裁判字號：最高行政法院102年判字第827號判決
裁判日期：民國102年12月31日
裁判案由：農業用地作農業使用證明書
最高行政法院判決
102年度判字第827號上訴人 朱拱南 訴訟代理人 何志揚 律師被上訴人臺中市大里區公所代表人 詹文富 訴訟代理人 李思樟 律師上列當事人間農業用地作農業使用證明書事件，上訴人對於中華民國101年10月4日臺中高等行政法院100年度訴字第380號判決，提起上訴，本院判決如下：
主文原判決廢棄，發回臺中高等行政法院。
理由
一、緣上訴人與訴外人 朱太山 共有坐落改制前臺中縣大里市○○○段75-4、75-33、75-35、75-52、75-53等5筆地號土地（下稱系爭5筆土地，應有部分各2分之1），前曾向被上訴人申請核發農業用地作農業使用證明書，經被上訴人分別以民國（下同）94年12月27日里市建字第0940036650號及95年2月27日里市建字第0950000082號核發在案。嗣上訴人於95年3月3日向前臺中縣稅捐稽徵處（嗣改制為臺中市地方稅務局）大屯分處申報移轉系爭土地予訴外人 蘇瑞來 等6人，並申請依農業發展條例第37條第1項及同條例施行細則第14條之1規定不課徵土地增值稅。前臺中縣稅捐稽徵處大屯分處以上訴人等雖出具臺中縣大里市公所核發之農業用地作農業使用證明書，並一併檢附該所核發之土地使用分區證明書，惟該土地使用分區證明書上並無記載內政部94年6月30日臺內營字第0940084214號函規定之有關字樣，且系爭5筆土地於變更編定為「住宅區」前，原為「未設定區」，非屬土地稅法施行細則第57條規定之農業用地範圍，認與農業發展條例施行細則第14條之1規定及內政部94年6月30日臺內營字第0940084214號函釋規定不符，乃按一般稅率分別對上訴人及訴外人朱太山各課徵土地增值稅新臺幣（下同）10,585,076元。
上訴人及朱太山不服，提起訴願及行政訴訟，經原審以96年度訴字第48號判決將該訴願決定及復查決定撤銷，更名後即改制前臺中縣地方稅務局不服，提起上訴，經本院以98年度判字第677號判決駁回上訴確定在案。後經改制前臺中縣地方稅務局大屯分局98年7月21日中縣稅屯分土字第0986511069號函請被上訴人再次審查系爭5筆土地所發農業用地作農業使用證明書是否妥適，並是否符合農業發展條例施行細則第14條之1第2項所規定「已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫『前』，未依變更後之計畫用途申請建築使用者」之要件。案經被上訴人再次審查，發現原處分適用法條顯然錯誤，乃以98年8月13日里市建字第0980021167號函撤銷原核發之前開農業用地作農業使用證明書。上訴人不服，向改制前臺中縣政府提起訴願，經改制前臺中縣政府於98年12月22日以府訴委字第0980395018號作成撤銷原處分之訴願決定。然經被上訴人以99年1月22日里市建字第0990002211號函詢改制前臺中市政府，並取得臺中市政府99年1月26日府都計字第0000000000函確認系爭5筆土地已以45年11月1日府金建字第25591號函附「臺中市都市計畫」公告劃定為「住宅區」，可見系爭5筆土地在未納入「大里都市計畫」前係屬「都市土地」，是以99年2月5日里市建字第0990003765號函作成維持原經撤銷處分之決定。上訴人仍不服，向改制前臺中縣政府提起訴願，經改制前臺中縣政府以99年5月24日府訴委字第0990161326號函作成撤銷原處分之訴願決定。被上訴人另以99年6月3日里市建字第0990015325號函詢大里地政事務所，並經該所以99年6月14日里地用字第0990007021號函復土地登記簿相關資料，被上訴人復以99年7月14日里市建字第0990019330號函作成維持原撤銷處分之決定。上訴人仍不服，向改制前臺中縣政府提起訴願，改制前臺中縣政府於99年10月29日以府訴委字第0990345136號函作成撤銷原處分之訴願決定。被上訴人再以99年12月2日里市建字第0990034254號函仍作成維持原撤銷處分之決定。上訴人又不服，向改制前臺中縣政府提起訴願，經因縣、市合併改制後臺中市政府以100年2月24日府授法訴字第1000032362號函作成撤銷原處分之訴願決定。嗣被上訴人復經函詢臺中市政府都市發展局關於前開土地都市計畫相關規定後，以100年4月28日里區農建字第1000010174號函（下稱原處分）維持撤銷原核發農業用地作農業使用證明書之處分。上訴人再不服，向臺中市政府提起訴願，惟遭決定駁回，遂提起行政訴訟，經原審法院判決駁回後，提起上訴。
二、上訴人起訴主張：㈠上訴人與訴外人朱太山共有系爭5筆土地，固經改制前臺中縣大里市公所90年間編定為公共設施完竣區，然所有土地移轉前均供農業使用，並非公共設施完竣區，況前已經被上訴人至現場勘查後，先後於94年12月27日以里市建字第0940036650號、95年2月27日里市建字第0950000082號函核發之農業用地作農業使用證明書，亦載明系爭5筆土地係作農業使用無誤，且上開情事亦經臺中高等行政法院以96年度訴字第48號及本院98年度判字第677號判決確定在案，甚至改制前臺中縣地方稅務局提起再審之訴遭駁回，復再提起抗告亦遭駁回確定。因此，被上訴人既然根據農業用地作農業使用認定及核發證明辦法第3條、第11條第1項、第12條及第15條規定於會勘後核發系爭5筆土地之農業用地作農業使用證明書，再無新事實足證上訴人在核發後6個月內有非農業使用之情形下即不得撤銷，況改制前臺中縣地方稅務局更應受行政法院確定判決之拘束，詎料竟發文予被上訴人要求撤銷上開農業用地農業使用證明，未斟酌法令之規定及系爭5筆土地之農業使用證明對上訴人之信賴保護，反而依據改制前臺中縣地方稅務局之請求違反誠信撤銷確定之行政處分，又未於處分書中載明究竟有何信賴不值得保護之情形，而信賴授予利益之行政處分，其信賴利益顯大於撤銷所欲維護之公益之情形，因此原處分顯然適用法律錯誤有重大瑕疵。㈡該等土地使用管制及劃分顯然屬於錯誤之劃分，蓋依據臺中市政府早於96年7月17日以府都計字第0960153748號函說明二，足證系爭5筆土地並非臺中市都市計畫公告之住宅區，更何況經上訴人向改制前臺中縣政府函詢系爭5筆土地是否屬於公告之禁建區域，經臺中縣政府建設處函復表示，系爭5筆土地乃經改制前臺中縣政府以80年8月24日80府工都字第163038號函公告發布禁建在案，且該案目前並未依都市計畫變更之分區完成市地重劃開發，故無法據以建築，更足證系爭5筆土地應屬改制前臺中縣政府之土地管制範圍屬非都市土地。尤有進者，系爭5筆土地至83年9月7日其稅種仍屬代號「8」之田賦，未曾課徵地價稅，足證系爭土地確實屬於農用，被上訴人撤銷系爭農用證明書，更屬違誤。
㈢臺中高等行政法院96年度訴字第48號確定判決之當事人為上訴人與改制前臺中縣地方稅務局而非被上訴人，然其對於系爭5筆土地屬農業用地之前提要件亦認為被上訴人所核發之農業使用證明書為合法，與本件有關聯性，因此被上訴人顯屬上開之關係機關，自應即為實現判決內容之必要處置，不得為相反之主張。此外，系爭土地之土地登記簿謄本雖記載，該地自42年5月22日起即屬「都市土地」，然查42年5月22日全臺灣地區均尚未實施都市計畫，此為眾所週知之事實，故該土地登記簿謄本在登載收件日期42年5月22日，編定使用種類為「都市土地」後，另於84年10月24日收件，登載：「依據臺灣省政府地政處77年9月22日（77）地一字第51658號函註銷都市土地，註銷日期84年10月24日。」改制前臺中縣地方稅務局所屬大屯分處受理本案時，就此即曾以95年3月8日中縣稅屯分土字第0956004930號函向改制前臺中縣大里地政事務所查詢有關上開登記之詳情，據該所95年4月4日里地字第0950003951號函復略稱：「．．．經查原舊有人工登記簿大里市○○○段○○○○○號土地（現分割為系爭5地號）編定使用種類記載『都市土地』，業於84年10月14日收件138233號依據臺灣省地政處77年9月22日（77）地一字第51658號函註銷都市土地分區；．．．。」另臺中縣大里市公所於95年5月2日以里市工字第0950012279號函復上訴人稱：
「關於臺端申請坐落本市○○○段75-4、75-33、75-35、75-52、75-53等土地變更編定非農業用地前土地使用分區乙案，經查上開土地於民國80年9月1日大里都市計畫第2次通盤檢討案公告實施為都市計畫內土地，即於民國80年9月1日前為『非都市計畫土地』，．．．。」等語更可證明系爭5筆土地縱使於72年8月3日修正農業發展條例第27條生效後，曾經劃為非都市計畫土地，於80年9月1日大里都市計畫第2次通盤檢討案公告實施方劃為都市計畫內土地，亦符合財政部96年3月5日台財稅字第09604706530號函釋所載於72年8月3日之後，曾變更回復為農業用地再變更為非農業用地之情形，因此被上訴人核發農業用地作農業使用證明書並無違誤。
尤有進者，該等土地是否為農業用地之認定應回歸農業發展條例第3條第10款之規定，系爭5筆土地從53年3月28日上訴人承買迄95年間出售移轉登記前均屬非都市土地且均作農業使用，此不僅有土地所有權狀影本上及土地謄本地目登記為田可證外，且根據改制前臺中縣政府94年11月16日府建城字第0940306154號函臺中縣大里市公所之內容，說明三即已明白指示被上訴人必須依據農業發展條例施行細則第14條之1辦理，被上訴人竟然不顧上級主管機關之行政指導片面解釋，顯然已構成違法失職。㈣關於財政部86年10月22日台財稅第000000000號函、91年12月26日台財稅字第0910458277號函、96年3月5日台財稅字第09604706530號函乃針對土地稅法第39條之2是否得免徵土地增值稅所為之解釋，並非針對農業用地之認定所為之解釋，況財政部並非農業發展條例及其施行細則之有權解釋機關，有權解釋機關應為行政院農業委員會，因此自應以行政院農業委員會99年4月13日農企字第0990123064號函說明二所載，故本件並非土地稅法案件，自無上開財政部函釋適用。㈤改制前臺中縣地方稅務局亦曾於臺中高等行政法院96年度訴字第48號判決就臺灣省地政處77年9月22日（77）地一字第51658號函之內容有所爭執而為法院所不採，由於本件被上訴人乃屬關係機關，該確定判決之效力自應拘束被上訴人。況細究上開臺中縣政府土地登記總簿上之記載，於42年5月22日由上訴人朱拱南前手 林其萬 取得之登記內容觀之，其上載有「佃人承買」之字樣，且當時土地登記簿謄本上登載之地目為「田」，亦足證系爭土地確實自當時即供作農業使用無誤。㈥依改制前臺中縣政府95年5月23日府建城字第0920129912號函，足見系爭5筆土地在80年8月24日前乃屬改制前臺中縣政府所轄之未設定區，而後於80年8月24日變更大里都市計畫時方由「○設○區○○○○○道路、河川、住宅區、公兒用地」等，並非臺中市政府都市發展局上揭函文所載之於45年11月1日府金建字第25591號公告「臺中市都市計畫」納入原臺中市都市計畫範圍並編定為「住宅區」，臺中市政府都市發展局前揭回函顯然與事實不符。況依行政之自我拘束效力（行政先例），則改制後臺中市政府自應繼受改制前臺中縣政府95年5月23日府建城字第0920129912號函之認定，亦即系爭土地於80年8月24日變更大里都市計畫（第2次通盤檢討）前應屬「未設定區」而非「住宅區」。故臺中市政府都市發展局100年9月1日中市都計字第1000086108號函自有違誤，而不可採。㈦依經濟部水利署第三河川局101年4月9日水三工字第10150039250號回函亦表示系爭5筆土地範圍內無旱溪排水整治計畫，既然系爭5筆土地並未依都市計畫附帶條件完成細部計畫，更未能准許依變更後計畫用途使用，依規定自不得課徵土地增值稅，其理甚明。尤有進者，被上訴人發給之系爭5筆土地使用分區證明亦未撤銷，豈有可能在4、5年後撤銷上訴人之農業使用證明，更足認被上訴人所辯無稽等語，求為判決撤銷訴願決定及原處分。
三、被上訴人則以：㈠本件適用農業發展條例施行細則第14條之1規定之大前提，需符合「農業用地」經依法律變更為非農業用地，關於系爭5筆土地之都市計畫效力部分，依臺中市政府都市發展局100年4月6日中市都計字第1000022572號函、100年4月21日中市都計字第1000030466號函、100年9月1日中市都計字第1000086108號函及改制前臺中縣政府95年5月23日府建城字第0950129912號函依內政部100年8月30日內授營都字第1000807595號函可知，系爭5筆土地於45年11月1日至80年9月1日期間屬「臺中市都市計畫」管轄範圍內土地；於80年9月1日後屬「大里市都市計畫」管轄範圍內土地。
另依財政部96年3月5日臺財稅字第09604706530號函釋，系爭5筆土地，於45年11月1日至80年9月1日期間均屬「臺中市都市免徵土地增值稅」之住宅區，即於72年8月3日並不符合農業發展條例施行細則規定範疇之農業用地，亦不曾變更回復為農業用地再變更為非農業用地之情形，故自始即不應予以核發農業用地作農業使用證明書，否則即屬違反農業發展條例施行細則第14條之1規定，既於嗣後發現其屬違法行政處分，自應予以撤銷。行政程序法第117條本案上訴人指其信賴利益為上訴人及訴外人等免納10,585,076元之土地增值稅，而撤銷農業用地作農業使用證明書，所欲維護之公益，參照都市計畫法第1條及第3條規定，應係「促進市○鎮○○街有計畫之均衡發展」及「並對土地使用作合理之規劃」等公共利益。上訴人之信賴利益，如僅係指免納土地增值稅之財產上利益，亦難遽認有顯然大於撤銷所欲維護之前揭公益。上訴人另以本件系爭5筆土地，經臺中高等行政法院96年訴字第48號判決認定屬農業用地作農業使用而免徵土地增值稅在案，且稅捐機關雖提起上訴，亦經本院98年判字第677號判決駁回上訴確定在案，主張稅捐機關自應受首揭確定判決之拘束，惟依本件訴願決定意旨：前開「土地增值稅事件」判決理由中之判斷，僅對於該判決之當事人有其效力，且與本件「撤銷農業用地作農業使用證明書事件」之訴訟標的亦有別，對本件「撤銷農業用地作農業使用證明書事件」尚無確定力（學理上稱既判力），被上訴人既非前開「土地增值稅事件」之當事人，亦無受其拘束之問題。另上訴人其餘主張，無非重申前開判決內容及前幾次訴願決定撤銷意旨，然既經函詢相關主管機關，查明相關疑義，尚不影響本所撤銷農業用地作農業使用證明書處分之適法性。㈡被上訴人原訴訟代理人 徐錦文 認為應以系爭土地於45年以前（即45年11月1日系爭土地列為臺中市都市計畫之土地前）之地目為何作判斷，無非係據行政院農業委員會99年4月13日農企字第0990123064號函，惟查系爭土地得否適用前開賦稅優惠規定之時間點應以72年8月3日農業發展條例生效時為基準點，即72年8月3日時系爭土地為農業用地，嗣後變更為非農業用地，或72年8月3日後，曾變更回復為農業用再變更為非農業用地，非如被上訴人之原訴訟代理人及行政院農業委員會99年4月13日農企字第0990123064號函所認應以45年11月1日畫入臺中市都市計畫土地前之土地認定之。㈢系爭5筆土地係已發布細部計畫地區，且都市計畫書規定應實施市地重劃，目前尚未公告實施市地重劃，此情雖符農業發展條例施行細則第14條之1第1項第2款事由，但系爭5筆土地於72年8月3日起，早非農業用地，並非農業發展條例施行細則第14條之1所規定「農業用地經依法律變更為非農業用地」之情況，尚不符合適用該法律之大前題即「農業用地經依法律變更為非農業用地」，自無該條之適用等語，資為抗辯，求為判決駁回上訴人在原審之訴。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：㈠系爭5筆土地於45年11月1日經改制前臺中市政府以金建字第25591號公告臺中市都市計畫並納入臺中市都市計畫範圍編定為住宅區，此觀諸臺中市都市發展局100年9月1日中市都計字第1000086108號函及臺中市都市計畫說明書即明。且依改制前臺中市政府都市發展局100年4月21日中市都計字第1000030466號函及改制前臺中縣政府於95年5月23日以府建城字第0950129912號函示說明二及互核改制前臺中縣政府80年8月24日80府工都字第163038號公告暨94年12月27日工區字第3850號與95年4月18日工區字第1049號臺中縣大里市都市計畫土地使用分區證明書上所載，系爭5筆土地為變更大里市都市計畫之住宅區，可知系爭土地係由未設定區變更為住宅區，且自80年9月1日起實施。依據上述可證系爭5筆土地從45年11月1日至80年9月1日期間屬臺中市都市計畫管轄範圍內土地，並經編定為住宅區，嗣於80年9月1日後屬大里市都市計畫（改制前）管轄範圍內土地。㈡系爭土地確實於45年11月1日經改制前臺中市政府以金建字第25591號公告臺中市都市計畫並納入臺中市都市計畫範圍編定為住宅區，並為上訴人所提出改制前臺中市政府96年7月17日府都計字第0960153748號函所是認。雖系爭土地始終為改制前臺中縣大里市之行政轄區內，而改制前臺中市政府誤將該毗鄰之行政轄區部分土地劃入該都市計畫內，然依當時已施行（28年6月8日公布實施）之都市計畫法第6條規定，都市計畫擬定後，應送由內政部會同關係機關核定，轉呈行政院備案，交由地方政府公布執行。該都市計畫案既係由有權機關內政部所核定，改制前臺中市政府於擬訂過程縱有瑕疵，但仍屬有效之行政處分。準此，內政部100年8月30日內授營都字第1000807595號函，及該函所引用同部84年8月10日臺內營字第8480227號函示意旨，即頗值參考。從而，本件上訴人所有之系爭土地於45年11月1日至80年9月1日期間，即應依臺中市都市計畫辦理，仍屬住宅區之編定範圍內。至於上訴人所稱其向改制前臺中縣政府函詢系爭5筆土地是否屬於公告之禁建區域，經臺中縣政府建設處函復表示，系爭5筆土地乃經臺中縣政府以80年8月24日80府工都字第163038號函公告發布禁建在案一節，並提出98年1月20日之電子郵件為證。然查，該電子郵件係函復稱，系爭土地於80年間辦理「變更大里都市計畫（第2次通盤撿討）案」時，變更○設○區○道路用地、河川區、住宅區、公兒用地等，其都市計畫之附帶條件應以市地重劃方式開發，惟旱溪河川用地變更部分，等旱溪整治計畫完成後始可實施，因目前尚未依都市計畫變更之分區完成市地重劃開發，故無法據以建築等語，對照改制前臺中縣政府於95年5月23日以府建城字第0950129912號函示說明意旨，可知系爭土地係在80年8月24日始納入大里市都市計畫範圍內，在未納入之前，即45年11月1日至80年9月1日期間，依照內政部100年8月30日內授營都字第1000807595號函示，其土地使用管制及建築管理，仍應依臺中市都市計畫案辦理。是上開電子郵件之函復意旨，並不能據以推論系爭5筆土地應屬改制前臺中縣政府之土地管制範圍屬非都市土地，而非改制前臺中市政府都市計畫範圍內之土地等情節。㈢依照財政部96年3月5日臺財稅字第09604706530號函釋意旨，本件系爭5筆土地原非屬於改制前臺中市轄區範圍，改制前臺中市政府未與臺中縣政府辦理聯合擬定都市計畫，卻將系爭5筆土地畫入原臺中市都市計畫內，雖有瑕疵，然其既係有權機關內政部所核定，自仍屬有效之行政處分，是系爭5筆土地，於45年11月1日至80年9月1日期間均屬「臺中市都市計畫」之「住宅區」，亦即於72年8月3日並不符合農業發展條例施行細則規定範疇之農業用地，且系爭土地於80年9月1日後屬大里市都市計畫之住宅區，亦不曾變更回復為農業用地再變更為非農業用地之情形，故被上訴人於嗣後發現其自始即不應予以核發系爭農業用地作農業使用證明書，乃予以撤銷，即非無據。㈣臺中市大里地政事務所100年6月22日理地一字第1000007950號函及100年7月19日以理地一字第1000009382號函復略以○○里區○○○段○○○○○號前於70年間分割增加75-3
3、75-35地號等2筆土地，嗣後又於85年間逕為分割增加75-
52、75-53地號等2筆土地，其中僅75-33地號土地載有「法定空地」註記，又因原登記申請書件已逾保管年限，業已依法辦理銷毀，無法查明其原登載原因，惟本件既經改制前臺中市政府都市發展局100年3月21日中市建字第1000016620號函查復略以：「經查旨揭地號土地，本局套繪資料尚無核准建築套繪登載．．．」，已依規定逕為塗銷該法定空地註記登記完竣，並檢送塗銷法定空地登載之土地登記謄本等語，是被上訴人主張系爭土地應為建築用地，非屬農業用地等語，固非可採。然上訴人主張系爭土地原屬非都市土地云云，亦非可採。另依土地稅法第22條規定可知，都市土地仍有課徵田賦之情形，並非課徵田賦者必屬非都市土地。況且，上訴人亦不否認系爭土地亦曾遭限制建築，是系爭土地係都市土地，因遭限建而仍作農業使用，乃課徵田賦，並非不可。
㈤上訴人所指其信賴利益為上訴人及訴外人朱太山等免納10,585,076元之土地增值稅，被上訴人撤銷農業用地作農業使用證明書，所欲維護之公益，參照都市計畫法第1條及第3條規定，乃指「促進市○鎮○○街有計畫之均衡發展」及「並對土地使用作合理之規劃」等公共利益。上訴人之信賴利益，尚難遽認有大於撤銷所欲維護之前揭公益。此外，本件亦無撤銷對公益有造成重大危害之情形。㈥臺灣省政府地政處77年9月22日（77）地一字第51658號函註銷都市土地分區，乃係基於都市土地使用分區非地政機關之業務權責，故不宜將該項資料登載於登記簿，應將都市土地之管理回歸主管機關，並有臺灣省政府地政處77年9月22日函文之說明欄記載可資參照。另都市計畫之權責機關非地政機關，而係屬城鄉計畫科或都市發展局，故舊有人工土地登記簿上編定使用種類欄上關於都市土地之記載屬土地使用編定，土地使用編定非屬地政機關之權責，應回歸權責機關城鄉計畫科或都市發展局，是關於臺灣省政府地政處77年9月22日（77）地一字第51658號函註銷都市土地登記乙節，係將土地分區使用類別之查詢回歸權責機關城鄉計畫科或都市發展局，不再於舊有人工土地登記簿上記載，故予註銷登記。㈦農業用地作農業使用證明書，本應由被上訴人核發，其當屬認定系爭5筆地號土地是否為農業用地，並且有無作農業使用最適切之機關，故若專就農業用地作農業使用證明書之核發與否，不應受原審96年度訴字第48號判決臺中縣稅捐稽徵處所為行政處分構成要件效力拘束。再者，就原審96年度訴字第48號判決既判力客觀範圍而言，依行政訴訟法第213條規定，學者及實務意見對判決主文具既判力均持肯定見解，並無疑義，至於判決理由是否具有既判力，最高法院73年台上字第3292號判例認為判決理由原則上不生既判力，故本件原則上應不受原審96年度訴字第48號判決所拘束，而細究原審96年度訴字第48號判決，該判決乃係就系爭5筆土地得否依農業發展條例、農業發展條例施行細則及土地法施行細則等規定不課徵土地增值稅作認定，對於農業用地作農業使用證明書部分即直接引用改制前臺中縣大里市公所94年12月27日里市建字第0940036650號、95年2月27日里市建字第0950000082號核發之農業用地作農業使用證明書所載系爭5筆土地作農業使用而為判斷，故亦不認為被上訴人是否核發農業用地作農業使用證明書應受原審96年度訴字第48號判決拘束。另司法院釋字第368號解釋，就法律見解部分，行政機關應受行政法院判決所拘束，就事實認定部分，行政機關原則上不受行政法院判決拘束，而大法官協同意見書有認為需發現新事實、新證據，才不受行政法院判決拘束。無論如何，倘被上訴人嗣後於改制前臺中縣政府第1次訴願決定撤銷另為處分時，始發現系爭5筆土地已「於45年11月1日府金建字第25591號公告『臺中市都市計畫』納入原臺中市都市計畫範圍並編定為『住宅區』」，即應屬發現新事實或新證據，故被上訴人以系爭5筆土地於認定是否符合農業發展條例施行細則第14條之1規定農業用地基準日之72年8月3日時，已非為法定農業用地，縱有作農業使用事實，亦不符合核發農業用地作農業使用證明書之規定為由，撤銷原核發農業用地作農業使用證明書，並無違誤。至於核發新農業用地作農業使用證明書，因「農業用地作農業使用證明書之有效期限為六個月」為農業用地作農業使用認定及核發證明辦法第15條所明定，故被上訴人就新事實或新證據所作成不予核發農業用地作農業使用證明書之處分亦當不受原審96年度訴字第48號判決拘束，是上訴人引司法院釋字第368號解釋所為主張，應難認為有理由。另原審96年訴字第48號及本院98年判字第677號確定判決憑以認定之相關資料，並未斟酌臺中市都市計畫內容，且原審96年訴字第48號判決理由所指述土地登記簿謄本上登載系爭土地42年間屬「都市土地」及臺灣省政府地政處77年函通報註銷該記載等情，與改制前臺中市政府於45年公告「臺中市都市計畫」，將系爭5筆土地納入改制前臺中市都市計畫範圍並編定為「住宅區」，於84年間通盤檢討時，因應縣市界範圍，剔除於都市計畫範圍外，在時程及原因上均屬有別，容非同一事，應不得作為該判決已有審酌臺中市都市計畫內容之依據。從而，被上訴人依據新查得之事實作成原處分，並無違反行政訴訟法第215條之問題，亦無違反行政自我拘束原則。又有關爭點效部分，構成爭點效僅存在同一當事人間就該爭點所提訴訟中，始有其適用，本件被上訴人為臺中市大里區公所，而原審96年度訴字第48號判決被上訴人則為臺中縣稅捐稽徵處，故無爭點效適用。㈧改制前臺中縣大里市公所95年5月2日里市工字第0950012279號函顯係依據大里都市計畫第2次通盤檢討案公告之內容作成之說明，並未審酌系爭5筆土地早在45年11月1日至80年9月1日期間即列入臺中市都市計畫管轄範圍內，並編定為住宅區之既定事實，是該函尚難為有利上訴人事實之認定。另本件被上訴人係因上訴人向被上訴人申請核發農業用地作農業使用證明書，作為向稅捐稽徵機關申請不課徵土地增值稅之用，乃參考農業發展條例、農業用地作農業使用認定及核發證明辦法及財政部96年3月5日台財稅字第09604706530號等函釋，作成撤銷94年12月27日里市建字第0940036650號及95年2月27日里市建字第0950000082號農業用地作農業使用證明書之原處分，並非單以內政部94年6月30日臺內營字第0940084214號函為據。至於上訴人所主張系爭5筆土地位置坐落「大里都市計畫」內，其都市計畫之附帶條件應以市地重劃方式開發，且旱溪河川用地變更部分，等旱溪整治計畫完成後始可實施，目前尚未依都市計畫附帶條件規定辦理，並引用經濟部水利署第三河川局101年4月9日水三工字第10150039250號回函，稱系爭5筆土地範圍內無旱溪排水整治計畫，既然系爭5筆土地並未依都市計畫附帶條件完成細部計畫，更未能准許依變更後計畫用途使用，自不得課徵土地增值稅等各節，亦對於本件是否核發給農業用地作農業使用證明書，係依據72年8月3日時仍為農業用地，嗣後變更為非農業用地，或於72年8月3日之後，曾變更回復為農業用地再變更為非農業用地等標準所為之認定結果不生影響，故亦難為有利上訴人事實之認定等語，因將訴願決定及原處分均予維持，駁回上訴人之訴。
五、上訴意旨略以：㈠依據農業發展條例第37條第1項、農業用地作農業使用認定及核發證明辦法第5條、第6條及第7條規定，人民申請主管機關核發農業用地使用證明書所應考慮者為系爭土地是否供作農用，與系爭土地移轉時是否應課徵土地增值稅無涉；另系爭土地並未依都市計畫附帶條件完成細部計畫，更未能准許依變更後計畫用途使用，自不得課徵土地增值稅，更無財政部96年3月5日台財稅字第09604706530號函釋之適用，故原審錯引財政部之函釋作為認定，復就有利於上訴人之主張未於判決理由項下記載何以不採之理由，自有判決違背法令及不備理由之違誤；又原判決認系爭土地是否為農業用地之認定與土地增值稅事件無涉，顯然前後理由矛盾，而有判決不備理由之違誤。㈡原審對於上訴人主張臺中市政府都市發展局100年9月1日中市都計字第1000086108號回函顯然與事實不符等情及系爭土地於80年8月24日時方由「○設○區○○○○○道路、河川、住宅區、公兒用地」，亦與財政部96年3月5日台財稅字第09604706530號函所指「72年8月3日時仍為農業用地，嗣後變更為非農業用地」，而不課徵土地增值稅之情相符，惟原審對於上述重要之點竟未斟酌，復未於判決理由項下記載何以不採之理由，自有判決不備理由之違誤；又系爭土地於80年9月1日經改制前臺中縣政府將其由未設定區變更為住宅區，且從80年9月1日至84年2月15日臺中市政府將系爭土地剔除於臺中市政府都市計畫範圍外前為止，系爭土地同一時期均為臺中市政府及改制前臺中縣政府臺中市都市計畫、大里市都市計畫二個不同之都市計畫範圍管制之土地，但顯然無法得出：「依據上述可證系爭5筆土地從45年11月1日至80年9月1日期間屬臺中市都市計畫管轄範圍內土地，並經編定為住宅區，嗣於80年9月1日後屬大里市都市計畫（改制前）管轄範圍內土地」之結論，原審未詳加說明勾稽，仍有判決不備理由之違誤；另外，原判決認系爭臺中市政府所層報經內政部核定之都市計畫有效，但對於同樣為內政部核定之大里市都市計畫卻置於不顧，原審就其取捨之依據及違反行政程序法第111條第7款規定之質疑皆未附具理由詳加說明，亦有調查未盡、不備理由及不適用法規之違誤；原判決復引臺中市大里地政事務所100年6月22日理地一字第1000007950號函、100年7月19日以理地一字第1000009382號函及改制前臺中市政府都市發展局100年3月21日中市建字第1000016620號函而認被上訴人於原審主張系爭土地應為建築用地，非屬農業用地等語不可採云云，固非無見。詎料竟緊接著認定「原告主張系爭土地於原屬非都市土地云云，亦非可採」，顯然前後理由矛盾。㈢原審對於系爭農業使用證明書有效期間為6個月及逾有效期間農業使用證明書之撤銷所欲維護之公益為何等情，並未加以詳細調查，更未於判決理由項下記載何以不採之理由，自有調查未盡、不備理由及不適用法規之違誤。㈣原審就系爭土地在80年8月24日前確實亦屬改制前臺中縣政府都市計畫（62年11月30日發布實施）所轄之未設定區，則何以僅應依臺中市都市計畫辦理，其取捨之依據未見說明，是以原審據此認臺中縣大里市公所於95年5月2日以里市工字第0950012279號函不足為採，亦有調查未盡及判決不備理由之違誤。㈤原審96年度訴字第48號判決與本案兩者之基礎事實應屬相同，即系爭土地是否為農業用地作農業使用應核發證明書，原審96年度訴字第48號判決確實亦已認定系爭土地為農業用地作農業使用應核發證明書，非僅單純引用而已，原審就此未查，自有查證未盡及認定事實適用法律錯誤之違誤。況既然臺中市地方稅務局拒絕依據前案確定判決，於重為處分時，仍依據被上訴人撤銷上訴人之系爭農業用地作農業使用證明書之本件系爭原處分，則何以被上訴人並非臺中市地方稅務局之關係機關，原審並未於判決理由項下說明記載其所持之依據，自有判決不備理由之違誤；再原審認本件被上訴人有發現新事實或新證據，因而不受確定判決對世效力所拘束，亦有調查未盡、判決不適用法規及不備理由之違誤。
六、本院查：
（一）按司法院釋字第385號、第496號解釋：「憲法第19條規定人民有依法律納稅之義務，固係指人民有依據法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅義務之意，然課人民以繳納租稅之法律，於適用時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用。」「憲法第19條規定『人民有依法律納稅之義務』，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。稅法之解釋，應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」又「關於人民自由權利之事項，除以法律規定外，法律亦得以具體明確之規定授權主管機關以命令為必要之規範。命令是否符合法律授權之意旨，則不應拘泥於法條所用之文字，而應以法律本身之立法目的及其整體規定之關聯意義為綜合判斷。又有關稅法之規定，主管機關得本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌租稅經濟上之功能及實現課稅之公平原則，為必要之釋示．
．．。」「憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務。
故任何稅捐之課徵，均應有法律之依據。惟法律之規定不能鉅細靡遺，有關課稅之技術性及細節性事項，於符合法律意旨之限度內，尚非不得以行政命令為必要之釋示。」分經司法院釋字第506號、第519號解釋理由書第1段闡釋甚明。
（二）次按：
１、農業發展條例第2條規定：「本條例所稱主管機關：在中央為行政院農業委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。」第3條規定：「本條例用辭定義如下：農業：指利用自然資源、農用資材及科技，從事農作、森林、水產、畜牧等產製銷及休閒之事業。．．．農業用地：指非都市土地或都市土地農業區、保護區範圍內，依法供下列使用之土地：㈠供農作、森林、養殖、畜牧及保育使用者。㈡供與農業經營不可分離之農舍、畜禽舍、倉儲設備、曬場、集貨場、農路、灌溉、排水及其他農用之土地。㈢農民團體與合作農場所有直接供農業使用之倉庫、冷凍（藏）庫、農機中心、蠶種製造（繁殖）場、集貨場、檢驗場等用地。耕地：指依區域計畫法劃定為特定農業區、一般農業區、山坡地保育區及森林區之農牧用地。農業使用：指農業用地依法實際供農作、森林、養殖、畜牧、保育及設置相關之農業設施或農舍等使用者。但依規定辦理休耕、休養、停養或有不可抗力等事由，而未實際供農作、森林、養殖、畜牧等使用者，視為作農業使用。．．．。」第37條第1項（土地稅法第39條之2第1項）、第38條之1（99年12月8日增訂公布施行）規定：「作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。」「（第1項）農業用地經依法律變更為非農業用地，不論其為何時變更，經都市計畫主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業主管機關核發該土地作農業使用證明書者，得分別檢具由都市計畫及農業主管機關所出具文件，向主管稽徵機關申請適用第三十七條第一項、第三十八條第一項或第二項規定，不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦：依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者。已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者。（第2項）本條例中華民國七十二年八月三日修正生效前已變更為非農業用地，經直轄市、縣（市）政府視都市計畫實施進度及地區發展趨勢等情況同意者，得依前項規定申請不課徵土地增值稅。」前開第38條之1立法理由載明：「歷年來財政部函釋（台財稅字第850153795、000000000、00000000
00、0000000000號）均以民國72年8月3日後變更為非農用土地方行適用，針對民國72年8月3日前即變更為非農用土地之所有人顯具不公，故此，明訂『不論其何時變更』，此乃財政部建議文字。為明確規範都市計畫變更為非農業區土地，於細部計畫尚未完成前，因無法依變更後之計畫用途使用，於移轉之際亦得適用免徵土地增值稅、遺產稅等相關規定，爰將施行細則第14條之1條文移作本條，以達到法規體系一致性，免其產生不公之象，亦維持法律穩定性與實現公平正義。」第39條規定：「（第1項）依前二條規定申請不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅、田賦者，應檢具農業用地作農業使用證明書，向該管稅捐稽徵機關辦理。（第2項）農業用地作農業使用之認定標準，前項之農業用地作農業使用證明書之申請、核發程序及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關會商有關機關定之。」
２、農業發展條例施行細則第14條之1（94年6月10日修正增訂-土地稅法施行細則第57條之1）規定：「農業用地經依法律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業用地作農業使用證明書者，得適用本條例第三十七條第一項、第三十八條第一項或第二項規定，不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦：依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者。已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者。」
３、農業用地作農業使用認定及核發證明辦法（102年7月23日修正發布前條文）設有如下相關規定。第1條：「本辦法依農業發展條例第三十九條第二項規定訂定之。」第2條（土地稅法施行細則第57條）：「本辦法所稱農業用地之範圍如下：本條例第三條第十一款所稱之耕地。依區域計畫法劃定為各種使用分區內所編定之林業用地、養殖用地、水利用地、生態保護用地、國土保安用地及供農路使用之土地，或上開分區內暫未依法編定用地別之土地。依區域計畫法劃定為特定農業區、一般農業區、山坡地保育區、森林區以外之分區內所編定之農牧用地。依都市計畫法劃定為農業區、保護區內之土地。依國家公園法劃定為國家公園區內按各分區別及使用性質，經國家公園管理處會同有關機關認定合於前三款規定之土地。」第3條：「有下列各款情形之一者，得申請核發農業用地作農業使用證明書：．．．依本條例第三十七條第一項．．．規定申請農業用地移轉不課徵土地增值稅。」第5條：「農業用地有下列情形，且無第六條及第七條所定情形者，認定為作農業使用：農業用地實際作農作、森林、養殖、畜牧、保育使用者；其依規定辦理休耕、休養、停養或有不可抗力等事由而未使用者，亦得認定為作農業使用。農業用地上施設有農業設施，並檢附下列各款文件之一：㈠容許使用同意書及建築執照。但依法免申請建築執照者，免附建築執照。㈡農業設施得為從來使用之證明文件。農業用地上興建有農舍，並檢附農舍之建築執照。」第6條、第7條：「農業設施或農舍有下列各款情形之一者，不得認定為作農業使用：．．．。」「農業用地有下列各款情形之一者，不得認定為作農業使用：．．．。」第8條：「農業用地部分面積有下列情形之一，且不影響供農業使用者，得認定為作農業使用：於土地使用編定前已存在有墳墓，經檢具證明文件者。農業用地存在之土地公廟、有應公廟等，其面積在十平方公尺以下者。於土地使用編定前，政府興建軍事碉堡、輸電鐵塔及自來水蓄水池等設施者。」第9條：「（第1項）依本辦法申請核發農業用地作農業使用證明書時，應填具申請書並檢具下列文件資料，向直轄市或縣（市）政府申請：．．．。（第2項）前項農業用地如屬都市土地者，應另檢附都市計畫土地使用分區證明。（第3項）第一項農業用地如位於國家公園範圍內，應另檢附國家公園管理處出具符合第二條第五款規定之證明文件。」第10條、第11條：「直轄市或縣（市）政府為辦理農業用地作農業使用之認定及證明書核發作業，得組成審查小組，其成員由農業、地政、建設（工務）、環保等單位派員組成之。其業務分工如下：農業單位：業務聯繫與執行及現場是否作農業用途之認定工作。地政單位：非都市土地使用分區、用地編訂類別及土地登記文件謄本之審查及協助第十一條第二項之認定工作。都市計畫單位或國家公園單位：是否符合都市土地分區使用管制規定或國家公園土地分區使用管制規定之認定工作。建設（工務）單位：農舍、建物是否為合法使用之認定。環保單位：農業用地是否遭受污染不適作農業使用之認定。」「（第1項）直轄市或縣（市）政府受理申請案件後，應實地會勘，並就會勘結果填具會勘紀錄表。（第2項）直轄市或縣（市）政府辦理前項會勘時，應通知申請人到場指界及說明，如界址無法確定，應告知申請人向地政機關申請鑑界。（第3項）申請人非土地所有權人時，應通知土地所有權人到場。」第12條、第15條、第16條：「申請案件經審查符合本條例第三條第十二款及本辦法第五條或第八條規定者，受理機關應核發農業用地作農業使用證明書。」「農業用地作農業使用證明書之有效期限為六個月。」「直轄市或縣（市）政府為辦理本辦法規定事項，得將權限之一部分委任或委辦所轄鄉（鎮、市、區）公所辦理，並依法公告。其作業方式由直轄市或縣（市）政府定之。」
（三）再按：
１、土地稅法第39條之2第1項（農業發展條例第37條第1項）規定：「作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。」
２、土地稅法施行細則第57條、第57條之1規定：「本法第三十九條之二第一項所定農業用地，其法律依據及範圍如下：（按條文內容同上農業用地作農業使用認定及核發證明辦法規定）。」「農業用地經依法律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業用地作農業使用證明書者，得適用本法第三十九條之二第一項規定，不課徵土地增值稅：（按條文內容同上農業發展條例施行細則第14條之1規定）。」第58條規定：「（第1項）依本法第三十九條之二第一項申請不課徵土地增值稅者，應依下列規定檢附證明文件，送主管稽徵機關辦理：第五十七條之土地，應檢附直轄市、縣（市）農業主管機關核發之農業用地作農業使用證明文件。前條之土地，應檢附各該法律主管機關核發認定符合前條各款規定之土地使用分區證明書，及直轄市、縣（市）農業主管機關核發之作農業使用證明文件。（第2項）直轄市、縣（市）農業主管機關辦理前項各款所定作農業使用證明文件之核發事項，得委任或委辦區、鄉（鎮、市、區）公所辦理。」
３、內政部94年6月30日台內營字第0940084214號函釋：「有關符合農業發展條例施行細則第2條第2項（按內容為：「前項農業用地經依法律變更編定為非農業用地，在依法應完成之細部計畫尚未完成，無法依變更後之用地使用，經上開法律主管機關認定仍應依原來農業用地使用分區別或用地別管制使用者，得適用本條例第三十七條第一項．．．規定，不課徵土地增值稅．．．」）土地申請作農業使用證明，都市計畫主管機關應如何出具土地使用分區證明文件乙案，前經本部以90年9月7日台90內營字第908535號函釋在案（諒達）。惟上開細則第2條第2項業經行政院農業委員會於94年6月10日修正發布，並調整條次為第14條之1，規定農業用地經依法律變更為非農業用地後，除上開細則第2條第2項原已規定有關依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者，得享有稅捐優惠外，並將其屬已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者，一併納入稅捐優惠範圍。為利執行，都市計畫主管機關依上開細則第14條之1出具土地使用分區證明文件時，仍宜延續既有操作機制，由都市計畫主管機關會同建築管理機關認定該土地符合上開細則第14條之1第1款或第2款規定後，於其土地使用分區證明書內予以註明：『依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用』或『已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用』，以資明確。本部90年9月7日台90內營字第9085315號函釋，自即日起停止適用。」
（四）末按：
１、稅捐稽徵法第1條之1第1項規定：「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」
２、財政部96年3月5日台財稅字第09604706530號函釋：「說明：農業發展條例施行細則第14條之1，所稱農業用地之認定，就土地增值稅不課徵規定之適用而言，應係指72年8月3日修正農業發展條例第27條生效後，符合同條例施行細則規定範疇之農業用地而言。故有關農業主管機關依上開細則規定審核發給農業用地作農業使用證明書時，如係據以申請不課徵土地增值稅用，應以72年8月3日時仍為農業用地，嗣後變更為非農業用地，或於72年8月3日之後，曾變更回復為農業用地再變更為非農業用地之情形，始予以核發農業用地作農業使用證明書，再持憑向稅捐稽徵機關申請不課徵土地增值稅，以符規定，避免產生徵納雙方之爭議。上開意見惠請轉知各地方政府農業主管機關配合辦理。」本函釋嗣於財政部稅制委員會101年12月編印「土地稅法令彙編」時，以「99年增訂農業發展條例第38條之1第2項已另有規定，本函已不合時宜」為由，予以免列。
（五）綜合上開農業發展條例（下稱本條例）、土地稅法等相關法令規定，及司法院解釋與本條例第38條之1增訂立法意旨整體觀察，可知：
１、憲法第19條規定「人民有依法律納稅之義務」，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。惟有關租稅事項，法律亦得以具體明確之規定，授權主管機關以命令為必要之規範；主管機關基於法定職權，為執行有關稅法之規定，也得本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌租稅經濟上之功能及實現課稅之公平原則，就有關課稅之技術性及細節性事項為必要之釋示。申言之，適用課人民以繳納租稅之法律時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不能任意割裂適用；法院審查主管機關基於法律授權或法定職權發布之命令是否符合租稅法律規範之意旨時，亦不應拘泥於法條所用之文字，而應以法律本身之立法目的及其整體規定之關連意義，並衡酌租稅經濟上之功能及實現課稅之公平原則為綜合判斷。
２、本條例89年1月26日修正公布施行時，於第37條第1項規定「作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅」；土地稅法第39條之2第1項亦於同日配合修正公布施行。而本條例施行細則並依據本條例第76條之授權，於同年6月7日修正發布第2條第2項規定「前項農業用地經依法律變更編定為非農業用地，在依法應完成之細部計畫尚未完成，無法依變更後之用地使用，經上開法律主管機關認定仍應依原來農業用地使用分區別或用地別管制使用者，得適用本條例第37條第1項．．．規定，不課徵土地增值稅．．．」；土地稅法施行細則第57條第2項亦於89年9月20日配合為相同之規定。嗣於94年6月10日修正發布本條例施行細則，除將上開原第2條第2項調整增訂條次為第14條之1，規定農業用地經依法律變更為非農業用地後，上開原細則第2條第2項已規定有關「依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者」，得享有不課徵土地增值稅之稅捐優惠外，並將其屬「已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者」，一併納入不課徵土地增值稅的稅捐優惠範圍；土地稅法施行細則旋於94年12月16日配合增訂發布第57條之1而為相同內容之規定。準此可知，前開修正前本條例施行細則第2條第2項（土地稅法施行細則第57條第2項）及修正增訂後本條例施行細則第14條之1（土地稅法施行細則第57條之1），並未限制僅於72年8月3日後變更為非農用之土地始有該不課徵土地增值稅之適用。惟財政部自85年迄93年間相關函釋，均以「72年8月3日『後』」變更為非農用土地方行適用，對於「72年8月3日『前』」即變更為非農用土地之所有人顯具不公；為明確規範都市計畫變更為非農業區土地，在細部計畫尚未完成前，因無法依變更後之計畫用途使用，於移轉之際亦得適用免徵土地增值稅（及遺產稅）等相關規定，乃將上列本條例施行細則第14條之1條文，於99年12月8日修正增訂移作本條例第38條之1，以達到法規體系一致性，免其產生不公之象暨維持法律穩定性與實現公平正義；並明訂「不論其何時變更」（財政部建議之文字），均有適用。是綜合前揭本條例、土地稅法「作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅」之立法目的及其相關施行細則整體規定之關連意義，並衡酌租稅經濟上之功能、法規體系之一致性及課稅的公平原則，上開94年6月10日修正增訂發布本條例施行細則第14條之1、94年12月16日修正增訂發布土地稅法施行細則第57條之1規定，亦應與99年12月8日增訂公布本條例第38條之1規定作相同之解釋-即「農業用地經依法律變更為非農業用地，『不論其為何時變更』」，如符合該條第1款、第2款規定情形之一者，均得適用本條例第37條第1項（土地稅法第39條之2第1項）規定，不課徵土地增值稅，倘屬72年8月3日本條例修正生效前已變更為非農業用地，並有本條例第38條之1第2項規定之適用，始符法旨。
３、依本條例第37條第1項（土地稅法第39條之2第1項）申請不課徵土地增值稅，其屬本條例施行細則第2條（土地稅法施行細則第57條）之農業用地，應檢附直轄市、縣（市）「農業主管機關」核發之農業用地作農業使用證明文件；屬本條例第38條之1（本條例施行細則第14條之1、土地稅法施行細則第57條之1）土地者，應檢附「各該法律主管機關」核發認定符合該各款規定之「土地使用分區證明書」，及直轄市、縣（市）「農業主管機關」核發之「作農業使用」證明文件，送主管稽徵機關辦理。直轄市、縣（市）農業主管機關辦理上開所定作農業使用證明文件之核發事項，並得委任或委辦區、鄉（鎮、市、區）公所辦理。
４、農業用地作農業使用認定及核發證明辦法（102年7月23日修正發布前條文-即本件行為時法）係依據本條例第39條第2項授權訂定發布施行，分就農業用地之範圍、「得申請核發農業用地作農業使用證明書」與「『認定為作農業使用』或『不得認定為作農業使用』」之情形、申請核發農業用地使用證明書應檢具之文件資料、直轄市或縣（市）政府辦理農業用地作農業使用之認定及證明書核發作業審查小組（由農業、地政、建設、環保等單位派員組成）業務分工（其中農業單位部分為：「業務聯繫與執行及現場是否作農業用途之認定工作」；都市計畫單位或國家公園單位分工之業務為：「是否符合都市土地分區使用管制規定或國家公園土地分區使用管制規定之認定工作」），如申請案件經審查符合規定者，受理機關即應核發「農業用地作農業使用證明書」及「土地使用分區證明書」予申請人，憑以在「農業用地作農業使用證明書」有效期限內（6個月）完成不課徵土地增值稅之申請及土地移轉登記手續（財政部90年5月8日台財稅字第0900452812號函參照）；直轄市或縣（市）政府為辦理上開事項，並得將權限之一部分委任或委辦所轄鄉（鎮、市、區）公所辦理。前揭內政部94年6月30日台內營字第0940084214號（財政部94年7月11日台財稅字第09400319850號）函釋「都市計畫主管機關依上開細則（按即本條例施行細則）第14條之1出具土地使用分區證明文件時，由都市計畫主管機關會同建築管理機關認定該土地符合上開細則第14條之1第1款或第2款規定後，於其土地使用分區證明書內予以註明：『依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用』或『已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用』」意旨，與法無違，得予援用。
（六）本件前揭事實欄所載之事實，為原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果所認定。原審因適用本條例第3條第10款、第11款、第12款及第37條第1項、第39條；「農業用地作農業使用認定及核發辦法」第2條暨財政部96年3月5日台財稅字第09604706530號函釋意旨，以「本條例所規定作農業使用之農業用地移轉於自然人不課徵土地增值稅（現行法為37條），係於72年8月1日公布（當時為27條），同年8月3日施行（生效日），亦即72年8月3日前，尚無前開不課徵土地增值稅之賦稅優惠，是於72年8月3日前縱然有土地符合現行農業發展條例第14條之1規定，亦無前開賦稅優惠規定之適用，而得申請免課土地增值稅，是系爭土地縱然於45年11月1日劃入臺中市都市計畫土地前，其地目為田，而可認為係農業用地，嗣45年11月1日畫入臺中市都市計畫土地變更為非農業用地，亦無前開賦稅優惠規定之適用（除非系爭土地於72年8月3日後曾變更回復為農業用地再變更為非農業用地），因此系爭土地得否適用前開賦稅優惠規定之時點應以72年8月3日該規定生效時為基準點，即72年8月3日時系爭土地為農業用地，嗣後變更為非農業用地，或72年8月3日後，曾變更回復為農業用再變更為非農業用地」等語為其論據，遂將訴願決定及原處分皆予維持，駁回上訴人之訴，固非無見。惟查：
１、原審援引上開財政部96年3月5日台財稅字第09604706530號函釋據為前揭判決心證之立論基礎，然該函釋業經財政部稅制委員會101年12月編印「土地稅法令彙編」時，以「99年增訂農業發展條例第38條之1第2項已另有規定，本函已不合時宜」為由，予以免列，該免列理由有利於納稅義務人，依稅捐稽徵法第1條之1第1項規定「對於尚未核課確定之案件適用之」；原審予以援引適用，已嫌欠洽。
２、綜合前揭本條例、土地稅法「作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅」之立法目的及其相關施行細則整體規定之關連意義，並衡酌租稅經濟上之功能、法規體系之一致性及課稅的公平原則，上開94年6月10日修正增訂發布本條例施行細則第14條之1、94年12月16日修正增訂發布土地稅法施行細則第57條之1規定，亦應與99年12月8日增訂公布本條例第38條之1規定作相同之解釋-即「農業用地經依法律變更為非農業用地，『不論其為何時變更』」，如符合該條第1款、第2款規定情形之一者，均得適用本條例第37條第1項（土地稅法第39條之2第1項）規定，不課徵土地增值稅，倘屬72年8月3日本條例修正生效前，已變更為非農業用地，並有本條例第38條之1第2項規定之適用，始符法旨，均如上述。原審採據上列財政部函釋「有關農業主管機關依上開細則規定審核發給農業用地作農業使用證明書時，如係據以申請不課徵土地增值稅用，應以72年8月3日時仍為農業用地，嗣後變更為非農業用地，或於72年8月3日之後，曾變更回復為農業用地再變更為非農業用地之情形，始予以核發農業用地作農業使用證明書，再持憑向稅捐稽徵機關申請不課徵土地增值稅」云云，為判斷系爭土地是否適用前揭不課徵土地增值稅規定之依據，其適用法令亦有未合。
３、系爭土地自45年11月1日迄80年9月1日期間屬臺中市都市計畫管轄範圍內土地，於80年9月1日後屬大里市都市計畫（改制前）管轄範圍內土地，為原審認定之事實。改制前臺中縣政府95年5月23日府建城字第0950129912號函亦載明：「主旨：．．．大里市○○○段75-4等5筆地號土地增值稅．．．乙案。說明：旨揭申請位置坐落『大里都市計畫』內，係辦理『變更大里都市計畫（第二次通盤檢討）案時由『○設○區○○○○○道路、河川區、住宅區、公兒用地』等，於80年8月24日發布實施，其都市計畫之附帶條件應以市地重劃方式開發，且旱溪河川用地變更部分，等旱溪整治計畫完成後始可實施，目前尚未依都市計畫附帶條件規定辦理」等語（原審卷第298頁）；另卷附被上訴人於原審提出之行政院農業委員會99年4月13日農企字第0990123064號函（受文者為改制前臺中縣政府）載稱：「主旨：有關．．．大里市○○○段75-4等5筆地號5筆土地，是否屬農業發展條例施行細則第14條之1所定『農業用地』經依法律變更為非農業用地疑義案。說明：查農業發展條例施行細則第14條之1明定：『農業用地經法律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各款情形之一．．．』所稱『農業用地』係指『依法律變更為非農業用地』前，依當時之法律規定為農業用地者而言。又依案附資料，旨揭土地於45年臺中市都市計畫劃定為住宅區前，屬『田』地目土地，依據當時土地法規之規定，係屬直接供生產之農地應無疑義。本案因涉及前開臺中市都市計畫及貴轄大里市都市計畫之銜接，宜請查明，其間之都市計畫如有將該土地劃為農業區或保護區，則旨揭條文所稱『農業用地』應以該農業區或保護區認定之；否則即應依前開45年臺中市都市計畫前之土地認定之」等語（原審卷第271頁）。揆諸上述規定及說明，前揭行政院農業委員會99年4月13日農企字第0990123064號函所載，符合本條例規定意旨，原審自應就系爭土地於45年臺中市都市計畫劃定為住宅區前，是否確為『田』地目、而屬依據當時土地法規定之直接供生產用的農地及有無本條例第38條之1第2項之適用乙節，予以調查審認，俾憑判斷被上訴人系爭處分有無合法。惟原判決持前揭理由，摒棄不採，致系爭土地是否符合上舉本條例等相關法令不予課徵土地增值稅之規定，尚有未明，同嫌疏失。
（七）綜上所述，原審判決核有違誤，上訴意旨執以指摘，求予廢棄，為有理由。因本件尚有前揭所述事實未明，本院無從自為判決，爰將原判決廢棄，由原審重為審理後，另為適法之判決，以符法制，並昭折服。
七、據上論結，本件上訴為有理由，依行政訴訟法第256條第1項、第260條第1項，判決如主文。
中華民國102年12月31日
最高行政法院第三庭
審判長法官藍獻林
法官廖宏明法官林文舟法官林玫君法官胡國棟以上正本證明與原本無異中華民國102年12月31日
書記官莊俊亨