裁判字號：臺北高等行政法院94年訴更一字第128號判決
裁判日期：民國95年04月20日
裁判案由：營業稅
臺北高等行政法院判決
94年度訴更一字第00128號原告臺北農產運銷股份有限公司代表人甲○○訴訟代理人 施博文 （會計師）被告財政部臺北市國稅局代表人 張盛和 （局長）住同上訴訟代理人乙○○
丁○○丙○○上列當事人間因營業稅事件，原告不服財政部中華民國91年10月11日台財訴字第0911356042號訴願決定，提起行政訴訟。前經本院於中華民國92年12月30日以91年度訴字第5039號判決駁回原告之訴，經原告上訴後，由最高行政法院以94年度判字第1169號判決發回本院更為審理，本院判決如下：
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實
壹、事實概要：本案為課予義務訴訟，原告提起請求前之背景事實描述：
㈠原告原係兼營銷售免稅貨物之營業人，針對其民國（下同
）82年度共6個稅捐週期之營業稅款，其已自動申報並繳納稅款。
㈡其後原告於84年5月11日向主管機關台北市稅捐稽徵處（
下稱市稅處，業務自92年1月1日移撥被告）萬華分處申請依稅捐稽徵法第28條規定退還「82年全年度上開6個稅捐週期內、因適用兼營營業人營業稅額計算辦法規定，致未扣扺」之進項稅額計新台幣（下同）4,802,031元。
㈢但該案經當時之主管機關以84年6月5日北市稽萬華（甲）字第12734號函，否准原告之請求。
㈣原告不服上開否准處分而提起行政爭訟，經改制前行政法
院（現最高行政法院）於86年4月8日作成86年度判字第760號判決駁回原告之訴確定。
㈤其後原告再以相同之理由，並引用財政部86年1月18日台
財稅第000000000號函釋內容，續提起再審之訴，但仍經改制前行政法院以86年度判字第2025號判決予以駁回。
原告請求作成處分之內容，以及其提起本件行政訴訟之客觀經過。
㈠原告在上開改制前行政法院86年度判字第760號判決未作
成之前，先於86年2月19日依據財政部86年1月18日台財稅第000000000號函釋規定，向市稅處萬華分處申請改按「直接扣扺法」計算其82年度應納營業稅額。
㈡主管機關則未在法定期限內為准駁處分，原告乃逕行提起
訴願，經台北市政府訴願委員會以86年8月26日府訴字第8603877001號訴願決定：「原處分撤銷，由原處分機關另為處理」。
㈢嗣經主管機關市稅處萬華分處於86年9月23日作成北市稽萬甲字第18447號函之第一次否准處分。
㈣原告不服上開處分，再向台北市政府訴願委員會提起訴願
，經台北市政府訴願委員會以87年3月16日府訴字第8607779801號訴願決定：「原處分撤銷，由原處分機關另為處分」。
㈤市稅處萬華分處再於87年7月14日作成北市稽萬甲字0000000號函之第二次否准處分。
㈥原告再向台北市政府訴願委員會提起訴願，嗣經台北市訴願委員會87年12月23日府訴字第8706491301號訴願決定：
「原處分撤銷，由原處分機關另為處分」㈦市稅處萬華分處復於88年3月15日以北市稽萬甲字第8800357000號函第三次否准原告之請求。
㈧原告再次提起訴願，經財政部於91年10月11日作成台財訴
字第0911356042號訴願決定，駁回原告之訴願。原告因此提起行政訴訟，經本院前審於92年12月30日以91年度訴字第5039號判決駁回原告之訴，經原告上訴後，由最高行政法院以94年度判字第1169號判決發回本院更為審理。
貳、兩造聲明：原告聲明：
㈠求為判決撤銷原否准處分及訴願決定。
㈡被告機關應作成「准許原告按直接扣抵法重新核算82年度營業稅額」之行政處分。
被告聲明：
求為判決駁回原告之訴。
參、兩造之爭點：原告主張之理由：
㈠事實概述：
⒈原告係兼營銷售免稅貨物之營業人，於84年5月11日向
原稽徵機關台北市稅捐稽徵處依稅捐稽徵法第28條規定申請退還其82年度因適用兼營營業人營業稅額計算辦法規定，致未扣抵之進項稅額，經函復否准。原告不服，提起訴願、再訴願，均未獲變更，乃提起行政訴訟，經行政法院（現改制為最高行政法院）86年4月8日86年度判字第760號判決駁回確定在案。原告提起再審之訴，復經該法院以86年8月15日86年度判字第2025號判決駁回。
⒉惟原告於上開前行政法院判決前，乃於86年2月19日及
同年3月15日向原稽徵機關之萬華分處申請依財政部86年1月18日台財稅第000000000號函，改按「直接扣抵法」計算其82年度應納營業稅額，該分處未為准否之處分，原告乃逕行提起訴願，經台北市政府訴願決定：「原處分撤銷，由原處分機關另為處理。」嗣原稽徵機關之萬華分處乃函復否准。原告仍不服，第二次提起訴願，案經台北市政府訴願決定：「原處分撤銷，由原處分機關另為處理。」原稽徵機關之萬華分處復函復否准。原告仍不服，第三次提起訴願，經台北市政府訴願決定：「原處分撤銷，由原處分機關另為處理。」原稽徵機關之萬華分處又函復否准。原告續表不服，第四次向台北市政府提起訴願，嗣因88年1月13日修正財政收支劃分法第8條第1項第4款明定營業稅改為國稅，乃將該案移轉管轄到財政部，該部91年10月11日台財訴字第0000000000訴願決定：「訴願駁回。」原告仍未甘服，遂提起行政訴訟，案經台北高等行政法院91年度訴字第5039號判決「駁回原告之訴」後，原告爰依法提起上訴，經最高行政法院94年8月4日以94年度判字第01169號判決廢棄原判決發回鈞院審理。
㈡原否准處分違法之理由：
⒈按營業稅之稽徵程序有別於營利事業所得稅，前者原則
上應以每2月為1期，於次期開始15日內，由營業人填具規定格式之申報書，自動申報銷售額並繳納稅款，此可參照行為時營業稅法第35條規定；而後者則於稽徵機關接到納稅義務人結算申報書後，由該管稽徵機關依其查核結果填具核定稅額通知書，連同各計算項目之核定數額送達納稅義務人，此可參照所得稅法第80條及第81條規定。因此，營業稅額原則上並不經主管稽徵機關核定，納稅義務人亦不會接到核定稅額通知書，從而，無核定稅額行為，何時屬核課確定問題，厥為本案爭點，此亦為本案前訴願機關（台北市政府）一再撤銷原處分之訴願決定意旨。又稅捐稽徵法第35條規定：「納稅義務人對於核定稅捐之處分如有不服，應依規定格式，敘明理由，連同證明文件，依左列規定，申請復查...。」是復查之對象乃主管稽徵機關之核定稅捐處分，查本案所涉者乃原告82年度營業稅，事實上根本未有稅捐稽徵機關之核定，原告亦無從依稅捐稽徵法第35條規定申請復查。因此，和原判決引為判決基礎之稅捐稽徵法第34條第3項所規定之「確定」要件不符，是被告稱原告未依法申請復查，其82年度營業稅於83年度應已確定，顯對稅捐稽徵法第34條第3項及第35條規定有所誤解。
⒉按「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以
申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」為稅捐稽徵法第1條之1規定所明定。又「兼營營業人未依81年9月1日修正施行之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8條之1規定選擇採用「直接扣抵法」，而採「比例扣抵法」計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日（按依行為時『兼營營業人營業稅額計算辦法』第9條第3項規定，施行日為81年9月1日）起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用『直接扣抵法』計算應納稅額。」、「81年9月1日『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8條之1修正施行之日起，兼營營業人原採用『比例扣抵法』計算稅額並繳納應納營業稅額，嗣後要求改按『直接扣抵法』計算稅額而經稽徵機關否准，於財政部86年1月18日台財稅第000000000號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開函釋規定申請採用『直接扣抵法』計算應納稅額。」為財政部86年1月18日台財稅第000000000號函（下稱財政部86年1月18日函釋）及財政部86年8月9日第000000000號函（下稱財政部86年1月18日函釋）所明釋。查本案原告早於84年5月11日即依稅捐稽徵法第28條規定對被原告申請退稅，則原告之82年度營業稅案，因循行政救濟途徑提起訴願、再訴願、行政訴訟與再審而阻其確定。依財政部86年8月9日函釋規定，本案屬於財政部86年1月18日函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者。因此，被告依前揭規定，應按上開函釋規定，准予原告申請採用「直接扣抵法」計算應納稅額。
⒊查原告82年度營業稅之申請退稅案，於行政訴訟階段，
最高行政法院86年判字第760號判決係於86年4月8日才為宣判，距財政部86年1月18日函釋發布相差幾近3個月之久。次查當年度，財政部復於86年8月9日進一步就「兼營營業人營業稅額計算辦法疑義」作成「於本部86年1月18日台財稅第000000000號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開函釋規定申請採用『直接扣抵法』計算應納稅額」之函釋，距最高行政法院86年判字第2025號再審之訴判決宣判之日（即86年8月15日）仍有一週之差。惟被告於最高行政法院審理期間，就其主管事務，除未依其職權，按財政部86年1月18日函釋與86年8月9日函釋意旨，對未確定之本案溯及適用前揭函釋規定並按「直接扣抵法」重為計算應納稅額外，於訴訟上亦未盡其協力義務向法院陳述上開函釋意旨，已有故意隱匿財政部上開函釋發布之虞，導致最高行政法院無法及時依上開稅捐稽徵法第1條之1規定，適用前揭有利於原告之函釋，誤為對原告不利之判決，難謂原告非因被告適用法令錯誤而溢繳稅款。四、參照最高行政法院就與本案案情類似之「兼營營業人申請改採直接扣抵法計算應納營業稅並退還溢繳稅款」案件，有93年11月25日93年度判字第1468號判決，亦採相同看法，茲摘錄其判決理由以資佐證：「五、...惟按『財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於未核課確定之案件適用之。』為稅捐稽徵法第1條之1所明定。上開適用乃溯及該解釋稅法原發布時生效。本件財政部係於86年1月18日以台財稅第000000000號函釋：『兼營營業人未依81年9月1日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法法第8條之1規定選擇採用直接扣抵法，而採比例扣抵法計算稅額者，自上揭辦法施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用直接扣抵法計算應納稅額。』而本院86年度判字第2418號判決係遲至86年10月8日才作成判決宣判。其間相差逾8個月之久。上訴人於該8個月本院該判決審理期間故意隱匿財政部上開新函釋之發布，致本院該判決無法及時依上開稅捐稽徵法第1條之1規定適用前開有利於被上訴人之函釋，誤為不利被上訴人之判決，難謂被上訴人非因適用法令錯誤而溢繳稅款，原判決依稅捐稽徵法第28條規定將上訴人之原處分暨訴願決定及再訴願決定均予撤銷，著由上訴人另為妥適之處分，則原判決難謂有違反司法院釋字第287號解釋以及本院72年度判字第336號判例意旨之違背法令。...」。準此，依上述說明及前揭判決意旨，可知被告顯有適用法令錯誤而致原告溢繳稅款，應准原告按財政部86年1月18日及86年8月9日函釋規定意旨，依稅捐稽徵法第28條規定，予以退稅。
⒋按「查財政部70年2月24日台財稅第31422號函釋意旨稱
：『納稅義務人不服行政法院之判決提起再審之訴，如貴局經答辯後始發覺原核定，訴願及再訴願均值斟酌，可於行政救濟程序終結前向行政法院提出補充答辯，於再審裁判前，依法仍應受行政法院原判決之拘束，未便自行撤銷...』，其解釋原意乃指納稅義務人不服行政法院之判決提起再審之訴者，如稽徵機關於再審程序中發覺原核定，訴願及再訴願有適用法律錯誤或計算錯誤之情形，可於行政救濟程序終結前向行政法院提出補充答辯，由行政法院另為適法之判決，以資救濟，故對稽徵機關之函釋，於再審裁判前，不得自行撤銷。至於在再審程序中，如當事人對適用法規錯誤或計算錯誤均未陳報，致行政法院不知財政部有新解釋，未為審酌，此項再審判決，與原確定判決無異，行政機關於判決確定後，如發現有適用法規錯誤或計算錯誤之情事者，依稅捐稽徵法第28條規定：『納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起，5年內提出具體證明，申請退還，逾期未申請者，不得再行申請。』關於滯納金、利息、滯報金、怠報金及罰鍰，依同法第49條之規定，亦均準用上開規定。本件被告既自承原告自81年1月開業起至84年10月間止，採『比例扣抵法』計算其兼營免稅貨物之營業稅，並繳納稅款，嗣於84年12月21日，申請改按『直接扣抵法』計算其營業稅，在行政救濟程序中，財政部86年8月9日以台財稅字第861911195號函作出新的解釋稱：『81年9月1日兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納應納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額，而經稽徵機關否准，於本部86年1月18台財稅字第851928790號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開函釋規定申請採用直接扣抵法計算應納稅額。』原告依該解釋，係屬得申請改採『直接扣抵法』計算其應納之營業稅額，被告自不能於再審判決後，仍以原告曾另案提起再審之訴為由否准原告之申請。」為台北高等行政法院93年4月13日92年度訴字第34號判決理由三、所明示，查該判決見解並為最高行政法院93年度判字第1468號判決所維持，則依上開台北高等行政法院判決意旨，可知原告依財政部86年8月9日函釋，係屬得申請改採「直接扣抵法」計算其應納之營業稅額者，被告不能以其曾另案提起再審之訴為由而否准原告之退稅申請。
⒌退而言之，縱依原判決認原告82年度營業稅案因未經復
查而屬確定案件，惟原告係依稅捐稽徵法第28條規定，對被告申請退還溢繳稅款，和同法第35條所規定之申請復查請求權實不相涉，並無一事不再理原則之適用。蓋納稅義務人基於同法第28條規定所賦予之公法上不當得利請求權，係對稽徵機關因適用法令錯誤致納稅義務人溢繳稅款而申請退稅，與納稅義務人因不服稽徵機關之核稅處分內容而依同法第35條規定對其申請復查之案件，兩者相較，無論於法律依據、請求權發生原因事實、法律要件及法律效果上，均無相涉，實非同一案件。因此，納稅義務人之稅務案件縱未經復查而告確定，仍不妨其基於公法上不當得利請求權而生之退稅請求權。更何況，與本案情相同大院92年度訴字第34號判決之三槍企業股份有限公司81年至84年10月營業稅適用「直接扣抵法」案件，亦經被告機關退稅在案，併此陳明。
被告主張之理由：
㈠本件最高行政法院94年度判字第01169號判決理由略以：
「理由：...肆、本院查：（二）、本件爭執之要點，乃在於系爭82年度營業稅是否有核定處分存在？若有核定處分何時確定？關係著上訴人得否主張其82年度營業稅之計算改採直接扣抵法？......惟本件82年度營利事業所得稅結算申報案，是否經書面審查暫行核定，並註明『未列選案件，擬依書面審查暫行核定，在稅捐核課期間內，仍得依規定抽查』，而屬按書面審查暫行核定者，其性質乃於核課期間內，稅捐稽徵機關保留事後抽查之租稅核定者，或其他之租稅核定者，或如上訴人所主張未為核定者？」㈡按本件係營業稅事件，而非營利事業所得稅事件，合先陳
明。次按「營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額，應以每2月為1期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。」為營業稅法第35條第1項所明定。與所得稅法第80條第1項「稽徵機關接到結算申報書後，應派員調查，核定其所得額及應納稅額。」之規定不同。
㈢另按「稅捐之核課期間，依左列規定：...在前項核課期
間內，經另發現應徵之稅捐者，仍應依法補徵或併予處罰，...」為稅捐稽徵法第21條第2項所明定，是以判決理由肆、（二）、「...在稅捐核課期間內，仍得依規定抽查，...」，係稽徵機關於稅捐稽徵法規定之核課期間內，另發現應課稅之新事實，依法核定補徵。
㈣原告於84年5月11日依稅捐稽徵法第28條規定申請退還其
82年度因適用兼營營業人營業稅額計算辦法規定，致未扣抵之進項稅額，案經否准。原告不服，提起訴願、再訴願，均未獲變更，復提起行政訴訟，業經前行政法院86年4月8日86年度判字第760號判決駁回確定在案。原告又依財政部86年1月18日台財稅第000000000號函釋「兼營營業人未依81年9月1日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法法第8條之1規定選擇採用直接扣抵法，而採比例扣抵法計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用直接扣抵法計算應納稅額。
」提起再審之訴，亦經前行政法院以86年度判字第2025號判決駁回。復按「81年9月1日兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納應納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵機關否准，於本部86年1月18日台財稅第000000000號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開函釋規定申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」為財政部86年8月9日台財稅第000000000號函所釋示，而本件係原告於再審之訴判決前，於86年2月19日向原處分機關（臺北市稅捐稽徵處）萬華分處申請依財政部86年1月18日台財稅第000000000號函釋，改按直接扣抵法計算其82年度應納營業稅額，非屬上開函釋之適用範圍，併予陳明。
理由
壹、程序方面：原告之代表人原為 夏漢容 ，其後在本院審理中變更為甲○○，此有原告提出之公司變更登記表為憑，是其聲明承受訴訟，核無不合。
貳、兩造爭執之要點：客觀事實概說：
㈠按本案原告為加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法
）上之營業人，其於82年間曾一併銷售應稅及免稅貨物，在該6個稅捐周期內，有關營業稅額之計算及繳納，原先是按照「比例扣抵法」為之（營業稅法第19條第2項、「兼營營業人營業稅額計算辦法」第4條至第8條參照）。
㈡原告在自動申報並繳納上開6個稅捐週期之稅款以後，在
繼續適用「比例扣抵法」之前提下，又依稅捐稽徵法第28條之規定，向主管機關請求退還「因適用兼營營業人營業稅額計算辦法規定，致未扣扺稅款」之進項稅額。但遭拒絕，經過行政爭訟程序，原告已敗訴確定（最後確定判決案號為改制前行政法院86年度判字第760號判決）。
㈢但在上開案件最後判決作成（86年4月8日）以前，又於86
年2月19日提起本案之請求，要求依「兼營營業人營業稅額計算辦法」第8條之1之規定，改按「直接扣抵法」溯及計算其82年度全年度之應納稅額及應退之進項稅額（換言之，即是推翻原來之核定，改按新的標準重新計算其應納稅額及應退之進項稅額）。
而原告請求之法規範基礎如下：
㈠財政部86年1月18日台財稅第000000000號函釋。該函釋內容如下：
⒈兼營營業人未依81年9月1日修正施行之兼營營業人營業
稅額計算辦法第8條之1規定選擇採用直接扣抵法，而採比例扣抵法計算稅額者。
⒉自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用直接扣抵法計算應納稅額。
㈡財政部86年8月9日台財稅第000000000號函釋。該函釋內容如下：
⒈81年9月1日兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1修
正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納應納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵機關否准。
⒉於本部86年1月18日台財稅第000000000號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者。
⒊准依上開函釋規定申請採用直接扣抵法計算應納稅額。
但被告機關則主張，因為原告已請求退稅，所以不符合上開二函釋所指之情形。
是以本案之爭點即集中在上開二函釋是否得為本案之請求權規範基礎。
參、本案爭議所涉及之程序法理：第一階段之退稅請求權部分：
㈠按原告在第一階段是在適用比例扣抵法之情況下，引用稅
捐稽徵法第28條之規定，請求退稅，而在該案行政爭訟接近完結前夕，又提出本案之請求。則在判斷原告本案請求有無理由時，勢必要澄清稅捐稽徵法第28條所定退稅請求權之功能與其在實務上運作之實貌，作為後續論斷之基礎，爰在此先行敘明之。
㈡稅捐行政具有大量行政之特質，因此稅捐機關對各式各樣
之稅捐核課案件，未必均能進行實質審查，其審查通常多為形式上之審查，實質審查反而成為例外。
㈢上述之稅捐大量行政特質，在採取自動報繳制之稅目下（
例如所得稅或營業稅），表現的更為明顯。此時人民有依限自行計算、申報及繳納稅捐之義務，而稅捐機關對人民之申報案件，不可能逐筆實質審核（在稅捐行政上無法做到），只能保有事後之查核權限。此時接下來之問題則是：
⒈稅捐機關之查核權限有多長﹖此即稅捐稽徵法上有關「核課期間」（稅捐稽徵法第21條）之規定。
⒉又因為稅捐機關之事後可以重為核定，也須賦予人民對
應之權限，此即稅捐稽徵法第28條所定退稅請求權之規範目的。
⒊另外如果上開事後查核及退稅權利何時要有一個終局性
的了結，這是現行實證法法沒有規定，卻極待司法實務上釐清之課題。
㈣針對上述⒊之課題，本院有以下之看法，可提供被告機關參考。
⒈本院認為，如果一個稅捐上之「爭點」（稅捐行政爭訟
現行實務上採爭點主義）已經經過實質的判斷，且該判斷已確定，而發生實質羈束力（行政處分存續力之概念與退稅請求權相衝突，無法援用）時，則稅捐機關之事後核課權限與人民的退稅請求權即應受到限制，這是實質判斷處分所生處分羈束力的法律效果。
⒉而所謂「實質判斷」及作為「實質判斷」表徵之行政作
為（一般而言，均為行政處分，立法論上最好也將之限制為一律均採「行政處分」之方式）到底為何﹖乃屬須進一步探究之課題。
⒊本院認為，至少在營業稅及所得稅法（採自動申報制，
稅捐主管機關充其量僅有形式上之核定，甚至根本未核定，與財產稅不同）之領域，所謂「實質判斷」及其行政作為表徵，原則上應為「復查決定」。若在沒有復查程序而人民直接申請退稅時，則應以否准處分為「實質判斷」之行政作為，因為在這二種情形，雙方爭議之具體內容與爭議內容在稅捐構成要件體系上所處之位置才得以被清楚認知及判斷。而這裏還有一些附隨性之課題可在此附帶述明。
⑴如果法律要求稅捐機關還是要就形成審查結果作成書
面通知，讓納稅義務人知悉（所得稅法第81條參照），此等通知應否被評價為一個行政處分﹖其間之爭議主要出在，因為形式審查並沒有為實質之事實認定，是否符合「行政處分」之「（實質）認定事實、適用法律而單方形成權利義務關係」之特質，值得懷疑。
⑵就算以上之核定通知可以算為「行政處分」，但是其
與一般行政處分相比較，至少在效力上也不應等同觀之，因為其沒有實質調查，即不適合賦予一般行政處分（對特定法律關係）所應有之羈束力。
上述退稅請求權適用界限之法理說明，運用在本案勝負判斷之理由。
㈠從以上之法理說明足知，有關涉及錯誤計稅之退稅請求權
（不問錯誤原因出自何方），其行使都必須受到一定之限制。而在事實認定及法律適用沒有錯誤之情況下，要依特定之法規範，適用另一套計稅標準，則從程序安定之觀點，必須有以下之機制來控管。
⒈除非另有維持公益或秩序之強烈要求，原則上不應賦予其溯及之效力。
⒉若真有賦予溯及效力之必要者，則必須有法規範之明文
，不僅如此，還須有權利行使期限之限制（除斥期間）。
㈡上述之觀點，可以從以下各種事例及法理，得到支持。
⒈例如在財產稅中，有關土地或房屋財產標的之稅捐減免
要件，如以申請為必要者，均係申請後，向往後之稅捐週期發生效力。
⒉從稽徵經濟原則觀之，如果毫無限制地容許發生溯及之
效力，原來核課處分或行政爭訟為調查事實與適用法律所為之鉅額花費，豈非全部歸於徒勞，而須重行為之，此等成本實在過於昂貴。
⒊在私法之形成權，若其除斥期間法無明文，學說上都會
透過解釋之手段，發展出「權利失效」理論，以維持既存之法秩序。而公法上已存在之合法秩序，要因為事後之考量讓其溯及失效或變更，人民之一方固然可以主張「信賴保護」，但國家除非為了極大之公益，其行政成本也必須加以考量（國家的成本花費是由人民的稅負來支應，所以國家同樣也要追求效率，行政機關不能隨意自作主張，在法無明文之情況下，慷國家之慨）。
㈢事實上本院上述觀點，也在行為時（81年8月25日修正發
布，94年11月8日修正時予以刪除）「兼營營業人營業稅額計算辦法」第8條之1第2項之規定予以重申，其明定：「前項兼營營業人於年度中，經核准採用直接扣抵法計算營業稅者，其當年度已經過期間，應於改採直接扣抵法前報繳稅款之當期，視為當年度最後一期，依第7條第1項及第2項規定辦理。」明文規定自申請時起，向後生效，而不賦予其溯及之效力。
肆、在上開法制體系下，本案之判決結論：然而本案中，上開二函釋之內容，一方面賦予人民溯及適用
「直接扣抵法」之機會，另一方面其權利行使期限（行政救濟未確定前），相較於退稅請求權之背景說明，也長的不合理。例如在本案中，要求改變計算標準之稅捐發生在82年度，原告在84年度中提出退稅請求，並依循訴願、再訴願及行政訴訟進行爭訟，等到相隔2年以後，全案耗費鉅額時間精力，將終結之前夕，再於86年間提起本案請求，相距82年度又隔了4年之久，其間證據資料之保存與重為查核成本，均會因為時間之拖延而大幅提高，這樣的結果顯與前述法理嚴重悖離。
而且該二函釋內容，實質上又與行為時「兼營營業人營業稅
額計算辦法」第8條之1第2項所定「向後發生效力」之規定內容相衝突。此時從法規範位階優越性言之，「兼營營業人營業稅額計算辦法」第8條之1第2項之規定為法規命令（該辦法第1條參照），而上述二函釋連行政規則之地位均不具備，豈能取得凌駕上開法規命令之效力。
是以本院認為本案應優先適用「兼營營業人營業稅額計算辦
法」第8條之1第2項之規定，原告請求適用「直接扣抵法」時，不得溯及適用於82年度營業稅額之計算。原告所引用之上開二項法規範，並非適格之法規範，本院不予引用。至於原告所引他案之法律見解對本院無拘束力；另外本案因涉及不同法規範間價值碰撞，進而涉及各個法規範之優先順位課題，也與稅捐稽徵法第1條之1無涉，均附此敘明之。
伍、綜上所述，本件原否准處分尚非違法，則訴願決定予以維持大體上亦無違誤，原告訴請撤銷於法無據，應予駁回。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第3項前段，判決如主文。
中華民國95年4月20日
第五庭審判長法官張瓊文
法官蕭忠仁法官帥嘉寶上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中華民國95年4月20日
書記官蘇亞珍