裁判字號：臺北高等行政法院93年訴字第1925號判決
裁判日期：民國94年06月15日
裁判案由：關稅法
臺北高等行政法院判決
93年度訴字第1925號原告精碟科技股份有限公司代表人甲○○（董事長）訴訟代理人乙○○
吳金地 （會計師）被告財政部基隆關稅局代表人 朱恩烈 （局長）訴訟代理人丙○○上列當事人間因關稅法事件，原告不服財政部中華民國93年4月16日台財訴字第0930008176號訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如下︰
主文訴願決定及原處分均撤銷。
被告應為核准退還原告關稅新臺幣貳佰陸拾壹萬零柒拾肆元之處分。
訴訟費用由被告負擔。
事實
壹、事實概要：緣原告於民國（以下同）92年5月6日委由旭正報關股份有限公司向被告分別報運自日本進口貼合機及鍍膜機計二批（報單號碼：第AE/92/1890/1040號及第AW/92/2109/0106號），經電腦篩選以C2（應審免驗）方式通關，並分別於當日完稅放行在案。嗣原告於92年10月28日以精碟(92)總字第102805號申請書檢具92年10月27日提出申請而尚未經經濟部工業局核准（嗣經經濟部工業局於92年11月4日簽證核准文號ID2Z0000000000號之「製造業及其相關技術服務業屬於科學工業進口國內尚未製造之機器設備證明書」影本，向被告申請退還進口關稅合計新臺幣（以下同）2,610,074元（不退營業稅），被告以其已逾財政部86年4月17日台財關第000000000號函示規定應於貨物進口之翌日起四個月內檢具減免稅文件補正之期限，被告爰以92年12月5日以基普五字第0920110461號函否准其退還關稅之申請。原告不服，提起訴願，遭駁回後，遂向本院提起行政訴訟。
貳、兩造聲明：
一、原告聲明：求為判決
１、訴願決定及原處分均撤銷。
２、被告應為核准退還原告關稅2,610,074元之處分。
３、訴訟費用由被告負擔。
二、被告聲明：求為判決
１、原告之訴駁回。
２、訴訟費用由原告負擔。
叁、兩造爭點：
被告以原告已逾財政部86年4月17日台財關第000000000號函示規定，應於貨物進口之翌日起四個月內檢具減免稅文件向海關申請補正並辦理退稅之期限，而否准原告退還關稅之申請，是否違法？
一、原告陳述：
１、關於被告之處分引用無效之職權命令部分：被告於訴願決定書理由四主張：「財政部92年5月16日台財關字第0920550338號函（以下簡稱92年5月16日函）僅係對於已完納之進口關稅退回之證明文件及申辦手續加以補充…另對於已進口繳稅確定案件，查財政部86年4月17日台財關第000000000號函（以下簡稱86年4月17日函）發布前，悉依已停止適用之69年3月28日台財關第13658號函（以下簡稱69年3月28日函）辦理，依修訂意旨及沿革，查舊函釋規定已進口繳稅確定案件，除法律另有規定可予退稅者外，貨物進口後，不得再行檢具有關證明文件或要求發還其已納之關稅，上開函釋雖行之有年，惟以廠商屢有爭議，為落實執行政府產業政策及推行為民服務宗旨，案經財政部賦稅革新小組關務研究分組研議後，函請財政部關稅總局對依規定得減免關稅之貨物，納稅義務人於進口時，未依行為時關稅法（以下簡稱關稅法）第5條之1（現行關稅法第18條）第3項第1款申請繳納保證金而繳稅之案件，如於貨物進口放行前或放行後「一定期間」內檢具減、免關稅有關證明文件，向海關補正，經海關核准減、免關稅者，准予退還其已繳納之關稅。至『一定期間』以四個月為其補正期間，故86年4月17日以後已進口繳稅確定案件，如欲檢具證明文件補正申請減免關稅，應符合新發布函釋（即86年4月17日函）規定之程序要件，亦無爭議。」等云云，主張原告依促進產業升級條例第9條之1申請退回92年2月8日以後已完納之國內尚未製造機器設備之進口稅捐應於進口貨物通關放行翌日起四個月內為之，逾期則不予退回之行政處分看似適法，實則不然。蓋被告主張69年3月28日函為86年4月17日函之前釋，且92年5月16日函為86年4月17日函之後釋，則86年4月17日函之前釋即69年3月28日函尚有明訂「除法律另有規定可予退稅者外」之除外規定，且86年4月17日函之後釋即92年5月16日函第1條同被告主張，僅係對於已完納之進口關稅退回之證明文件及申辦手續加以補充，概無期間限制。同函第2條係針對促進產業升級條例第9條之1第2項之申辦手續規定亦無期間限制。同函第3條係對於已向海關申請繳納保證金先行驗放者，補辦手續之相關規定，應依關稅法第14條暨相關規定辦理，復無對納稅義務人踐行退回已進口繳稅確定案件之期間限制。86年4月17日函之前釋及後釋皆未限制納稅義務人依法律請求退回已完納進口稅捐之期限，則86年4月17日函除與後釋有牴觸外，且其行為時法律86年4月17日函係其本諸中央主管機關職權對關稅法第5條之1（現行關稅法第18條）所為之核釋，俾使通關完稅程序儘速完成，且不任令課稅行為與否延宕無期。財政部關稅總局本諸權責於發布86年4月17日函之時，依被告行為時法律（尚無行政程序法之適用）其位階不可能如被告主張為法規命令。惟至88年2月3日中華民國總統華總一義字第8800027120號令制定行政程序法全文175條。則當依法務部90年2月2日法90律字第001961號函釋：「按行政程序法第150條規定：『本法所稱法規命令，係指行政機關基於法律授權，對多數不特定人民就一般事項所作抽象之對外發生法律效果之規定。法規命令之內容應明列其法律授權之依據，並不得逾越法律授權之範圍與立法精神。』其所稱『法規命令』，須具備『行政機關基於法律授權訂定』及『對多數不特定人民就一般事項所作抽象之對外發生法律效果之規定』二項要件，如僅符合上開二項要件之一者，則不屬之。」準此，86年4月17日函非屬行政程序法所稱「法規命令」。而係中央法規標準法第7條所明定之「職權命令」。該等職權命令，自應依被告之上級機關即行政院89年2月25日台89規字第05919號函頒之「各機關依行政程序法修訂主管法規之參考原則」（以下簡稱「參考原則」）第叁部分第一點：職權命令不得就法律保留事項為規定。復依「參考原則」第叁部分第二點：現行職權命令規定之內容有涉及法律保留事項者，應依下列二種方式檢討之：（一）提昇為法律或於法律中增列授權訂定之依據。（二）廢止或刪除。行政院發布「參考原則」之意旨概為配合行政程序法於88年2月3日發布制定。故行政院行文指示所屬各機關應逐條檢視其主管之法律、法規命令、職權命令、行政規則等事務並本於職權審酌應否配合檢討修正法律或廢止、刪除者。被告既係本件之中央主管機關，負有依法行政之責任，被告未依上級機關所規定本諸職權審酌應否就86年4月17日函配合行政程序法之發布進行修法或予以廢止、刪除之。則被告以財政部關稅總局92年8月25日台總局徵字第092105813號函（以下簡稱92年8月25日函）一紙行政規則及86年4月17日函一紙職權命令逕行限制原告依法律（促進產業升級條例）退回已完納進口稅捐之請求權，則原告不服86年4月17日函及92年8月25日函除與上級機關之行政規則有牴觸外，且未依上級機關所發布之行政規則（即「參考原則」）踐行修正程序，復其因無關稅法及其特別法（即促進產業升級條例）等法律授權得為期間限制之法源，而逕以行政規則及職權命令限制納稅義務人依據關稅法之特別法即促進產業升級條例第9條之1退回已完納進口關稅之權利。原告認86年4月17日函與中央法規標準法第5條、第6條及行政程序法第174條之1均有牴觸。
故原告主張財政部86年4月17日函應依行政程序法第158條第1項第1款、第2款視為無效。且被告之行政處分有捨法律而就職權命令之瑕疵，此有被告於訴願決定書理由四主張：「另對於92年2月8日以後已完稅通關放行之案件依據財政部關稅總局92年8月25日台總局徵字第092105813號函之釋示，進口人於貨物放行逾四個月後，始檢具主管機關於貨物放行後四個月內已提出申請之證明文件或已經核定之證明文件向海關申請退回原繳稅費，海關是否准予退回該項稅費乙節，應依財政部86年4月17日台財關第000000000號函之核示辦理。
…」等云云可佐。該行政處分應依行政程序法第111條第1項第6款、第7款規定判決如原告訴之聲明。
２、關於被告違反行政程序法第131條部分：行政程序法於88年2月3日發布制定，其第131條基於法律位階暨從新從輕原則之法理應優先適用於財政部86年4月17日函所揭之四個月期限，被告不查原告有依促進產業升級條例第9條之1向被告請求退回已完納之機器設備進口關稅之權利，該公法上請求權之消滅時效，屬於憲法上法律保留事項，應以法律定之（司法院釋字第474號解釋參照）。原告遍查關稅法、促進產業升級條例等法律暨相關法規，皆未規定系爭已完納之進口關稅請求退回期間應於一定期間消滅之規定，關稅法及其特別法（即促進產業升級條例等）既未規定該請求權消滅時效，自應適用行政程序法第131條：「公法上之請求權，除法律有特別規定外，因五年間不行使而消滅。公法上請求權，因時效完成而當然消滅。…」之規定。此有前開「參考原則」第壹部分第八點：「公法上之請求權，原則上因五年間不行使而消滅。如請求權時效期間有長於或短於五年之必要者，應依本法第131條第1項規定，以法律為特別之規定。」可佐。被告牴觸行政程序法第131條有被告於訴願決定書理由四後段所稱：「…惟本案否准退稅之爭點在於申請是否逾限，其補辦手續之期限，應依關稅法暨相關函釋規定辦理，與原告是否符合『科學工業之公司』無關…』等語可佐。被告因違法而限制原告之合法權益不返還原告已完納之進口稅捐，原告依公法上不當得利之法理主張被告返還原告利益，爰請判決如原告訴之聲明。
二、被告陳述：
１、依財政部92年2月11日台財稅字第0910456856號令第1點規定：「依促進產業升級條例第9條之1第1項規定：『屬科學工業之公司，於91年1月1日起自國外輸入自用之機器、設備，在國內尚未製造，經經濟部專案認定者，免徵進口稅捐及營業稅』…營業人於91年1月1日起進口符合該條文之機器設備…依法可向海關申請退稅。」及86年4月17日台財關第000000000號函規定：「依規定得減免關稅之貨物，納稅義務人於進口報關時，未依關稅法第5條之1（現行法為第14條）第3項第1款規定申請繳納保證金而繳稅之案件，如於貨物進口放行前或放行後（已修正為放行之翌日起）四個月內檢具減、免關稅有關證明文件，向海關申請補正，經海關核准減、免關稅者，准予退還其已繳納之關稅。」另查財政部關稅總局92年8月25日台總局徵字第0920105813號函核示：「促進產業升級條例第9條之1…（92年2月6日修正增訂）…對於91年1月1日至92年2月8日期間進口者，均可檢具相關文件向海關申請辦理退稅。…另對於已完稅通關放行案件，進口人於貨物放行逾四個月後，始檢具主管機關於貨物放行後四個月內已提出申請之證明文件或已經核定之證明文件向海關申請退還原繳稅費…依財政部86年4月17日台財關第000000000號函核示辦理。」揆諸上揭函令規定，凡適用促進產業升級條例第9條之1規定免稅之進口案件，於91年1月1日至92年2月8日屬法律追溯期間進口者，均可檢具相關文件向海關申請辦理退稅；而於92年2月9日以後進口者，即應按一般免稅案件處理程序，於通關時檢具免稅證明文件申辦免徵進口稅捐及營業稅；其未能即時檢具免稅證明文件而能補正者，應依關稅法第14條第3項規定申請繳納保證金先行驗放；至未依上開方式而已完稅通關放行案件，得於放行之翌日起四個月內檢具免稅證明文件，向海關申請補正，經海關核准減、免關稅者，准予退還其已繳納之關稅。查系案貨物於92年5月6日完稅通關放行，遲至同年10月30日原告始向被告申辦退還前繳關稅，已逾前揭放行之翌日起四個月內之補正期限，被告否准退還其已繳納之關稅，因據論處，於法並無不合。
２、原告訴稱：「…被告未依上級機關本諸職權審酌應否就86年函配合檢討修法或廢止、刪除之，則被告以財政部關稅總局92年8月25日台總局徵字第092105813號函（以下簡稱92年8月25日函）一紙行政規則及86年函一紙職權命令逕行限制原告依法律（促進產業升級條例）退回已完納進口稅捐之請求權，則原告不服86年函及92年8月25日函除與上級機關之行政規則有牴外，且其因無關稅法及其特別法（即促進產業升級條例）等法律授權得為期間限制之法源，而逕以行政規則及職權命令限制納稅義務人依據關稅法之特別法即促進產業升級條例第9條之1退回已完納進口關稅之權利…」及「行政程序法…第131條基於法律位階暨從新從輕原則之法理應優先適用於財政部86年4月17日台財關第000000000號函所揭之四個月期限，被告不查原告有依促進產業升級條例第9條之1向被告請求退回已完納之機器設備進口關稅之權利，該公法上請求權之消滅時效，屬於憲法上法律保留事項，應以法律定之。」等節，查系案貨物係依關稅法第14條第1項規定辦理稅放，其退稅期限自應依財政部86年4月17日台財關第000000000號函釋辦理，該函釋係補充該法條規定，所訂定期限，目的在揭示「加速進口貨物通關」程序，俾使通關完稅程序儘速完成，與法條規定之本旨相符，另按依「促進產業升級條例」第9條之1免徵進口稅費案件，其免徵必要程序，如免稅資格之認定、免稅證明文件之核發，免稅、退稅之辦理及期間之認定等，咸皆依據關稅法第14條規定辦理而適用前揭法令，已如前述，被告依照首揭法條規定所為之處分，並無違反「促進產業升級條例」第9條之1意旨與援引牴觸法律及基於法律位階違反行政程序法之情事，訴訟理由顯係昧於事實及誤解法令規定所致，核無足採。
３、綜上所述，本件原告之訴，實無理由，爰請判決如被告答辯之聲明。
理由
一、按「為加速進口貨物通關，海關得按納稅義務人應申報之事項，先行徵稅驗放，事後再加審查；…如有應退應補稅款者，應於貨物放行之翌日起六個月內，通知納稅義務人，逾期視為業經核定。…進口貨物有下列情事之一者，不得依第一項規定先行徵稅驗放。但海關得依納稅義務人之申請，准其繳納相當金額之保證金，先行驗放，並限期由納稅義務人補辦手續，屆期未補辦者，沒入其保證金：一、納稅義務人未即時檢具減、免關稅有關證明文件而能補正者。…」為關稅法第14條第1項及第3項第1款所明定。次按「屬科學工業之公司，於九十一年一月一日起自國外輸入自用之機器、設備，在國內尚未製造，經經濟部專案認定者，免徵進口稅捐及營業稅。…第一項所稱國內尚未製造之機器、設備，由中央工業主管機關認定之。」及「中華民國八十九年一月一日以後修正條文，自公布日施行…」，分別為92年2月6日修正增訂之促進產業升級條例第9條之1第1項、第3項及第72條第2項後段所明定。再按「依規定得減免關稅之貨物，納稅義務人於進口報關時，未依關稅法第五條之一（現行關稅法第14條）第3項第1款規定申請繳納保證金而繳稅之案件，如於貨物進口放行前或放行後四個月內檢具減、免關稅有關證明文件，向海關申請補正，經海關核准減、免關稅者，准予退還其已繳納之關稅。」、「依促進產業升級條例第九條之一第一項規定：『屬科學工業之公司，於九十一年一月一日起自國外輸入自用機器、設備，在國內尚未製造，經經濟部專案認定者，免徵進口稅捐及營業稅。』及同條第三項規定：『第一項所稱國內尚未製造之機器、設備，由中央工業主管機關認定之』，並自九十一年一月一日起適用。故營業人於九十一年一月一日起進口符合該條文規定之機器、設備，業經海關課徵進口稅捐及代徵營業稅者，依法可向海關申請退稅。」及「屬科學工業之公司，進口國內尚未製造之機器設備符合促進產業升級條例第九條之一第一項規定，得向海關申請退稅者，請檢具經濟部工業局核發之『製造業及相關技術服務業屬於科學工業進口國內尚未製造之機器設備證明書』，及蓋有公司大小章之申請書，向進口地關稅局申辦。」分別經財政部86年4月17日台財關第000000000號、92年2月11日台財稅字第0910456856號令及92年5月16日台財關字第0920550338號令釋示在案。又按「關於依據促進產業升級條例第九條之一規定，貴局於核退進口關稅及代繳營業稅發生疑義…說明…三、另對於已完稅通關放行案件，進口人於貨物放行逾四個月後，始檢具主管機關於貨物放行後四個月內已提出申請之證明文件或已經核定之證明文件向海關申請退還原繳稅費，海關是否准予退還該項稅費乙節，請依財政部86年4月17日台財關第000000000號函核示辦理。」財政部關稅總局92年8月25日台總局徵字第0920105813號函釋示可參。
二、本件原告於92年5月6日委由旭正報關股份有限公司向被告分別報運自日本進口貼合機及鍍膜機計二批（報單號碼：第AE/92/1890/1040號及第AW/92/2109/0106號），經電腦篩選以C2（應審免驗）方式通關，並分別於當日完稅放行在案。嗣原告於92年10月28日以精碟(92)總字第102805號申請書檢具92年10月27日提出申請而尚未經經濟部工業局核准（嗣經經濟部工業局於92年11月4日簽證核准文號ID2Z0000000000號之「製造業及其相關技術服務業屬於科學工業進口國內尚未製造之機器設備證明書」影本，向被告申請退還進口關稅合計2,610,074元（不退營業稅），被告以其已逾財政部86年4月17日台財關第000000000號函示規定應於貨物進口之翌日起四個月內檢具減免稅文件補正之期限，被告爰以92年12月5日以基普五字第0920110461號函否准其退還關稅之申請，固非無見。
三、原告起訴意旨略以：被告86年4月17日台財關字第000000000號函釋為職權命令，而非法規命令，故既為職權命令即須符合行政程序法第174條之1規定，換言之，被告應就86年4月17日台財關字第000000000號函配合行政程序法之規定，進行修法或予以廢止、刪除，惟本件被告卻以上開函釋逕行限制原告依法請求退回已完納進口稅捐之請求，上開函釋違反行政程序法第158條第1項第1款、第2款而無效。且原告遍查關稅法、促進產業升級條例等法律暨相關法規，皆未規定系爭已完納之進口關稅請求退回期間應於一定期間消滅之規定，關稅法及其特別法（即促進產業升級條例等）既未規定該請求權消滅時效，自應適用行政程序法第131條規定。又原告非依據86年4月17日函為請求權基礎，係依據促進產業升級條例規定等語。
四、經查：
１、財政部86年4月17日台財關第000000000號函釋作成時施行之關稅法第5條之1第3項第1款規定「進口貨物有左列情事之一者，不得依第一項規定先行徵稅驗放。但海關得依納稅義務人之申請，准其繳納相當金額之保證金，先行驗放，並限由納稅義務人補辦手續，逾期未補辦者，沒入其保證金：一、納稅義務人未即時檢具減、免關稅有關證明文件而能補正者。」另關稅法第14條第3項第1款亦僅規定：「進口貨物有下列情事之一者，不得依第一項規定先行徵稅驗放。但海關得依納稅義務人之申請，准其繳納相當金額之保證金，先行驗放，並限期由納稅義務人補辦手續，屆期未補辦者，沒入其保證金：一、納稅義務人未即時檢具減、免關稅有關證明文件而能補正者。」均未針對得減免關稅之貨物，於進口報關時，未依上開條文第3項第1款申請繳納保證金而繳稅之情形，規定納稅義務人得申請退還其已繳納之關稅之期限，亦未授權行政機關得以行政命令就此種公法上退稅請求權之時效為如何之限制，則86年4月17日台財關第000000000號函釋逕行規定：「依規定得減免關稅之貨物，納稅義務人於進口報關時，未依關稅法第五條之一（行為時為第14條）第三項第一款規定申請繳納保證金而繳稅之案件，如於貨物進口放行前或放行後（已修正為放行之翌日起）四個月內檢具減、免關稅有關證明文件，向海關申請補正，經海關核准減、免關稅者，准予退還其已繳納之關稅。」無異規定納稅義務人對於得減免關稅之貨物，申請退還其已繳納之關稅者，須於貨物進口放行前或於放行之翌日起四個月內為之，逾期即喪失其請求權。按人民有依法律納稅之義務，憲法第19條定有明文，本件系爭貨物既為依法得免關稅之貨物，除「法律」另有規定外，原告並無納稅之義務。揆諸司法院釋字第474號解釋所揭示「有關人民自由權利之限制應以法律定之，並不得逾越必要之程度，應依法律規定之事項不得以命令定之，憲法第23條、中央法規標準法第5條、第6條均有明定。若以法律授權限制人民自由權利者，須法有明示其授權之目的、範圍及內容並符合具體明確之要件，主管機關根據授權訂定施行細則，自應遵守上述原則，不得逾越母法規定之限度或增加法律所無之限制。時效制度不僅與人民權利義務有重大關係，且其目的在於尊重既存之事實狀態，及維持法律秩序之安定，與公益有關，須逕由法律明定，自不得授權行政機關衡情以命令訂定或由行政機關依職權以命令訂之。…」之意旨，86年4月17日台財關第000000000號函釋即與中央法規標準法第5條、第6條規定法律保留原則有所牴觸，依司法院釋字第216號解釋，本院本不受其拘束，並不予適用。被告援引此函釋，以原告申請退還其已繳納之關稅款，已逾貨物進口放行之翌日起四個月之期限，否准其退還關稅之申請，對原告已發生得免稅之進口貨物，應繳納進口稅捐之不利結果，自難予以維持。
２、次按「依促進產業升級條例第九條之一第一項規定：『屬科學工業之公司，於九十一年一月一日起自國外輸入自用機器、設備，在國內尚未製造，經經濟部專案認定者，免徵進口稅捐及營業稅』及同條第三項規定：『第一項所稱國內尚未製造之機器、設備，由中央工業主管機關認定之』，並自九十一年一月一日起適用。故營業人於九十一年一月一日起進口符合該條文規定之機器、設備，業經海關課徵進口稅捐及代徵營業稅者，依法可向海關申請退稅。」為財政部92年2月11日台財稅字第0910456856號及92年5月16日台財關字第0920550338號函釋示在案，經核與關稅法相關規定無違，且為適用促進產業升級條例之合目的性解釋，應予適用。由此函釋亦足見，進口人有向海關申請退稅之公法請求權，並未限制必需符合關稅法第14條（現行法第18條）第3項第1款規定，以進口時業已繳納保證金先行驗放，且需於「進口放行之翌日起四個月之期限」或「促進產業升級條例第9條之1第1項生效日起四個月之期限」之限制，否則92年2月6日增訂之促進產業升級條例第9條之1第1項可溯及既往生效之規定，將因關稅法之規定成為具文；而就同一關稅法第14條規定之解釋，自不能謂92年2月8日促進產業升級條例第9條之1第1項生效日前，進口人有「申請退稅之公法請求權」，而92年2月9日以後進口者，則無「申請退稅之公法請求權」。
３、又依行政程序法第174條之1規定：「本法施行前，行政機關依中央法規標準法第7條訂定之命令，須以法律規定或以法律明列其授權依據者，應於本法施行後二年內，以法律規定或以法律明列其授權依據後修正或訂定；逾期失效。」其所稱之「命令」並不限於職權命令，尚包括法規命令在內。申言之，職權命令及無具體授權之法規命令（例如概括授權之施行細則）規範內容涉及人民之權利義務者，均有其適用（法務部91年3月14日法律字第0910006101號函釋意旨參照）。其規範內容涉及人民之權利義務者，亦應於行政程序法90年1月1日施行後二年內，改以法律規定，或於法律中增列其授權依據後修正或重新訂定之，逾期即失其效力。此觀諸關稅法於93年5月5日修正公布之增列第18條（原第14條）第4項「依法得減免關稅之進口貨物，未依前項第一款規定申請繳納保證金而繳稅者，得於貨物進口放行前或放行後四個月內，檢具減、免關稅證明文件申請補正及退還其應退之關稅」及其立法理由所載「第4項新增。財政部86年4月17日台財關第00000000號函之內容，涉及人民權利義務之免稅規定，爰提升法律位階，於本法中訂定，以符租稅法定主義」，亦足證被告據以駁回原告申請所引之財政部上開函令，已涉及人民權利義務，依行政程序法第174條之1規定，應以法律或法律明列授權而訂定命令而行之，財政部於行政程序法90年1月1日施行後二年內，未改以法律規定，或於法律中增列其授權依據後修正或重新訂定之，則自92年1月2日以後，該函令即已失其效力，被告亦不得加以適用。迺財政部關稅總局未注意及此，於其因逾二年已自92年1月1日失效後，仍以92年8月25日台總局徵字第0920105813號函指示下級機關之被告援用，被告遂以92年11月10日基普進字第0920109695號函援引該已失效之函令，以原告申請退還其已繳納之關稅款，已逾貨物進口放行之翌日起四個月之期限，否准其退還關稅之申請，自有違誤。
４、又按「短徵、溢徵或短退、溢退稅款者，海關應於發覺後通知納稅義務人補繳或具領，或由納稅義務人自動補繳或申請發還。前項補繳或發還期限，以一年為限；短徵、溢徵者，自稅款完納之翌日起算；短退、溢退者，自海關填發退稅通知書之翌日起算。…」關稅法第59條雖定有明文，此固係對在通關程序中未提起復查、訴願及行政訴訟之救濟程序，因而課稅確定者之退補關稅之規定，惟依同法施行細則第55條規定：「本法第59條所稱短徵或溢徵之稅款，指海關或納稅義務人於稅款完納後，因發現稅則號別、稅率適用、稅款計算、稅單填寫、幣別、計價單位、匯率、運費或保險費顯然錯誤致短徵或溢徵者。所稱短退或溢退稅款，指海關或退稅申請人於退稅款核定通知後，因退稅款計算或退稅通知書填寫等顯然錯誤致短退或溢退者。…」將依法令規定本應免徵進口稅捐，卻已實際繳稅之情形排除在「溢徵」之範圍之外，則對於91年1月1日起進口符合促進產業升級條例第9條之1第1項規定之機器、設備，業經海關課徵進口稅捐及代徵營業稅者，其依法向海關申請退稅時，亦無須受從稅款完納之翌日起算一年之限制，而應適用行為時行政程序法第131條第1項「公法上之請求權，除法律有特別規定外，因五年間不行使而消滅」之規定，以自其稅款完納之翌日起算五年為其請求權時效，本件原告申請時既未逾五年，而93年5月5日修正生效之關稅法第18條第4項雖已增訂：「依法得減免關稅之進口貨物，未依前項第一款規定申請繳納保證金而繳稅者，得於貨物進口放行前或放行後四個月內，檢具減、免關稅有關證明文件申請補正及退還其應退之關稅」，即係將系爭財政部86年4月17日台財關第000000000號函令內容，提昇為法律規定，依法律不溯及既往原則，本件並不適用，本件仍應適用有利於原告之關稅法及行政程序法第131條第1項之規定。
五、綜上所述，被告依財政部關稅總局違法之92年8月25日函所為否准退還原告關稅2,610,074元之處分，於法尚有違誤，訴願決定未加糾正，仍予駁回，亦有未合，且事證明確，被告依法應為核准之處分，則原告訴請撤銷訴願決定及原處分，並命被告應為核准退還原告關稅2,610,074元之處分，均無不合，應予准許。
據上論結，本件原告之訴為有理由，爰依行政訴訟法第98條第3項前段，判決如主文。
中華民國94年6月15日
第四庭審判長法官徐瑞晃
法官李得灶法官吳慧娟上為正本係照原本做成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中華民國94年6月15日
書記官劉道文