裁判字號：最高行政法院88年判字第922號判決
裁判日期：民國88年04月08日
裁判案由：綜合所得稅
行政法院判決八十八年度判字第九二二號
原告甲○○被告財政部臺北市國稅局右當事人間因綜合所得稅事件，原告不服行政院中華民國八十七年七月六日台八七訴字第三三八九二號再訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如左︰
主文原告之訴駁回。
事實緣原告八十年度綜合所得稅結算申報，被告以其漏報取自國防部中山科學研究院（以下簡稱中科院）之薪資所得計新台幣（下同）二四二、七六○元，乃核定補徵稅額三○、九七三元。原告不服，就取自中科院薪資所得二四二、七六○元部分，申經復查結果，未准變更，一再訴願均遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟，茲摘敍兩造訴辯意旨如次：
原告起訴意旨略謂︰一、系爭所得應免徵所得稅：㈠按「個人之綜合所得總額，以其全年左列各類所得合併計算之．．．第三類：薪資所得：凡公、教、軍、警、公私事業職工薪資及提供勞務者之所得：薪資所得之計算，以在職務上或工作上取得之各種薪資收入為所得額。前項薪資包括：薪金、俸給、工資、津貼、歲費、奬金、紅利、各種補助費及按月或按年分期給付之退休金或養老金．．．。」固為所得稅法第十四條第一項第三類所明定，惟同法第四條第八款亦規定「左列各種所得，免納所得稅．．．八、中華民國政府或外國政府，國際機構、教育、文化、科學研究機關、團體、或其他公私組織，為獎勵進修、研究或參加科學或職業訓練而給與之獎學金及研究、考察補助費等。但受領之獎學金或補助費，如係為授與人提供勞務所取得之報酬，不適用之。」因此，本案系爭「品位加給」所得是否具研究補助費之性質而合於免稅之規定，自應探究其實質。查上開免稅條款之立法意旨，乃在對於從事研究開發工作者，予以租稅優惠，以便提昇國家科技水準，並改善社會生活條件。細究中科院所研發者，乃及國家安全、全民福祉之國防科技，非一般民生科技所可比擬，而一般科技之研發尚且予以租稅優惠，舉輕以明重，本案之研發自應給予更高之優渥與獎勵，故而本案原告所領取者，不論名稱究係品位加給，抑或技術津貼，均為研究補助費，應合於免稅優惠之立法目的，依法免納所得稅。㈡被告認定系爭所得為應稅所得，其所依據者為財政部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函釋「一、凡依職級按月、定額發給者，屬研究人員之薪資所得，應辦理扣繳，並於年度申報綜合所得稅。
二、如係按研究計畫個案給付，並非通案、按職級、按月給付者，則為研究補助費，依法可免納所得稅。．．．」，依該函釋內容以察：⒈如前開所述，本件系爭所得究竟是否屬免稅之研究補助費，首先應審查者，為該項所得之本質，而非給付之方式，被告以法律未規定之要件限制免稅之認定標準，顯然與「租稅法定主義」有違。⒉至系爭「品位加給」（或技術津貼）之本質為何﹖給付機關遠比其他機關清楚，本案系爭所得既經發放單位認定為免稅所得，自足堪信實，且十數年來扣繳機關及徵、納雙方均如此認定，財政部亦從無異議，益證該項所得確為免稅之研究補助費無疑。⒊姑且不論本件系爭之品位加給（或技術津貼）本質為何，但就中科院自申請及至發放該項所得予員工之過程觀之，亦合於上開財政部函釋說明第二點免納所得稅之要件，按本案研究補助費係以「個案」申請，換言之，是針對每個研究計畫個別申請，且其發放方式是依各個員工對各個不同之專案所作之各別貢獻程度，分別發放，因此，在不同之專案中，各參與員工所領取之研究補助費，並不固定，亦即並非定額給付。再研究補助費依其性質原應依各階段進度，分別給予，但國防科技之研發乃經年累月始能獲得成果（短者三年五年、長者逾十年），倘堅持該原則，將置員工生活於不顧，有鑒於此，在會計上乃依員工參與程度不同，分別計算獎勵津貼之金額採按月給付，此乃權衡變通之辦法，惟中科院係專案個別申請研究補助費，且按研究計畫個案分別給付，應無疑義，由上述得知，木件之品位加給（或技術津貼）所得，依該函釋應屬免稅範圍。二、系爭所得是依研究計畫個案給付：按再訴願理由略稱「中科院給付非軍職員工之品位加給及技術津貼之性質。．．．查中科院八十一年十一月三日訓誠字第一六八七三號函致財政部臺灣省北區國稅局，說明該院各類薪資扣繳所得稅狀況，略以該院於年度開始即訂有各項研究計畫，並按照研究計畫逐月實施。各項研究計畫除一般經費外，為獎勵科技人員竭盡心智參與研發工作，另編列研發人員研究補助費及技術津貼。為便利作業，研發人員研究補助費係採按月發放方式，再經由成本歸戶手續，回歸計畫預算內（如研究補助費採個案給付，必將增加人力及作業之負擔，不符經濟效益）等語，足見中科院給付非軍職員工之品位加給及技術津貼之所得，屬經常性研究補勵費給與，且依職級按月定額支給，．．．核非免稅之薪資所得，．．．併課其當年度綜合所得稅，並無不合」。但查：㈠所謂「按職級給付」，乃鑑於參與研發者能力、經驗、資歷等各不相同，故有不同之獎勵，中科院為求客觀之標準，因此訂有職等，是以焉能倒果為因，以因有職等之訂定，並依此作為研究費之發放標準，即否定研究費之本質，該項認定顯與論理法則有違。㈡又「按月給付」者，實乃國防科技研發成果之顯現須經漫長時間，倘不採按月支領，顯然不足以維持研究人員之生活，為此，被告及訴願、再訴願機關以此法律未規定之免稅要件強加入本件免稅之認定，已屬違背「租稅法定主義」，又無國防科技研發之特性，徒以發放方式之固定與否為免稅認定之標準，亦嫌速斷。㈢況且該系爭所得，乃中科院分別依個案計畫編列預算，換言之，即係按研究個案而非通案編列預算。至中科院核發方式為何乃著重於員工實際生活所需，尚不影響該系爭所得之本質，被告及再訴願機關以核發方式否定所得之本質，顯不符依法課稅原則。三、又按「機關之間對法條施行若有爭議，在爭議未確定前，如對人民權益有所影響，應選擇對人民最有利之方法為之」。此為「依法行政」此法治國家行政權作用時之基本原則底下，為避免侵害人民的權利，依應為之當然限制。並且，如果其中一機關施行之結果是為對人民有利之受益處分，且其依據是之前即已核定所為之行政命令或機關與人民簽定契約時即為之固有宣示，則縱或與其他機關間有爭議，最後結果如何，也不能因此否認原有之受益結果，加以追回，或有追回之必要時，亦應由做成受益決定之機關代為負擔。而此行政作用上之限制，是基本法理「誠信原則」，及衍伸至行政法上即為「信賴保護原則」及「不溯及既往原則」之原理而生，以避免人民對國家、法治之不信任，而導致其他惡劣之後果（參附原證五、六、七：七十年度判字第九七五號、七十一年判字第一一一○號、七十九年度判字二○九五號行政法院裁判要旨）。四、再訴願決定理由復稱「且中科院對所給付之品位加給及技術津貼均已依規定按薪資所得申報扣繳，並填發各類所得扣繳暨免扣繳憑單送交再訴願人有案．．．併課其當年度綜合所得稅，並無不合」。惟本案係就七十九年度之綜合所得稅短報作成處分，查中科院扣繳「品位加給」及「技術津貼」所得是於八十三年應財政部台灣省北區國稅局之請，就當（八十三）年度先行扣繳，然該項所得是否應稅，現仍爭議中，被告竟以事後且尚未定讞之行為，追溯作為處分及復查決定之依據，顯然有悖法律不溯既往原則。況且原告於當年度申報所得稅時，即依當年度扣繳憑單辦理，而今距前申報日期四年後，中科院復掣發扣繳憑單，其掣發原因為何﹖所據法令為何﹖在在不詳，而被告卻依此為補稅理由，實屬牽強。反之，倘中科院自始拒發扣繳憑單，依再訴願決定理由意旨，是否就證明該項所得為免稅﹖綜之，被告及其上級機關怠於事實之認定，而以扣繳憑單之掣發與否為課稅之認定標準，實有悖依法課稅原則，而再訴願決定維持原處分，亦屬違誤，均應予以撤銷。五、政府機關對人民之信賴應予保護：按公法上之爭訟，應有信賴保護原則之適用（參鈞院七十六年判字第四七四號判決），蓋不管行政機關之決定是否合法，除了重大且明顯之瑕疵或其違法係可歸責於納稅義務人外，行政機關之行為一經表露於外，人民通常會對其所造成「法律狀態」之存續寄以信賴，並以之作為行為依據，此種依據之信賴，應受保護，否則人民將生活於一不確定之法律狀態中。㈠查本案品位加給（或技術津貼）應否課徵所得稅，早在六十八年財政部即擬具辦法報行政院六十八年十一月八日台六十八年財第一一二○四號函准備查在案，並以台財稅第三八五○一號函復國防部，中科院秉此遵循往例，就系爭所得仍依法認定為免稅，因此，並未開立扣繳憑單給原告。甚者，稅捐稽徵人員逐年審閱中科院相關之會計資料，對系爭金額未予扣繳乙節，均未予置喙，洵證稅捐稽徵人員同意中科院對該所得性質認定為研究補助費，屬免稅範圍，是屬合法、適當。又八十一年十一月三日中科院尚以中科院（八十一年）訓誠字第一六八七三號函財政部台灣省北區國稅局，檢送有關研究補助費之相關資料及其性質說明，以證實該筆研究補助費應屬免徵所得稅範圍，該局亦無疑義。顯然原告對系爭所得免納所得稅之信賴利益應受保護。㈡再就財稅機關之作為以觀，除前項所述外，財政部賦稅署於八十年一月四日就納稅義務人所提出中科院非軍職人員薪資未盡合理之建言，移交桃園縣稅捐稽徵處查明，經該處大溪分處派員瞭解調查結果略以：據中科院稱其員工薪資分本俸及品位（研究補助費）兩部分，本俸依法課稅，至品位依所得稅法第四條第八款規定，依法免納所得稅。並函復納稅義務人略以：中科院員工研究加給係政府為獎勵科技人員科技研究工作之補助費，此研究補助費台端建議應改成單一薪俸核課綜合所得稅，以健全所得稅制，此案俟所得稅法修正時將一併建議上級單位參採。按對於法律之規定有疑義者，自當以命令補充之，本案系爭所得依上開所陳，迨至民國八十五年稅捐機關仍為免稅所得，因此，法律見解或行政命令縱有變更，亦應詳述理由，重新發佈，並自新函令頒布日生效，否則人民財產權之保障，將無所依歸。㈢溯自八十一年七月一日財政部台灣省北區國稅局成立，對中科院給付之「品位加給」與「技術津貼」究竟可否適用所得稅法第四條第八款規定免課所得稅，認滋生疑義，乃於八十二年四月十五日北區國稅三第00000000號函財政部建議「考量中科院薪給制度對研究補助費性質之加給未按個案給付，致應列入課稅範圍之因素，採不溯既往原則；明定自八十二年度起，中科院非軍職人員研究補助費性質之品位加給、技術津貼均應列入薪資所得扣繳範圍，並應依法申報綜合所得稅。」按：⒈政府機關乃屬一體，尚不得因編制之改變，而否認前者之作為，是以在未有新函令發佈前，自不應編制之改變，肆意將免稅所得改列為應稅所得。⒉又北區國稅局亦坦承系爭品位加給（及技術津貼）究竟是否合於免稅要件滋生疑義，如此自應由主管機關函釋清楚，在未函釋前，自應依往例就有利人民部分，從優適用。⒊再北區國稅局於該函中亦建議「採不溯既往原則；明定自八十二年度起．．．」，洵證以往有利納稅義務人之行為效果，不應剝奪，並且應自「明定」課稅之時點後，始行通知依法申報。六、又就訴願決定書中所言：「因該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與」故認依品位加給及技術津貼制度發放之給付為薪資之一部之說法，實為斷章取義之詞。按此本為違反聘約之違約處罰條款，全部薪給意為「薪資與加給」，是已為分項說明，非無為區分。且就此薪給，是否整體就為提供勞務之報酬，顯有疑問。因於中科院將「品位加給」及「技術津貼」給付與授與人時，此加給已區別其他薪資部份，實為獎勵中科院各員工從事研究而編印之獨立項目，提供勞務之報酬另有他項所得編列。故此，原告認系爭之標的部份為符合所得稅法第四條八款本文而應為免稅。又再訴願決定書所提之：查中科院之預算雖分別依計劃編列人事費用支應其員工之各項給與，但實際上領受『科技品位加給』或『技術津貼』之非軍職人員，無論配屬單位或參與不同計劃，悉依該院所定『科技品位加給支給標準表或技術員薪給標準表』之等級，每月按級定額領取『科技品位加給』或『技術津貼』之說法，容有誤會。因中科院其發放之依據，仍是為依計畫個案為基礎，因個人所參與之計畫『堆疊」發給，而所謂之標準表只為計算方法，其發放本旨仍是遵照所得稅法第四條八款本文之規定。七、當年度國防部以本人之「研究補助費」（品位加給及技術津貼）為薪資外的免稅給與，係循例鼓勵國防科技研發，不予扣繳所得稅，中科院亦未將研究加給計入退休金或資遣費給與之內涵。而財政部所謂固定薪資之權益何在﹖既無相對權益，何來固定薪資之意義。財政部及國防部皆屬行政院管轄，政府施政應為一體，何以會產生如此損傷人民權益的情況﹖希貴院能體恤百姓疾苦，確實伸張正義，保護人民權益。八、總統於八十四年十月十二日中常會裁示：中山科學研究院文職員工「品位加給」及「技術津貼」所得稅追繳案，財稅單位對法律引用，不宜因時而異，以溯及既往方式追課亦有不妥，本案及人數眾多，波及層面甚廣，其可能衍生之社會問題，應予重，希行政院儘速妥善處理，以免影響政府威信及當事人權益。行政院秘書長遂以⒑⒘之台八十四財三七○○七號函國防部及財政部，函中未要求財稅部門追溯五年之「研究補助費）所得稅，財稅部門卻自行衍釋該行政命令，漠人民權益。九、聯合報⒉報導：今年起，中小學教師之課後輔導、暑期學藝活動所得，要開始繳納所得稅。（賦稅署長 王得山 表示，過去因財政部不瞭解中小學教職員有政府發放薪資以外的所得，最近有人向財政部查詢，財政部在研究稅法規定後，發現這類所得並不是稅法規定之免稅範圍，因此發布解釋令，並且由今年起適用。）十、綜上所述，本件系爭品位加給（或技術津貼）除主管財稅機關合理說明該項所得不予免稅之理由並發佈新函令，否則自應依歷年來徵、納雙方共識，就系爭所得列入免予申報並繳納所得稅之項目。為此尚請鈞院將原處分、復查決定訴願及再訴願決定均撤銷等語。
被告答辯意旨略謂：按「左列各種所得，免納所得稅：一、．．．八、中華民國政府或外國政府，國際機構，教育、文化、科學研究機關、團體、或其他公私組織，為獎勵進修、研究或參加科學或職業訓練而給與之獎學金及研究、考察補助費等。但受領之獎學金或補助費，如係為授與人提供勞務所取得之報酬，不適用之。」「個人之綜合所得總額，以其全年左列各類所得合併計算之．．．第三類：薪資所得：凡公、教、軍、警、公私事業職工薪資及提供勞務者之所得：一、薪資所得之計算，以在職務上或工作上取得之各種薪資收入為所得額。二、前項薪資包括：薪金、俸給、工資、津貼、歲費、奬金、紅利、各種補助費及按月或按年分期給付之退休金或養老金．．．。」分別為行為時所得稅法第四條第八款及第十四條第一項第三類所明定；又「稅捐之核課期間，依左列規定：一、依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，已在規定期間內申報，且無故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者，其核課期間為五年。．．．在前項核課期間內，經另發現應徵之稅捐者，仍應依法補徵或並予處罰；．．．」及「前條第一項核課期間之起算，依左列規定：一、依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，已在規定期間內申報者，自申報日起算。」亦為稅捐稽徵法第二十一條第一項第一款、第二項及第二十二條第一款所明定。二、本件原告不服本局初查核定，以系爭取自中科院之薪資所得係研究補助費，依行為時所得稅法第四條第八款規定，應屬免稅所得，且系爭所得係依研究計畫專案申請及依各員工參與程度分別計算發放，並非定額給付，於會計上採按月給付僅屬權衡變通辦法，其性質符合財政部六十八年十一月三十日台財稅第八五○一號函釋，且稽徵機關逐年至中科院查閱相關會計資料，亦對系爭所得未予扣繳乙節未予置理，中科院遂據以認定系爭研究補助費係屬免稅所得云云，申經復查結果，本局以原告為中科院非軍職員工，其系爭取自中科院之薪資所得屬「品位加給」或「技術津貼」，為其所不爭，而中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應員工之各項給與，然領受「品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位或參與不同計畫，悉依該院所訂「科技人員品位加給支給標準」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按職級定額領取「品位加給」或「技術津貼」。中科院聘僱人員之約定事項亦載明薪給除實物代金及眷補費外，包括全部給與，業經財政部臺灣省北區國稅局所屬大溪稽徵所赴中科院查閱資料瞭解無誤，並為中科院八十一年十一月三日八十一訓誠字第一六八七三號函所明示，系爭「品位加給」或「技術津貼」自始即屬薪資所得，自應依法合併申報繳稅，原核定並無不合，復查決定乃未准變更。三、原告訴稱中院科所研發者，乃及國家安全、全民福祉之國防科技，非一般民生科技所可比擬，而一般科技之研發尚且予以租稅優惠，舉輕以明重，本案之研發自應給予更高之優渥獎勵，故而本案原告所領取之「品位加給」（或「技術津貼」）所得為研究補助費應合於免稅優惠之立法目的，依法免納所得稅。又該項所得之本質，既經中科院認定為免稅所得，自足堪信實。其給付之方式，在會計上乃依員工參與程度不同，分別計算獎勵津貼之金額採按月給付，此乃權衡變通之辦法，惟中科院係專案個別申請研究補助費，且按研究計畫個案分別給付，應無疑義，由上述得之，本件「品位加給」（或「技術津貼」）所得，依財政部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函釋，應屬免稅範圍。本件原告於申報所得稅時，即依當年度扣繳憑單誠實申報，而今距前申報日期五年後，中科院復掣發扣繳憑單，其掣發原因為何﹖所據法令為何﹖在在不詳，而本局卻依此為補稅理由，似嫌牽強。政府機關對人民之信賴利益應予保護，本案認定課稅之標準未明確前，不宜追溯補徵系爭薪資所得之稅款云云，資為辯解。惟查中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應其員之各項給與，但實際上領受「品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位或參與不同計畫，悉依該院所定「科技人員品位加給支給標準」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按職級定額領取「品位加給」或「技術津貼」，該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與，是以該院非軍職人員所領受之「品立加給」或「技術津貼」，核屬其在職務上或工作上因提供勞務所取得之報酬。另財政部臺灣省北區國稅局於八十二年間派員前往該院瞭解結果，該院支付非軍職人員之「品位加給」及「技術津貼」係採按月給付方式，並非按研究計畫個案給付，復經中科院八十一年十一月三日八十一訓誠字第一六八七三號函致該局說明該院各類薪資扣繳所得稅狀況：「本院於年度開始即訂有各項研究計畫，並按照研究計畫逐月實施。各項研究計畫除一般經費外，為獎勵科技人員竭盡心智參與研發工作，另編列研發人員研究補助費及技術津貼。為便利作業，研發人員研究補助費係按月發放方式，再經由成本歸戶手續，回歸計畫預算內（研究補助費採個案給付，必將增加人力及作業之負擔，不符經濟效益）」等語，足見中科院給付非軍職員工之「品位加給」及「技術津貼」之所得，屬經常性研究補助費給與，且依職級按月定額支給，為提供勞務所取得之報酬，依首揭行為時所得稅法第四條第八款但書及第十四條第一項第三類之規定，核非免稅之薪資所得，乃屬應課稅之薪資所得，殆無疑義。又本件本局發單補徵稅款，並未逾前揭稅捐稽徵法第二十一條所定核課期間，所稱基於信賴利益不宜追溯補徵等節，殊無足採。四、原告訴稱稅捐稽徵人員依所得稅法第九十五條規定逐年至中山科學院查閱會計資料，而對該研究補助費未予扣繳並未置喙，顯證稅捐稽徵人員亦同意中科院將研究補助費性質認定為免稅範圍乙節，經查納稅義務人如有所得稅法第十四條第一項各類之所得，即應依同法第七十一條規定申報納稅，而所得稅法第九十五條之規定，僅係為加強課稅資料之正確性，授予稽徵機關調查及督促扣繳義務人對於扣繳報告之確實，是尚不因稽徵機關未為調查或督促扣繳義務人，即認納稅義務人就其取得之所得不負申報納稅之義務，是原告之指摘，顯屬誤會，原核定尚無不合，應予維持。五、另與此類相同情形之案件業經大院八十五年判字第三一七五號、八十六年判字第一二號、八十六年判字第七五號等判決駁回確定案，併予陳明。六、綜上論述：原處分及所為復查、訴願、再訴願決定並無違誤，請駁回原告之訴等語。
理由按中華民國政府或外國政府，國際機構、教育、文化、科學研究機構、團體，或其他公私組織，為獎勵進修、研究或參加科學或職業訓練而給與之獎學金及研究、考察補助費等所得，免納所得稅。但受領之獎學金或補助費，如係為授與人提供勞務所取得之報酬，不適用之，為行為時所得稅法第四條第八款所規定。又凡公、教、軍、警、公私事業職工薪資及提供勞務者之所得，為薪資所得，該項所得之計算，以在職務上或工作上取得之各種薪資收入為所得額；前項薪資包括薪金、俸給、工資、津貼、歲費、獎金、紅利、各種補助費及按月或按年分期給付之退休金或養老金。但為雇主之目的，執行職務而支領之差旅費、日支費及加班費不超過規定標準者，及依同法第四條規定免稅之項目，不在此限，復為同法第十四條第一項第三類所明定。本件原告八十年度綜合所得稅結算申報，被告以其漏報取自中科院之薪資所得計二四二、七六○元，乃核定補徵稅額三○、九七三元。原告不服，以系爭所得係研究補助費，且係按研究計畫個案給付，並非通案按職級按月給付者，參照財政部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函釋，依行為時所得稅法第四條第八款規定，應屬免稅所得云云。申經被告復查結果，以原告為中科院非軍職員工，八十年度領取自中科院薪資中之二四二、七六○元屬品位加給，為其所不爭，而中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應員工之各項給與，然領受品位加給或技術津貼之非軍職人員，無論配屬之單位或參與不同計畫，悉依該院所訂「科技人員品位加給支給標準表」「技術員薪給標準表」之等級，每月按級定額領取品位加給或技術津貼。且中科院聘僱人員之約定事項亦載明薪給除實物代金及眷補費外，包括全部給與，業經被告所屬大溪稽徵所赴中科院查閱資料瞭解無誤，並為中科院八十一年十一月三日八十一訓誠字第一六八七三號函所明示，系爭品位加給自始即屬薪資所得，自應依法合併申報繳稅，原核定並無不合，乃未准變更。原告猶不服，循序提起行政訴訟，主張：上開薪資所得二四二、七六○元，無論係按職給付或按月給付，其性質均屬所得稅法第四條第八款規定之研究補助費，依法應屬免稅所得，不得對之課徵所得稅，即系爭所得係依研究計畫專案申請及依各員工參與程度分別計算發放，並非定額給付，於會計上採按月給付僅屬權衡變通辦法，其性質符合財政部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函釋，稽徵機關逐年至中科院查閱相關會計資料，亦對系爭所得未予扣繳一節未予置理，中科院據以認定系爭研究補助費係屬免稅所得，應屬合法、適當，稽徵機關於經過數年後始為應稅主張，有違信賴原則。況本件所得應依其本質審查，而非逕依給付之方式認定；又中科院遲發扣繳憑單，被告怠於事實之認定，僅以扣繳憑單為課稅之認定標準，有悖依法課稅原則，且於法律規定有疑義而以命令補充時，應自新函令頒布之日生效，本案認定課稅標準既未明確，不宜追溯補徵系爭所得稅云云。經查，行政法上所謂信賴保護原則，係指人民因相信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民之既得權益。本原則之適用，係在禁止新制定或修正法規有溯及既往之效力。本件中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應其員工之各項給與，但實際上領受「品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位參與不同計畫，均依該院所訂「科技人員品位加給支給標準表」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按級定額領取科技品位加給或技術津貼。且該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與，其非軍職人員所領受之科技品位加給或技術津貼，核屬因提供勞務所取得之報酬，應無行為時所得稅法第四條第八款免納所得稅規定之適用。況被告於八十二年間派員前往該中科院瞭解結果，其支付非軍職人員之科技品位加給及技術津貼確係按月給付方式，復經中科院八十一年十一月三日（八一）訓誠字第一六八七三號函致被告，說明該院各類薪資扣繳所得稅狀況：「以該院於年度開始即訂有各項研究計畫，並按照研究計畫逐月實施。各項研究計畫除一般經費外，為獎勵科技人員竭盡心智參與研發工作，另編列研發人員研究補助費及技術津貼。為便利作業，研發人員研究補助費係採按月發放方式，再經由成本歸戶手續，回歸計畫預算內（研究補助費採個案給付，必將增加人力及作業之負擔，不符經濟效益）」等語。足見中科院給付非軍職員工之品位加給及技術津貼之所得，屬經常性研究補助費給與，且依職級按月定額支給，為提供勞務所取得之報酬，依首揭規定，核非免稅之薪資所得，被告依法發單補徵稅款，並未逾稅捐稽徵法第二十一條所定核課期間，於法並無不合。而首揭所得稅法之規定一直未變更，僅補充解釋該稅法之行政院及財政部之函釋變更，未及於法規之制定或修正，則上開函釋之變更應追溯至首開稅法頒布時生效適用，且無行政法信賴保護原則之適用。原告主張，核無足採。本件原處分揆諸首揭規定，洵無違誤，一再訴願決定，遞予維持，俱無不合。原告起訴意旨，難謂為有理由，應予駁回。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第二十六條後段，判決如主文。中華民國八十八年四月八日
行政法院第二庭
審判長評事 陳石獅
評事 高秀真 評事 徐樹海 評事 彭鳳至 評事 黃合文 右正本證明與原本無異
法院書記官王福瀛中華民國八十八年四月九日