裁判字號：臺北高等行政法院100年訴字第393號判決
裁判日期：民國100年09月01日
裁判案由：營利事業所得稅
臺北高等行政法院判決
100年度訴字第393號100年8月18日辯論終結原告五鼎生物技術股份有限公司代表人 沈燕士 （董事長）訴訟代理人 陳惠明 會計師
林瑞彬 律師被告財政部臺灣省北區國稅局代表人 吳自心 （局長）訴訟代理人 潘麗玉 上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財務部中華民國99年12月31日台財訴字第09900440130號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告民國（下同）95年度營利事業所得稅結算申報，自行列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）63,685,602元及本年度准予抵減金額37,192,539元，案經被告分別核定為26,687,715元及27,170,408元，補徵應納稅額20,521,600元。原告不服，申請復查結果，經被告99年7月28日北區國稅法一字第0990017232號復查決定（下稱原處分）追認免稅所得711,124元及本年度准予抵減金額168,385元，原告仍表不服，提起訴願經決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、原告起訴主張下列各情，並聲明原處分不利原告部分、訴願決定均撤銷：
㈠被告更改系爭前後年度免稅所得之計算原則，將原告之「新
設5年免稅案」受獎勵設備計入「增資4年免稅案」之機器比中，致原告免稅設備比大幅下降，實違一致性原則，亦於法無據：
⒈按原告依行為時科學工業園區設置管理條例（下稱科管條
例）第15條（68年7月27日公布施行，90年1月20日修正，改適用促進產業升級條例）於88年6月17日取得科學工業管理局（下稱科管局）（88）園商字第13256號函載明原告之免稅項目包括「研究、開發、生產、製造、銷售下列產品：㈠生化檢驗測試儀（血糖、尿酸/痛風、膽固醇、乳液、三酸甘油脂、肝功能）及其測試片。」；並選定自89年1月1日至93年12月31日止連續5年免徵營利事業所得稅（下稱新設5年免稅案），後又於91年4月2日取得科管局（89）園商字第0910007428號函，核准增資擴展4年免稅案（下稱增資4年免稅案或1增），免稅期間91年3月27日至95年3月26日。
⒉原告於取得前開新設5年免稅核准函後，至93年2月間，
多次增加「新設5年免稅案」投資計畫之生產設備，遂依行為時科學工業園區設置管理條例施行細則（下稱科管條例施行細則）第24條，向科管局核驗增加生產設備，並獲科管局核驗發證，且於核准函說明項下載明屬88年6月17日之「新設5年免稅案」之生產設備，是以系爭設備金額與「新設5年免稅案」投資計畫有關，故原告91年至93年「新設5年免稅案」（免稅期間89年1月1日至93年12月31日）及「增資4年免稅案」（免稅期間91年3月27日至95年3月26日免稅）兩投資計畫案併行之免稅期間，於計算各案免稅所得，依法令按各投資計畫產生之銷售量及其機器設備比（包含向科管局核備增加之生產設備）分別計算各該投資計畫之免稅金額。然被告於核定95年度免稅所得時，逕以系爭機器設備為原告於增資擴展投資計畫完成日（91年3月27日）後所購入，且非屬「增資4年免稅案」經核准之受獎勵生產設備為由，認定既能增加產量應依財政部91年5月20日台財稅字第0910451619號函（下稱財政部91年5月20日函）規定之計算公式，計入免稅生產設備比率之分母，將原告已獲科管局核證屬「新設5年免稅案」之設備（應為計算新設5年免稅案免稅所得之生產設備）納入「增資4年免稅案」免稅所得計算機器設備比之分母，無視目的事業主管機關核驗系爭設備為「新設5年免稅案」計畫之專屬性，除破壞免稅所得計算之一致性原則外，亦與其所援引之函釋內容不符，使94至95年度並未增添鉅額生產設備，卻相較93年度屬「增資4年免稅案」計算之設備比自100%大幅降至37.8%（後經復查決定重行核算為39.46%），顯見其核定不合理。
㈡系爭機器設備係專屬「新設5年免稅案」之機器設備，已為
目的事業主管機關所確認，於計算免稅所得時，實不宜與「增資4年免稅案」之機器設備混駁計算：
⒈「..享受免徵營利事業所得稅供生產或提供勞務之設備，
除因事實需要，經管理局報經國科會專案核准，自國外輸入者外，均以全新為限，並須屬於投資計畫內者。前項設備，如屬於該科學工業之生產或提供勞務之設備，應於到達園區內裝置完工後，申請管理局核驗發證，以證明左列事項，以便稅捐稽徵機關勾稽。..是否屬於投資計畫內之設備。..」為行為時科管條例施行細則第24條所定明，意即科管局於原告因新增機器設備，依科管條例施行細則申請核驗發證時，科管局已就「是否屬投資計畫內之設備」予以確定。
⒉為利稅捐稽徵機關便於勾稽，系爭設備目的事業主管機關
既已核證確認屬新設5年免稅投資計畫之專屬性（此為科管條例施行細則明定之核驗事項），被告於計算系爭5年免稅所得時，應尊重目的事業主管機關之權責，將二次投資計畫之設備明確區分，此可參財政部91年6月18日台財稅字第0910453513號函規定，「公司為供舊產品維修用之模具、檢具、夾具及治具，如經目的事業主管機關於免稅期間內逐年出具清單..，證明上開模具、檢具、夾具及治具確與產製符合經核准並完成之當年度生產之重要投資事業屬於製造行銷中心事業投資計畫產品無關者，同意比照本部91年5月20日台財稅字第0910451619號令所發布88年12月31日修正前促進產業升級條例第8條之1免稅所得計算公式㈣後段有關得排除已達耐用年限因而出售、報廢之機器、設備、廠房及工程等，以實際參與產製之機器、設備、廠房及工程等占全部之比例，調整向公司所在地稅捐稽徵機關申請核備日或投資計畫完成日之前一年度投資計畫產品銷售量之規定。」，亦肯認目的事業主管機關之確認效力。
⒊是以有關系爭機器設備既已經目的事業主管機關核證確認
屬新設5年免稅投資計畫內之生產設備，同樣增資4年免稅之投資計畫之設備範圍亦已經目的事業主管機關確認，二投資計畫內之機器設備各有歸屬，自於計算各次投資計畫之免稅所得時，當依其「核准投資計畫」內之設備各自計算其機器設備比率，不應恣意混淆，將非屬該次投資計畫之設備納入計算免稅所得；被告將不同投資計畫之設備混淆計算，顯有未當。
㈢系爭機器設備係專屬新設5年免稅之機器設備，為維持新設5
年免稅計畫之銷量水準，所貢獻之產量實屬「增資4年免稅案」之基準年度，當不應計入增資4年免稅案之機器設備比率分母：
⒈免稅計算公式中機器設備比率係為計算「新增投資計畫之
產品（勞務）收入淨額」，是以機器設備比率之分母及分子，應解釋為以「與新增投資計畫有關之機器設備」為限，方可合理推計各次投資計畫免稅所得。原告於91年至93年間所購入之系爭機器設備係分別依「新設5年免稅案」、「增資4年免稅案」各投資計畫之需要購置，並向主管機關核證在案，原告購入之機器設備可分為下列4類別：
(A)新設5年免稅案之受獎勵生產設備。(B)新設5年免稅案之非受獎勵生產設備。(C)增資4年免稅案之受獎勵生產設備。(D)增資4年免稅案之非受獎勵生產設備。各次投資計畫之免稅所得當以各案之獎勵及非受獎勵生產設備計算其機器設備比率，不能將「新設5年免稅案」之生產設備，列入「增資4年免稅案」之非受獎勵生產設備中，縱他次之免稅期間屆滿亦是如此，否則實破壞5年免稅計算之體系及原則。
⒉據此，原告為新設5年免稅案於91年3月27日後購入之機
器設備，仍係為維持其新設5年免稅案之銷量水準，並已由科管局核驗為專屬新設5年免稅增加之機器設備，確與系爭增資4年免稅之增量無關，否則原告當可依時間序列將其列為增資4年免稅投資計畫以杜爭議，因此，系爭設備既專屬新設5年免稅投資計畫，其所增加之產量應為新設5年免稅案之產量，當與增資4年免稅案之增量無涉，原告不可能也無從將「新設5年免稅案」之產量，挪到「增資4年免稅案」產量中，爭取免稅，被告逕以系爭設備購入日期為91年3月27日後，即斷論系爭設備未能對基準年度之免稅產品有所貢獻，且誤認若不將系爭設備計入增資4年免稅機器設備比率之分母中計算，將使同一投資計畫案享受二次租稅優惠，顯係完全誤解原告會將「新設5年免稅案」之產量列入「增資4年免稅案」之產量所致，實有認事用法之違誤。
⒊退步言，就「增資4年免稅案」而言，倘被告仍執意漠視
目的事業主管機關核驗系爭機器設備為新設5年免稅投資計畫之專屬性，認該91年3月27日後購入之機器設備應計入增資4年免稅投資計畫之機器比分母中，如前段所言，系爭設備係為維持「新設5年免稅案」之銷量，則原計算增資4年免稅產品增加銷售量之基準量（即90年度銷售量，此部份於計算投資計畫銷售量時，係屬於「新設5年免稅案」之銷售量）因包括系爭機器設備所貢獻之產量亦應調減，增資4年免稅計算之增加銷售量亦應增加才是，訴願決定理由所稱「系爭設備既係於1增開始日（即91年3月27日）以後方始購入加入生產設備，顯未能對90年度（基準年度）之免稅產品銷貨量有所貢獻..」，實係對5年免稅計算公式之誤解。
㈣被告認若不將系爭設備計入「增資4年免稅案」機器設備比
之分母中計算，將使系爭機器設備不但享受「新設5年免稅案」之租稅優惠，更於優惠期間屆滿後，繼續享受「增資4年免稅案」之租稅優惠，顯認事用法錯誤，其核定調整有違所得稅法第24條之違法：
⒈按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項
成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。」所得稅法第24條第1項定有明文，而就財政部所訂「營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法」認非屬該辦法第2條規定之免稅所得（系爭項目即屬之），仍應採合理方式分攤之，是以原告系爭4年免稅之免稅所得計算，係依財政部91年5月20日函所頒訂「原獎勵投資條例第6條免徵營利事業所得稅計算公式」辦理，並無違誤。
⒉上開免稅計算公式中機器設備比率係為計算「新增投資計
畫之產品（勞務）收入淨額」，是以機器設備比率之分母及分子，係指「與新增投資計畫有關之機器設備」為限，方可據以推計各次投資計畫免稅所得。原告於91年至93年間所購入之系爭機器設備係分別依「新設5年免稅案」、「增資4年免稅案」各投資計畫之需要購置，並向主管機關核證在案，各次投資計畫之免稅所得，當以各案之受獎勵及非受獎勵生產設備依免稅計算公式計算其機器設備比率，且公式之計算應具一致性。
⒊系爭免稅所得之確認係所得稅法第24條營利事業所得計算
之構成要件之一，惟因有關系爭增資4年免稅所得如何確認？於實務上基於帳證之記載、收入、成本、費用之歸屬分攤不易等因素，常常無法探知真實且正確之免稅所得額，只能以一套合理一致之計算公式，以推計免稅所得額，惟依推計核定之方法應力求客觀、合理並一致地遵守，非任由稅捐稽徵機關主觀地再就推計課稅之公式，依個案之性質調整至稅捐稽徵機關認為之「合理」方式，否則免稅所得之推計公式既為人為制定之公式，其推定結果必然不可能與真實免稅所得相等，僅只能儘可能合理推算，如因結果不利於被告，而賦與被告依個案性質再予以調整之權利，則推計課稅將淪為稅捐稽徵機關為損益調整之工具，因此公式一致性之遵守為絕對必要。惟訴願理由卻稱：「若不將系爭設備計入增資4年免稅案機器設備比之分母中計算，將使系爭機器設備不但享受創立5年免稅案之租稅優惠，更於優惠期間屆滿後，繼續享受增資4年免稅案之租稅優惠，使同一投資案享受二次之租稅優惠，戕害租稅公平甚鉅，自非可採。」、「其免稅所得之計算應以95年度之免稅產品銷貨量減除基準年度（即90年度）之免稅產品銷貨量、2增及3增之增量計算而得，惟系爭設備既係於1增開始日（即91年3月27日）以後方始購入加入生產設備，因其產能未列入基準年度之銷貨量，顯未能對90年度（基準年度）之免稅產品銷貨量有所貢獻。」等語，以非推計課稅之概念認為系爭設備未對基準年度（90）年度之免稅產品銷售量（即新設5年免稅銷售量）有所貢獻，未依任何證據即認定依免稅計算公式將使同一投資案受2次之租稅優惠而自行調整公式，破壞推計課稅之一致性，完全漠視目的主管機關確認系爭設備係新設5年免稅設備，依計算公式系爭設備本即預設可推計對購置年度以前年度之免稅所得，被告本不得任意更動公式，如依被告論理一體適用，過去年度新設5年免稅銷貨量之金額將更大，享受免稅效果將增加，足證被告適用法令之謬誤，被告將推計課稅公式認定恣意調整，實有違所得稅法第24條及論理法則之違法。
㈤由原告93至95年度免稅機器設備所貢獻之新增投資計畫產品
銷售量，即可看出被告將原告增資擴展4年免稅機器設備比自89.27%降至37.8%（後經復查決定重行核算為39.46%）之核定實不合理：
⒈按「人民有依法律納稅之義務，憲法第19條定有明文。國
家依法課徵所得稅時，納稅義務人應自行申報，並提示各種證明所得額之帳簿、文據，以便稽徵機關查核。凡未自行申報或提示證明文件者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。此項推計核定方法，與憲法首開規定之本旨並不牴觸。惟依此項推計核定方法估計所得額時，應力求客觀、合理，使與納稅義務人之實際所得相當，以維租稅公平原則。…」為司法院釋字第218號解釋闡明。
⒉系爭免稅所得之確定，於實務上基於無法探知真實且正確
之免稅所得額，只能制定一套合理一致之計算公式以推計免稅所得額，惟依此項推計方法估計所得額時，應力求客觀、合理，使與實際所得相當，若被告於適用計算公式時對於計算過程中之主張顯然造成矛盾不合理之結果，被告之核定是否妥適合理，其推計之免稅所得是否與原告實際免稅所得相當，不無疑義。以下就被告將原告增資擴展4年免稅機器設備比核定調整至39.46%所產生矛盾不合理處提出說明。
⑴按原告93年度營利事業所得稅結算申報有關增資擴展4
年免稅之免稅機器設備金額為2,388,052元，機器設備比為100%，其所貢獻之新增投資計畫產品銷售量為92,855,180元，原告至95年度營利事業所得稅結算申報時，增資擴展4年免稅之免稅機器設備金額增加至8,322,36
0元，原申報機器設備比為89.27%，其所貢獻之新增投資計畫產品銷售量為214,184,607元，換言之，核准獎勵之機器設備雖增加約3.5倍，受獎勵產品之銷售量僅增加2.3倍，雖增加倍數不一致，惟成長曲線成正比，仍應符合推計課稅之精神，惟被告卻無任何法律依據，恣意調整加計設立免稅投資計畫之機器設備，致機器設備比大幅降為39.46%，造成免稅設備金額雖增加至8,322,360元，然貢獻之新增投資計畫產品銷售量卻僅有84,517,246（214,184,607×39.46%）元，即依被告自行推計課稅之結果發生增加設備金額與銷售量顯成反比之不合理情事。
⑵謹將相關數據整理如下：①93年核定數：免稅機器設備
金額為2,388,052元；機器設備比(1)為100.00%；新增投資計畫產品銷售量(2)為92,855,180元；換算新增投資計畫產品銷售量(1x2)為92,855,180元。②95年申報數：免稅機器設備金額為8,322,360元；機器設備比
(1)為89.27%；新增投資計畫產品銷售量(2)為214,184,607元；換算新增投資計畫產品銷售量(1x2)為191,202,599元。
③95年被告核定數：免稅機器設備金額為8,322,360元；
機器設備比(1)為39.46%；新增投資計畫產品銷售量(2)為214,184,607元；換算新增投資計畫產品銷售量(1x2)為84,517,246元。
⑶由上可清楚看出，若採被告主張將新設5年免稅受獎勵
機器設備(A)計入增資4年免稅案機器設備比分母使機器設備比由89.27%下降為39.46%，將造成原告93年度至95年度（系爭年度）間免稅機器設備自2,388,052元大幅增加至8,322,360元，然95年度（系爭年度）換算出之新增投資計畫產品銷售量84,517,246反而不及93年度之新增投資計畫產品銷售量之不合理矛盾現象，被告於適用免稅計算公式，逕自調整公式，不但破壞推計課稅之一致性，更造成推計上論理之矛盾，顯不可採。
⒊綜上，被告認事用法實有違誤，實損及原告之合法權益，應認原告系爭5年免稅之機器設備比為89.27%〔計算式：
8,322,360÷（1,930,625＋8,322,360－930,625）＝
89.27%〕，系爭5年免稅之免稅所得應為38,284,513元〔計算式：（343,568,306－26,036,396）×2.88×214,184,607÷1,000,843,600×89.27%×（1－5.9%）×85/365＝38,284,513〕，以維原告之合法權益等語。
三、被告則以下列各情置辯，並聲明駁回原告之訴：㈠原告係經營其他醫療器材及設備製造業，91年及95年度先後
經核准增資擴展，並分別自投資計畫完成日91年3月27日（即增資4年免稅案）、95年7月1日及95年10月1日起（下稱1增、2增及3增）連續4年內及5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅。95年度列報免稅所得63,685,602元，經被告初查，以其：⑴1增：投資計畫完成日後所購入之機器設備13,697,317元，已投入該投資計畫產品之生產製造，應計入免稅生產設備比率之分母，核算免稅生產設備比率37.8%〔8,322,360÷（13,697,317+8,322,360）〕。⑵2增：係以研發支出為要件核准免稅，依核定95年度研究與發展支出17,700,408元，核算研發支出比率88.43%。⑶3增：依財產目錄計算非屬受獎勵之生產設備，原告多計716,950元，核算免稅生產設備比率46.34%〔5,551,740÷（5,551,740+7,146,325-716,950）〕。⑷另依2增及3增之增加實收資本額比例計算2增及3增之增量分別為17,142,596元及
34,804,665元，核定免稅所得26,687,715元，亦有被告95年度審查報告書可按（附於處分卷第436-437頁）。㈡原告不服，申請復查，經被告復查決定以：⑴原告另案經核
准新投資創立免稅案，係自89年度起連續5年內免徵營利事業所得稅，已於93年底屆滿，縱其主張1增之系爭機器設備係屬該免稅案之受獎勵生產設備屬實，亦與95年度無涉。再就原告提示之財產目錄查核，系爭機器設備係原告於其增資擴展投資計畫完成日（91年3月27日）後所購入，且非屬1增之4年免稅案經核准之受獎勵生產設備，系爭機器設備既能增加產量，依前揭獎勵投資條例第6條免徵營所稅計算公式註三前段規定，被告初查認屬1增機器設備之範圍並計入機器設備比分母中，應無不合。⑵2增及3增係同一課稅年度（95年度）內經核准之投資計畫，且均生產同類產品，被告依新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第20點規定，依其增加實收資本額比例分別計算免稅所得額，並無不合。⑶被告初查係依會計師查核簽證報告將新購入3增機器設備930,625元計入1增機器設備比分母中，經核確有重複准予減除，重行核算1增機器設備比率為39.4
6﹪〔8,322,360÷（13,697,317+8,322,360-930,625）〕。重行核定免稅所得27,398,839元，原核定免稅所得26,687,715元，予以追認711,124元。原告不服提起訴願，亦經駁回。
㈢原告另案經核准於創立時之「新設5年免稅案」，係自89年
度起連續5年內免徵營利事業所得稅，已於93年底屆滿，縱其主張系爭機器設備係屬該免稅案之受獎勵生產設備屬實，自94年度起亦已非屬受獎勵生產設備，已不在獎勵之範圍，合先陳明。再就原告提示之財產目錄查核，系爭機器設備係原告於其增資擴展投資計畫完成日（91年3月27日）後所購入，且非屬1增4年免稅案經核准之受獎勵生產設備，系爭機器設備既能增加產量，依首揭函釋規定，被告認屬1增機器設備之範圍並計入機器設備比分母中，應無不合，亦符租稅公平原則。
㈣原告之1增之基準年度為90年度，於計算新增產品銷貨量時
，係以95年度免稅產品銷貨量減除90年度免稅產品銷貨量、
2增及3增之增量計算而得，系爭設備既係91年3月27日後所購入，顯未能對90年度（基準年度）之免稅產品銷貨量有所貢獻，亦未見原告有就系爭設備所能增加之產量另予調整計入增資擴展案之基準年度銷貨量之情事，是依首揭計算式，系爭機器設備之產量貢獻已包含於1增增資擴展新增產品銷貨量中，並非基準年度之銷貨量等語。
四、查原告係經營其他醫療器材及設備之製造業，其依行為科管條例第15條規定，於88年6月17日取得科管局例核准新投資創立5年免稅核證函，免稅期間自89年1月1日起至93年12月31日止，即「新設5年免稅案」；原告於91年3月27日復向科管局申請生產或勞務設備核驗發證之「增資4年免稅案」，經科管局於91年4月2日核准；復於95年7月1日申請增資擴展生化分析儀等2增之連續5年免稅案，經科管局於95年9月14日核准，95年10月1日復申請新機器設備等3增之連續5年免稅案，經科管局95年12月22日函核准，有科管局核准函及原告申請書可按（附於處分卷第529-539、542頁）。原告95年度營利事業所得結算申報，列報免稅所得63,685,602元，有原告95年網路申報書、申報租稅減免附冊核定（附於處分卷第353、115、96頁）。被告之原處分將「新設5年免稅案」機器設備計入「增資4年免稅案」機器設備比率，致原告免稅計算設備比減少，而須補稅20,521,600元。原告不服而提起本訴。
五、本件歸納兩造上述主張，兩造之爭點為：被告重新核定原告95年度營利事業所得稅結算申報，將原告申報增資擴展4年免稅機器設備比自89.27%降至37.8%有無違誤？本院判斷如下：
㈠按行為時科管條例第15條第2項第1款明定：「科學工業增資擴展供生產或提供勞務設備者，得就左列獎勵擇一適用。
但擇定後不得變更：自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起2年內，得自行選定4年內之任何一會計年度之首日開始，連續4年內，就其新增所得，免徵營利事業所得稅。」，次按促進產業升級條例第9條第2項第2款規定：「前項選擇適用免徵營利事業所得稅者（指經股東會同意選擇之新興重要性產業），依下列規定辦理..屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」，同條例第9條之2第1項第2款規定：「為健全經濟發展並鼓勵製造業及其相關技術服務業之投資..得依下列規定免徵營利事業所得稅..屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」。依此可知，所定免稅對象為「新增所得」，而給予免稅之優惠基礎在於使用經核准受獎勵之生產設備，是應以核准之生產設備產出之產品，經出售後之所得，始符獎勵免稅規定目的。又科管條例第15條第2項第1款規定，另須考慮「增資前、後」因素，即增資擴展前已有設備之產能，應予排除，因此，乃採增量法，將增資前一年度作為基準年度，其銷貨量為增資擴展前之基準銷貨量，於計算增資擴展之免稅產品所得時，按當年度之免稅產品銷貨量減除基準年度之銷貨量，計算出增資擴展所生之免稅收入。是故免稅要件包含：「免稅期間」、「自行製造」、「受獎勵生產設備」、「免稅產品」4項，如有一要件不符，均需將不符部分按一定合理公式比例分攤排除，始符合規定，並避免納稅義務人任意將其所得全歸入免稅所得，致上開免稅獎勵之政策目的不達，而違反租稅公平原則。
㈡次按「新投資創立5年免稅：..增資擴展4年免稅㈠增
資擴展設備新增所得之計算：⒈增資擴展新增設備全部受獎勵者....⒉增資擴展新增設備，生產設備非全部受獎勵者。
⑴增資擴展後免稅產品銷貨（業務）量－增資擴展前－年度免稅產品銷貨（業務）量＝新增免稅產品銷貨（業務）量。
⑵新增免稅產品銷貨（業務）量×｛增資擴展受獎勵生產設備之生產能力（或成本金額）÷增資擴展受獎勵生產設備與非受獎勵生產設備之生產能力（或成本金額）｝＝新增合於獎勵免稅產品銷貨（業務）量。....」，為財政部91年5月20日函發布之「彙總整理後獎勵投資條例第6條免徵營所稅計算公式」所明定。又「核准免稅後再購或租、借、生產設備，能增加產量，未經事業主管機關核准者應按受獎勵部分生產設備之生產能力與全部生產設備之生產能力比例計算。
」「同一課稅年度內有多次經核准之投資計畫，且均生產（提供）同類產品（勞務），並分別適用本條例第8條、第9條、第9條之2..5年免徵營利事業所得稅之獎勵者，除須依第15點第2項第1款之規定計算各次新增投資計畫之產品（勞務）銷貨量（收入）外，其各次投資計畫之免稅所得額之合計數，並應以該類產品各次投資計畫皆按第7點或全部按第8點計算之免稅所得額二者較高者為限，再按各投資計畫之實收資本額比例，分別計算各次投資計畫之免稅所得額。
」為財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令發布新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第
20點所明釋。上開計算公式及函釋將新興重要策略性產業，按其為新設立5年、增資擴展4年或同一課稅年度多次核准投資計畫之免稅與未受獎勵部分所得區分，係在前揭科管條例與促進產業升級條例所定「獎勵」、「為健全經濟發展並鼓勵製造業及其相關技術服務業之投資」範圍內所訂定之行政規則，依前揭說明，於法並無不合。
㈢查原告之「新設5年免稅案」於88年6月17日取得科管局例
核准新投資創立5年免稅核證函，免稅期間自89年1月1日起至93年12月31日止，有原告提出之科管局88年6月17日（88）園商字第13256號函可按（見處分卷第542頁）。原告之「1增4年免稅案」，免稅期間自91年3月27日至95年3月26日止，而其開始作業日期係91年3月27日，有科管局91年4月2日園商字第0910007428號函核發之科學工業園區科學工業稅捐減事項表可稽（見處分卷第537-539頁）。因後者屬增資擴展性質，採增量法計算免稅所得，其本件免稅所得以95年度之免稅產品銷貨量減除基準年度（即90年度）之免稅產品銷貨量、2增及3增之增量計算，然系爭設備係於
1增開始日（即91年3月27日）以後始購買加入生產設備，產能未列入基準年度之銷貨量，故依財政部91年5月20日函所定之計算公式，於計算「新增4年免稅案」之免稅所得時予以排除，被告將其列入免稅生產設備比率之分母，核算免稅生產設備比率為39.46%，將免稅所得經復查核定為27,398,839元，依前揭說明，並無不合。
㈣原告雖主張系爭設備係奉准免稅而屬「新設5年免稅案」之
重要生產設備，不應放入「增資4年免稅案」之機器設備比之分母中計算，被告將之列入分母，違反所得稅法第24條，亦違推計課稅合理性等情。惟推計課稅目的，在「力求客觀、合理，使與納稅義務人之實際所得額相當，以維租稅公平原則」（司法院釋字第218號解釋理由書）。又按所得稅法第24條第1項規定「..所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤..」，因此如有直接合理明確歸屬，即不採分攤方式。再者，科管條例與促進產業升級條例是為促進高級工業發展，而以租稅優惠獎勵，故以有助於公共利益及符合比例、平等原則為前提，被告按前揭財政部91年5月20日計算公式，將全部受獎勵與非全部受獎勵等分別計算，係為確認適用原獎勵投資條例之營利事業免稅所得之推計方式，應認具合理性基礎。原告於88年間之「新設5年免稅案」（期間自89年1月1日至93年12月
31日止），業於93年底屆滿，自94年度起已非屬受獎勵生產設備，已不在獎勵之範圍，系爭機器設備自94年度起即應歸屬為「非」受獎勵生產設備。又本件「增資4年免稅案」之基準年度為90年度，於計算新增產品銷貨量時，係以94年度免稅產品銷貨量減除90年度免稅產品銷貨量計算而得，系爭設備既係91年3月27日後所購入，未能對基準年度（90年度）之免稅產品銷貨量有所貢獻。因之，被告調整為與「增資擴展受獎勵生產設備」合併作為分母，符合前揭計算公式，亦可避免原告同一投資案享受2次租稅優惠。又本件於前一年度（即93年度）2次免稅案（即新設5年免稅案及增資
4年免稅案）均係以經核准受獎勵之生產設備所生產之銷售量為獎勵免稅之範圍，與上開規定無違。是原告此部分之主張，亦非可採。
六、綜上，被告核定原告95年度營利事業所得稅合於獎勵規定免稅所得27,398,839元，應補稅額20,521,600元，認事用法核無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合。原告訴請撤銷原處分關於免稅所得調整部分及訴願決定，為無理由，應予駁回。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘主張陳述，於判決結果不生影響，無庸一一論列，併予敘明。
八、據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中華民國100年9月1日
臺北高等行政法院第五庭
審判長法官黃清光
法官洪遠亮法官李維心上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中華民國100年9月1日
書記官何閣梅