裁判字號：最高行政法院89年判字第3887號判決
裁判日期：民國89年12月28日
裁判案由：綜合所得稅
最高行政法院判決八十九年度判字第三八八七號
再審原告甲○○再審被告財政部臺灣省北區國稅局代表人 林吉昌 右當事人間因綜合所得稅事件，再審原告對本院中華民國八十八年四月二十九日八十八年度判字第一五七○號判決提起再審之訴。本院判決如左：
主文再審之訴駁回。
再審訴訟費用由再審原告負擔。
事實緣再審原告八十一年度綜合所得稅結算申報，再審被告以其漏報其配偶 蕭素琴 取自國防部中山科學研究院（以下簡稱中科院）之薪資所得計新臺幣（下同）二○六、六八二元，乃核定補徵稅額九、二八一元。再審原告不服，申經復查結果，未准變更。提起訴願、再訴願，遞遭決定駁回，提起行政訴訟，亦經本院以八十八年度判字第一五七○號判決（下稱原判決）駁回，再審原告以原判決適用法規顯有錯誤，提起本件再審之訴。茲摘敍兩造訴辯意旨於次：
甲、再審原告起訴意旨及補充理由略以：
一、稅捐稽徵法第一條之一明定：「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」是以財政部稅制委員會於七十九、八十三、八十七年度所出版各年度所得稅法令彙編及八十六年稅捐稽徵法令彙編中，其首揭財政部七十九年十月十八日台財稅第000000000號函、八十三年八月三十一日台財稅第000000000號函、八十七年九月二十一日台財稅第000000000號函、八十六年七月十一日台財稅第000000000號函各函示，皆再三對全國人民揭示：本部及各權責機關在民國某年某月某日前發布所得稅釋示函令，凡未編入該各年度版之所得稅法令彙編中，自民國七十九年十一月五日、八十三年十月一日、八十六年八月一日、八十七年十月一日起，非經本部重行核定，一律不再援引適用等語，經再審原告詳查各該年度版之所得稅法令彙編，皆未列入財政部六十八年台財稅第三八五○一號函、行政院八十四年台八十四財字第三七○○七號函，依上開各函示之意旨，應為無效之函示，必經各權責機關重新核定後，始重新生效，就稅捐稽徵法第一條之一之立法旨意，對據以申請案件發生效力，且為對納稅義務人有利者，應適用之，故財政部六十八年台財稅第三八五○一號函及行政院八十四年台八十四財字第三七○○七號函對中科院非軍職人員無拘束力，政府機關施政最忌反覆無常，憲法層次的「禁反言」原則，具有拘束立法、司法、行政三者之效力。
二、所得稅法第四條第八款於民國五十二年修訂公布施行，稅捐稽徵機關理應於民國五十五年中科院創立時，據以主張中科院非軍職人員所領「品位加給或技術加給」為應稅所得，方無凟職行政疏失之責任發生，卻遲至民國六十八年方在檢舉人檢舉下，匆匆以六十八年台財稅第三八五○一號函徵免原則，以「如係、如屬」等關鍵詞，授權中科院自行認定「品位加給、技術加給」為合於所得稅法第四條第八款之免納所得稅之研究補助費，且行政院、國防部、中科院基於國防武器自主研發政策需要，並未示知員工知悉財政部八十五年十二月五日台財稅第000000000號函引國防部八十五年十月九日珍琥字第二五二六號函文。且財政部雖發文給國防部後，歷經十四載，卻無進一步具體作為，實在難以令人相信，唯一合理的解釋，就是配合歷任行政院長的國防武器自主研發的政策，所增進公共利益實遠大於「品位加給或技術加給」課稅利益而不作為，是以中科院非軍職人員之「品位加給及技術加給」的免稅權利，是執行國家基本國策所獲得的人民之其他自由與權利，合於憲法第二十二條及第二十三條規定，且與促進產業升級條例同為合於租稅優惠獎勵原則之定義：即「『租稅優惠』者，在於具有相同負擔能力，為誘導其某一特定行為，以違反『量能原則』，創造租稅特權取得租稅利益。」是以租稅優惠之憲法審查標準在於目的「所獎勵誘導之行為」與手段「租稅特權」間是否符合「比例原則」，基於此原則（憲法第二十三條）及憲法第一百六十六條、第一百六十七條及憲法增修條文第十條基本科學研究發展國策，即以誘導激發中科院非軍職人員自主防衛武器的原創力，以最高行政裁量權核予「品位加給或技術加給」為免稅待遇，何況就所得稅法第四條第八款前段、稅捐稽徵法第一條之一及第四十八條之三的立法本意，及所得稅法令彙編、稅捐稽徵法令彙編首揭各函示之意旨下，中科院員工及一般人民皆已相信其為「品位加給及技術津貼」實質免稅的既存法秩序之存在，實已擁有「信賴保護原則」之適用；鈞院對中科院數百份判決理由書中，皆指明「信賴保護原則」，係指人民信賴政府機關之決定，就其生活關係已有適當之安排，應給予保護或給予合理補償而言。
三、監察院在（八五）院台財字第二四五七號函中，指出桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日回覆檢舉人，認為「研究加給、技術加給」係政府為獎勵科技人員研究工作之補助費，而再審被告於八十二年四月十五日北區國稅三第0000000號函認「品位加給及技術津貼可否適用所得稅法第四條第八款，亦有疑義，應採不溯及既往原則．．．所以本案未納稅，非可歸責於納稅義務人。」又監察院分別於八十七年十一月二十日以（八七）院台財字第八七二二○○五八○號、及同年十二月二十二日（八七）院台財字第八七二二○○六五八號函亦表明對中科院非軍職員工之處置顯非公平，而係中科院及稅捐機關之行政疏失所致，就桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日之函覆檢舉人之函，中科院非軍職員工主觀上並無違章漏稅之故意，應享有「信賴保護原則」。
四、中國國民黨李前主席於八十五年五月八日在該黨中常會謂：「中科院之補稅問題，五年前就已發生，有交代了很多次，但相關單位都沒果斷解決問題，到底是誰的錯，要徹底去了解，如果是政府的錯，政府應該負責加以解決，錢應該由政府支出。」其亦於八十四年十月十二日在國軍軍事會議中裁示：「中科院非軍職員工所領之品位加給及技術津貼所得稅追繳案，財稅單位對於法律之引用不宜因時而異，以溯及既往方式追課亦有不妥，本案涉及人數眾多，波及層面甚廣，其可能衍生相關之社會問題應予重視，希行政院相關單位重視，儘速妥善處理，以免影響政府威信及當事人權益。」
五、八十七年十月十二日工商時報第四版刊出記者就中科院非軍職員工所得稅行政訴訟事件，訪問最高行政法院鍾院長，鍾院長建議應由財政、國防兩部協商解決，由此可知本案所得稅追補繳案，錯不在員工。
六、中科院於八十三年以前所開具之扣繳憑單上所添載之扣繳義務人為院長 劉曙晞 上將，但中科院於八十五年二月十二日補寄已退休或現職員工有關「品位加給或技術津貼」之扣繳憑單上所添記之扣繳義務人，竟是已離職他調多時之前主計處長 周和漢 與 陳榮讚 兩人，經查證兩人皆言中科院其時之主計處長 吳俊勢 少將皆未徵詢兩人之同意，即擅自用其二人之名義補發此一有違法理之扣繳憑單，而具有調查偵搜權之稅捐機關，竟以此不合法補發之扣繳憑單為補稅依據，實有違具有調查偵搜權之機關，不得以非法手段所獲得之證據，為課人民以納稅義務之憑證的證據法則限制。試問如無扣繳憑單客觀平實記載所得應稅金額，則稅捐稽徵機關與納稅義務人之糾紛將永無寧日。而鈞院認為不以扣繳憑單之有無作為課稅之唯一依據，亦有待商榷，而周和漢、陳榮讚與吳俊勢等人以奉命行事為由，提起國家賠償請求，則屬另一大事。
七、本案經鈞院認定「品位加給或技術津貼」為中科院非軍職員工之薪資所得，必定要補徵所得稅，則中科院非軍職員工自五十五年成立至八十四年十二月底止，退休離職員工不少，即可向國防部暨中科院請求補發全額退休金差額，將使國庫損失甚鉅，且對於去世之員工其欠稅如何處理，退休金之差額是否其家屬亦可要求追補，故本案應以憲法第十五條、第二十二條、第二十三條、及所得稅法第四條第八款前段、稅捐稽徵法第一條之一、第四十八條之三、所得稅法令彙編首揭三函、稅捐稽徵法令彙編首揭函示、桃園縣稅捐稽徵處大溪分處八十年四月八日函覆檢舉人之函暨長達二十八年之久實質免稅所成之既存法律秩序，以及「信賴保護原則」、「比例原則」等憲法層次相一致之倫理價值觀之原則來審慎判決，以維原告權益。
八、稅捐稽徵法第一條明白規定稅捐稽徵法未規定事項，適用其他有關之法律規定；同法第三十八條復規定不服稅捐稽徵機關復查決定，得依法提起訴願，則訴願法為有關聯之法律，已昭然明確。就（修正前）訴願法第二條所定的行政處分要件來論，財政部及再審被告再如何文過飾非或遁詞巧辯，亦不能改變已構成核可免稅處分之既存事實，蓋作為或不作為皆屬於單方行政行為，就此，立法先賢必已預見行政主管機關會有怠惰、反覆無常、諉過於民之不當行政行為發生，致損及人民應受憲法保障之財產權或依法節稅權等權利或利益之事實，而立此法條以為導正之本意，是為法之所當然。況且關係本系爭案件適用「信賴保護原則」，已由中科院員工依法向監察院聲請於八十八年十月二日獲得。桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日駁回檢舉人之釋示，謂：「．．．二、查國防部中山科學研究院稱其員工薪資分成本俸及研究加給兩部分，本俸依法課稅；至於研究加給係政府為獎勵科技人員科技研究工作之補助費，此研究補助費 台端 建議應改成單一薪俸核課綜合所得稅，以健全所得稅制，此案俟所得稅法修正時，將一併建議上級單位參採。．．．」，揆諸上述釋示，足證當時負責中科院國稅稽徵業務之大溪稅捐分處，再度明確認定中科院非軍職員工所領之研究補助費合於所得稅法第四條第八款前段免稅規定，為免稅之所得，駁回檢舉人的檢舉，而檢舉人亦認為係駁回其檢舉。嗣桃園縣稅捐稽徵處大溪分處並未就其檢舉，而對中科院本身或非軍職員工之納稅義務人，依稅捐稽徵法第三十條、第三十一條及所得稅法第七十九條、第八十條、第八十一條、第八十三條、第九十五條所賦予的法定職權為調查核定，開立核定稅額通知書、繳款書，命其補繳，此可由監察院八十五年三月十五日所發布之糾正案第叁項甲事實第四段所記述：「．．．八十一年九月又有納稅義務人檢舉略以：『政府財政負擔沈重，中科院給付非軍職人員所得有低報，造成課稅不公，請研究改進，以增裕稅收．．．』」之實情而得證。因之斯時財政部及核課主管機關以其法定職權，從五十五年至八十二年長達二十七年之久，對中科院非軍職員工所領「品位加給、技術津貼」部分未以核定稅額通知書為應稅之補徵作為，實是認定系爭所得，合於所得稅法第四條第八款前段規定，為免稅所得，殆無疑義，並已構成核定免稅之既存法秩序。
九、就財政部賦稅署八十八年一月十八日台稅一發第000000000號書函所載：「國防部中山科學研究院非軍職人員薪給中之『品位加給』及『技術津貼』徵免所得稅案，肇始於民國六十八年，由該院員工具名檢舉該院非軍職人員所領取『品位加給』及『技術津貼』未依法納稅。由行政院將檢舉函轉財政部，經財政部函請國防部查明給付之性質，惟國防部函覆基於業務機密之理由無從提供．．．」，可知財政部至遲於六十八年已經知悉發現中科院非軍職人員領有「品位加給」及「技術津貼」之事實，當時雖擬具處理辦法報請行政院函准備查在案，並於六十八年十一月三十日匆匆以台財稅第三八五○一號函徵免原則，以「如係、如屬」等關鍵詞授權中科院自行認定「品位加給、技術加給」為合於所得稅法第四條第八款免納所得稅之研究補助費，且財政部發文給國防部後，復為配合兩位蔣故總統、歷任行政院長之國防武器自主研發政策，以獲得國防實質嚇阻戰略能力，保障人民之生存、自由及尊嚴，使大、中、小企業能有安定之環境發展而發達茁壯，創造舉世稱美之經濟奇蹟，更進一步在財政部所出版各年度版所得稅法令彙編、稅捐稽徵法令彙編中，刻意隱去財政部六十八年台財稅第三八五○一號函之積極作為，使全國人民、法學界、律師界、稅捐稽徵機關中、低階層官員皆不知有此函示存在，監察院（八五）院台財字第二四五七號函調查意見即指出。且桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日回覆檢舉人，亦認為研究加給及技術津貼係政府為獎勵科技人員科技研究之工作補助費（對人民公開表示），而再審被告八十二年四月十五日北區國稅三第00000000號函，認「品位加給、技術津貼」可否適用所得稅法第四條第八款亦有疑義．．．採不溯既往原則，．．．可知稅捐稽徵機關中、低階公務員亦不知有財政部六十八年台財稅第三八五○一號函的存在；而在六十九年至八十三年以前亦從未對「品位加給、技術津貼」開立核定稅額通知書或繳稅扣繳憑單，更使人民信賴中科院非軍職員工所領之「品位加給、技術津貼」為符合所得稅法第四條第八款前段免稅要件為免稅所得，而在中科院對外招考員工時，就前仆後繼地投入中科院懷抱，激盪腦力、原創力，竭盡心智為獲得國防實質嚇阻戰略能力而努力研發，就修正前訴願法第二條第一項：「本法所稱行政處分，謂中央或地方機關基於職權，就特定具體事件所為發生公法上效果之單方行政行為」之明確定義來看，已構成有效之認可免稅行政處分。反之，就修正前訴願法第二條第二項：「中央或地方機關對於人民依法聲請之案件，於法定期限內應作為而不作為，致損害人民之權利或利益者，視同行政處分」之有效定義而論，財政部至遲於六十八年已由檢舉依所得稅法第一百零三條告發中科院非軍職員工領有品位加給、技術津貼之事實，屬已發現知悉課稅資料，當時財政部如堅持「品位加給、技術津貼」為所得稅法第八條第四款但書部分所稱核屬勞務所得，非免稅所得，即應命各地稅捐稽徵機關於核定六十九年所得稅結算額時，發現中科院非軍職員工，仍未申報研究補助費之所得後，依稅捐稽徵法第三十條、第三十一條、所得稅法第七十九條、第八十三條、第九十五條等有關法條為調查核定之法定行為，並開立「核定稅額通知書」予中科院非軍職員工，為法定期間應為之作為，再審被告在長達十餘年中不處分中科院非軍職員工所領「品位加給、技術津貼」不為作為，一方面駁回檢舉人之檢舉，影響檢舉人領取檢舉獎金之權利，另一方面復損害中科院非軍職員工依法節稅權、工作選擇權、生涯規劃處置財產權，已符合修正前訴願法第二條第二項之要件，視同核可中科院非軍職員工所領「品位加給、技術津貼」為免稅之研究補助費，殆無疑義；要不是在行政院會議中財政部、國防部已達成為國防自主研發政策，應予免稅之認定，而無須調查核定，否則以稅法授予稽徵機關查核之森嚴，那有任何機關首長、企業主或納稅義務人能身免。故再審被告刻意隱去財政部六十八年台財稅第三八五○一號函之積極作為，中科院非軍職員工所領之品位加給、技術加給，非屬另行發現課稅之資料，應享有充分的「信賴保護原則」之適用；而桃園縣稅捐稽徵處大溪分處基於職權（依修正前訴願法第二條前段是謂有權解釋之機關）復於八十年四月八日以：「．．．研究加給及技術津貼係政府為獎勵科技人員科技研究之工作補助費，此研究補助費台端建議應改成單一薪俸核課綜合所得稅，以健全所得稅制，此案俟所得稅法修正時，將建議上級單位參採．．．」，駁回檢舉人之檢舉，再度確認中科院非軍職員工所領之品位加給、技術津貼為合於所得稅法第四條第八款為免稅所得，而再審被告於八十三年一月二十二日始以北區國稅大溪審第00000000號函明確表示變更已往已核可免稅之處分。
十、鈞院在對中科院數千份判決書中，對信賴保護原則為如下之定義：「行政法上所謂信賴保護原則，係指人民因相信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民既得權益。本原則之適用，係在禁止新制定或修正的法規有溯及既往之效力。」、「至所稱信賴保護原則，係指人民信賴政府機關之決定，就其生活關係已有適當之安排，應給予保護或給予合理補償而言。」是以鈞院亦已明確認定行政爭訟上有信賴保護原則之適用；而大法官吳庚在其所著「行政法之理論與實用」論及「信賴保護原則為戰後在西德發展成功之原則，最先適用於授益性質行政處分之撤銷或廢止，蓋相對人因此類處分獲有利益，一經撤銷自將遭受損害，故行政機關撤銷授益處分時，應考慮補償相對人信賴部分有效存續之利益，其後此項原則經該國憲法法院之不斷引用，且逐漸成為憲法層次之法則，不僅拘束行政部門，對立法及司法部門亦有拘束力，故制定法規或適用法規均不得溯及既往發生效力，使人民更為不利」。除此之外， 城仲模 博士在其主編之「行政法裁判百選」亦論及「信賴保護原則，係指人民因相信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民之既得權，並維護法律尊嚴。」信賴原則亦係一般法律原則，具有憲法層次效力，可拘束立法、司法及行政。基於信賴保護原則，原則上禁止負擔性法律、命令或自治法規有溯及既往效力（基於此，則八十三年一月二十二日北區大溪審第00000000號函行政命令即違反此不得溯及既往之原則），亦適用於授益行政處分之職權撤銷與廢止；德國學說實務並認為信賴保護亦可適用於行政規則，尤其是形式上已公開之行政規則，及一般法律生活上已無重大疑義而接受之司法及行政慣例；行政指導上禁反言法理亦係信賴保護原則之適用。大致上須有（一）信賴基礎：即須先有一個令人民信賴之行政行為，如一個有效之行政處分。
（二）信賴表現：須人民因信賴該行政行為而為具體之信賴行為，如運用財產而生法律之變動。（三）信賴值得保護：人民之信賴係基於善意，若該行政處分具有瑕疵，必須非因過失而不知該瑕疵存在。在人民信賴值得保護之時，亦須斟酌公益以決定其保護方法，我國實務界亦多所引用。以上法學學理，亦明確地支持中科院非軍職員工應享有「信賴保護原則」之保護。
十一、監察院在（八五）院台財字第二四五七號函中，指出桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日回覆檢舉人，亦認為：研究加給係政府為獎勵科技人員科技研究工作之補助費（對人民公開承認），而再審被告於八十二年四月十五日北區國稅三第00000000號函認「『品位加給及技術津貼』可否適用所得稅法第四條第八款，亦有疑義．．．應採不溯既往原則，明定自．．．所以本案未納稅，非可歸責於納稅義務人」；又監察院分別於八十七年十一月二十日（八七）院台財字第八七二二○○五八○號、及十二月二十二日（八七）院台財字第八七二二○○六五八號函亦表明對中科院非軍職員工之處置顯非公平，而係中科院及稅捐機關之行政疏失所致；就桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日函覆檢舉人之函，中科院非軍職人員主觀上並無違章漏稅之故意，應享有「信賴保護原則」之適用，因其為主管機關對人民之函示，非政府機關內部建議函。
十二、綜上所述，本件原判決及一再訴願、原處分俱有違誤，請命中科院參加訴訟及行言詞辯論後，將原判決廢棄並撤銷一再訴願決定、原處分等語。
乙、再審被告答辯意旨略謂：
一、經查中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應員工之各項給與，但實際上領受「科技品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位或參與不同計畫，悉依該院所訂「科技人員品位加給支給標準表」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按級定額領取「科技品位加給」或「技術津貼」。該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與，是以該院非軍職人員所領受之「科技品位加給」或「技術津貼」，核屬其因提供勞務所取得之報酬。另再審被告於八十二年間曾派員前往該院現場瞭解結果，該院支付非軍職人員之「科技品位加給」及「技術津貼」係採按月給付方式，並非按研究計畫個案給付，是依所得稅法第四條第八款所規定及財政部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函釋意旨，原核定以系爭薪資所得（研究補助費或品位加給）二○六、六八二元，併課當年度綜合所得額，核定應補稅額九、二八一元，要無不合。又本件原核定發單補徵稅款，並未逾稅捐稽徵法第二十一條所定核課期間，所稱基於信賴原則不宜追溯補徵等節，殊無足採。
二、再審原告其他主張，前經原判決詳為審酌，並無適用法規錯誤之情形，再審原告仍執前詞反覆訴求，難謂為有理由。又其以原判決適用法規錯誤為理由，提起再審之訴，僅屬再審原告有與鈞院歧異之法律見解，要難謂符合再審之要件。
三、綜上所述，本件再審原告之訴為無理由，請予駁回等語。理由
一、按適用法規顯有錯誤者，得以再審之訴對於確定終局判決聲明不服，行政訴訟法第二百七十三條第一項第一款定有明文。另「所謂『適用法規顯有錯誤』，係指原判決所適用之法規與該案應適用之現行法規相違背，或與解釋判例有所牴觸者而言，至於法律上見解之歧異，再審原告對之縱有爭執，要難謂為適用法規錯誤，而據為再審之理由。」本院業已著成六十二年判字第六一○號判例。
二、本件再審原告八十一年度綜合所得稅結算申報，再審被告以其漏報其配偶蕭素琴取自中科院之薪資所得二○六、六八二元，乃核定補徵稅額九、二八一元。再審原告不服，循序提起行政訴訟，亦經原判決駁回，再審原告猶未甘服，以如事實欄所載各節，認原判決適用法規顯有錯誤，提起本件再審之訴。經查：
（一）按所得稅法第二條、第四條第八款、第十四條第一項第三類之規定，自該法公布施行後，迄未變更，亦即關於本件品位加給及技術津貼，非屬所得稅法第四條第八款所定之免稅薪資，從未予改變，而財政部六十八年台財稅第三八五○一號函、行政院台八十四財第三七○○七號函係就前開所得於如何適用前開所得稅法，加以闡述，是前開函示是否經權責機關重行核定，有無編入所得稅法令彙編，均無礙於品位加給及技術津貼原即非屬免稅範圍之認定；況再審被告對再審原告核課本件所得稅之依據，為前開所得稅法，非僅依前開函示即為核課處分，是再審原告主張上開函示未經列入所得稅法令彙編中，應屬無效，不得對其課徵本件所得稅云云，即無可採。
（二）憲法第一百六十六條、第一百六十七條第三款，係規定教育科學藝術工作者生活之保障、科學之發明與創造之獎勵及古蹟文物之保護、於學術或技術有發明者之獎勵與補助等，與憲法第十九條規定人民有依法律納稅之義務，兩者併行不悖。前者，要求政府依國民經濟進展之情形，隨時提高教育科學藝術工作者之待遇、獎勵或補助發明者；但並不因此免除該類人員依法納稅之義務。故除法律明定得免納稅義務者外，稅捐單位對之課徵各類稅款，無違憲法第二十二條、第二十三條、第一百六十六條、第一百六十七條第三款規定。是中科院不論依何法源設立，其所屬人員除非法律明定免徵所得稅外，自不得解免其納稅之義務。又稅捐稽徵法第四十八條之三之從新從輕原則，係納稅義務人違反該法之規定應受裁罰時，適用最有利於納稅義務人之規定，與本件納稅義務人應繳納及補徵之稅捐無涉，況所得稅法第四條第八款、第十四條第一項第三類規定，迄未修正，亦無稅捐稽徵法第四十八條之三規定之新舊法適用問題。
（三）再審原告之系爭所得，苟屬所得稅法所定之應稅所得，即應依法核課，再審原告如漏未申報、繳納，再審被告於核課期間內，自得對之補徵，再審原告之漏報是否出於故意或過失，均在所不論。是本件再審原告謂其對系爭所得之漏未申報，非出於故意且無過失一節，縱屬實在，亦不因之得以免納系爭稅款。
（四）李前總統與本院院長就本件稅款之補徵有關事項所表示意見，核非權責機關之意見，對本件稅款之核課不生影響。
（五）綜合所得稅之扣繳制度，係納稅義務人於結算申報前取得所得時，預計其應納之稅額，責由扣繳義務人於給付該所得時，先行扣繳預計之稅款，嗣納稅義務人結算申報時，持以扣抵應納稅額。是必先有納稅義務，始生扣繳問題，而非作成扣繳憑單，始生納稅義務。則再審被告查獲再審原告之系爭所得未為申報，而就系爭所得依法補徵稅款，即無不合，至系爭所得之扣繳憑單如何於事後始行補作，均無礙於再審原告應繳納本件稅款之義務。
（六）本件再審原告之系爭所得應否課徵綜合所得稅，與系爭所得是否應計入退休金計算之基數內計算退休金，分屬二事，且分由不同法律為規範，尚不得以後者之計算方式用以影響系爭所得之應否補稅。
（七）稅捐稽徵法第一條明定：「稅捐之稽徵，依本法之規定，本法未規定者，依其他有關法律之規定。」是稅捐稽徵法已規定之事項，原無適用其他法規之餘地。查稅捐之核課期間有關事項，稅捐稽徵法第二十一條既定有明文，則本件所得稅之核課期間自應適用該法之規定，亦即本件所得稅之納稅義務人即再審原告就有關本件所得稅之核課期間，自應適用稅捐稽徵法第二十一條之規定。再審原告謂該法文規定之目標應為中科院及其上級機關國防部、行政院云云，自非可取。
（八）再審被告對再審原告之本件應稅所得，雖應依法核課其綜合所得稅，而再審被告怠於於當年度核課，此項「不作為」，對再審原告而言，乃取得暫時無須繳納綜合所得稅之利益，而未致損害於其權利或利益，自無依修正前訴願法第二條所定「應作為而不作為，視同行政處分」，而認已構成免稅處分之可言。另大溪稅捐分處八十年四月八日函係謂「．．．『國防部中山科學研究院』稱其員工薪資分成本俸及研究加給兩部分，本俸依法課稅；至於研究加給係政府為獎勵科技人員科技研究工作之補助費．．．建議上級參採。」並未自行認定本件所得屬獎勵科技人員科技研究工作之補助費，而為免稅所得，再審原告謂桃園縣稅捐稽徵處大溪分處已給予再審原告免稅利益，使其產生信賴云云，自屬誤會。
三、綜上所述，再審原告主張各節，均無可採，再審被告依前開規定補徵再審原告漏繳稅款，一再訴願決定，遞予維持，俱無違誤，原判決因而駁回再審原告前訴訟程序之訴，無適用法規顯有錯誤之情形，再審原告所為爭執，核屬法律上見解之歧異，本件再審之訴，並無再審理由，應予駁回。又中科院並非本件訴訟標的須合一確定者或因本件撤銷訴訟之結果，其權利或法律上之利益，將受損害者，自無庸命其參加。另本件事證已臻明晰，無行言詞辯論之必要，併此指明。
據上論結，本件再審之訴為無理由，爰依行政訴訟法施行法第二條、行政訴訟法第二百七十八條第二項、第九十八條第三項前段，判決如主文。
中華民國八十九年十二月二十八日
最高行政法院第四庭
審判長法官葉振權
法官黃合文法官林清祥法官劉鑫楨法官吳明鴻右正本證明與原本無異
法院書記官阮桂芬中華民國九十年一月二日