裁判字號：臺中高等行政法院95年訴字第284號判決
裁判日期：民國95年08月30日
裁判案由：營利事業所得稅
臺中高等行政法院判決
95年度訴字第00284號原告華興化學製藥廠股份有限公司代表人甲○○訴訟代理人 鄭筑瑩 會計師被告財政部臺灣省中區國稅局代表人乙○○訴訟代理人丙○○上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國95年3月31日台財訴字第09400643020號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下︰
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實
一、事實概要：緣原告88年度營利事業所得稅結算申報，列報研究與發展之支出新台幣（下同）13,323,760元及可抵減稅額2,664,752元，經被告機關初查以其中所列報之研究人員 林爵永 非專業研究人員，其薪資139,145元否准認列，另所列報委託明生生物科技股份有限公司(下稱明生公司)研究費6,330,000元，因明生公司未符合財政部89年4月21日台財稅第0000000000號函頒公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點規定之研究機構，亦否准認列，乃核定研究與發展支出6,854,615元、可抵減稅額1,370,923元。原告不服，申請復查未獲變更，提起訴願，經財政部台財訴字第09300463780號訴願決定將原處分(復查決定)撤銷，囑由被告機關另為處分。案經被告機關重核結果，仍維持原核定，原告仍表不服，復提起訴願，遭訴願決定駁回，遂就委託明生公司研究費部分提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：㈠原告聲明求為判決：訴願決定及原處分（復查決定）關於委託明生公司研究發展支出部分均撤銷。
㈡被告聲明求為判決：駁回原告之訴。
三、兩造之陳述：㈠原告主張之理由：
1.行政院台85年訴字第20318號再訴願決定及被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號重核復查決定，對原告委託明生等研發服務公司之研究發展支出准予適用投資抵減，兩行政處分均為合法之行政處分：
⑴合約研究機構原則劃分為CRO、CMO及CSO，分別負責研
發、生產及行銷。CRO(即所稱之研發服務公司)接受藥業委託所提供之服務包含「前臨床」之各種試驗，如新化合物之合成、其物性化性研究、藥理試驗、毒性試驗及「臨床試驗」等等，其中生體可用率及生體相等性試驗，確屬需要，業經衛生署認可屬研究發展範圍，其相關之試驗費用應可適用研發投資抵減。但有關生體可用率及生體相等性試驗之從事機構需有先進技術及設備始能進行人體試驗，非一般學術機構所能執行，更是製藥業無法自行達成之研發工作，從而一定要委託研發服務公司(CRO)方能完成藥品之研究發展程序。
⑵原告委託明生等研發服務公司(或稱合約研究機構CRO)
從事生體可用率及生體相等性分析試驗，其法律依據為「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法第2條第1項第9款」(下稱投資抵減辦法)規定，此由經濟部及財政部91年11月7日經工字第09104625370號及台財稅字第0910457312號令會銜發布之函釋中第1項規定可證，並非適用投資抵減辦法第2條第1項第7款「委託國內大專校院或研究機構或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用」，事實至臻明確。
⑶次查，上開投資抵減辦法第2條第1項第9款專案認定條
款係採用行政法之「擇一例示（概括）分款法」，授權主管機關得依社會實際情況依法裁量，其目的在避免法規制定當時，所未預見、未及規範之情形，保留法規適用之彈性。又公司投資於研究與發展之支出得適用投資抵減辦法，其立法意旨主要為鼓勵業者從事自行研發，以促進產業升級，進而投資抵減辦法第2條第1項第9款所訂專案審查目的，無非係依該立法意旨及是否對該產業升級有實質助力等兩項標準，進而對被委託對象及委外支出之性質進行實體之審查，以決定其是否可適用投資抵減，然本件系爭之明生等服務研發公司已是公告之「『生技醫藥產業委託國內醫藥研發服務公司從事研究與發展支出適用投資抵減辦法作業要點』所稱『醫藥研發服務公司』名單」中之公司，故明生等研發服務公司之專業水準及原告委託其辦理有關生體可用率及生體相等性試驗等性質，符合投資抵減辦法第2條第1項第9款所訂專案審查目的，應無置疑。
⑷又經濟部工業局91年7月15日工化字第09103304071號會
議紀錄之結論乃後來經濟部及財政部91年11月7日經工字第09104625370號及台財稅字第0910457312號令會銜發布之「生技醫藥產業委託國內研發服務公司從事研究與發展之支出適用投資扺減辦法認定要點」函釋之前身，參見該會議紀錄之決議事項「二、公司從事新藥前臨床或臨床試驗，應歸屬研究發展範圍：至於委託合約研究機構(CRO)進行上述研究發展事項，應以專案通案化模式辦理，其合約機構需具相關專業條件方得適用；故適用研究發展之國內合約機構(CRO)參考名單，由工業局邀集衛生署、財政部、學者專家等，就現有合約機構(CRO)訪查後，提供參考名單送財政部參辦。三、至於委託國外合約機構進行研究發展，應以國內無法進行者為原則，故公司需檢具佐證資料依『公司研究發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法』第2條第1項第9款規定，申請專案認定。」可知，雖製藥業委託國內研發服務公司從事生體可用率及生體相等性分析試驗之性質為投資抵減辦法第2條第9款規定範圍，但只要其屬參考名單中之研發服務公司已可通案認定之，無需再報經專案審查。
⑸有關生體可用率及生體相等性試驗既非一般學術機構所
能執行，更是製藥業無法自行達成之研發工作一定要委託研發服務公司(CRO)方能完成藥品之研究發展程序，其又屬研究發展之範疇，既此，縱然被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號重核復查決定有性質上未論明之瑕疵，但已因經濟部及財政部91年11月7日經工字第09104625370號及台財稅字第0910457312號令會銜發布之函釋，明生等研發服務公司核屬已公告「『生技醫藥產業委託國內醫藥研發服務公司從事研究與發展支出適用投資抵減辦法作業要點』所稱『醫藥研發服務公司』名單」中之公司），其專業水準及「生體可用率及生體相等性試驗」等委外支出之性質，符合投資抵減辦法第2條第1項第9款所訂專案審查目的而治癒，故被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號重核復查決定乃一合法之行政處分。檢陳經濟部工業局歷次公告前揭投資抵減辦法作業要點所稱之「醫藥研發服務公司」之名單三份，其中含經濟部工業局95年8月15日最新公告名單。經查明生公司(80年度原名為明生生物產業股份有限公司，統一編號00000000)都在歷次名單中，足證其專業水準，符合投資抵減辦法第2條第1項第9款所訂專案審查目的。
2.原告對委託明生等研發服務公司之研究發展支出適用投資抵減之事實乙節之爭議，並未因原告前80年營利事業所得稅踐行行政救濟程序後，准予適用投資抵減，獲得最終局之保障，故被告機關已違反前揭訴願法第95條規定及司法院釋字第368號解釋：
⑴經查，原告委託明生公司從事生體相等性試驗及生體可
用率試驗研究乙案，前於80年度曾遭被告機關否准適用投資抵減，原告依法提起行政救濟，案經行政院台85年訴字第20318號再訴願決定以「原決定及原處分均撤銷，由原處分機關另為適法之處分」及被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號復查決定依行政院撤銷重核，調查結果重為認定事實，准予增列委託明生公司試驗費511,000元並適用投資抵減。故此行政處分終局確定了委託對象「明生等研發服務公司」及有研究發展等二項事實，才准予適用投資抵減，依司法院院字第1461號解釋「再訴願決定有拘束原處分及該決定官署之效力者，係指已訴願之事實業經決定者而言」及參見最高行政法院93年判字第783號判決之見解「依訴願法第95條規定及本院45年判字60號判例意旨，行政機關所為之行政處分，經人民依行政爭訟之手段請求救濟，而經受理訴願之機關，就實體上審查決定而告確定，或經行政法院就實體判決確定者，即有形式上及實質上之確定力」，因此對於原告委託對象明生等研發服務公司及有研究發展等二項事實，每一年度均相同，故依前揭訴願法第95條前段規定各年度均有拘束各關係機關之效力。
⑵雖然被告機關認為原告80年度營利事業所得稅重核決定
，僅為個案之見解，但依首揭行政程序法第6條公平原則之規定，行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇，所謂正當理由，係指基於事物之本質不同而為合理之差別待遇，申言之，基於實質之平等精神，在事物本質不同時，即應為合理之差別待遇。（參見台北高等行政法院92年5月27日91年度訴字第1603號判決），換言之，事物本質相同時，不得為差別之待遇。又前80年度行政救濟案與本件委託對象相同，事實之爭議相同，依據之法令相同，受決定對象相同，事物之本質相同，同一委託明生公司從事試驗研究，各年度不得有不同待遇。
再者，個案可能因事實狀況不同，方有個案見解之說，但本件事實情況相同，倘對於同一行政機關之行政處分竟以個案見解為詞，而罔顧人民千辛萬苦，經過為期多年之漫長救濟時間方獲得保障之權利，瞬間又歸零，此將減損人民對公權力之信賴，同時也違反前揭司法院釋字第368號解釋。又被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號復查查決定並未失效，依前揭行政程序法第110條第3項規定，其效力繼續存在，同一機關對此同一事件各年度應受訴願法第95條前段規定之拘束。
3.另有關被告機關主張原告「委託明生公司之研究費依行政院衛生署規定辦理，是其委託他人試驗、測試其產品為生產所必要，與重核決定無因果關係」乙節，顯有誤解，經查，依行政院衛生署85年4月17日衛署藥字第85018737號函主旨載明「國內GMP藥廠對藥品所實施之生體相等性試驗，是否屬於研究項目，經查試驗費用，係為研究新產品，改進生產技術及改善製程所支出之費用，應屬研究發展支出」甚明，又誠如被告機關復查決定卷載所稱「本案申請人本年度列報之研究與發展之支出，除委託明生公司之研究非屬前揭要點規定之研究機構，其研究費用予以剔除外，其餘已認列，本局並未否准其有研究發展事實。」顯見原告確實有研究發展之事實。
4.按「行政法上信賴原則之適用，須具備下列所述要件，始足當之：⒈須有一個足以引起當事人信賴之國家行為（含行政機關之行政處分或其他行為）。⒉信賴表現：即當事人因該信賴該國家行為而展開具體信賴行為（包括運用財產及其他處理行為），且信賴行為與信賴基礎間須有因果關係，而如嗣後國家行為有變更或修正，將使當事人遭遇不能預見之損失。⒊信賴值得保護：即當事人之信賴，必須值得保護。」為法務部89年10月11日法89律字第000286號釋明。本件原告之⒈信賴基礎為行政院台85年訴字第20318號再訴願決定及被告分機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號復查決定書。⒉信賴表現：86年5月12日後因相信被告機關之復查行政處分，相信只要委託明生公司等研發服務公司所生之「生體相等性試驗及生體可用率試驗（BA\\BE）」之相關試驗費，應核實認列為研究發展支出，適用投資扺減，因此，該重核決定後（86年5月12日）後，將各該試驗委託與明生公司等性質之研發服務公司，並計算適用抵減後稅負因素後，積極作研發之投資。概稅負負擔之多寡為投資成本的一部分，原告評估是否投資若干產品之研究發展，除了考量成功機率外，其投資成本多寡，也是主要原因，原告因相信行政院台85年訴字第20318號再訴願決定及被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號復查決定書之行政處分，而將其成本投入研究發展，已屬財產之處分，故其與原重核決定有絕對之因果關係。⒊信賴值得保護：被告機關作成86年5月12日中區國稅法字第860026785號復查決定書時，原告無前揭行政程序法第119條信賴不值得保護之情事。綜上，本件符合法務部89年10月11日法89律字第000286號釋明信賴保護之要件，應有司法院釋字第525號解釋信賴保護原則之適用，原告依法救濟爭取之結果，方可獲致終局解決與保障。
5.又按「行政主管機關就行政法規所為之釋示，其闡明法規之原意，．．．應自法規生效之日起有其適用」、「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」分別為司法院釋字第287號解釋及稅捐稽徵法第1條之1所明定。又「本部各權責機關在民國91年10月20日前發布之促進產業升級條例與賦稅法令彙編，自民國92年1月10日起，非經本部重行核定，一律不再援引適用」、「．．．二、自行開發配方及製程之學名藥，並依衛生署規定執行BA/BE者，因有研發事實，其相關之試驗費用應可適用研發投資抵減。」、「．．．另前揭審查要點已考量製藥業者之行業情況，並參酌行政院衛生署之意見，明定藥品、醫療器材在國內、業經實驗室及動物實驗研究，有相當文憲發表，可在人體施行試驗或在國外主要國家仍在人體試驗階段，在國內所施行試驗，屬於研究與發展範圍．．．」分別為財政部92年1月6日台財稅第0000000000號函、經濟部90年7月26日工（90）策字第09000129160號函及財政部89年9月27日台財稅0000000000號函所明釋。次查，原告88年度營利事業所得稅事件為未確定案件，依前揭司法院釋字第287號解釋及稅捐稽徵法第1條之1規定，應有財政部92年1月6日台財稅第0000000000號函、經濟部90年7月26日工（90）策字第09000129160號函及財政部89年9月27日台財稅0000000000號函之適用。綜上，原告88年度確實有研究發展事實，此為被告機關認諾之事實，其以明生公司並非研究機構為由否准適用投資抵減，已違反訴願法第95條，行政程序法第6條及第8條之規定，請如訴之聲明撤銷原處分（復查決定)及訴願決定。
㈡被告答辯之理由：
1.按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額5%至20%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後4年度內抵減之．．．三、投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出．．．前項投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」為行為時促進產業升級條例第6條第1項第3款、第2項所明定。次按「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、研究發展單位專業研究人員之薪資．．．七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用．．．九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。」為行為時投資抵減辦法第2條第1款、第7款、第9款所規定。又「公司依88年12月31日修正前促進產業升級條例第6條第1項第3款及公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法規定，適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件，如附表。項目認定原則應檢附之證明文件
壹、研究與發展支出一、研究發展單位專業研究人員之薪資．．．七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用．．．九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出一、研究與發展支出係指公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之費用。二、公司從事研究與發展需研提具體研究計畫，稅捐稽徵機關於查核時，應就公司檢附之證明文件，核實認定是否屬研究與發展之範圍，尚不以有無研發成果為認定之依據。三、研究新產品事實之認定：．．．㈢研究新產品階段中所發生之測試如屬原形開發之設計、檢討、功能、安全及耐久性等測試，或藥品、醫療器材在國內、外業經實驗室及動物實驗研究，有相當文獻發表，可在人體施行試驗或在國外主要國家仍在人體試驗階段，在國內所施行之試驗，應屬研究與發展之範圍。．．．二、專業研究人員係指配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員，包括研究發展單位之主管及該單位內直接參與研發專案進行之各階主管在內。但研究發展單位之其他行政、助理、市場調查、統計及管制等人員及其主管，則非屬專業研究人員之範圍。．．．一、所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。．．．．．．二、本款認定之支出，以中央目的事業主管機關及財政部專案核准範圍為限。一、研究計畫及紀錄或研究計畫及報告。．．．一、公司之組織系統圖、研究單位配置平面圖及研究人員名冊（應註明．．．），年度研究計畫及報告或研究計畫及紀錄等相關資料。．．．一、委託國內大專校院或研究機構研究之支付憑證、委託合約及研究機構經政府核准登記之相關證明文件。二、聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員從事研究之聘書或受聘人員之證明。．．．中央目的事業主管機關及財政部核准函、合約、計劃及相關證明文件」為公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點第1點（下稱投資抵減辦法審查要點）及附表項目壹所規定。
2.原告係從事口服用藥製造業務，88年度營利事業所得稅結算申報列報研究與發展之支出13,323,760元（含研究人員之薪資5,200,515元、供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用1,636,895元及委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用6,486,350元）及可抵減稅額2,664,752元。被告機關以其中研究人員林爵永非屬專業研究人員，其薪資139,145元及委託研究之明生公司等非屬前揭要點規定之研究機構，其研究費用6,330,000元予以剔除，核定研究與發展之支出6,854,615元及可抵減稅額1,370,923元。原告主張系爭委託明生公司等之研究費用係依行政院衛生署規定執行生體相等性試驗及生體可用率試驗，該試驗費用經行政院衛生署衛署藥字第85018737號函核定屬研究新產品、改進生產技術及改善製程所支出之費用，應屬研究與發展之支出，明生公司雖非一般大專院校或學術機構，但一般學術機構或大專院校並無執行生體相等性試驗及生體可用率試驗等人體試驗能力，從而系爭委託試驗費用，自難謂為不適用前揭辦法，請准將系爭研究發展費用6,330,000元適用投資抵減云云。申經復查未獲變更，提起訴願，經財政部訴願決定以，被告機關以原告所委託之明生公司未符合首揭財政部89年4月21日台財稅第0000000000號函頒公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點第7項所規定之研究機構，其因而所發生之費用，乃否准認屬研究與發展之支出，原非無見。惟參據上開審查要點第壹項，有關研究與發展支出之認定原則三略以「．．．藥品、醫療器材在國內、外業經實驗室及動物實驗研究，有相當文獻發表，可在人體施行試驗或在國外主要國家仍在人體試驗階段，在國內所施行之試驗，應屬研究與發展範圍」等語，則本件原告委託明生公司執行之生體相等性試驗及生體可用率試驗，是否屬上述研究與發展之範圍？且原告委託明生公司執行之試驗，經行政院衛生署以85年4月17日衛署藥字第85018737號函認屬研究發展之支出，並以91年8月21日衛署藥字第0910047136號函建請財政部准予列入研發費用，雖原告所委託之明生公司不符首揭審查要點第7項規定之研究機構，惟系爭試驗費用，有無符合審查要點第9項「其他經中央目的事業主管機關及財政部專案核准」之範圍等情事，被告機關皆未審究，尚非無重行審酌之餘地。另財政部另於94年3月11日台財稅字第09404518301號函，請被告機關就原告主張其80年度委託明生公司從事生體可用率及生體相等性試驗費用，經行政院再訴願決定撤銷重核，被告機關已依該決定核准適用投資抵減，本年度不予核認，有無信賴保護原則之適用，併案審理。案經被告機關重核復查決定以，查前揭審查要點第壹項，有關研究與發展支出認定原則三，係在規範研究與發展之認定原則，而符合該原則之研究與發展，依首揭投資抵減辦法規定，其所發生之研究發展單位專業研究人員之薪資．．．委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用等，始有上揭促進產業升級條例第6條規定抵減當年度應納營利事業所得稅之適用，本案原告88年度列報之研究與發展之支出，除委託明生公司之研究因非屬前揭要點規定之研究機構，其研究費用予以剔除否准適用投資扺減外，其餘均已認列，被告機關並未否認其有研究與發展之事實。次查被告機關分別於93年12月3日、12月27日及94年1月14日以中區國稅法一字第0930071311號、第0000000000號及第0000000000號函，請原告提示中央目的事業主管機關及財政部核准函、合約書、計畫及相關證明文件供核，惟迄未提示，原核定並無不合，乃予維持。又所謂信賴保護，係指人民因信賴既有之法秩序，而安排其生活或處置其財產，不能因嗣後法規之制定或修正，使其遭受不能預見之損害，用以保護人民之既得權，並維護法律尊嚴，而信賴是否值得保護，應以是否有信賴表現為要件，亦即需受益人基於對違法行政處分之信任而為財產上之支出，以致不能回復原狀或難以回復，其間有因果關係者，始有其適用；若僅為單純主觀上期待，未積極為上述財產支出等行為者，並無因信賴致發生損害，即難認有信賴表現，不應有信賴保護原則之適用，司法院釋字第525號解釋「純屬願望、期待而未有表現其已生信賴之事實者，則欠缺信賴要件，不在保護範圍。」即在闡釋此旨。至原告主張其80年度委託明生公司從事生體可用率及生體相等性試驗費，經行政院再訴願決定撤銷重核，被告機關已依該決定核准適用投資抵減，88年度不予核認，有違信賴保護原則云云，惟查此僅屬個案之見解，88年度之投資抵減並不得援引比附。另原告主張，其委託明生公司之研究費係依行政院衛生署規定辦理，是其委託他人試驗、測試其產品為其生產所必要，與該重核決定並無直接因果關係，且被告機關於88年度營利事業所得稅查核時亦已核准其費用在案，其所期待者無非能符合上揭投資抵減條件，而獲得抵減稅負利益，依上揭司法院解釋，應無信賴保護之適用。原告仍表不服，訴願主張㈠原告委託明生公司從事生體相等性試驗及生體可用率試驗研究，前於80年度亦曾遭被告機關否准適用投資抵減，原告依法提起行政救濟，案經行政院台85年訴字第20318號再訴願決定將原決定及原處分均撤銷，被告機關於86年5月12日中區國稅法一字第860026785號重核復查決定准予增列委託明生公司試驗費511,000元。惟被告機關卻認此僅為個案之見解，但依行政程序法第6條公平原則之規定，行政行為非有正當理由，不得為差別待遇，所謂正當理由，係指基於事物之本質不同而為合理之差別待遇，申言之，基於實質之平等精神，在事物本質不同時，即應為合理之差別待遇，但前80年度行政救濟案與本件委託對象相同，事實之爭議相同，依據之法令相同，受決定對象相同，事物之本質相同，同一委託明生公司從事試驗研究，各年度不得有不同待遇。再者，個案可能因事實狀況不同，方有個案見解之說，但本件事實情況相同，被告機關86年5月12日中區國稅法字第86002678號復查決定並未失效，依行政程序法第110條第3項規定，其效力繼續存在，同一機關對此同一事件應受訴願法第95條前段規定之拘束。㈡行政法上信賴原則之適用，須具備下列所述要件，始足當之：⒈須有一個足以引起當事人信賴之國家行為；⒉信賴表現，即當事人因信賴該國家行為而展開具體信賴行為，且信賴行為與信賴基礎間須有因果關係，而如嗣後國家行為有變更或修正，將使當事人遭遇不能預見之損失；3.信賴值得保護，即當事人之信賴，必須值得保護，為法務部89年10月11日法89律字第000286號釋明。本件原告之⒈信賴基礎為行政院台85年訴字第20318號再訴願決定及被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號復查決定；⒉信賴行為，86年5月12日後因相信被告機關之復查行政處分，相信只要委託明生公司此一對象所生之生體相等性試驗及生體可用率試驗之相關試驗費，應核實認列為研究發展支出，適用投資，因此，該重核決定後，將各該試驗委託與明生公司等性質之研發服務公司，並計算適用抵減後稅負因素後，積極作委託之財產之處分，此與重核決定有絕對之因果關係。⒊信賴值得保護，被告機關作成86年5月12日中區國稅法字第860026785號復查決定書時，原告無行政程序法第119條信賴不值得保護之情事。綜上，本件符合法務部89年10月11日法89律字第000286號釋明信賴保護之要件，應有司法院釋字第525號解釋信賴保護原則之適用。
㈢另有關被告機關主張原告委託明生公司之研究費依行政院衛生署規定辦理，是其委託他人試驗、測試其產品為生產所必要，與重核決定無因果關係乙節，顯有誤解，經查，依行政院衛生署85年4月17日衛署藥字第85018737號函主旨載明國內GMP藥廠對藥品所實施之生體相等性試驗，是否屬研究項目，經查試驗費，係為研究產品，改進生產技術及改善製程所支出之費用，應屬研究發展支出甚明，又誠如被告機關復查決定卷載所稱本案原告88年度列報之研究與發展之支出，除委託明生公司研究非屬前揭要點規定之研究機構，其研究費用予以剔除否准適用投資扺減外，其餘已認列，被告機關並未否認其有研究發展事實，原告確有研究發展之事實。㈣投資抵減辦法第2條第1項第9款規定其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定研究與發展之支出，係採用行政法之擇一例示分款，避免法規制定當時，所未能預見、未及規範之情形或有特殊政策考量時，保留法規適用彈性，故國內GMP藥廠對藥品所實施之生體相等性試驗，非一般學術研究機構所能執行，即屬上開法理，從而財政部才有91年11月7日發布之生技醫藥產業委託國內研發服務公司從事研究與發展之支出適用投資抵減認定要點之頒布。因而行政院85年6月22日台85訴字第20318號再訴願決定才以原決定以明生公司非國內大專院校，亦非研究機構，認與投資抵減辦法不符，惟依被告機關卷附臺灣區製藥工業同業公會影本載有原告為進行研究發展，提升藥品品質所委託明生公司實施之藥品生體可用率及生體相等性試驗，確屬需要，並能獲得行政院衛生署認可，該機構之先進技術及設備始能進行人體試驗，非一般機構所能執行，按進行人體試驗倘非一般學術機構所能執行．．．爰將本部分原決定及原處分均撤銷，故明生公司應可認定已依投資抵減辦法第2條第1項第9款規定其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定研究與發展之支出。綜上，原告88年度確實有研究與發展事實，此為被告機關所認諾之事實，卻以明生公司並非研究機構為由否准適用投資抵減，已違反訴願法第95條，行政程序法第6條及第8條之規定。案經財政部訴願決定略以，本件原處分機關及原告均向財政部請釋，原告委託明生公司執行生體相等性試驗及生體可用率試驗等費用，有無符合審查要點第9項其他經中央目的事業主管機關及財政部專案核准之範圍，得認定屬研究與發展之支出，經財政部94年3月11日台財稅字第09404518300號函復略以，查有關公司委託研究費用得認屬研究與發展之支出，適用投資抵減之適用範圍，於本案行為時（87至88年）公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法第2條第7款．．．業已明文規定．．．所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構．．．是以，原告於87年至89年間委託明生公司執行藥品生體相等性試驗及生體可用率試驗等費用，可否認屬研究與發展支出適用首揭投資抵減辦法，應依該辦法第2條第7款規定辦理；按原告委託之明生公司，於行為時非屬前揭辦法及要點所稱研究機構，是該項委託費用尚無法專案認定屬研究與發展之支出。財政部91年11月7日台財稅字第0910457312號令發布生技醫藥產業委託國內醫藥研發服務公司從事研究與發展之支出適用投資抵減認定要點，業自90年1月1日起實施，原告於90年間委託明生公司執行藥品生體相等性試驗及生體可用率試驗等費用，如符合上開認定要點之規定，自得依該要點認定屬研究與發展之支出．．．等語，原告88年委託費用無審查要點第9項之適用，得認屬研究與發展之支出。從而原處分機關原核定否准認列，重核復查決定據以維持原核定，經核並無不合。至訴稱原處分違反信賴保護原則乙節，被告機關重核復查決定已論駁綦詳，不再贅述，本件乃予維持。
3.訴訟意旨略謂：行政院台85年訴字第20318號再訴願決定及被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號重核復查決定，對原告委託明生等研發服務公司之研究發展支出准予適用投資抵減，兩行政處分均為合法之行政處分。原告委託明生等研發服務公司(或稱合約研究機構CRO)從事生體可用率及生體相等性分析試驗，其法律依據為投資抵減辦法第2條第1項第9款規定，此由經濟部及財政部91年11月7日經工字第09104625370號及台財稅字第0910457312號令會銜發布之函釋中第1項規定可證，並非適用該辦法第2條第1項第7款「委託國內大專校院或研究機構或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用」。本件系爭之明生等服務研發公司已是公告之「『生技醫藥產業委託國內醫藥研發服務公司從事研究與發展支出適用投資抵減辦法作業要點』所稱『醫藥研發服務公司』」名單中之公司，故明生等研發服務公司之專業水準及原告委託其辦理有關生體可用率及生體相等性試驗等性質，符合投資抵減辦法第2條第1項第9款所訂專案審查目的。經濟部工業局91年7月15日工化字第09103304071號會議紀錄之結論乃後來經濟部及財政部91年11月7日經工字第09104625370號及台財稅字第0910457312號令會銜發布之「生技醫藥產業委託國內研發服務公司從事研究與發展之支出適用投資扺減辦法認定要點」函釋之前身，參見該會議紀錄之決議事項內容可知，雖製藥業委託國內研發服務公司從事生體可用率及生體相等性分析試驗之性質為投資抵減辦法第2條第9款規定範圍，但只要其屬參考名單中之研發服務公司已可通案認定之，無需再報經專案審查。明生等研發服務公司核屬已公告醫藥研發服務公司名單中之公司，其專業水準及「生體可用率及生體相等性試驗」等委外支出之性質，符合投資抵減辦法第2條第1項第9款所訂專案審查目的而治癒。原告委託明生公司從事生體相等性試驗及生體可用率試驗研究乙案，前於80年度曾遭被告機關否准適用投資抵減，原告依法提起行政救濟，案經行政院台85年訴字第20318號再訴願決定撤銷及被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號復查決定准予增列委託明生公司試驗費511,000元並適用投資抵減。故此行政處分終局確定了委託對象「明生等研發服務公司」及有研究發展等二項事實，才准予適用投資抵減，依司法院院字第1461號解釋及最高行政法院93年判字第783號判決意旨，對於原告委託對象「明生等研發服務公司」及有研究發展等二項事實，每一年度均相同，基於事物本質相同時，不得為差別之待遇，同一機關對此同一事件各年度應受訴願法第95條前段規定之拘束。且本件符合法務部89年10月11日法89律字第000286號釋明信賴保護之要件，應有司法院釋字第525號解釋信賴保護原則之適用。原告88年度營利事業所得稅事件為未確定案件，依司法院釋字第287號解釋及稅捐稽徵法第1條之1規定，應有財政部92年1月6日台財稅第0000000000號函、經濟部90年7月26日工策字第09000129160號函及財政部89年9月27日台財稅0000000000號函之適用。原告88年度確實有研究發展事實，其以明生公司並非研究機構為由否准適用投資抵減，違反訴願法第95條，行政程序法第6條及第8條之規定云云。
4.查依行為時「公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法」第2條第7款規定，公司委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用始得認列為研究與發展之支出，又所稱「研究機構」依投資扺減辦法審查要點規定係指政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構，本件原告所委託之明生公司，既非屬投資抵減辦法所稱之研究機構，亦非同辦法第9款經中央目的事業主管機關及財政部專案認定之機構，其因而所發生之費用自不能認屬研究與發展之支出而適用投資扺減，另原告引述之行政院台85訴字第20318號再訴願決定，並非判例，僅有拘束個案之效力，亦不能援引適用而為本案判斷之依據，再原告所指財政部91年11月7日台財稅字第0910457312號令訂定之生技醫藥產業委託國內醫藥研發公司從事研究與發展之支出適用投資抵減認定要點，已明定自90年1月1日起實施，且原告亦無法提示財政部專案核准證明文件，本案自無適用投資抵減之餘地，原核定並無不合，原告一再執陳詞主張實不足採。
5.基上論結，原處分及所為復查、訴願決定並無違誤，請准如訴之聲明判決。
理由
一、按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額5%至20%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後4年度內抵減之．．．三、投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出．．．前項投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」為行為時促進產業升級條例第6條第1項第3款及第2項所明定。次按「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、研究發展單位專業研究人員之薪資．．．七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用．．．九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。」為行為時公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法第2條第1款、第7款及第9款所規定。又「公司依88年12月31日修正前促進產業升級條例第6條第1項第3款及公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法規定，適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件，如附表。項目：壹、研究與發展支出：一、研究發展單位專業研究人員之薪資．．．七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用．．．九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。認定原則：一、研究與發展支出係指公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之費用。二、公司從事研究與發展需研提具體研究計畫，稅捐稽徵機關於查核時，應就公司檢附之證明文件，核實認定是否屬研究與發展之範圍，尚不以有無研發成果為認定之依據。三、研究新產品事實之認定：．．．㈢研究新產品階段中所發生之測試如屬原形開發之設計、檢討、功能、安全及耐久性等測試，或藥品、醫療器材在國內、外業經實驗室及動物實驗研究，有相當文獻發表，可在人體施行試驗或在國外主要國家仍在人體試驗階段，在國內所施行之試驗，應屬研究與發展之範圍。．．．二、專業研究人員係指配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員，包括研究發展單位之主管及該單位內直接參與研發專案進行之各階主管在內。但研究發展單位之其他行政、助理、市場調查、統計及管制等人員及其主管，則非屬專業研究人員之範圍。．．．一、所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。．．．．
．．二、本款認定之支出，以中央目的事業主管機關及財政部專案核准範圍為限。一、研究計畫及紀錄或研究計畫及報告。．．．應檢附之證明文件：．．．一、公司之組織系統圖、研究單位配置平面圖及研究人員名冊（應註明．．．），年度研究計畫及報告或研究計畫及紀錄等相關資料。．．
．一、委託國內大專校院或研究機構研究之支付憑證、委託合約及研究機構經政府核准登記之相關證明文件。二、聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員從事研究之聘書或受聘人員之證明。．．．中央目的事業主管機關及財政部核准函、合約、計劃及相關證明文件」為財政部89年4月21日台財稅第0000000000號函頒之公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點第2條第1款、第7款、第9款及附表項目壹所規定。
二、本件原告88年度營利事業所得稅結算申報，列報研究與發展之支出13,323,760元及可抵減稅額2,664,752元，經被告機關初查以其中所列報之研究人員林爵永非專業研究人員，其薪資139,145元否准認列，另所列報委託明生公司研究費6,330,000元，因明生公司未符合財政部89年4月21日台財稅第0000000000號函頒公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點規定之研究機構，亦否准認列，乃核定研究與發展支出6,854,615元、可抵減稅額1,370,923元。原告不服，申請復查未獲變更，提起訴願，經財政部台財訴字第09300463780號訴願決定將原處分（復查決定）撤銷，囑由被告機關另為處分。案經被告機關重核結果，仍維持原核定，原告仍表不服，復提起訴願，遭訴願決定駁回，遂就委託明生公司研究費部分提起本件行政訴訟。
三、經查，財政部以89年4月21日台財稅字第0890453102號函檢發「公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點」，說明「本函發布日前未核課確定之案件，適用本審查要點規定辦理，已核課確定之案件，不予變更。」，該審查要點對於投資抵減辦法第二條第七款所稱之研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院，經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。明生公司為依公司法規定設立登記成立之公司組織，非但不屬於經政府核准登記有案之財團法人所屬之研究機構，且非經政府核准登記有案以研究為主要目的之社團法人，是原告委託明生公司試驗分析藥品生體可用率及生體相等性之費用，並非屬委託國內大專院校或研究機構研究或聘請大專院校或研究機構研究人員之費用，被告否准抵減稅額，即無不合。
次查，被告分別於93年12月3日、12月27日及94年1月14日以中區國稅法一字第0930071311號、第0000000000號及第0000000000號函（見原處分卷第436至439頁），請原告提示中央目的事業主管機關及財政部核准函、合約書、計畫及相關證明文件供核，惟原告迄未提出中央目的事業主管機關及財政部專案認定之證明文件，則原告亦未符合投資抵減辦法第2條第9款「其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出」之規定，被告否准適用投資抵減，亦無不合。至於明生公司嗣後經經濟部工業局公告為醫藥研發服務公司參考名單，僅係指該公司之服務內容含藥物臨床前實驗、臨床試驗、研究測試或生體可用率及生體相等性分析試驗之工作。但原告取得明生公司所開具之支出單據，仍須符合投資抵減相關法令之規定，始得適用投資抵減。原告主張明生公司經公告為醫藥研發服務公司參考名單，即認已符合投資抵減辦法第2條第9款「其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出」之規定，尚有誤解。再者，研究發展支出，須符合投資抵減辦法之規定，始得適用投資抵減稅額之規定，本件原告不符投資抵減辦法之規定，業如前述，其委託明生公司從事藥品生體可用率及生體相等性試驗，縱屬研究與發展支出，亦不能適用資抵減之規定。另原告主張其80年度委託明生公司從事藥品生體可用率及生體相等性試驗，所支出之研究與發展費用，業經行政院台85年訴字第20318號再訴願決定及被告機關86年5月12日中區國稅法字第860026785號重核復查決定，對原告委託明生公司之研究發展支出准予適用投資抵減，惟相同之事件，被告否准原告88年度委託明生公司之研究發展支出適用投資抵減，有違行政程序法第6條之平等原則及第8條之信賴保護原則云云。然查，本件原處分於法無違，至前案是否妥適，殊難援引為原處分違法之論據，亦難執此主張原處分違反平等原則。又原告於88年度委託明生公司所支出之研究發展費用，係基於原告本身因研究發展之需要，並非因信賴80年度委託明生公司從事藥品試驗所支出之研究與發展費用可適用投資抵減，而委託明生公司從事藥品試驗。且行政院台85年訴字第20318號再訴願決定，係屬個案之見解，依訴願法第
95條之規定，僅得拘束原告80年度研究發展支出適用投資抵減之事件，其88年度之投資抵減自不得比附援引。基此，本件應無信賴保護原則之適用。綜上所述，原告之主張，均不可採。從而，被告否准原告委託明生公司從事藥品試驗所支出之研究發展費用適用投資抵減部分之處分（重核復查決定），核無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合。原告起訴意旨求為撤銷，為無理由，應予駁回。至兩造其餘之主張，與本件判決之結果無影響，毋庸逐一加以論述，附此敘明。
四、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第195條第1項後段、第98條第3項前段，判決如主文。
中華民國95年8月30日
第三庭審判長法官沈應南
法官許金釵法官林秋華以上正本證明與原本無異。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須依對造人數附具繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
提起上訴應預繳送達用雙掛號郵票390元（34元及5元郵票各10份)。
中華民國95年8月30日
書記官黃靜華