裁判字號：臺北高等行政法院97年訴字第1201號判決
裁判日期：民國97年12月11日
裁判案由：營利事業所得稅
臺北高等行政法院判決
97年度訴字第1201號原告達建工業股份有限公司代表人甲○○訴訟代理人 詹誠一 會計師被告財政部臺灣省北區國稅局代表人 陳文宗 （局長）住同上訴訟代理人乙○○兼送達代收
丙○○上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國97年3月13日台財訴字第09600520960號訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如下：
主文訴願決定及原處分，均撤銷。
被告對於原告請求退還其91年度溢繳營利事業所得稅新台幣貳佰零參萬零拾伍（2,030,015）元事件，應依本判決之法律見解另為處分。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔二分之一，餘由原告負擔。
事實
一、事實概要：緣原告民國（下同）91年度營利事業所得稅結算申報，列報課稅所得額新臺幣（下同）9,708,859元，經被告核定16,451,010元應補稅額2,030,015元，原告已於94年1月14日繳納確定。嗣原告於95年9月6日主張變更選擇83至90年度投資抵減年序，及重新計算83至90年度之投資抵減留抵餘額，申請退還已繳納之稅款2,030,015元，經被告以96年3月15日北區審一字第0960000687號函（下稱系爭處分）復，以原告前第4個年度（87年度）已無未抵減稅額可供抵減，而否准所請。原告不服，提起訴願亦遭決定駁回，遂向本院提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：㈠原告聲明求為判決：
⒈原處分及訴願決定均撤銷。
⒉請求被告應退還原告91年度溢繳營利事業所得稅新台幣2,030,015元。
⒊訴訟費用由被告負擔。
㈡被告聲明求為判決：
⒈請求判決駁回原告之訴。
⒉訴訟費用由原告負擔。
三、兩造之爭點：被告依行為時促進產業升級條例第6條第1項前段及第3項、財政部88年9月23日台財稅字第881945800號函及93年2月6日台財稅字第0930450740號令釋，否准原告申請變更選擇83至90年度投資抵減年序及重新計算83至90年度之投資抵減留抵餘額，退還已繳納之稅款2,030,015元，是否適法？㈠原告主張之理由：
⒈按投資抵減稅額之抵減年序順序之選擇，應由原告自行選擇始符合促進產業升級條例之立法目的。
⑴查財政部於88年9月23日台財稅第000000000號函釋，「
二、依促進產業升級條例第六條規定，公司於辦理當年度營利事業所得稅結算申報申請適用投資抵減時，應先就該年度內發生之投資抵減稅額，在不超過當年度應納營利事業所得稅額百分之五十限度內抵減之；當年度抵減金額未達應納營利事業所得稅額百分之五十者，可就以前四個年度內之未抵減餘額抵減之，不受抵減年序限制，其用前第四個年度之未抵減餘額抵減者，不受當年度應納營利事業所得稅額百分之五十之限制；其用前三個年度內之未抵減餘額抵減者，應與當年度抵減金額合併計算，不得超過當年度應納營利事業所得稅額之百分之五十。至公司當年度抵減金額已達應納營利事業所得稅額之百分之五十者，仍可就前第4個年度之未抵減餘額抵減之，不受當年度應納營利事業所得稅額百分之五十之限制。．．．四、本函發布日前未核課確定之案件，有其適用。」，此乃增列公司應先就當年度發生之投資抵減稅額抵減應納稅額後，始能就前四個年度之未抵減餘額抵減之，顯然增加法律所無之抵減年序之限制甚明。
⑵次查參酌促進產業升級條例第6條第1項於92年2月6日修
正時之立法理由：「依據財政部88年9月23日台財稅字第881945800號函解釋：『．．．．。』上述解釋函令造成已屆最後抵減年度之投資抵減餘額有可能無法使用而失權，致使促進產業升級條例鼓勵企業投資之美意大打折扣。爰修正促進產業升級條例第六條相關規定之文字，明訂公司適用投資抵減優惠時，得自當年度起五年內抵減各年度應納營利事業所得額，俾使公司投資抵減額不受抵減年序之限制」，可知上開財政部之解釋函確有違背促進產業升級條例立法目的之情形。
⒉另按最高行政法院94年判字第1488號判決（詳附件六）及
第1278號（詳附件七），如第1488號判決，其理由4以『查行為時促進產業升級條例第6條第1項既規定公司「得」以其法定用途項目之支出（投資）金額，在一定限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之。並未限定營利事業當年度發生之投資抵減稅額應先行抵減當年度應納稅額，如有餘額者，方得於以後年度抵減之。亦即公司有選擇是否以當年度發生之投資抵減稅額先行抵減當年度應納營利事業所得稅額之權利，如其選擇以發生於當年度之可抵稅額先行抵減，而當年度不足抵減時，得在以後四年度內繼續抵減稅額，固無疑義；如其未選擇發生於當年度之投資抵減稅額抵減當年度應納營利事業所得稅，則該發生於當年度之投資抵減稅額亦屬未於當年度抵減完畢，仍得在以後四年度內申請抵減。此為依據上開條文之文義所應有之解釋。且本此文義解釋，於可供抵稅之五年抵減期間，新發生可供抵稅之金額，該舊餘額與新增抵稅金額何者得優先抵減稅額，該公司亦有選擇權。上訴意旨仍執詞主張行為時促進產業升級條例第6條，依其文義係指應先就當年度內發生之投資抵減稅額抵減當年度之應納稅額，尚有餘額，再就以前四個年度內之未抵減餘額抵減之，乃限制公司選擇不以當年度發生之投資抵減稅額先行抵減當年度應納營利事業所得稅額之權利，以致將「得於當年度抵減」曲解為「應於當年度抵減」，自難謂符合前揭促進產業升級條例第6條第1項條文之真諦。原判決並無違誤。上訴意旨，求予廢棄，難認有理由，應予駁回。』。最高行政法院94年判字第1278號判決理由6，亦為相同之見解，足見投資抵減稅額之抵減年序順序之選擇為原告始為適法。
⒊原告83年度起至90年度止申請及申報之投資抵減金額及已抵減金額之計算詳如下述：
⑴原告83年至85年度之投資抵減稅額為歷年度已抵減金額
所抵減完畢，故餘額均為零，詳如附件八之附表1至附表8（由附表五、六、七、八計算所得之結論）。
⑵由原告83年至89年度之營利事業所得稅(包括未分配盈
餘加徵10%)核定通知書查知，有關投資抵減稅額之核定，除88年度投資抵減稅額核定減少1,156,527元(包括建立國際品牌形象為474,308元及研究與發展支出為682,219元)外，另有88年度營利事業所得稅第一次核定補稅253,800元，亦同額抵減投資抵減稅額253,800元，及89年度自行發現87年度一筆自動化機器設備投資抵減因抵減率計算錯誤少計入15,904元自行調整等，餘均如申報數核定在案，另有90年度之申報抵減86年度自動化機器設備投資抵減稅額1,118,724元後本項目之抵減金額為-10,726元，自行調整10,726元改為抵減86年度之國際品牌形象投資抵減稅額，故經上述核定及自行調整後之86年度至90年度之各年度投資抵減明細表，重新計算詳如附件8之附表9。
⑶及至92年1月及5月原告自動補報補繳87年及88年度之營
利事業所得稅各為3,202,264元及1,625,689元，亦同額抵減投資抵減稅額之金額，因補報時未附具投資抵減明細表，致需重新計算此投資抵減稅額明細表，87年3,202,264元計抵減國際品牌形象87年1,250,737元及88年1,119,579元及87年研究與發展支出831,948元，88年1,625,689元計抵減自動化機器設備1,525,678元及86年研究與發展支出100,011元，詳如附件8之附表10，故自92年5月止之投資抵減稅額尚餘有86年至90年度金額計6,576,211為元。
⑷又至93年3月被告核定原告87年及88年度未分配盈餘加
徵10%「營利事業所得稅」補稅各為2,048,661元及1,137,982元，被告未將原告之投資抵減稅額之餘數抵減，經原告再提出抵減各1,024,330元及568,991元，計87年度1,024,330元係抵減國際品牌形象之87年9,088元及86年291,277元暨研究與發展支出86年723,965元，另88年度568,991元係抵減國際品牌形象支出88年568,991元，抵減後之投資抵減稅額明細表詳如附件8之附表11，即尚餘有87年度投資抵減2,057,176元及90年度2,925,714元，共計4,982,890元。
⑸由上述之抵減順序，經重新計算彙整之投資抵減稅額明細表之總表，詳如附件8之附表12第1~5頁。
⑹以上均為歷年查核原告之承辦員（包括91年度原審查人
員及87、88年度提起行政救濟時之法務單位人員暨本案更正時之承辦員多人）所知悉且詳予查核計算過，並無錯誤之處；而被告以96年3月5日北區國稅審一字第0960000685號書函通知(詳附件九)，88年度未分配盈餘加徵10%「營利事業所得稅」之投資抵減已核定抵減無誤，而告確定未再抵減投資抵減稅額。87年度未分配盈餘加徵10%「營利事業所得稅」之投資抵減稅額，經被告再次核定核准抵減稅額1,024,330元，而核定退稅，此抵減稅額應如上述理由三、4所述「計87年度1,024,330元係抵減國際品牌形象之87年9,088元及86年291,277元暨研究與發展支出86年723,965元」，從而原告如上述理由三、4所述尚餘有87年度投資抵減2,057,176元，可資抵減以後年度之稅額，即本案之91年度營利事業所得稅補稅金額2,030,015元。
⒋另查，被告於96年3月15日北區國稅審一字第
0960000687號書函(詳附件一)，以87年度已無未抵減之投資抵減稅額可供抵減91年度營利事業所得稅為由否准原告之申請，無非是投資抵減稅額之抵減年序順序之選擇所產生之問題，即被告在再次核定87年度未分配盈餘加徵10%「營利事業所得稅」之投資抵減稅額核准抵減稅額1,024,330元時之計算，未依原告自行選擇如理由三所述之抵減年序之順序，而致認定本案之87年度已無未抵減之投資抵減稅額可供抵減91年度營利事業所得稅，但就理由三之計算原告係尚餘87年度投資抵減稅額。
⒌原告所享有系爭之投資抵減稅額之抵減年序順序及金額，
及至於95年9月6日提出更正辦理退稅，包括91年度營利事業所得稅及87年度、88年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅時，仍為被告審理中，原告係將87、88年度未分配盈餘加徵10%「營利事業所得稅」及91年度營利事業所得稅之補稅之抵減投資抵減稅額，乃併案向被告提起更正，詳原起訴狀附件五。
⒍唯被告於審理前開更正申請書時，將1案分為3案，由3位不同承辦員處理，該3案之處理情形如下：
⑴88年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅補稅之抵減
投資抵減稅額，原案已有抵減，被告未再准予抵減而確定。
⑵87年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅補稅之抵減
投資抵減稅額，於96年2月6日更正核定通知書(詳附件一)，經核准抵減新台幣1,024,330元，唯被告並未將該年度之核准適用之投資抵減稅額明細表寄送給原告，原告乃以為被告係依原告計算之投資抵減年序順序，抵減87年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅補稅。
⑶91年度營利事業所得稅之補稅之抵減投資抵減稅額案，
乃被告以96年3月15日北區國稅審一字第0960000687號函，詳起訴狀附件一，內容以「貴公司申請增列91年度投資抵減稅額並退還該年度營利事業所得稅乙案，經查貴公司前第4年度(87年度)已無未抵減稅額可供抵減，請查照。」，此乃本案之緣起。
⒎如前所述，當被告將前開3年度之申請書，1案分為3案處
理，及於核定87年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅補稅之「核准適用之投資抵減稅額明細表」，未一併寄送予原告之情形下，原告雖未就未寄送之「核准適用之投資抵減稅額明細表」所核定之投資抵減稅額及年序，提起救濟程序；然該明細表既未送達予原告，仍屬未確定之核定，從而原告僅就被告對本案前開之回函逕予提起訴願，應為大院一併審理，始免於為此投資抵減年序適用年度及金額，一再累訟。
⒏綜上所述，原告投資抵減稅額之抵減年序順序之選擇，應
由原告自行選擇始符合促進產業升級條例之立法目的，原告91年度營利事業所得稅應可再抵減87年度未抵減之投資抵減稅額2,057,176元，敬請惠予採納，並撤銷原決定及原處分。
㈡被告主張之理由：
⒈按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金
額5%至20%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後4年度內抵減之……前二項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」為行為時促進產業升級條例第6條第1項前段及第3項所明定。次按「依促進產業升級條例第6條規定，公司於辦理當年度營利事業所得稅結算申報申請適用投資抵減時，應先就該年度內發生之投資抵減稅額，在不超過當年度應納營利事業所得稅額50%限度內抵減之；當年度抵減金額未達應納營利事業所得稅額50%者，可就以前4個年度內之未抵減餘額抵減之，不受抵減年序限制，其用前第4個年度之未抵減餘額抵減者，不受當年度應納營利事業所得稅額50%之限制；其用前3個年度內之未抵減餘額抵減者，應與當年度抵減金額合併計算，不得超過當年度應納營利事業所得稅額之50%。至公司當年度抵減金額已達應納營利事業所得稅額之50%者，仍可就前第4個年度之未抵減餘額抵減之，不受當年度應納營利事業所得稅額50%之限制。」「92年2月6日修正公布促進產業升級條例第6條至第8條有關自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額或綜合所得稅額之規定，自92年度營利事業所得稅結算申報或綜合所得稅結算申報開始適用。」分別為財政部88年9月23日台財稅字第881945800號函及93年2月6日台財稅字第0930450740號令所明釋。⒉原告91年度營利事業所得稅結算申報案，經被告機關核定
應納稅額為4,102,752元，核定依促進產業升級條例等相關法律規定本年度准予抵減稅額（以下簡稱本年度准予抵減稅額）2,051,376元，應補稅額2,030,015元。原告已於94年1月14日繳納確定。嗣原告於95年9月6日具文主張其87年度營事業所得稅案已告確定，申請變更選擇83至90年度投資抵減年序及重新計算83至90年度之投資抵減留抵餘額，並退還已繳納之?款2,030,015元。經查原告87年度核准新增可抵減稅額為4,182,346元，同年度營利事業所得稅案核定應納稅額9,218,504元，本年度准予抵減稅額為4,609,252元，依前揭法令規定，應先就該年度發生之投資抵減稅額4,182,346元抵減，不足426,906元，可就以前4個年度內之未抵減餘額抵減，故87年度留抵餘額為0元，被告機關以96年3月15日北區審一字第0960000687號函復原告前第4個年度（87年度）已無未抵減稅額可供抵減，否准其所請。
⒊原告仍表不服，以87年度及88年度未分配盈餘加徵10%營
利事業所得稅行政訴訟案（94年度訴字第02653及02655號），已由臺北高等行政法院判決，因未再提上訴而告確定，87年度之投資抵減稅額可留抵金額亦應已確定，並援引最高行政法院94年判字第1278號及第1488號判決之見解，認為投資抵減稅額抵減年序之選擇應由原告自行選擇始為適法，申請變更選擇83至90年度投資抵減年序及重新計算83至90年度之投資抵減留抵餘額，主張其91年度營利事業所得稅結算申報案，應可再抵減變更後87年度餘有尚未抵減之投資抵減稅額2,057,176元云云。
⒋本件原告87年度營利事業所得稅結算申報案經核定應納稅
額9,218,504元，本年度准予抵減稅額4,609,252元，此為原告所不爭，被告機關依首揭法令及函釋規定，就87年度發生之投資抵減稅額4,182,346元優先抵減，不足426,906元則以86年度投資抵減留抵餘額抵減，故87年度發生之投資抵減稅額4,182,346元已於當年度抵完。91年度營利事業所得稅核定應納稅額為4,102,752元，因其適用投資抵減之最後年度（即87年度）留抵餘額為0元，故核定本年度准予抵減稅額為2,051,376元（即應納稅額50﹪）並無不合。又87及88年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅案件分別屬88年度及89年度，與87年度營利事業所得稅結算及訴願決定申報案投資抵減留抵稅額無涉，原告主張核無足採，原處分並無不合。至援引最高行政法院94年判字第1278號及第1488號判決乙節，係屬個案，並無拘束本案之效力，併此敘明。
⒌經查原告86、87年度申報資料，僅就本期已抵減稅額總額
減除，稅捐機關核定均以行為時促產條例第6條，就當年新增投資抵減數予以減除，不足再以前4年度留減餘額數抵減。
⒍原告90年度申報可抵減稅額2,237,448元，經查已自行先
就90年度新增之投資抵減稅額減除，不足數再以86年度（最後年度）減除，顯見原告係認同並依行為時法令規定辦理，該案業已確定，原告主張重行變更抵年序重行計算抵減稅額，並無可採。
⒎原告因87年度違章補稅案申請更正時，提出87年尚有研發
投抵81,445元，國際形象投抵628,275元，亦與主張87年度餘尚未抵減投資額2,057,176元不符，所訴顯無理由。
理由
一、按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額5%至20%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後4年度內抵減之：．．．」「前2項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」為行為時促進產業升級條例第6條第1項、第3項所明定。次按「納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日5年內提出具體證明，申請退還；逾期未申請者，不得再行申請。」復為稅捐稽徵法第28條所明定。
二、查原告91年度營利事業所得稅結算申報，列報課稅所得額9,708,859元，經被告核定16,451,010元應補稅額2,030,015元，原告已於94年1月14日繳納確定。嗣原告於95年9月6日主張變更選擇83至90年度投資抵減年序，及重新計算83至90年度之投資抵減留抵餘額，申請退還已繳納之稅款2,030,015元，經被告以系爭處分函復，以原告前第4個年度（87年度）已無未抵減稅額可供抵減，而否准所請。原告不服，提起訴願亦遭決定駁回，遂向本院提起本件行政訴訟之事實，有原告87至91年度營利事業所得稅結算申報更正核定通知書、原告91年度營利事業所得稅結算申報核定通知書、系爭處分及訴願書等，各附原處分卷足稽。兩造主張之事實、理由及陳述，有如上述整理，雙方主要爭執在：被告依行為時促進產業升級條例第6條第1項前段及第3項、財政部88年9月23日台財稅字第881945800號函及93年2月6日台財稅字第0930450740號令釋，否准原告申請變更選擇83至90年度投資抵減年序及重新計算83至90年度之投資抵減留抵餘額，退還已繳納之稅款2,030,015元，是否適法？
三、經查：㈠按上開促進產業升級條例第6條第1項、第3項既明定公司「
得」在法定用途項下支出金額5%至20%限度內，「抵減」當年度應納營利事業所得稅稅額，而此所謂公司得抵減之權利，公司到底有無選擇「抵減年序」之權利，或應否以當年度發生之「投資抵減稅額」先行抵減「當年度」應納之營利事業所得稅？對此，被告主張依行為時促進產業升級條例第6條之規定，原告應先行就當年度內發生之「投資抵減稅額」，抵減當年度之應納稅額，尚有餘額，再就以前4個年度內之未抵減餘額抵減之等語，顯然採取限制公司選擇「不以當年度發生之投資抵減稅額，先行抵減當年度應納營利事業所得稅額之權利」之立論，以致將上開促進產業升級條例第6條第1項「得於當年度抵減」之明文規定，更解為「應於當年度抵減」之誤解法令情形，難謂符合前揭促進產業升級條例第6條第1項條文之規定。
㈡況參照最高行政法院96年度判字第939號判決、97年度判字
第55號判決及97年度判字第939號判決意旨，均一致認為促進產業升級條例第6條第1項係規定公司「得」以其法定用途項目之支出（投資）金額，在一定限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，當年度不足抵減時，得在以後4年度內抵減之。並未限定營利事業「當年度」發生之投資抵減稅額，「應先行抵減」當年度應納稅額，如有餘額者，方得於以後年度抵減之。亦即公司有選擇是否以當年度發生之投資抵減稅額先行抵減當年度應納營利事業所得稅額之權利，如其選擇以發生於當年度之可抵稅額先行抵減，而當年度不足抵減時，得在以後4年度內繼續抵減稅額；如其未選擇發生於當年度之投資抵減稅額抵減當年度應納營利事業所得稅，則該發生於當年度之投資抵減稅額亦屬未於當年度抵減完畢，仍得在以後4年度內申請抵減。此為依據上開條文之文義所應有之解釋。且本此文義解釋，於可供抵稅之5年抵減期間，新發生可供抵稅之金額，該舊餘額與新增抵稅金額何者得優先抵減稅額，該公司亦有選擇權，此有該等判決附本院卷足考，益見被告將上開促進產業升級條例第6條第1項「得於當年度抵減」之明文規定，更解為「應於當年度抵減」之適用法規錯誤情形，業經最高行政法院上開諸判決（含再審判決）指正未符合前揭促進產業升級條例第6條第1項條文之規定明確在案。
㈢次查，被告固主張財政部88年9月23日台財稅字第
881945800號函（下稱系爭函釋）明釋：「依促進產業升級條例第6條規定，公司於辦理當年度營利事業所得稅結算申報申請適用投資抵減時，應先就該年度內發生之投資抵減稅額，在不超過當年度應納營利事業所得稅額50%限度內抵減之．．．」該段文義明釋公司應先就該年度內發生之投資抵減稅額等語。然查，參酌促進產業升級條例第6條第1項於92年2月6日修正時之立法理由：「依據財政部88年9月23日台財稅第000000000號函解釋：『．．．．。』上述解釋函令造成已屆最後抵減年度之投資抵減餘額有可能無法使用而失權，致使促進產業升級條例鼓勵企業投資之美意大打折扣。
爰修正促進產業升級條例第6條相關規定之文字，明訂公司適用投資抵減優惠時，得自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得額，俾使公司投資抵減額不受抵減年序之限制」業經最高行政法院97年度判字第936號判決理由㈡「關於投資抵減部分」⒋所載明，可知系爭函釋確有違背促進產業升級條例立法目的之情形，自難加以適用，被告卻仍予以援引，難謂無適用法令錯誤情形。
㈣再查，原告91年度營利事業所得稅結算申報，經被告核定
課稅所得額為16,451,010元，應補稅額2,030,015元（下稱系爭稅款），原告已於94年1月14日繳納確定，有其核定稅額繳款書附本院卷第41頁足稽，復為兩造所不爭執，自堪信原告業已繳納系爭稅款。惟原告認為依附表1所示其87年度當年度尚未抵減之稅額餘額尚有至少2,057,176元可供抵減，依上揭促進產業升級條例第6條第1項規定，仍屬5年內可抵減年限範圍，因而主張以之抵減被告所核定其91年度營利事業所得稅應補稅額2,030,015元（即系爭稅款），因而其所繳納之上開系爭稅款屬溢繳，即應予以發還等語；被告則以原告87年度當年度可供抵減之稅額為4,182,346元，因當年度營利事業所得稅核定應納稅額為9,218,504元，依財政部88年9月23日台財稅第000000000號函釋（下稱系爭函釋），予以全數抵減，並無餘額可供抵減，而否准原告之請求置辯。然查：
⒈關於原告87年度投資抵減尚未抵減之爭議，曾經原告於前
案87、88年度未分配盈餘事件中爭執，經本院94年度訴字第2653號及2655號判決理由分別載明「俟本案確定後，得由原告申請或被告依職權更正程序查明辦理」及「應俟本件確定後另案查明辦理」在案，有該等判決書附本院卷第
46、50頁足按。原告係於該等前案確定後提起本件關於87年度投資抵減尚未抵減之更正申請，自無逾限起訴及違反前案既判力效力之問題，應予敘明。
⒉查原告87年度投資抵減可供抵減之稅額之爭議既尚未確定
，則原告於其87、88年度未分配盈餘之爭訟確定後始提起本件，被告自應依上揭促進產業升級條例第6條之規定妥適核算其87年度實際上可供抵減之投資抵減稅額為多寡，始為正確，並不能繼續援引業經修正促進產業升級條例第6條規定立法理由明指為違背促進產業升級條例第6條規定之系爭函釋，不予原告選擇可供抵減之年序，被告此項法律見解容有錯誤，前已言之，其據而否准原告本件之申請，自有未洽。
⒊又，被告核定原告87年度營利事業所得稅應納稅額為
9,218,504元，而原告主張其以86年度（270,362元及1,119,579元）、84年度（1,614,885元）、83年度（772,478元）及87年度（1,951,527元）可供抵減之稅額抵減，合計可抵減數額為4,609,252元（270,362＋1,119,579＋1,614,885＋1,951,527＝4,609,252）如附表1所示，其餘不足抵減部分，原告業已於92年1月7日自動繳納1,951,527元完畢在案；另於申報87年度營利事業所得稅時已自動報繳所申報之應納稅款5,315,450元，其中減除暫繳及扣繳稅額為182,950元，自繳稅額2,474,775元（詳如附表2說明），復有原告該自動補報繳款書兩紙影本附卷足稽，固堪認原告87年度營利事業所得稅經被告核定應納稅額9,218,504元業已繳清之事實。
惟原告主張其87年度投資抵減稅額仍有餘額至少有2,057,176元，足以抵減其91年度營利事業所得稅應補稅額2,030,015元，然原告所舉之數據因牽動87年度以外之其他年度可供抵減稅額之數據，則其所列附表2所涉之其他年度之數據是否無誤，實有待被告進一步查核。
⒋小結：被告援引不合宜之系爭函釋核算原告投資抵減之年
序，置促進產業升級條例賦予原告選擇抵減年序之權利於不顧，對於原告87年度營利事業所得稅應納稅額9,218,504元，逕先以原告該年度投資抵減可供抵減之稅額全部4,182,346元抵減該應納稅額之半數，以致形成原告87年度投資抵減可供抵減之餘額為零元，與法容有未合。原告因而申請以其87年度投資抵減可供抵減之餘額2,057,176元，抵減其91年度營利事業所得稅應補稅額2,030,015元，核與上開促進產業升級條例第6條規定並無不合，被告本應以實體核算原告主張之數據是否正確無誤，以明是否有溢繳情形，而決定是否退稅。其未為此計，卻逕以適用不合宜之函釋解釋否准原告之申請，自有違誤。惟原告所提之附表2所臚列之數據是否正確，涉及原告其他年度投資抵減可供抵減稅額餘額之核算，暨原告所列可供抵減之稅額是否有已逾5年抵減期限之情形，仍有待被告一併予以審查，以達本件正確退稅之數據。
四、綜上，原告所訴足以採取，從而被告以原告87年度投資抵減可供抵減之餘額為零元，而以系爭處分否准原告更正及退稅請求，容有違誤，訴願決定未予糾正仍予維持，亦有未合，均應予以撤銷，原告訴請將之一併撤銷，自無不合，應予准許。另原告請求被告依稅捐稽徵法第25條規定退還其91年度溢繳之營利事業所得稅2,030,015元部分，因該數據涉及附表2所列其他年度投資抵減可供抵減稅額餘額之核算，暨原告所列可供抵減之稅額是否有已逾5年抵減期限之情形，此等事項仍有待被告予以一併審查，始能獲致本件應予退稅金額之正確數據，本院尚不能僅憑原告單方之計算方式，遽採信原告附表2所載之數額均屬正確，則原告求為判決命被告應退還其91年度溢繳營利事業所得稅金額2,030,015元，即難謂已達全部有理由之程度，依行政訴訟法第200條第4款規定意旨，原告請求命被告遵照本院判決之法律見解對原告作成處分部分，為有理由，其餘部分尚難准許，應予駁回。
五、本件判決基礎已經明確，兩造其餘主張或陳述，與判決結果無影響，不再一一論述。
據上論結，本件原告之訴為一部有理由，一部無理由，爰依行政訴訟法第200條第4款、第104條，民事訴訟法第79條，判決如
主文。中華民國97年12月11日
臺北高等行政法院第六庭
審判長法官林文舟
法官許瑞助法官陳鴻斌上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中華民國97年12月15日
書記官陳清容