裁判字號：最高行政法院89年判字第3463號判決
裁判日期：民國89年12月07日
裁判案由：綜合所得稅
最高行政法院判決八十九年度判字第三四六三號
原告甲○○被告財政部臺灣省北區國稅局代表人 林吉昌 右當事人間因綜合所得稅事件，原告不服行政院中華民國八十九年一月十七日台八十九訴字第○一五七五號再訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如左︰
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實緣原告八十二年度綜合所得稅結算申報，被告以其漏報取自國防部中山科學研究院（以下簡稱中科院）之薪資所得新台幣（以下同）五七二、九四○元，乃核定補徵稅額
四七、六五二元。原告不服，申經復查結果，未准變更。提起訴願、再訴願，均遭決定駁回，遂提起行政訴訟，茲摘敍兩造訴辯意旨於次：
原告起訴意旨略謂：一、稅捐稽徵法第一條明定稅捐稽徵法未規定事項，適用其他有關之法律規定，同法第三十八條又規定不服稅捐稽徵機關復查決定，得依法提起訴願，則訴願法為有關之法律，昭然若揭，依訴願法第二條所定行政處分之要件來論，財政部及被告已有核可系爭所得免稅處分之事實，蓋作為或不作為皆屬於單方行政行為。況且關係本件適用之「信賴保護原則」，已由中科院員工依法向監察院聲請，於民國（以下同）八十八年十月二日獲得，桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日駁回檢舉人之函略謂：中科院稱其員工薪資分成本俸及研究加給兩部份，本俸依法課稅；至於研究加給係政府為獎勵科技人員科技研究工作之補助費，此研究補助費台端（指檢舉人）建議應改成單一薪俸核課綜合所得稅，以健全所得稅制，此案俟所得稅法修正時，將一併建議上級單位參採等語，足證當時負責中科院國稅稽徵業務之桃園縣稅捐稽徵處大溪分處，再度明確認定中科院非軍職員工所領之研究補助費為合於所得稅法第四條第八款前段免稅規定之免稅所得，而委婉駁回檢舉人之檢舉，檢舉人亦認係駁回其檢舉，因桃園縣稅捐稽徵處並未就其檢舉而對中科院本身或非軍職員工納稅義務人，依稅捐稽徵法第三十條、第三十一條及所得稅法第七十九條、第八十條、第八十一條、第八十三條、第九十五條所賦予的法定職權為調查核定，開立核定稅額通知書、繳款書予非軍職員工，命其為補繳之行政行為，此可由監察院八十五年三月十五日所發佈之糾正案第參項甲事實第四段記載：「．．．八十一年九月又有納稅義務人檢舉略以：『政府財政負擔沈重，中科院給付非軍職人員所得有低報，造成課稅不公，請研究改進，以增裕稅收．．．』．．．」之實情而得證。財政部及核課主管機關以其法定職權，從五十五年至八十二年長達二十七年之久，對中科院非軍職員工所領「品位加給、技術津貼」部份未以核定稅額通知書為應稅之補徵作為，實是認定系爭所得，合於所得稅法第四條第八款前段之免稅所得，殆無疑義。依訴願法第二條之規定，已構成核定免稅之既存法秩序，被告故意隱瞞此一事實，意圖使鈞院誤判，蒙上司法不公之惡名。二、依訴願法第二條之規定，稅捐主管機關及財政部應作為而不作為，視同核可免稅處分已確立：財政部賦稅署八十八年一月十八日台稅一發000000000號書函載：「國防部中山科學研究院非軍職人員薪給中之品位加給及技術津貼免徵所得稅案，肇始於民國六十八年，由該院員工具名檢舉該院非軍職人員所領取品位加給及技術津貼未依法納稅。由行政院將檢舉函轉財政部，經財政部函請國防部查明給付之性質，惟國防部函覆基於業務機密之理由無從提供．．．」，可知財政部早於六十八年即發現中科院非軍職人員領有「品位加給」及「技術津貼」之事實，當時雖擬具處理辦法報請行政院准予備查，並於六十八年十一月三十日以匆匆（六八）台財稅三八五○一號函國防部，以「如係、如屬」等關鍵詞授權中科院自行認定「品位加給、技術加給」為合於所得稅法第四條第八款免納所得稅之研究補助費，且財政部發文給國防部後，復為配合兩位蔣故總統、歷任行政院長之國防武器自主研發政策，更進一步在財政部所出版各年度版所得稅法令彙編、稅捐稽徵法令彙編中，刻意隱去財政部（六八）台財稅三八五○一號函，使全國人民、法學界、律師界、稅捐稽徵機關中、低階層官員皆不知有此函示存在，監察院（八五）院台財字第二四五七號函調查意見即指出：桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日回覆檢舉人，亦認為研究加給及技術津貼係政府為獎勵科技人員科技研究之工作補助費（對人民公開表示）。而財政部台灣省被告（下稱被告）八十二年四月十五日北區國稅三第00000000號函，認「品位加給、技術津貼」可否適用所得稅法第四條第八款有疑義，採不溯既往原則。可知稅捐稽徵機關中、低階公務員亦不知有（六八）台財稅三八五０一號函的存在。且在六十九年至八十三年間亦從未對「品位加給、技術津貼」開立核定稅額通知書或繳稅扣繳憑單，更使人民信賴中科院非軍職員工所領之「品位加給、技術津貼」為符合所得稅法第四條第八款前段免稅要件之免稅所得，而在中科院對外招考員工時，就前仆後繼地投入中科院懷抱，激盪腦力、原創力，竭盡心智為獲得國防實質嚇阻戰略能力而努力研發。依訴願法第二條第一項行政處分之明確定義來看，已構成有效之認可免稅行政處分，反之，就同條第二項視同行政處分之有效定義而論，財政部至遲於六十八年已由檢舉人依所得稅法第一○三條告發中科院非軍職員工領有品位加給、技術津貼之事實，屬已發現知悉課稅資料，當時財政部如堅持「品位加給、技術津貼」為所得稅法第四條第八款但書部份所稱之非免稅所得，即應命各地稅捐稽徵機關於六十九年所得稅結算申報時，發現中科院非軍職員工，仍未申報研究補助費之所得後，依稅捐稽徵法第三十條、第三十一條、所得稅法第七十九條、第八十三條、第九十五條等有關規定為調查核定之法定行為，並開立「核定稅額通知書」予中科院非軍職員工，為法定期間應為之作為，卻在長達十餘年中不為處分，一方面駁回檢舉人之檢舉，影響檢舉人領取檢舉獎金之權利，另一方面復損害中科院非軍職員工依法節稅權、工作選擇權、生涯規劃處置財產權，已符合訴願法第二條第二項要件，視同核可中科院非軍職員工所「品位加給、技術津貼」為免稅之研究補助費，殆無疑義。要不是在行政院院會議中財政部、國防部已達成為國防自主研發政策，應予免稅之認定，而無須調查核定，否則以稅法授予稽徵機關查核之森嚴，那有任何機關首長、企業主或納稅義務人能身免。故不論係刻意隱去（六八）台財稅三八五○一號函之積極作為或前述應作為而不作為，中科院非軍職員工所領之品位加給、技術加給，非屬另行發現課稅之資料，應享有充分的「信賴保護原則」之適用。而桃園縣稅捐稽徵處大溪分處基於職權（依訴願法第二條前段是謂有權解釋之機關）於八十年四月八日復謂研究加給及技術津貼係政府為獎勵科技人員科技研究之工作補助費，此研究補助費檢舉人建議應改成單一薪俸核課綜合所得稅，以健全所得稅制，此案俟所得稅法修正時，將建議上級單位參採等語，已如前述，駁回檢舉人之檢舉，再度確認中科院非軍職員工所領之品位加給、技術津貼為合於所得稅法第四條第八款為免稅所得，而財政部及被告於八十三年一月二十二日始以北區國稅大溪審第00000000號函明確表示變更已往已核可免稅之處分。三、學說、學理及裁判實務均支持信賴保護原則之適用：鈞院在對中科院員工數千份之判決書中，對信賴保護原則的定義皆謂：「行政法上所謂信賴保護原則，係指人民因相信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民既得權益。本原則之適用，係在禁止新制定或修正的法規有溯及既往之效力。」、「至所稱信賴保護原則，係指人民信賴政府機關之決定，就其生活關係已有適當之安排，應給予保護或給予合理補償而言。」鈞院亦已明確認定行政爭訟上有信賴保護原則之適用；而大法官吳庚博士所著之「行政法之理論與實用」中稱：「信賴保護原則為戰後在西德發展成功之原則，最先適用於授益性質行政處分之撤銷或廢止，蓋相對人因此類處分獲有利益，一經撤銷自將遭受損害，故行政機關撤銷授益處分時，應考慮補償相對人信賴處分有效存續之利益，其後此項原則經該國憲法法院之不斷引用，且逐漸成為憲法層次之法則，不僅拘束行政部門，對立法及司法部門亦有拘束力，故制定法規或適用法規均不得溯及既往發生效力，使人民更為不利」。城仲模博士所著之「行政法裁判百選」亦謂「信賴保護原則，係指人民因相信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民之既得權，並維護法律尊嚴。信賴原則亦係一般法律原則，具有憲法層次效力，可拘束立法、司法及行政。基於信賴保護原則，原則上禁止負擔性法律、命令或自治法規有溯及既往效力（基於此，則八十三年一月二十二日北區大溪審第00000000函行政命令即違反此不得溯及既往之原則）；亦適用於授益行政處分之職權撤銷與廢止；德國學說實務並認為信賴保護亦可適用於行政規則，尤其是形式上已公開之行政規則，及一般法律生活上已無重大疑義而予接受之司法及行政慣例；行政指導上禁反言法理亦係信賴保護原則之適用。大致上須有１信賴基礎：即須先有一個令人民信賴之行政行為，如一個有效之行政處分。２信賴表現：須人民因信賴該行政行為而為具體之信賴行為，如運用財產而生法律之變動。３信賴值得保護：
人民之信賴係基於善意，若該行政處分具有瑕疵，並須非因過失而不知該瑕疵存在。在人民信賴值得保護之時，亦須斟酌公益以決定其保護方法。」我國實務界亦多所引用。以上法學學理，亦明確地支持中科院非軍職員工應享有「信賴保護原則」之保護。四、刻意不布之函示，復牴觸「租稅法律主義」，無法律拘束力：財政部刻意不公布（六八）台財稅三八五○一號函如前揭所述理由外，財政部稅制委員會更於七十九、八十三、八十七年度所出版各年度所得稅法令彙編及八十六年稅捐稽徵法令彙編中，以七十九年十月十八日台財稅第000000000號函、八十三年八月三十一日台財稅第000000000號函、八十七年九月二十一日台財稅第000000000號函、八十六年七月十一日台財稅第000000000號函，再三對全國人民揭示：「本部及各權責機關在民國某年某月某日前發布所得稅法釋示函令（稅捐稽徵法釋示函令），凡未編入該各年度版之所得稅法令彙編（稅捐稽徵法令彙編）中，自民國七十九年十一月五日、八十三年十月一日、八十六年八月一日、八十七年十一月一日起，非經本部重行核定，一律不再援引適用」，經原告詳查各該年度版之所得稅法令彙編（稅捐稽徵法令彙編），皆未列入財政部六十八台財稅三八五○一號函、行政院八十四年台八十四財三七○○七號函，依上開各函示之意旨，應為無效之函示，必經各權責機關重新核定後，始重新生效，故應對中科院非軍職員工，不具拘束力。就稅捐稽徵法第一條之一立法旨意，前述所得稅法令彙編三函、稅捐稽徵法令彙編函示，對據以申請之案件發生效力，且為對納稅義人有利者，應適用之。故北區國稅大溪審第00000000號函、財政部（六八）台財稅三八五○一號函及行政院八十四台財三七○○七號函（皆未依中央法規標準法第七條之規定送立法院備查）對中科院非軍職人員無拘束力，因此三函所依據之財政部（六八）三八五○一號函違憲違法，政府機關施政最忌反覆無常，憲法層次「禁反言」原則，具有拘束立法、司法、行政三者之效力。五、一般人民及輿論皆為中科院非軍職人員抱屈：工商時報於八十七年十月十二日刊出記者 張國仁 以「為國家奉獻心力，卻被指為漏稅之徒」之新聞分析，可證人民充分信賴中科院非軍職人員所領「品位加給、技術津貼」為免稅之研究補助，殆無疑義，行政法院院長 鍾曜唐 先生亦認為系爭所得，應由國防部與財政部出面協商解決。六、監察院認為本件係對非軍職人員不公及為非可歸責於納稅義務人之案件：監察院在（八五）院台財字第二四五七號函中，亦指出桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日回覆檢舉人，亦認為研究加給係政府為獎勵科技人員科技研究工作之補助費（對人民公開承認），而被告於八十二年四月十五日以北區國稅三第00000000號函認「品位加給及技術津貼」可否適用所得稅法第四條第八款，亦有疑義，應採不溯既往原則。所以本件未納稅，非可歸責於納稅義務人。又監察院分別以八十七年十一月二十日（八七）院台財字第八七二二○○五八○號函、及八十七年十二月二十二日（八七）院台財字第八七二二○○六五八號函，表明對中科院非軍職員工之處置顯非公平，而係中科院及稅捐機關之行政疏失所致；就桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日函覆檢舉人之函，中科院非軍職人員主觀上並無違章漏稅之故意，應享有「信賴保護原則」之適用，因其為主管機關對人民之函示，非政府機關內部建議函。七、財政部賦稅署八十八年一月十八日台稅一發第000000000號函載明：「．．．肇始於六十八年由該院員工具名檢舉該院非軍職員工所領取品位加給及技術加給未依法納稅．．．迭遭人檢舉．．．。」，足證本件係由人民依所得稅法第一○三條檢舉，但財政部為配合獲得國防實質嚇阻戰略能力，而有（六八）台財稅三八五○一號函授權中科院自行認定之作為，並未於法定期間內滿足檢舉人領取檢舉獎金的權利，復又損及中科院非軍職員工依法節稅權、工作選擇權、生涯規劃財產處置權，已符合訴願法第二條行政處分的要件，已構成核可的免稅行政處分。而負責中科院國稅稽徵業務的桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年一月二十六日約談中科院，經中科院派員向承辦人 羅肇松 解釋未扣稅引用法條後，羅肇松表示理解，並願意摘錄要點向財政部賦稅署回報；更於同年四月八日函稱：「．．．研究加給係政府獎勵科技人員科技研究之工作補助費．．．」，再度婉轉駁回檢舉人的檢舉，並以其法定職權不開立核定稅額通知書補徵中科院所核發之研究補助（即品位加給或技術津貼），此一具有公法上效果之單方行政行為，又再度確認系爭研究補助是屬所得稅法第四條第八款前段之免稅所得，故由此可見長久以來該管核課稅捐機關之「不作為行政處分」。如參照鈞院就「信賴保護原則」所為之判決意旨，則既存之法秩序與政府機關之決定，已因有權解釋機關所為之行政處分而確立，致原告相信此一既存之法秩序，信賴此一政府機關之決定，而安排其生活或處置其財產，則核課機關及其上級督導機關事後因主管人事之更替而認知有所不同，改為核課所得稅，也不能因嗣後法規、命令之制定或修正，使原告遭受不能預見之損害，以保護人民即原告之既得權益。而在此原則之適用下可知，縱然法令有追溯規定，但因已明確的禁止新制定或修正法規、命令有溯及既往之效力，使人民更為不利，舉重以明輕，是故被告所屬大溪稽徵所八十三年一月二十二日北區國稅大溪審第00000000號函、八十四年八月十四日台財稅第000000000號函釋，暨行政院秘書長八十四年十月十七日台八十四財三七○○七號函釋，核定系爭所得為應納稅之重新認定，應於新處分作成之後方能發生效力，不能驟然推翻前面既有法秩序，方足以維持人民對法秩序的信賴。而原告爭執的是八十二年之所得稅，應有此信賴保護之適用，自不待言。被告刻意隱瞞此一對原告有利之事實， 尚祈鈞院 就訴願法第二條行政處分的定義所形成的既存之法秩序及政府機關的決定之事實，並依職權開言詞辯論及命令中科院參加訴訟後，判決撤銷原處分及訴願、再訴願決定，以維原告權益等語。
被告答辯意旨略謂︰經查中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應其員工之各項給與，但實際上領受「科技品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位或參與不同計畫，悉依該院所訂「科技人員品位加給支給標準表」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按級定額領取「科技品位加給」或「技術津貼」。該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與，是以該院非軍職人員所領受之「科技品位加給」或「技術津貼」，核屬其因提供勞務所取得之報酬，另被告於八十二年間曾派員前往該院現場瞭解結果，該院支付非軍職人員之「科技品位加給」及「技術津貼」係採按月給付方式，是依所得稅法第四條第八款規定及財政部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號、八十四年八月十四日台財稅第000000000號函釋，原核定以系爭薪資所得（研究補助費或品位加給）五
七二、九四○元，併課當年度綜合所得額，核定應補稅額四七、六五二元，要無不合，請予維持。至原告主張於申報所得稅時，即依當年度扣繳憑單誠實申報，原處分機關怠於事實之認定，而在認定標準未明確前，追溯補徵系爭所得之綜合所得稅，實有悖依法課稅原則乙節；按財政部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函釋，中科院發給研究人員之研究加給依職級按月定額發給者，應屬各該研究人員之薪資所得，應於給付時應依法辦理扣繳，所得人並應於年度結算申報時合併申報課稅，並自六十九年一月起適用。是「品位加給」屬薪資所得應合併申報課稅已臻明確，原告主張顯係對法令之誤解。至主張稅捐稽徵人員逐年審閱中科院相關之會計資料，對系爭金額未予扣繳，均未予置啄，顯證同意中科院對該所得性質認定為研究補助費，屬免稅範圍乙節，查就中科院系爭「品位加給」或「技術津貼」是否依法扣繳、申報情事，於被告成立前即八十年元月間經桃園縣稅捐稽徵處大溪分處去函中科院請依法辦理，被告成立後亦先後多次函請中科院提示資料供核，此有被告大溪稽徵所八十三年一月二十二日北區國稅大溪審第00000000號等函件可稽，是原告主張委無足採。且按現行所得稅法對此相關之規定條文，係於民國五十二年制訂迄今，對系爭「品位加給」及「技術津貼」應依法課徵所得稅之規定並未修正，被告依所得稅法規定補徵八十二年度綜合所得稅，依法並無不合，請予維持。本件原核定發單補徵稅額，並未逾稅捐稽徵法第二十一條所規定之核課期間，原告主張基於信賴利益不宜追溯補徵等節，於法無據。綜上論述：原處分及所為復查、訴願、再訴願決定並無違誤，請駁回原告之訴等語。
理由按中華民國政府或外國政府，國際機構、教育、文化、科學研究機構、團體，或其他公私組織，為獎勵進修、研究或參加科學或職業訓練而給與之獎學金及研究、考察補助費等所得，免納所得稅。但受領之獎學金或補助費，如係為授與人提供勞務所取得之報酬，不適用之，為行為時所得稅法第四條第八款所規定。又凡公、教、軍、警、公私事業職工薪資及提供勞務者之所得，為薪資所得，該項所得之計算，以在職務上或工作上取得之各種薪資收入為所得額；前項薪資包括薪金、俸給、工資、津貼、歲費、獎金、紅利、各種補助費及按月或按年分期給付之退休金或養老金。但為雇主之目的，執行職務而支領之差旅費、日支費及加班費不超過規定標準者，及依同法第四條規定免稅之項目，不在此限，復為同法第十四條第一項第三類所明定。查，本件原告八十二年度綜合所得稅結算申報，被告以其漏報取自中科院之薪資所得計五七二、九四○元，乃核定補徵稅額四七、六五二元，原告不服，申經復查結果，未准變更，乃循序提起行政訴訟，主張如事實欄所載。經查，憲法第一百六十五條係規定教育科學藝術工作者生活之保障，與憲法第十九條規定人民有依法律納稅之義務，兩者併行不悖。前者，要求政府依國民經濟進展之情形，隨時提高教育科學藝術工作者之待遇；但並不因此免除該類人員依法納稅之義務。因此，除非法律明定，得免納稅義務者外，稅捐單位對之課徵各類稅款，無違憲法第十九條、第一百七十一條及中央法規標準法第十一條之規定。從而，中科院不論依何法源設立，其所屬人員是否具有視同軍人之身分，除非法律明定免徵綜合所得稅外，自不得解免其納稅之義務。本件中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應其員工之各項給與，但實際上領受「品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位參與不同計畫，均依該院所訂「科技人員品位加給支給標準表」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按級定額領取科技品位加給或技術津貼。且該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與，其非軍職人員所領受之科技品位加給或技術津貼，核屬因提供勞務所取得之報酬，應無行為時所得稅法第四條第八款免納所得稅規定之適用。況被告於八十二年間派員前往該中科院瞭解結果，其支付非軍職人員之科技品位加給及技術津貼確係按月給付方式，復經中科院八十一年十一月三日（八一）訓誠字第一六八七三號函，說明該院各類薪資扣繳所得稅狀況：「以該院於年度開始即訂有各項研究計畫，並按照研究計畫逐月實施。各項研究計畫除一般經費外，為獎勵科技人員竭盡心智參與研發工作，另編列研發人員研究補助費及技術津貼。為便利作業，研發人員研究補助費係採按月發放方式，再經由成本歸戶手續，回歸計畫預算內（研究補助費採個案給付，必將增加人力及作業之負擔，不符經濟效益）」等語。足見中科院給付非軍職員工之品位加給及技術津貼之所得，屬經常性研究補助費給與，且依職級按月定額支給，為提供勞務所取得之報酬，依首揭規定，核非免稅之薪資所得，被告依法發單補徵稅款，並未逾稅捐稽徵法第二十一條所定核課期間，於法並無不合。又修正前訴願法第二條規定：「本法所稱行政處分，謂中央或地方機關基於職權，就特定具體事件所為發生公法上效果之單方行政行為。中央或地方機關對於人民依法聲請之案件，於法定期間應作為而不作為，致損害人民之權利或利益者，視同行政處分。」，本件被告或其他稅捐稽徵機關就原告之系爭所得並未曾作出任何免稅之行政處分；原告於被告為本件之核課前，亦未曾就系爭所得向被告或其他稅捐稽徵機關依法聲請免稅，自無被告或其他稅捐稽徵機關於法定期間應作為而不作為，致損害原告之權利或利益之情事，自不得視同行政處分。又行政法上所謂信賴保護原則，係指人民因相信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民之既得權益。本原則之適用，係在禁止新制定或修正法規有溯及既往之效力。系爭所得不屬行為時所得稅法第四條第八款前段所定免納所得稅之範圍，而屬該條款但書應納所得稅之標的，已如前述，且該條款迄未修正變更，則無論中科院是否有依法代為扣繳所得稅，及稅捐稽徵機關有無盡到稽徵之責任，均不影響原告自始應依法繳納所得稅之義務，自無「信賴保護原則」之適用，原告主張財政部及核課主管機關，從五十五年至八十二年長達二十七年之間，就系爭所得未依稅捐稽徵法、所得稅法有關規定，通知原告補稅，已認定系爭所得屬於所得稅法第四條第八款前段之免稅所得，依訴願法第二條之規定，已構成核定免稅之既存法秩序，原告應享有充分的「信賴保護原則」之適用云云，不足採取。又財政部之函令或解釋無論有無登載於其編之所得稅法令彙編及稅捐稽徵法令彙編內，均與法律規定之效力不生影響，亦不牴觸「租稅法律主義」。桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日函復檢舉人，係謂：中科院稱其員工薪資分成本俸及研究加給兩部份，本俸依法課稅；至於研究加給係政府為獎勵科技人員科技研究工作之補助費，此研究補助費台端（指檢舉人）建議應改成單一薪俸核課綜合所得稅，以健全所得稅制，此案俟所得稅法修正時，將一併建議上級單位參採等語，並未認定中科院非軍職員工所領之研究補助費屬於所得稅法第四條第八款前段規定之免稅所得。又財政部（六十八）台財稅字第三八五○一號函說明欄稱：「一、凡依職級按月定額發給者，應屬各該研究人員之薪資所得，應於給付時應依法辦理扣繳，所得人並應於年度結算申報時合併申報課稅。二、如係按研究計劃個案給付、並非通案按職級按月給付者，則為研究補助費，依法可免納所得稅。三、如屬第一種情形，中科院以往未依法扣繳，所得人以往年度亦未申報納稅者，應即請中科院轉知各所得人自行向稽徵機關補報並補繳應納稅款，可免予處罰，自六十九年一月起，中科院應於給付時依法扣繳，所得人應於每年終後合併申報綜合所得稅。．．．」該函釋明白指出，凡依職級按月定額發給者，應屬研究人員之薪資所得，所得人應申報課稅，並未授權中科院自行認定是否免稅。又被告八十二年四月十五日北區國稅三第00000000號函僅係該局對財政部之建議函，並非對外發布之有效函釋，不因該建議函而使原告自始應負繳納所得稅之義務有所改變。綜上所述，原告應依規定申報系爭所得而未申報，被告依首揭規定補徵漏報稅款四七、六五二元，一再訴願決定遞予維持，均無違誤。原告起訴意旨，難謂有理，應予駁回。又本件事實已臻明確，已無行言詞辯論及命中科院參加訴訟之必要，併此敍明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法施行法第二條、行政訴訟法第九十八條第三項前段，判決如主文。
中華民國八十九年十二月七日
最高行政法院第四庭
審判長法官葉振權
法官林清祥法官吳錦龍法官劉鑫楨法官吳明鴻右正本證明與原本無異
法院書記官陳盛信中華民國八十九年十二月八日