益見營業稅法第三十九條所列因合併產生之溢付稅額，應非屬兼營營業人營業稅額計算辦法之規範範圍，原告據以解釋因合併產生之溢付稅額非該辦法之規範範圍，所持見解實為對法令誤解，自不足採，亦與實質課稅原則無關。至於原告對直接扣抵法及比例扣抵法之論述，相關爭議司法院釋字第三九七號解釋理由書已論述甚詳，於本項訴訟不宜再事爭執。
四、再查現行「促進產業升級條例」第十五條雖規定：因合併而發生之印花稅、契稅證券交易稅及營業稅一律免徵，惟查該條文係於九十一年一月三十日修正公布，而同條例第七十二條規定「．．．中華民國八十九年一月一日以後修正條文，自公布日施行。」，基此，該促進產業升級條例第十五條應自九十一年一月三十日施行。而「企業併購法」第三十四條規定：公司合併其移轉貨物或勞務，非屬營業稅之課徵範圍，然此法係於九十一年二月六日制定公布全文，並規定自發布日（九十一年二月六日）起施行。按稅捐為法定之債，乃以法律規定，而非以行政處分為發生之依據。因此個別稅捐債務，於法律規定應納稅捐之構成要件事實發生時，即已發生，一經發生，除新法明文規定溯及適用於法律公布施行前已發生而尚未核課，或尚未核課確定之稅捐事件外，並不因嗣後法律為有利或不利納稅義務人之變更而變更其內容。故稅捐債務發生後，至稅捐稽徵機關為稅捐處分時，或至稅捐核課處分確定時，法律如有變更，則稅捐稽徵機關為稅捐處分，或行政救濟程序中所應適用之「行為時法」，原則上皆指法定稅捐給付義務之構成要件事實發生時有效之法律而言。（參見行政法院八十七年判字第二三三六號判決）。由於上開新訂法規並未訂定溯及既往之條款，依「法律不溯既往原則，本案行為及核課時點為八十八年十一月、十二月期，自不能適用上開二則新條文，原告於報繳八十八年度最後一期營業稅時按當年度不得扣抵比例百分之十八計算調整稅額，補繳稅款一五、七○九、八四六元，既符合行為時營業稅法相關規定，並無適用法令錯誤或計算錯誤情形，即無稅捐稽徵法第二十八條所指溢繳之稅捐，被告自無法退稅，至於原告主張將九十一年方生效之二則法規條文之立法精神，適用於本案，顯於法無據，不足為採。
理由
一、按「將貨物之所有權移轉與他人，以取得代價者，為銷售貨物。．．．有左列情形之一者，視為銷售貨物：一、．．．。二、營業人解散或廢止營業時所餘存之貨物，或將貨物抵償債務、分配與股東或出資人者。」「銷售前項免稅貨物或勞務之營業人，得申請財政部核准放棄適用免稅規定，依第四章第一節規定計算營業稅額，但核准後三年內不得變更。」「營業人因兼營第八條第一項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」行為時營業稅法第三條第一項及第三項第二款、第八條第二項、第十九條第三項分別定有明文。次按「營業人與其他營業人合併而消滅者，應依法申請註銷登記，其移轉之原材料、存貨及固定資產，應視為銷售，並至遲於向主管稽徵機關辦理註銷登記時按時價開立統一發票，惟辦理註銷前如已將上項視為銷售之貨物移轉與合併後存續或新設之公司者，應於移轉時開立發票。」亦經財政部七十九年三月十五日台財稅第000000000號函釋在案。又按「本辦法依營業稅法（以下簡稱本法）第十九條第三項、第三十六條第二項及第四十一條第二項規定訂定之。」「本辦法所稱當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例（以下簡稱不得扣抵比例），係指各該期間免稅銷售淨額及依第四章第二節規定計算稅額部分之銷售淨額，占全部銷售淨額之比例。但土地及各級政府發行之債券及依法課徵證券交易稅之證券之銷售額不列入計算。」「兼營營業人於報繳當年度最後一期營業稅時，應按當年度不得扣抵比例調整稅額後，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納，其計算公式如左：調整稅額=當年度已扣抵之進項稅額-（當年度進項稅額-當年度依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額）×（1-當年度不得扣抵比例）．．．。」及「兼營營業人於年度中開始營業，其當年度實際營業期間未滿九個月者，當年度免辦調整，俟次年度最後一期比照前二項規定調整之。」分別為行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第一條、第三條第一項、第七條第一項及第三項所規定。
二、本件原告係由豐年公司、豐和公司於八十七年八月依行為時公司法規定合併後新設之公司，並屬兼營應稅及免稅貨物之兼營營業人，而豐年公司及豐和公司於合併消滅時，將其原材料、存貨及資產移轉予原告，已依財政部七十九年三月十五日台財稅第000000000號函釋規定，於八十七年七、八月當期視為銷售貨物，依法開立統一發票並繳納銷項稅額有案。原告亦於取得該消滅公司進項憑證後之同期申報進項稅額扣抵銷項稅額計八七、二七六、九二三元，因原告八十七年九月至十二月實際營業期間未滿九個月，故其於報繳八十七年十一月、十二月期營業稅時，系爭進項稅額並未列入調整，俟於八十八年度最後一期，原告乃按當年度不得扣抵比例百分之十八計算調整稅額，計應補繳稅額一五、七○九、八四六元後，併同辦理申報繳納當年十一、十二月期營業稅計二三、○六四、六三一元在案，原告嗣後申請退還營業稅一五、七○九、八四六元（即87,276,923×全年不得扣抵比例18％=15,709,846），經被告予以否准等情，有豐年公司及豐和公司八十七年七月至八月銷售額與稅額申報書、原告八十七年九月至八十八年十二月兼營營業人營業稅額調整計算表、八十八年十一、十二月銷售額與稅額申報書、原告八十九年一月二十四日申請書、被告八十九年二月一日八九南市稅工字第九三五六號函等附於原處分卷可稽，且為兩造所不爭，洵堪信實。
三、原告雖以：原告為豐年公司及豐和公司因合併設立新公司，權利義務主體並未更動，豐年公司及豐和公司因合併而移轉存貨及固定資產予原告，就經濟實質而言，實屬同一權利義務主體之內部移轉事項，其與外購之原、物料、固定資產有別，故無將該項因合併而取得之進項稅額列入不可扣抵比例計算之理；又豐年公司及豐和公司於消滅當時所餘存之存貨及固定資產，其所因購進而產生之進項稅額
八七、二七六、九二三元，均已於購進當期及消滅時依兼營營業人進項稅額不可扣抵比例相對規定調整申報，今原告因合併設立而承受上開兩公司之存貨及固定資產進而取得上開資產之進項發票，若再將此發票所含進項稅額八七、二七六、九二三元，列入八十八年度不可扣抵進項稅額比例計算，將造成同一存貨及固定資產所含之進項稅額因合併之故，重複計算不得扣抵比例，而形成損失云云，資為爭執。惟查：
（一）按「因合併而消滅之公司，其權利義務應由合併後存續或另立公司承受。」「股份有限公司有左列情事之一者，應予解散：一、．．。五、與他公司合併。」「公司為合併時，應於實行後十五日內，向主管機關分別依左列各款申請登記：一、．．。二、因合併而消滅之公司，為解散之登記。三、因合併而另立之公司，為設立之登記。」行為時公司法第七十五條、第三百十五條第一項第五款、第三百九十八條第一項第二款、第三款分別定有明文。足見公司與其他公司合併時，其法人人格即歸消滅，應辦理公司解散登記，而合併後另立之公司，為新成立之法人，應辦理公司設立登記，其因合併而消滅公司之權利義務，雖由新設立之公司承受，惟二者並非屬同一權利義務主體甚明。查本件原告係豐年公司及豐和公司依行為時公司法之規定合併後另立之公司，則豐年公司及豐和公司既因合併而法人人格消滅，其權利義務主體已不存在，而原告雖依法承受豐年公司及豐和公司之權利義務，惟其係於豐年公司及豐和公司合併消滅後，始新設之公司，與豐年公司及豐和公司顯非同一權利義務主體，其因合併取自豐年公司及豐和公司移轉之存貨及固定資產，並未可認係同一權利義務內部財產之移轉，是原告主張其係豐年公司及豐和公司因合併而設立之公司，權利義務主體並未更動，豐年公司及豐和公司因合併而移轉存貨及固定資產，就經濟實質而言，實屬同一權利義務主體之內部移轉事項云云，殊難憑採。次查，豐年公司及豐和公司既因合併而解散，依行為時營業稅法第三條第三項第二款之規定，其所餘存之貨物應視為銷售貨物。而該兩家公司既已將其合併時所餘存之存貨及固定資產移轉與原告，依法即應開立發票並繳納營業稅。財政部七十九年三月十五日台財稅第00000000號函釋，有關營業人因合併而消滅者，其原材料、存貨及資產移轉與合併後之公司者，應視為銷售，並開立統一發票之意旨，核與上開營業稅法之規定無違，自得予適用。原告訴稱：豐年公司及豐和公司因合併而移轉存貨與新設立之原告，其交易性質為公司股權之變更，既非屬銷售，不應有營業稅之負擔云云，亦屬無據。
（二）又查，原告係屬兼營應稅及免稅貨物之兼營營業人，並未申請改以直接扣抵法計課，亦未依行為時營業稅法第八條第二項規定申請放棄免稅，其取得因合併而消滅之豐年公司及豐和公司移轉之存貨及固定資產視同銷售貨物所開立之進項發票，既非屬不得扣抵之進項稅額，且原告並已將取得之進項稅額全額申報扣抵其銷項稅額，自不宜與一般兼營營業人自企業外購置原材料存貨所產生情形作分別，仍應納入行為時兼營營業人營業稅額計算辦法，計算比例扣抵銷項稅額。是本案財政部於八十九年九月五日以台財稅第0000000000號函復被告略以：「依現行營業稅法規定，營業人因合併取自被合併公司移轉原材料、存貨及固定資產之進項稅額，仍應納入『兼營營業人營業稅額計算辦法』計算調整範圍。」等旨，核無違誤。復按行為時營業稅法第十九條僅規定營業人取得之進項稅額有部分不得扣抵銷項稅額者，其不得扣抵比例與計算辦法，由財政部定之。而財政部基此授權所訂定之行為時兼營營業人營業稅額計算辦法，亦未就因合併而移轉之存貨、資產所取得之進項憑證，其計算稅額時訂有特別規定，顯見本案之情形應適用該辦法第三條、第七條所規定之一般性公式來計算不得扣抵之進項稅額，原告主張：被告將該辦法之適用範圍擴及因合併消滅移轉存貨固定資產而開立發票所產生之進項稅額一併計入，已違反營業稅法第十九條之立法精神云云，尚非可採。又查，行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第三條所稱不得扣抵之進項稅額，係採比率觀念方式計算，就本案而言，其比率計算方式為：原告當年度（八十七年九月至八十八年十二月止）免稅銷售額占其全部銷售額之比例。而原告當年度銷售之免稅貨物，並未與系爭取自豐年公司及豐和公司因合併消滅時（八十七年八月）所開立之進項稅額八
七、二七六、九二三元有直接關係，即不生原告所稱有重複計算稅額之問題。再者，原告為新設之公司，應自完成法人登記後，始成為權利義務之主體，是以原告所購入之貨物及固定資產而取得之進項發票，皆係首次辦理營業稅申報後才提出扣抵之進項憑證，而列入首次調整計算不得扣抵之進項稅額，亦無重複計算不得扣抵之情形，原告訴稱：其因合併設立承受豐年公司及豐和公司於消滅當時所餘存之存貨固定資產，造成重複計算不得扣抵進項稅額云云，亦不足取。
（三）又按行為時營業稅法第三十九條第一項第三款規定：「營業人申報之左列溢付稅額，應由主管稽徵機關查明後退還之：一、．．．。三、因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者，其溢付之營業稅。」其立法理由為「凡營業人遇有解散、廢止等情事，其溢付營業稅無從延續留抵，故應准退還。」，可知其係因法人人格既已因合併、轉讓、解散或廢止等情事而註銷消滅，日後並無銷貨行為致有銷項稅額可供溢付稅額扣抵，遂以此條文明定由主管稽徵機關主動查明後退稅之，其可適用之對象為因合併而消滅之公司，如豐年公司及豐和公司。原告卻認為此規定係適用於因合併而新設之公司即原告，而據此主張因合併而溢付之營業稅，應非屬行為時兼營營業人營業稅額計算辦法規範範圍，毋須納入計算扣抵比例云云，亦屬對法令誤解，自不足採。又在稅法之適用上，除法律另有規定外，基於法律不溯既往原則，原則上應採取「實體從舊，程序從新」之原則，最高行政法院（改制前行政法院）著有五十六年判字第八一號、二四四號判例可資參照。查現行促進產業升級條例第十五條第一項第一款雖規定：「公司為促進合理經營，經經濟部專案核准合併者，依下列各款規定辦理：一、因合併而發生之印花稅、契稅、證券交易稅及營業稅一律免徵。．．．」惟該條文係於九十一年一月三十日修正公布，而同條例第七十二條第二項規定「．．．中華民國八十九年一月一日以後修正條文，自公布日施行。」基此，上開促進產業升級條例第十五條應自九十一年一月三十日施行。而企業併購法第三十四條第一項第四款雖規定：「公司．．．進行合併、分割者，適用下列規定：一、．．。四、其移轉貨物或勞務，非屬營業稅之課徵範圍。」然此法係於九十一年二月六日制定公布全文，並規定自發布日起施行。如前所述，本件豐年公司及豐和公司係於八十七年八月依行為時公司法之規定辦理合併，依稅法適用實體從舊之原則，自不能適用上開二則法條之規定，免徵其因合併而發生貨物移轉之營業稅。原告援引上開促進產業升級條例及企業併購法條文之規定，主張豐年公司及豐和公司於合併時已先繳納銷項稅額，而原告於取得進項稅額後，卻僅可抵扣部分稅額，造成合併之營業稅負擔為一五、七○九、八六四元，顯與合併營業稅處理本質大異其趣云云，仍不足採。
四、綜上所述，原告之主張，既不足取。被告以原告報繳八十八年度十一、十二月應納營業稅額二三、○六四、六三一元，並無溢繳之情事，否准原告退稅之請求，洵無違誤，復查決定未准變更原處分，訴願決定予以維持，均無不合。原告起訴求予撤銷並請求被告應作成退還溢繳之營業稅款一五、七○九、八四六元之處分，非有理由，應予駁回。
五、又本件事證已明，原告其餘之主張，核與判決結果不生影響，爰不再逐一論述，併予敘明。
據上結論，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第二百條第二款、第九十八條第三項前段，判決如主文。
中華民國九十一年十月十五日
高雄高等行政法院第二庭
審判長法官呂佳徵法官林勇奮法官蘇秋津右為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後二十日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後二十日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後二十日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
提起上訴應預繳送達用雙掛號郵票七份（每份三十四元）。
中華民國九十一年十月十五日
法院書記官謝文輝