裁判字號：臺北高等行政法院100年訴字第873號判決
裁判日期：民國100年09月13日
裁判案由：土地增值稅
臺北高等行政法院判決
100年度訴字第873號100年8月30日辯論終結原告祭祀公業 姜義豐 代表人 姜維經 （管理人）訴訟代理人 陳進興 律師被告新竹縣政府稅捐稽徵局代表人 楊美麗 （代理局長）訴訟代理人 顏淑芬
詹繡曲 簡憶如上列當事人間土地增值稅事件，原告不服新竹縣政府中華民國100年3月31日府綜法字第1000040757號訴願決定（案號：000000000），提起行政訴訟，本院判決如下：
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：緣原告與權利人 吳美菊 共同申報移轉新竹縣○○鎮○○段12
67、1268地號等2筆土地（下稱系爭土地），向被告檢附農業用地作農業使用證明書，申請不課徵土地增值稅，惟未經被告核准，被告按一般買賣核課其土地增值稅各計新臺幣（下同）2,273,677元及1,207,708元（已於99年8月23日繳納）。原告不服，主張系爭土地自38年6月起即訂有三七五租約，並經關西鎮公所核發農業用地作農業使用證明書，得適用土地稅法第39條之2第1項農地移轉不課徵土地增值稅之規定。又系爭土地原為農牧用地，雖經都市計畫編定為行水區，但事實並未作行水之用途，逕編定為行水區，對土地所有權人不公平等語申請復查，經被告以100年1月11日新縣稅法字第0990036902號復查決定（下稱原處分）「復查駁回」。原告不服，提起訴願，遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：
（一）查系爭1267地號（重測前為牛欄河段95-2地號）土地於63年1月18日發布實施都市計劃前地目為「原」之農業用地；系爭1268地號（重測前為牛欄河段95-1地號）土地地目係為「田」之農業用地。新竹縣政府於63年1月18日發佈實施都市計畫時系爭土地之使用編定為公共設施保留地之「河川用地」非為「行水區」。顯見被告對於原處分作成所認定之具體事實錯誤，俟原告向被告提出異議，被告及訴願機關亦僅以不論「行水區或公共設施保留地之河川用地」都無不課徵土地增值稅之適用，未曾就原處分內容之具體事實認定錯誤作更正；並治療原處分之瑕疵。即便被告之闡明係以「處分結果論」，惟原處分所認定之具體事實錯誤，則原處分非無瑕疵可言。
（二）本件都市計畫內系爭土地之使用編定復經新竹縣政府於72年5月10日註銷編定，前述所指之註銷編定係指註銷「公共設施保留地之河川用地」而言，非為註銷農業用地編定。直至72年變更關西都市計劃時，為配合行政院頒公共設施用地取得方案，減少公共設施投資費用，予以變更，始就系爭土地之編定為「行水區」。顯見系爭土地之使用編定並非如被告所認定係於63年1月18日發布實施關西都市計劃時即編定為「行水區」。而本件之「行水區」編定，乃係新竹縣政府於72年11月21日以府建都字第76167號令發布關西鎮都市計劃通盤檢討時，始將系爭土地編定為都市計劃區內之「行水區」，此部分為兩造所不爭執。亦即，本件初次都市計劃之時間自63年1月18日至72年11月21日前截止，前述期間之土地使用編定究為「公共設施保留地-河川用地」或「農業用地」迭生爭議，肇因於財政部曾本於職權就適用土地稅法第39條之2第1項及土地稅法施行細則第57條之1規定之「農業用地」提出定義，即72年8月3日農業發展條例修正增訂第27條條文生效時應為「農業用地」，始有前述法規關於不課徵土地增值稅之適用，先行敘明。
（三）司法院釋字第423號解釋：「行政機關行使公權力，就特定具體之公法事件所為對外發生法律上效果之單方行政行為，皆屬行政處分……」。本件於63年實施都市計畫之始至72年11月21日前為止，都市計畫主管機關仍有應踐行之行政程序並未完成，其中有應通知地主而未通知或應公告而未踐行者有之。謹摘錄斯時都市計畫主管機關就本件之部分處理過程，略以：「……應即將土地登記簿土地標示部使用別加蓋『區別』戳記乙節係屬錯誤，因都市計畫範圍內土地應依都市計畫法規定辦理，為恐生錯誤，請即全面清理明查，將已加蓋『區別』戳記用紅色雙線刷銷後，依台灣省民政廳63年9月12日民地已字第36529號函苗栗縣政府副本辦理」。主管機關爰依法檢討並予以修補行政處分之瑕疵（最高行政法院59年判字第192號判例、司法院釋字第156號解釋參照）。嗣經新竹縣政府於72年5月10日依據前開函文作出「註銷系爭土地公共設施保留地之河川用地」編定之行政處分，復以新竹縣政府恢復系爭土地為「農業用地」。茲以土地登記之內容雖屬私權事項，但登記機關之登記或拒絕登記，則屬行政處分（最高行政法院56年判字第97號判例可參）。依前開判例，都市計畫主管機關就系爭土地於63年1月18日至72年11月21日期間內之都市計畫編定（登記）之執行應為行政處分，惟主管機關就該行政處分有得撤銷之行政行為而未竟其功。是以，依前開最高行政法院判例及司法院大法官解釋，似應認定斯時原都市計畫主管機關應依法定程序辦理變更系爭土地為河川用地之行政處分有瑕疵，即系爭土地仍應為「農業用地」。
（四）又被告曾本於職權認定系爭土地於63年1月18日至72年11月21日期間內仍為「農業用地」復以核課系爭土地應繳納田賦稅之行政處分，原告亦依法繳納田賦稅有案可稽，田賦稅繳納自38年直至72年11月系爭土地編為行水區後為止，未曾積欠任何稅賦（按前述之田賦稅即為政府對土地編定為田之農地所課徵之稅賦，並以穀價折算代金方式繳納之稅賦）。另查，前述田賦代金繳納通知單之注意事項欄之標註，略以：「……加徵荒地稅逾期未繳納者即移送法院強制執行」之表意行為；復依土地法第88條規定：「凡編為農業或其他直接生產用地，未依法使用者，為荒地……。」前開被告對原告所作「下命處分」命原告為特定作為之課稅行為，應屬行政處分之範疇，即證實被告於前揭期間內之行政處分認定系爭土地確為「農業用地」應無疑義，即在法律上原告應享有「農業用地」值得信賴保護之事實。是以，農業發展條例72年8月3日第27條修訂生效之後，系爭土地編定仍為田，並依法繳稅，原告具有得以主張之法律權利，即得申請不課徵土地增值稅之法律主張。
（五）承前所述，都市計畫主管機關與被告之間對於系爭土地於63年1月18日至72年11月21日之間就使用編定之認定應為「農業用地」應無疑義。查行政程序法第8條規定：「行政行為，應以誠實信用之方法為之，並應保護人民正當合理之信賴。」即信賴保護原則係行政機關依法行政之核心價值，並有司法院大法官解釋可稽，無庸贅述。本件系爭土地於農業發展條例72年8月3日修正增訂第27條生效施行時確係為「農業用地」，而非訴願決定書理由五所載：「是以本件系爭土地於農業發展條例72年8月3日修正施行時，土地用地別早已變更編定為河川用地，乃不符合當時農業發展條例第27條所稱農業用地依法供農業使用……。」訴願決定所依據之事實有誤。原告在法律上應具有信賴保護之餘地，適用「農業用地」農用得申請不課徵土地增值稅之優惠。
（六）揆諸上開說明，系爭土地於72年11月21日公布都市計劃通盤檢討後之使用編定始為「行水區」係為兩造所不爭之事實。依被告之課稅處分，系爭土地於63年1月18日至72年11月21日之期間，乃於農業發展條例72年8月3日第27條修正生效後，系爭土地仍保有合乎「農業用地」用地別之法律事實。另查系爭土地於72年11月21日公布都市計劃通盤檢討前確為地目田、原且為農用之農地，又有耕地三七五租約之登記（關西鎮公所99年10月1日關鎮民字第0990012198號函）及農業使用證明書。
（七）系爭土地之移轉，應有農業發展條例第38條之1規定之適用，於法不課徵土地增值稅：
1.按「農業用地經依法律變更為非農業用地，不論其為何時變更，經都市計畫主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業主管機關核發該土地作農業使用證明書者，得分別檢具由都市計畫及農業主管機關所出具文件，向主管稽徵機關申請適用第三十七條第一項、第三十八條第一項或第二項規定，不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦：一、依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者。二、……。本條例中華民國七十二年八月三日修正生效前已變更為非農業用地，經直轄市、縣(市)政府視都市計畫實施進度及地區發展趨勢等情況同意者，得依前項規定申請不課徵土地增值稅。」農業發展條例第38條之1第1項第1款及同條第2項定有明文。
2.檢具下列證據，證實原告主張之事實：⑴附呈新竹縣關西鎮公所100年8月17日關鎮建字第7686號
函，證明：「關西鎮都市計畫自63年1月18日公佈實施至今並未完成細部計畫」，更未准許依第一次、第二次、第三次通盤檢討變更後計畫用途使用之事實。
⑵附呈新竹縣關西鎮公所99年5月20日關鎮農字第5022號
證明書，證明：「系爭土地係農業用地作農業使用」之事實。
3.系爭土地「實際使用情形」：系爭土地係農業用地作農業使用。按系爭土地自清朝年代開墾，以田或烟耕作迄今將近兩百年，一直以農地農用從未變更，除可現場勘查外，並有：
⑴新竹縣關西鎮公所出具之99年5月20日關鎮農字第09900
05022號證明書可證明「系爭土地係農業用地作農業使用無誤」可證。
⑵系爭土地以私有耕地出租，自台灣光復後之35年10月1
日起，在政府機關有耕地三七五租約登記，並有新竹縣關西鎮公所100年4月7日關鎮民字第1003001208號足資參照。
⑶有幾十年來被告及新竹縣政府、臺灣省糧食局、臺灣省
新竹農田水利會等單位，就系爭土地以耕作為依據，課徵田賦代金、田賦實物、隨田賦收購稻穀及繳納農田水利會費等收據或繳納單據可稽。
4.系爭土地「地籍登記」部分：⑴系爭土地在台灣光復初期40年9月時，地目分別登記為
「田」及「原」，使用種類係編定為「農業用地」，此有土地登記簿可稽。
⑵於69年3月20日，新竹縣政府雖將系爭土地使用種類列
為「公共設施保留地」，但鑑於實際使用情形，又於72年5月10日正式函文地政機關註銷編定使用種類之登記，此有土地登記簿可稽。
⑶目前系爭土地之土地謄本登記地目仍然登記為「田」及
「原」，使用分區、使用地類則為空白。均註明有耕地三七五租約。
5.都市計畫暨細部計畫：⑴按新竹縣關西鎮於72年11月間，通盤檢討都市計畫時，
將牛欄河地區（即系爭土地所屬區段）誤為石門水庫溢洪道行水區，而將該地區誤編為行水區。此有新竹縣關西鎮公所90年3月8日90關鎮民字第2419號函、經濟部水利處北區水資源局90年3月26日（90）水利北石字第Z000000000號函可證。
⑵因此，新竹縣關西鎮公所於99年l月間，變更關西都市
計畫第三次通盤檢討時，已將該牛欄河地區行水區編定變更為休閒農業區，經新竹縣關西鎮都市計畫委員會及新竹縣都市計畫委員會審議通過，送內政部核備中。上開都市計畫尚未擬定細部計畫，更未完成細部計畫。
6.農業發展條例第38條之1之立法理由。⑴為明確規範都市計畫變更為非農業區土地，於細部計畫
尚未完成前，因無法依變更後之計畫用途使用，於移轉之際亦得適用免徵土地增值稅、遺產稅等相關規定，爰將施行細則第14條之1條文移作本條，以達到法規體系一致性，免其產生不公之象，亦維持法律穩定性與實現公平正義。
⑵財政部有鑒於之前歷年來的函釋，對有些土地所有人顯
具不公，乃有明定「不論其何時變更」均有適用之建議，並完成立法。
7.從以上事證，可以證實系爭土地之移轉，確係符合農業發展條例第38條之1規定之適用，免課土地增值稅。
（八）系爭土地依土地稅法施行細則第57條之1規定仍有土地稅法第39條之2第1項之適用，符合不課徵土地增值稅規定：
按土地稅法施行細則第57條之1第1款規定：「農業用地經依法律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業用地作農業使用證明書者，得適用本法第三十九條之二第一項規定，不課徵土地增值稅：一、依法應完成細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者。」參酌新竹縣政府100年3月23日府產城字第1000038328號函（即都市計畫主管機關所核發之証明書），並參新竹縣關西鎮公所100年8月17日關鎮建字第1000007686號函，均足以證實系爭土地確係符合前開不課徵土地增值稅之規定。
（九）系爭土地歷經都市計畫變更之經過：
1.63年1月18日關西實施都市計畫（未發布細部計畫）。
2.69年3月20日新竹縣註銷系爭土地之農業用地，變更編定為公共設施保留地。
3.72年5月10日新竹縣政府將系爭土地，使用種類公共設施保留地編定註銷（使用分區欄位：空白）。按農發條例第27條係於72年8月3日修正。
4.72年11月21日，變更關西都市計畫第一次通盤檢討，誤列為行水區（未發布細部計畫）。
5.85年8月5日，變更關西都市計畫第二次通盤檢討。附帶條件明定「應另行擬定細部計畫，以完成法定程序，始得據以執行」，但亦未擬定細部計畫。
6.99年5月20日變更關西都市計畫第三次通盤檢討。系爭土地之使用編定改編為「休閒農業區」。（雖已擬定細部計畫，但現正送審中，尚未完成。）
（十）顯見系爭土地有關之都市計畫主管機關，嚴重違背都市計畫法第17條：「……應於主要計畫發布實施後，最多二年完成細部計畫，並於細部計畫發布後，最多五年完成公共設施……」及同法第26條：「都市計畫經發布後，……應在三年內或五年內做通盤檢討，依據發展情況，並參考人民建議作為必要之變更，對於非必要之公共設施用地，應變其使用。」等規定。30多年來，系爭土地被誤編為公共設施保留地及行水區，既未擬定並完成細部計畫更未有任何設施建設或徵收使用。實際上，系爭土地自清朝年間開墾迄今一百多年以來，一直以農地農用。延至99年5月20日該都市計畫第三次通盤檢討，才再改編為休閒農業區。該都市計畫有重大瑕疵，主管人員亦有嚴重疏失。
（）原處分及訴願決定之違法：
1.原處分及訴願決定，就系爭土地之移轉核課土地增值稅，依前開所指違背農業發展條例第38條之1規定，及違背土地稅法第39條之2第1項與土地稅法施行細則第57條之1規定，課稅無合法依據，於法不合外，在課稅及處分行為上，同時也違背行政程序法第8條：「行政行為應以誠實信用之方法為之，並應保護人民正當合理之信賴。」及同法第9條：「行政機關就該管行政程序應於當事人有利及不利之情形一律注意。」之規定。
2.經查原告對被告之課稅處分即聲明異議及請求復查。但依土地登記規則「須提出完稅（即無欠稅）証明，才能移轉登記」及申請復查「須先繳稅」之規定，乃按被核課稅額繳納，同時依行政救濟程序申請復查，進而提起訴願。在聲明異議，申請復查及提起訴願過程中，原告曾就「都市計畫主管機關自始迄今皆未依都市計畫法第17條規定發布細部計畫，更未完成細部計畫」以及主管政府機關（鎮公所）出具有「系爭土地自始迄今係農業用地農業使用」之証明書等有很多具體確實之主張及提出各該書証。不料，被告及訴願機關，竟未予注意，亦未重視與採納，顯然有違背上開行政程序法之規定。
（）被告所主張有關「關西鎮都市計畫及細部計畫」事項，不但與事實完全不符，且相互間亦有所矛盾：
1.被告指「關西鎮都市計畫係主要計畫及細部計畫合併擬定之都市計畫」乙節，可從以下事証，証明其主張之不實：⑴按「細部計畫依都市計畫法第16條規定與主要計畫合併
擬定者，由內政部核定實施。該細部計畫核定之審議原則由內政部定之。」為都市計畫法第23條所明訂。經查關西都市計畫從未有「主要計畫及細部計畫合併之擬定」，更未曾有內政部之核定。所謂「合併擬定之都市計畫」乃係被告憑空不實之主張。
⑵原告所提新竹縣關西鎮公所100年8月17日關鎮建字第10
00007686號函，足以証明「關西鎮都市計畫自63年1月18日公佈實施至今並未完成細部計畫」之事實。
⑶85年8月間之變更關西都市計畫第二次通盤檢討書其附
註一即有「附帶條件應另行擬定細部計畫……並俟細部計畫完成法定程序後，始得發照建築」之記載。
⑷可見被告所謂「關西都市計畫主要計畫與細部計畫係合
併擬定（63年1月間）」，又說「關西都市計畫細部計畫，於85年10月16日完成」等，均係空言不實之主張。
2.被告之上開主張，在時間上言就顯得非常矛盾：如云，主要計畫與細部計畫係合併擬定，則其所指時間應係63年1月18日，但被告又說「該細部計畫係於85年10月16日完成」。可見其主張之間，時間上也屬矛盾。何況，依上開新竹縣關西鎮公所100年8月17日關鎮建字第1000007686號函，已証明關西都市計畫自63年間公布迄今並未完成細部計畫。
（）系爭土地就都市計畫之編定，及移轉登記時受被告課徵土地增值稅，可以說係兩層受害：
1.因都市計畫之主管機關，違背都市計畫法第17條、及同法第26條規定未妥適規畫關西都市計畫。30多年來，系爭土地被誤編為公共設施保留地及行水區，既未擬定並完成細部計畫更未有任何設施建設或徵收使用。實際上，系爭土地自清朝年間開墾迄今一百多年以來，一直以農地農用。延至99年5月20日該都市計畫第三次通盤檢討，才再改編為休閒農業區，但迄今未定案。該都市計畫有重大瑕疵，主管人員確有嚴重疏失。隨之，系爭土地仍然維持一百多年以來之狀態，不能如同其他地區之土地，開發使用。
2.原告既受上開長期未定案，又未擬定細部計畫等都市計畫之害（土地被限制按原農地狀態使用），在移轉登記時，竟又受被告非法課徵土地增值稅（未適用免課土地增值稅之相關法律規定，此部份請參前述），顯然係兩層受害，難令人甘服。
（）綜上所述，聲明求為判決：
1.訴願決定及原處分（復查決定）均撤銷。
2.訴訟費用由被告負擔。
三、被告則以：
（一）按「本法所稱農業用地，指非都巿土地或都巿土地農業區、保護區範圍內土地，依法供下列使用者︰一、供農作、森林、養殖、畜牧及保育使用者。二、供與農業經營不可分離之農舍、畜禽舍、倉儲設備、曬場、集貨場、農路、灌溉、排水及其他農用之土地。三、農民團體與合作農場所有直接供農業使用之倉庫、冷凍（藏）庫、農機中心、蠶種製造（繁殖）場、集貨場、檢驗場等用地。」、「作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。」、「本法第39條之2第1項所定農業用地，其法律依據及範圍如下：一、農業發展條例第3條第11款所稱之耕地。二、依區域計畫法劃定為各種使用分區內所編定之林業用地、養殖用地、水利用地、生態保護用地、國土保安用地及供農路使用之土地，或上開分區內暫未依法編定用地別之土地。三、依區域計畫法劃定為特定農業區、一般農業區、山坡地保育區、森林區以外之分區內所編定之農牧用地。四、依都市計畫法劃定為農業區、保護區內之土地。五、依國家公園法劃定為國家公園區內按各分區別及使用性質，經國家公園管理機關會同有關機關認定合於前3款規定之土地。」、「農業用地經依法律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業用地作農業使用證明書者，得適用本法第
39條之2第1項規定，不課徵土地增值稅：一、依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者。二、已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市地重劃或區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者。」、「依本法第39條之2第1項申請不課徵土地增值稅者，應依下列規定檢附證明文件，送主管稽徵機關辦理：一、第57條之土地，應檢附直轄市、縣(市)農業主管機關核發之農業用地作農業使用證明文件。二、前條之土地，應檢附各該法律主管機關核發認定符合前條各款規定之土地使用分區證明書，及直轄市、縣(市)農業主管機關核發之作農業使用證明文件。」、「農業用地經依法律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業用地作農業使用證明書者，得適用本條例第三十七條第一項、第三十八條第一項或第二項規定，不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦：……。」、「農業用地經依法律變更為非農業用地，不論其為何時變更，經都市計畫主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業主管機關核發該土地作農業使用證明書者，得分別檢具由都市計畫及農業主管機關所出具文件，向主管稽徵機關申請適用第三十七條第一項、第三十八條第一項或第二項規定，不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦：一、依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者。二、已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者。本條例中華民國72年8月3日修正生效前已變更為非農業用地，經直轄市、縣（市）政府視都市計畫實施進度及地區發展趨勢等情況同意者，得依前項規定申請不課徵土地增值稅。」、「農業用地在依法作農業使用期間，移轉與自行耕作之農民繼續耕作者，免徵土地增值稅。」分別為土地稅法第10條第1項、第39條之2第1項、同法施行細則第57條（農業發展條例施行細則第2條，72年8月3日時之農業發展條例施行細則第14條）、第57條之1（農業發展條例施行細則第14條之1）、第58條、農業發展條例第38條之1及72年8月3日修正生效之農業發展條例第27條所明定。
（二）次按「按財政部85年3月27日台財稅第000000000號函釋，原為農業用地經都市計畫變更為行水區土地，在未依水利法徵收前，如經查明仍作農業使用且未違反水利法規及都市計畫書管制規定者，其於移轉時，准予仍有土地稅法第39條之2第1項規定之適用。所稱『原為農業用地』，應指農業發展條例第27條於72年8月3日修正生效後，符合同條例施行細則第14條（註：現行農業發展條例施行細則第2條）規定範疇之農業用地而言。本案土地既經查明於55年間都市計畫即編定為行水區，在72年8月3日已非屬上開規定範疇之土地，其移轉時，應無前揭函釋之適用。」、「主旨：有關原為農業用地於65年經都市計畫編定為○○風景區土地之繼承、贈與或移轉，其遺產稅、贈與稅或土地增值稅之徵免，復如說明。說明：二、依農業發展條例施行細則第2條第2項規定：『前項農業用地經依法律變更編定為非農業用地，在依法應完成之細部計畫尚未完成，無法依變更後之用地使用，經上開法律主管機關認定仍應依原來農業用地使用分區別或用地別管制使用者，得適用本條例第37條第1項、第38條第1項或第2項規定，不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦。』有關○○風景區土地之繼承、贈與，如經主管機關查明原為農業用地，嗣於65年○○市都市計畫編定為○○風景區，惟迄今尚未完成細部計畫，無法依變更後之用地使用，而仍作農業使用者，該土地於細部計畫完成前因繼承、贈與之遺產稅及贈與稅，應有上述農業發展條例施行細則第2條第2項及行政院83年11月28日台財字第44533號函免徵規定之適用。
三、至於土地增值稅部分，本案土地於65年既經都市計畫編定為○○風景區土地（非屬都市計畫內農業區或保護區之農業用地），其於72年8月3日農業發展條例修正增訂第27條條文生效時，已非屬農業發展條例施行細則第2條第2項（編者註：94年修正為第14條之1）規定之『前項農業用地』，故於移轉時應無上述農業發展條例第37條第1項（土地稅法第39條之2第1項）不課徵土地增值稅規定之適用。」、「主旨：有關原為農業用地於66年10月都市計畫變更為『貨運轉運中心』，迄今尚未完成細部計畫，仍作農業使用之土地移轉，可否依土地稅法第39條之2第1項不課徵土地增值稅案，仍請參照財政部91年12月26日台財稅字第0910458277號函說明三辦理。說明：二、查89年1月26日修正公布前農業發展條例第27條（土地稅法第39條之2第1項）規定：『農業用地在依法作農業使用期間，移轉與自行耕作之農民繼續耕作者，免徵土地增值稅。』該免徵土地增值稅規定係於72年8月3日增訂生效。按此，行政院83年11月28日台83財字第44533號函示：『農業用地經都市計畫變更為新市鎮特定區、住宅區、或其他使用分區，在細部計畫尚未完成前，如經都市計畫主管機關認定，仍應依原來之土地使用分區別（或用地別）管制而視為農業用地，其於移轉或繼承時，仍有土地稅法第39條之2第1項及農業發展條例第31條規定之適用。』其適用應以移轉土地於72年8月3日農業發展條例第27條增訂生效日後，仍符合89年6月7日修正前同條例施行細則第14條規定範疇之農業用地，嗣經都市計畫變更為非農業用地者始有其適用。前經財政部86年10月22日台財稅第000000000號函及91年5月21日台財稅第0000000000號函示有案。三、又89年1月26日修正公布農業發展條例除將第27條改列為第37條第1項（土地稅法第39條之2第1項），並修正為：『作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅』，另依89年6月7日修正公布之同條例施行細則除將第14條改列為第2條第1項；並增列第2條第2項（土地稅法施行細則第57條第2項）規定：『前項農業用地經依法律變更編定為非農業用地，在依法應完成之細部計畫尚未完成，無法依變更後之用地使用，經上開法律主管機關認定仍應依原來農業用地使用分區別或用地別管制使用者，得適用本條例第37條第1項……，不課徵土地增值稅……』，由於該農業發展條例施行細則第2條第2項規定係源自於上揭行政院函示之規定，其所稱『前項農業用地』，自仍應以移轉土地於72年8月3日農業發展條例第27條增訂生效日後，仍符合該施行細則第2條第1項規定範疇之農業用地，嗣經都市計畫變更為非農業用地者始有其適用。對於原為農業用地於65年經都市計畫編定為○○風景區土地（非屬都市計畫內農業區或保護區之農業用地），其於72年8月3日農業發展條例增訂第27條條文生效時，已非屬農業發展條例施行細則第2條第2項規定之『前項農業用地』，故於移轉時應無農業發展條例第37條第1項（土地稅法第39條之2第1項）不課徵土地增值稅之適用。前經旨揭本部91年12月26日台財稅字第0910458277號函說明三釋示有案。」分別為財政部86年10月22日台財稅第000000000號函、91年12月26日台財稅字第0910458277號函及93年10月22日台財稅字第0000000000函釋所明定。
（三）經揆前揭土地稅法第39條之2規定之立法理由，係「配合72年8月3日修正施行之農業發展條例第27條農業用地作農業使用其移轉免徵土地增值稅之規定，以便利自耕農民取得農地，擴大農場經營規模」，在該法條訂定前並無單純出售土地即得免稅之規定，於農業發展條例第27條修正施行後，方有土地稅法第39條之2之規定。又查農業發展條例第1條規定：「為確保農業永續發展，因應農業國際化及自由化，促進農地合理利用，調整農業產業結構，穩定農業產銷，增進農民所得及福利，提高農民生活水準，特制定本條例……。」足見上開土稅法第39條之2租稅優惠規定之意旨係在獎勵「農地」農用，如為「非農地」，縱從事農用亦不在獎勵之列，即該法所稱「農業用地在依法作農業使用」等語，應包含有用地別及使用用途兩部分之限制。例外情況，為保障農業用地免稅之權益，倘移轉之土地於72年8月3日農業發展條例第27條增訂生效日時，仍符合當時同條例施行細則第14條規定（即現行土地稅法施行細則第57條）範疇之農業用地者，於該條例施行後，雖經都市計畫變更為新市鎮特定區、住宅區或其使用分區，如經查明仍作農業使用且細部計畫尚未完成前，尚未能依變更後之計畫用途使用，而現況仍作農業使用者，依土地稅法施行細則第57條之1規定仍有土地稅法第39條之2第1項規定之適用，至於在72年8月3日農業發展條例修正施行時，土地用地別即已變更編定，而不符合當時農業發展條例第27條規定所稱農業用地依法供農業使用，免徵土地增值稅規定者，因該編定之變更，並不會使該土地發生原得免徵土地增值稅利益因而喪失情事，是該土地縱有編定已變更，而仍為原來農業用地使用情形者，自非土地稅法施行細則第57條之1（農業發展條例第14條之1）規範之範圍，而無土地稅法第39條之2第1項不課徵土地增值稅之適用。此有財政部86年10月22日台財稅第000000000號函釋、91年12月26日台財稅字第0910458277號函釋及93年10月22日台財稅字第0000000000函釋可按，亦有最高行政法院95年度判字第978號判決可資參照。本件系爭1267（重測前牛欄河段95-2地號）、1268地號（重測前牛欄河段95-1地號）等2筆土地原依據新竹縣關西鎮公所99年7月12日核發之土地使用分區證明書所載，係於63年1月18日公佈實施關西都市計畫，被劃定為「行水區」，嗣原告提起訴願後，新竹縣政府於100年2月11日以府產都字第1000019256號函被告略以：「說明一、經查旨揭地號之使用分區於63年1月18日關西都市計畫發布實施係為河川用地，於72年11月21日關西都市計畫（第一次通盤檢討）時將原計畫之河川用地變更為行水區，謹為更正說明。二、新竹縣政府原發文99年4月7日府工都字第0990039630號函誤寫旨揭等地號土地於63年1月18日關西都市計畫發布實施即為行水區乙節，實為誤寫，特予更正。」由此可見，系爭土地於63年1月18日變更為河川用地，雖72年11月21日關西都市計畫（第一次通盤檢討）將原計畫之河川用地變更為行水區，但在72年8月3日農業發展條例修正增訂27條生效時，無論係河川用地或行水區，關西都市計畫已實施，系爭土地屬都市計畫範圍內土地，均已非屬土地稅法第39條之2第1項及土地稅法施行細則第57條之1之農業用地，故系爭土地移轉時，縱作為農業使用，亦無土地稅法第39條之2第1項規定不課徵土地增值稅之適用。另查原告提供之新竹縣政府72年5月10日（七二）府地籍字第4783號函所載：「說明二、惟新竹縣政府69年2月13日府地籍字第25918號函貴所說明三、查本案仍依63年7月2日府地籍字第51676號函示規定『應即將土地登記簿土地標示部使用別加蓋【區別】』戳記乙節，係屬錯誤，因都市計畫範圍內土地應依都市計畫法規定辦理，為恐生錯誤，請即全面清理查明，將已加蓋『區別』戳記用紅色雙線刷銷後，依台灣省民政廳63年9月12日民地已字第36529號函苗栗縣政府副本辦理。」該函僅係新竹縣政府函請地政事務所將土地登記簿土地標示部上「用地別」已加蓋「區別」戳記用紅色雙線刷銷，屬內部作業方式的通知，未能因此認定系爭土地已恢復為「農業用地」。況新竹縣政府於100年2月23日以府地用字第1000016319號函函復被告內容：「說明二、……其中1268地號（重測前為牛欄河75-1地號）為田地目10等則土地，62年12月15日依據內政部制定『限制建地擴展執行辦法』編定為『農業用地』，限制其建築及變更使用行為。72年5月10日因劃定都市計畫範圍內，依都市計畫法辦理，解除原編定之『農業用地』。」更足證都市計畫範圍內土地，應依都市計畫法規定辦理，原告見解，顯有錯誤。又「本法所稱農業用地，指非都巿土地或都巿土地農業區、保護區範圍內土地，依法供下列使用者︰一、……」、「本法第39條之2第1項所定農業用地，其法律依據及範圍如下：……四、依都市計畫法劃定為農業區、保護區內之土地。」為土地稅法第10條第1項及土地稅法施行細則第57條所明文。系爭土地自63年1月18日即屬關西都市計畫範圍內之土地，為兩造不爭之事實，故不論編定為河川用地或行水區，均與「農業用地」規定不符，與土地稅法第39條之2第1項得申請不課徵土地增值稅之規定不合。
（四）原告主張系爭土地72年11月21日公布都市計畫通盤檢討前地目確為田、原，且為農用之農地，又有耕地三七五租約之登記及農業用地作農業使用證明書，且依土地稅法施行細則第57條之1規定，檢附都市計畫主管機關所核發證明（新竹縣政府100年3月23日府產城字第1000038328號函）證實確係符合前開不課徵土地增值稅規定乙節，按土地稅法及土地稅減免規則觀之，耕地三七五租約適用減免土地稅之條文僅土地稅減免規則第16條：「依耕地三七五減租條例規定，出租人無償供承租人使用之農舍土地，地價稅或田賦全免。」之規定，並無有關免徵土地增值稅之規定。又原告移轉系爭土地辦理土地增值稅申報時，雖依農業發展條例第39條第1項及土地稅法施行細則第58條第1項第2款規定，檢附新竹縣關西鎮公所核發之農業用地作農業使用證明書（99年5月20日關鎮農字第0990005022號），供被告審認土地是否符合不課徵土地增值稅，惟依行政院農業委員會頒訂之「農業用地作農業使用認定及核發證明辦法」第3條規定，得申請核發農業用地作農業使用證明書之情形為：一、依農業發展條例第18條規定申請興建自用農舍。二、依農業發展條例第37條第1項、第2項規定申請農業用地移轉不課徵土地增值稅。三、依農業發展條例第38條規定申請農業用地及其地上農作物免徵遺產稅、贈與稅或田賦。是農業用地作農業使用證明書之核發，並不因原告申請使用之目的究係為辦理不課徵土地增值稅、或免徵贈與稅、遺產稅而有不同，亦即只要受理申請時，土地符合上開農業用地作農業使用認定及核發證明辦法之規定，即可予以核發。故原告出具新竹縣關西鎮公所核發之農業用地作農業使用證明書，僅係該所本於主管機關之地位，依據農業發展條例及農業用地作農業使用認定及核發證明辦法等相關規定自行裁量定奪而予核發，至於是否准予原告不課徵土地增值稅，仍應由稅捐稽徵機關（即被告）按稅法之相關規定依權責認定，並非謂已有該證明書，即當然應予核准不課徵土地增值稅，此查財政部91年12月26日台財稅字第0910458277號函釋規定，可免徵土地遺產稅及贈與稅，而土地增值稅則應課徵即可證明。另查原告檢附之新竹縣政府100年3月23日府產城字第1000038328號函：「說明二、……有關關西鎮牛欄河附近地區行水區變更乙事，該都市計畫變更及細部計畫擬定機關為關西鎮公所，本案現由關西鎮公所辦理都市計畫變更及細部計畫作業，本府俟依該所所送計畫內容，依程序辦理主要計畫變更，細部計畫擬定之公開展覽及後續相關審議作業。」亦未能證明系爭土地符合土地稅法施行細則第57條之1不課徵土地增值稅規定。本件系爭土地在72年8月3日農業發展條例修正生效時，已被劃定為關西都市計畫內之河川用地，即已非屬土地稅法施行細則第57條及第57條之1規定（即農業發展條例施行細則第2條及第14條之1）範疇之農業用地，則該2筆土地於移轉時，自無土地稅法第39條之2第1項規定不課徵土地增值稅之適用。
（五）原告以被告曾認定系爭土地為「農業用地」而課徵田賦，原告亦依法繳納田賦，自38年直至72年11月系爭土地編為行水區後為止。又田賦代金繳納通知單上注意事項欄有關荒地稅之標註等，屬行政處分之範疇，即證實被告於38年至72年間內認定系爭土地確為「農業用地」無疑，在法律上原告應享有「農業用地」值得信賴保護之事實乙節，查土地稅法第22條第1項及第2項規定：「非都市土地依法編定之農業用地或未規定地價者，徵收田賦。但都市土地合於左列規定者亦同：一、依都市計畫編為農業區及保護區，限作農業用地使用者。二、公共設施尚未完竣前，仍作農業用地使用者。三、依法限制建築，仍作農業用地使用者。四、依法不能建築，仍作農業用地使用者。五、依都市計畫編為公共設施保留地，仍作農業用地使用者。前項第二款及第三款，以自耕農地及依耕地三七五減租條例出租之耕地為限。」是課徵田賦的都市土地，除編為農業區及保護區範圍內土地以外，尚有編為其他分區之土地，故縱使系爭土地自38年至72年課徵田賦，並無法證明72年8月3日當時符合農業發展條例施行細則第14條（現行農業發展條例施行細則第2條）規定範疇之農業用地。又田賦代金繳納通知單上注意事項，係提醒所有納稅義務人注意，並非針對特定對象而言，且查原告提供之繳納通知單，並未被加徵荒地稅，故原告主張依土地法第88條規定，系爭土地為農業用地，亦不可採。
（六）按「各機關受理人民聲請許可案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。……。」為中央法規標準法第18條明文。又「中央法規標準法第18條所稱『處理程序』係指主管機關處理事件之程序而言，並不包括行政救濟之程序在內。故主管機關受理人民聲請許可案件，其處理程序終結後，在行政救濟程序進行中法規有變更者，仍應適用舊法。」、「中央法規標準法第18條所稱：『處理程序』，係指主管機關處理人民聲請許可案件之程序而言，並不包括行政救濟之程序在內。故主管機關受理人民聲請許可案件，其處理程序終結後，在行政救濟程序進行中法規有變更者，仍應適用實體從舊程序從新之原則處理。」最高行政法院62年判字第507號及72年判字第1651號判例參採。本件原告與權利人吳美菊係於99年7月1日向被告遞送移轉系爭土地之土地增值稅申報書，並分別於7月13日及7月9日經被告核定應納土地增值稅為2,273,677元及1,207,708元在案，原告不服被告所核定稅額，雖於99年11月18日申請復查，惟依上揭法令及判例要旨，本件申報土地增值稅之處理程序於99年7月9日及7月13日即已終結，於行政救濟程序進行中法規雖有變更，仍應適用實體從舊程序從新之原則處理，本件自無原告所述99年12月8日增訂之農業發展條例第38條之1之適用。至原告所述指系爭土地所座落之「行水區」為72年都市計畫通盤檢討誤編，將牛○○○區00000000道行水區所致。「行水區」使用編定已近30年，遲至今仍未依法完成細部計畫，已嚴重影響都市整體發展及侵害人民權益，地方主管機關均認同將誤編之行水區解編，另為合適之使用編定乙節，查土地使用分區之編定，並非被告職掌，併予說明。
（七）有關原告聲請調查事項：1.關西鎮都市00000000段，已由原行水區之編定，更改為休閒農業區或其他使用分區，是否業已定案？2.該區域都市計畫是否完成細部計畫？如已完成，何時完成？
1.被告就原告上揭聲請調查事項於100年8月12日以新縣稅法字第1000081169號函向新竹縣政府查詢，經新竹縣政府10
0年8月17日府城字第1000161901號函復被告：「說明：
二、○○○鎮○○段1267、1268地號等2筆土地使用分區係於63年1月18日發布實施關西都市計畫之河川用地，於72年11月21日『關西都市計畫（通盤檢討）案』時將原計畫之河川用地變更為行水區，另於99年5月20日『變更關西都市計畫（第三次通盤檢討）（第一階段）』變更行水區為河川區。三、另依都市計畫法第42條規定旨揭土地於63年發佈都市計畫時劃定之『河川用地』係屬公共設施保留地；於後變更為『行水區』、『河川區』等使用分區，非屬公共設施保留地。四、關西都市計畫係為主要計畫及細部計畫合併擬定之都市計畫，關西都市計畫使用分區之配置與劃設係依據都市計畫法第15條規定於主要計畫之內容，故本案行水區係為主要計畫中應表明之事項、內容，得依變更後計畫用途使用。五、另依都市計畫法第22條規定細部計畫內容應表明：『計畫地區範圍、居住密度及容納人口、土地使用分區管制、事業及財務計畫、道路系統、地區性之公共設施用地及其他』之事項，依『變更關西都市計畫（第二次通盤檢討）』（85年10月16日發布實施）計畫書中業已訂定土地使用分區管制要點之細部計畫實質內容，爰此，本案主要計畫業已含括細部計畫實質內容。」是系爭土地63年1月18日原為河川用地，72年11月21日變更為行水區，99年5月20日變更為河川區，該都市計畫之細部計畫係於85年10月16日完成。因此，72年8月3日農業發展條例第27條修正施行時，系爭土地為都市計畫範圍內之河川用地，並非屬土地稅法第39條之2第1項及土地稅法施行細則第57條之1之農業用地。
2.「本法第39條之2第1項所定農業用地，其法律依據及範圍如下：……四、依都市計畫法劃定為農業區、保護區內之土地。……」、「農業用地經依法律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業用地作農業使用證明書者，得適用本法第39條之2第1項規定，不課徵土地增值稅：一、依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者。二、已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者。」為土地稅法施行細則第57條（農業發展條例第2條）及第57條之1（農業發展條例施行細則第14條之1）所明定。系爭土地在72年8月3日農業發展條例修正施行時，土地用地別為「河川用地」，不符合當時農業發展條例第27條規定所稱農業用地依法供農業使用，免徵土地增值稅規定，亦與土地稅法施行細則第57條第4款所定義之農業用地不符，因此不論關西都市計畫之細部計畫是否完成，系爭土地均無土地稅法施行細則第57條之1之適用。此有財政部86年10月22日台財稅第000000000號函釋、91年12月26日台財稅字第0910458277號函釋及93年10月22日台財稅字第0000000000函釋可按，亦有最高行政法院95年度判字第978號判決可資參照。
（八）據上論結，本件原處分及訴願決定，並無違誤，原告提起行政訴訟為無理由，聲明求為判決駁回原告之訴，訴訟費用由原告負擔。
四、上開事實概要欄所述之事實，除後列之爭點事項外，其餘為兩造所不爭執，並有原處分、新竹縣政府72年5月10日（七二）府地籍字第4783號函、新竹縣政府100年3月23日府產城字第1000038328號函、新竹縣政府100年3月31日府綜法字第1000040757號訴願決定（案號：000000000）、新竹縣政府100年2月23日府地用字第1000016319號函、新竹縣政府100年2月11日府產都字第1000019256號函、新竹縣政府
100年2月14日府產都字第1000011305號函、系爭土地土地登記簿、原告及吳美菊99年8月22日聲明書（被告收文日期：99年8月23日）、系爭土地地籍圖謄本、原告99年8月23日土地增值稅繳款書、新竹縣關西鎮公所99年4月9日關鎮農字第0990003280號函、新竹縣關西鎮公所99年2月24日關鎮建字第1949號土地使用分區（或公共設施用地）證明書、新竹縣關西鎮公所99年5月24日關鎮民字第0990006212號函、新竹縣關西鎮公所99年5月20日關鎮農字第0990005022號農業用地作農業使用證明書、新竹縣關西鎮公所99年7月12日關鎮建字第8460號土地使用分區（或公共設施用地）證明書、原告及吳美菊99年9月9日補充聲明書（被告收文日期：99年9月10日）、被告99年9月16日新縣稅土字第0990025501號函、新竹縣關西鎮公所99年10月1日關鎮民字第0990012198號函、原告及吳美菊99年9月30日聲明書（被告收文日期：99年10月6日）、系爭土地土地建物查詢資料、系爭土地土地謄本、新竹縣關西鎮公所100年3月11日關鎮建字第1000002186號函、被告67年第1期田賦代金繳納通知單、被告68年第1期田賦代金繳納通知單、系爭土地歷年繳納稅賦資料、新竹縣關西鎮公所100年4月7日關鎮民字第1003001208號函、新竹縣關西鎮公所90年3月8日九０關鎮民字第2419號函、新竹縣關西鎮公所90年3月九十關鎮建字第3462號函、經濟部水利處北區水資源局90年3月26日（90）水利北石字第Z000000000號函、新竹縣政府90年5月16日九十府建水字第35223號函、新竹縣關西鎮公所85年8月變更關西都市計畫（第二次通盤檢討）書、新竹縣關西鎮公所99年
1月變更關西都市計畫（第三次通盤檢討）（第一階段）書、新竹縣關西鎮公所100年8月17日關鎮建字第1000007686號函、被告100年8月12日新縣稅法字第1000081169號函、新竹縣政府100年8月17日府城產字第1000161901號函等件附於原處分卷及本院卷可稽，為可確認之事實。
五、本件兩造之爭點為：被告以原處分否准原告就系爭土地所為不課徵土地增值稅之申請，並按一般用地稅率課徵系爭土地之土地增值稅計各計2,273,677元及1,207,708元，有無違誤？本件可否適用新增訂之農業發展條例第38條之1規定？本院判斷如下：
（一）按「本法所稱農業用地，指非都巿土地或都巿土地農業區、保護區範圍內土地，依法供下列使用者︰一、供農作、森林、養殖、畜牧及保育使用者。二、供與農業經營不可分離之農舍、畜禽舍、倉儲設備、曬場、集貨場、農路、灌溉、排水及其他農用之土地。三、農民團體與合作農場所有直接供農業使用之倉庫、冷凍（藏）庫、農機中心、蠶種製造（繁殖）場、集貨場、檢驗場等用地。」、「已規定地價之土地，於土地所有權移轉時，應按其土地漲價總數額徵收土地增值稅。」、「土地所有權移轉或設定典權，其申報移轉現值之審核標準，依左列規定：一、申報人於訂定契約之日起30日內申報者，以訂約日當期之公告土地現值為準。」、「作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。」土地稅法第10條、第28條前段、第30條第1項第1款、第39條之2第1項分別定有明文。次按「本法第39條之2第1項所定農業用地，其法律依據及範圍如下：一、農業發展條例第3條第11款所稱之耕地。二、依區域計畫法劃定為各種使用分區內所編定之林業用地、養殖用地、水利用地、生態保護用地、國土保安用地及供農路使用之土地，或上開分區內暫未依法編定用地別之土地。三、依區域計畫法劃定為特定農業區、一般農業區、山坡地保育區、森林區以外之分區內所編定之農牧用地。四、依都市計畫法劃定為農業區、保護區內之土地。五、依國家公園法劃定為國家公園區內按各分區別及使用性質，經國家公園管理機關會同有關機關認定合於前3款規定之土地。」、「農業用地經依法律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各款情形之一，並取得農業用地作農業使用證明書者，得適用本法第39條之2第1項規定，不課徵土地增值稅：一、依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者。二、已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者。」分別為土地稅法施行細則第57條及第57條之1所明定。復按「本條例用辭定義如下：……十、農業用地：指非都市土地或都市土地農業區、保護區範圍內，依法供下列使用之土地：（一）供農作、森林、養殖、畜牧及保育使用者。（二）供與農業經營不可分離之農舍、畜禽舍、倉儲設備、曬場、集貨場、農路、灌溉、排水及其他農用之土地。（三）農民團體與合作農場所有直接供農業使用之倉庫、冷凍（藏）庫、農機中心、蠶種製造（繁殖）場、集貨場、檢驗場等用地。」、「作農業使用之農業用地移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。」農業發展條例第3條第10款及第37條第1項分別定有明文。又按「本條例用辭定義如下：……十、農業用地：指供農作、森林、養殖、畜牧及與農業經營不可分離之農舍、畜禽舍、倉儲設備、曬場、集貨場、農路、灌溉、排水及其他農用之土地。農民團體與合作農場所有直接供農業使用之倉庫、冷凍（藏）庫、農機中心、蠶種製造（繁殖）場、集貨場、檢驗場等用地，視同農業用地。」72年8月1日修正農業發展條例第3條第10款定有明文。再按「本條例第3條第10款所稱依法供該款第1目至第3目使用之農業用地，其法律依據及範圍如下：一、本條例第3條第11款所稱之耕地。二、依區域計畫法劃定為各種使用分區內所編定之林業用地、養殖用地、水利用地、生態保護用地、國土保安用地及供農路使用之土地，或上開分區內暫未依法編定用地別之土地。三、依區域計畫法劃定為特定農業區、一般農業區、山坡地保育區、森林區以外之分區內所編定之農牧用地。四、依都市計畫法劃定為農業區、保護區內之土地。五、依國家公園法劃定為國家公園區內按各分區別及使用性質，經國家公園管理處會同有關機關認定合於前3款規定之土地。」、「農業用地經依法律變更為非農業用地，經該法律主管機關認定符合下列各款情形之1，並取得農業用地作農業使用證明書者，得適用本條例第37條第1項、第38條第1項或第2項規定，不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦：一、依法應完成之細部計畫尚未完成，未能准許依變更後計畫用途使用者。二、已發布細部計畫地區，都市計畫書規定應實施市○○○○區段徵收，於公告實施市○○○○區段徵收計畫前，未依變更後之計畫用途申請建築使用者。」農業發展條例施行細則第2條及第14條之1分別定有明文。另按「本條例第3條第1項第10款所稱依法供該款第1目至第3目使用之農業用地，其法律依據及範圍如下：一、本條例第3條第1項第11款所稱之耕地。二、依區域計畫法劃定為各種使用分區內編定之林業用地、養殖用地、水利用地、生態保護用地、國土保安用地及供農路使用之道地目土地，或上開分區內暫未依法編定用地別之土地。三、依區域計畫法劃定為特定農業區、一般農業區、山坡地保育區、森林區以外之分區內所編定之農牧用地或暫未依法編定之田、旱地目之土地。四、依都市計畫法劃定為農業區、保護區內之土地。五、依國家公園法劃定為國家公園區內按各分區別及使用性質，經國家公園管理處會同有關機關認定合於前三款規定之土地。前項農業用地經依法律變更編定為非農業用地，在依法應完成之細部計畫尚未完成，無法依變更後之用地使用，經上開法律主管機關認定仍應依原來農業用地使用分區別或用地別管制使用者，得適用本條例第37條第1項、第38條第1項或第2項規定，不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦。」為89年6月7日修正之農業發展條例施行細則第2條所明定。
（二）次按「三、至於土地增值稅部分，本案土地於65年既經都市計畫編定為○○風景區土地（非屬都市計畫內農業區或保護區之農業用地），其於72年8月3日農業發展條例修正增訂第27條條文生效時，已非屬農業發展條例施行細則第2條第2項（編者註：94年修正為第14條之1）規定之『前項農業用地』，故於移轉時應無上述農業發展條例第37條第1項（土地稅法第39條之2第1項）不課徵土地增值稅規定之適用。」、「三、……其所稱『前項農業用地』，自仍應以移轉土地於72年8月3日農業發展條例第27條增訂生效日後，仍符合該施行細則第2條第1項規定範疇之農業用地，嗣經都市計畫變更為非農業用地者始有其適用。對於原為農業用地於65年經都市計畫編定為○○風景區土地（非屬都市計畫內農業區或保護區之農業用地），其於72年8月3日農業發展條例增訂第27條條文生效時，已非屬農業發展條例施行細則第2條第2項規定之『前項農業用地』，故於移轉時應無農業發展條例第37條第1項（土地稅法第39條之2第1項）不課徵土地增值稅之適用。」分別為財政部91年12月26日台財稅字第0910458277號函及93年10月22日台財稅字第0000000000函釋示在案。
而上開函釋，係財政部本於中央財稅主管機關之職權就土地稅法及農業發展條例應否不課徵土地增值稅之疑義所為釋示，並未逾越母法之規定，自得予以援用。
（三）又按「作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。為行為時土地稅法第39條之2第1項所明定，依其立法理由可知，係為配合農業發展條例第27條規定，以便利自耕農民取得農地，擴大農場經營規模而訂定，足見上開租稅優惠之意旨在獎勵「農地」農用，非農地縱從事農用並不在獎勵之列。又農業用地作農業使用其移轉免徵土地增值稅始於72年8月3日農業發展條例修正施行後，在此之前農業用地僅得於重購農地作農業使用時始得將已繳納之土地增值稅申請退稅，並無單純出售土地即得免稅之規定。又對於非農業用地因法規限制而為農業使用者，僅得免徵地價稅，尚無得免徵土地增值稅，對於免徵或不課徵土地增值稅者，僅限於作農業使用之農業用地。例外者，依法作農業使用之農業用地變更編定為非農業用地，且變更編定後因非可歸責於土地所有人之原因，無法依變更後之編定用途使用，又使土地所有人原得享受之免稅之利益落空，為保障此等土地所有權人之利益，行政院83年11月28日台財字第44533號函釋乃酌予放寬。
從而，依立法沿革及財政部其後相關之函釋觀之，上開函釋所謂『農業用地經都市計畫變更為新市鎮特定區、住宅區或其他使用分區，在細部計畫尚未完成前，如經都市計畫主管機關認定，仍應依原來之土地使用分區別管制而視為農業用地，其於移轉或繼承時，仍有土地稅法第39條之
2第1項……之適用』，應係指原符合免稅規定之農業用地經都市計畫變更為其他使用分區，在細部計畫尚未完成前尚未能依變更後之計畫用途使用，而現況仍作農業使用者而言。其意旨係為保障72年8月3日農業發展條例修正施行後仍為農業用之農地免稅之權益，至於72年8月3日農業發展條例修正施行時已非農地者，依法原無免稅利益存在，自無需再予保障。蓋後者之情形因行政機關細部計畫未完成，致無法依變更後之用地使用者，立法政策係以免徵地價稅之方式以補土地無法依法使用之不利益，而非以免徵或不課徵土地增值稅之方式以補土地所有權人之不利益，並無行政院83年11月28日台財字第44533號函釋之適用。另農業發展條例施行細則於89年6月7日修正發布時，雖將行政院上開函釋內容以該土地經依法變更為非農業用地之前，須具備『農業用地』條文化，而規定於第2條第2項，惟解釋該條項之文義，仍需此要件，方有該條項不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅或田賦之適用。」最高行政法院99年度判字第875號判決意旨可資參照。
（四）經查：本件系爭土地之分區使用，於63年1月18日關西鎮都市計畫公告實施為「河川用地」，乃於72年8月3日農業發展條例修正生效後，即72年11月21日變更關西鎮都市計畫（第一次通盤檢討）時，將原計畫之河川用地變更為「行水區」等情，此有被告100年2月11日府產都字第1000019256號函、新竹縣關西鎮公所99年7月12日關鎮建字第8460號都市計畫土地使用證明書附於原處分卷可參（見原處分卷第125頁、第72頁）。準此，系爭土地於72年8月3日農業發展條例修正增訂第27條條文生效時，業經都市計畫編定為河川用地，非屬當時農業發展條例第3條第10款所定之農業用地，故系爭土地自無土地稅法第39條之
2第1項及農業發展條例第37條第1項得不課徵土地增值稅規定之適用。又經被告審認系爭土地於72年8月3日所修訂農業發展條例第27條規定生效時，使用分區已變更為河川用也，非屬農業用地，揆諸前揭函釋規定及最高行政法院判決意旨，系爭土地移轉時已無不課徵土地增值稅之適用，被告乃以原處分否准原告不課徵土地增值稅之申請，並按一般用地稅率課徵系爭土地增值稅各計2,273,677元及1,207,708元，揆諸前揭規定及說明，並無違誤。
（五）原告雖主張：系爭土地於63年1月18日公告實施關西鎮都市計畫時，並未規劃有行水區，而於農業發展條例72年8月3日修正生效後，於72年11月變更關西鎮都市計畫（通盤檢討）時，始規劃有「行水區」，之前則為河川用地，本件實符合「農業用地作農業使用」不課徵土地增值稅範疇及條件云云。惟按土地稅法第39條之2規定之立法理由及租稅優惠規定之意旨，及上揭財政部函釋內容及最高行政法院判決意旨，得免徵或不課徵土地增值稅之土地，係指移轉之土地於72年8月3日農業發展條例第27條增訂生效日時，仍符合當時同條例施行細則第14條規定（即現行土地稅法施行細則第57條）範疇之農業用地，且作農業使用者，始有土地稅法第39條之2第1項規定之適用，至於在72年8月3日農業發展條例修正施行時，土地用地別如已變更編定，而不符合當時農業發展條例第27條規定所稱農業用地依法供農業使用者，縱仍為原來農業使用，仍非土地稅法施行細則第57條之1（農業發展條例施行細則第14條之1）規範之範圍，而無土地稅法第39條之2第1項不課徵土地增值稅之適用。經查：本件系爭土地依據新竹縣關西鎮公所99年7月12日核發之土地使用分區證明書所載，係於63年1月18日公佈實施關西都市計畫被劃定為「行水區」，在72年8月3日農業發展條例修正生效時，非屬土地稅法施行細則第57條及第57條之1規定（即農業發展條例施行細則第2條及第14條之1）範疇之農業用地，是原處分審認系爭土地無土地稅法第39條之2第1項不課徵土地增值稅之適用，並無違誤。原告提起訴願後，新竹縣政府雖於100年2月11日以府產都字第1000019256號函（見原處分卷第125頁）告被告：「說明一、經查旨揭地號之使用分區於63.1.18關西都市計畫發布實施係為河川用地，於72.11.21關西都市計畫（第一次通盤檢討）時將原計畫之河川用地變更為行水區，謹為更正說明。二、本府原發文99.4.7府工都字第0990039630號函誤寫旨揭等地號土地於63.1.18關西都市計畫發布實施即為行水區乙節，實為誤寫，特予更正。」是依新竹縣政府之更正函，系爭土地雖於72年11月21日關西都市計畫（第一次通盤檢討）時，始被變更為行水區，在72年8月3日農業發展條例修正增訂第27條時為河川用地，惟系爭土地既屬河川用地，即非屬土地稅法第39條之2第1項及土地稅法施行細則為57條規定之農業用地，故系爭土地移轉時，縱作為農業使用，亦無土地稅法第39條之2第1項規定不課徵土地增值稅之適用。次查：原告提供之新竹縣政府72年5月10日
（七二）府地籍字第4783號函（見本院卷第19頁至第20頁）所載：「……說明二、惟新竹縣政府69年2月13日府地籍字第25918號函貴所說明三、查本案仍依63年7月2日府地籍字第51676號函示規定『應即將土地登記簿土地標示部使用別加蓋【區別】』戳記乙節，係屬錯誤，因都市計畫範圍內土地應依都市計畫法規定辦理，為恐生錯誤，請即全面清理查明，將已加蓋『區別』戳記用紅色雙線刷銷後，依台灣省民政廳63年9月12日民地已字第36529號函苗栗縣政府副本辦理。」該函僅係新竹縣政府函請地政事務所將土地登記簿土地標示部上「用地別」已加蓋「區別」戳記用紅色雙線刷銷，屬內部作業方式的通知，未能因此認定系爭土地已恢復為「農業用地」。況新竹縣政府於100年2月23日以府地用字第1000016319號函（見原處分卷第127頁）函復被告略以：「……說明二、……其中1268地號（重測前為牛欄河75-1地號）為田地目10等則土地，62年12月15日依據內政部制定『限制建地擴展執行辦法』編定為『農業用地』，限制其建築及變更使用行為。72年5月10日因劃定都市計畫範圍內，依都市計畫法辦理，解除原編定之『農業用地』。」更足證都市計畫範圍內土地，應依都市計畫法規定辦理，亦難認認定系爭土地已恢復為「農業用地」。又查：原告聲請調查關西鎮都市00000000段，已由原行水區之編定，更改為休閒農業區或其他使用分區，是否業已定案？；又該區域都市計畫是否完成細部計畫？如已完成，何時完成？等事項，經被告於100年8月12日以新縣稅法字第1000081169號函（見本院卷第232頁）向新竹縣政府查詢，經新竹縣政府10
0年8月17日府城字第1000161901號函復被告：「說明：……二、○○○鎮○○段1267、1268地號等2筆土地使用分區係於63年1月18日發布實施關西都市計畫之河川用地，於72年11月21日『關西都市計畫（通盤檢討）案』時將原計畫之河川用地變更為行水區，另於99年5月20日『變更關西都市計畫（第三次通盤檢討）（第一階段）』變更行水區為河川區。三、另依都市計畫法第42條規定旨揭土地於63年發佈都市計畫時劃定之『河川用地』係屬公共設施保留地；於後變更為『行水區』、『河川區』等使用分區，非屬公共設施保留地。四、關西都市計畫係為主要計畫及細部計畫合併擬定之都市計畫，關西都市計畫使用分區之配置與劃設係依據都市計畫法第15條規定於主要計畫之內容，故本案行水區係為主要計畫中應表明之事項、內容，得依變更後計畫用途使用。五、另依都市計畫法第22條規定細部計畫內容應表明：『計畫地區範圍、居住密度及容納人口、土地使用分區管制、事業及財務計畫、道路系統、地區性之公共設施用地及其他』之事項，依『變更關西都市計畫（第二次通盤檢討）』（85年10月16日發布實施）計畫書中業已訂定土地使用分區管制要點之細部計畫實質內容，爰此，本案主要計畫業已含括細部計畫實質內容。」等語（見本院卷第233頁）。是系爭土地63年1月18日原為河川用地，72年11月21日變更為行水區，99年
5月20日變更為河川區，該都市計畫之細部計畫係於85年
10月16日完成。因此，72年8月3日農業發展條例第27條修正施行時，系爭土地為都市計畫範圍內之河川用地，並非屬土地稅法第39條之2第1項及土地稅法施行細則第57條之1之農業用地。足見原告此部分之主張，不足採信。
（六）原告又主張：系爭土地72年11月21日公布都市計畫通盤檢討前地目確為田、原，且為農用之農地，又有耕地三七五租約之登記及農業用地作農業使用證明書，且依土地稅法施行細則第57條之1規定，檢附都市計畫主管機關所核發證明（新竹縣政府100年3月23日府產城字第1000038328號函）證實確係符合前開不課徵土地增值稅規定云云。惟查：原告雖出具新竹縣關西鎮公所99年10月1日關鎮民字第0990012198號函，證○○○鎮○○段○○○○○號土地自38年6月22日初始登記耕地三七五租約至99年5月24日終止租約登記，惟按耕地三七五租約可減免土地稅之條文除土地稅減免規則第16條有規定：「依耕地三七五減租條例規定，出租人無償供承租人使用之農舍土地，地價稅或田賦全免。」外，土地稅法及土地稅減免規則，並無其他可免徵或不課徵土地稅（田賦、地價稅、土地增值稅）之相關規定，自難謂系爭土地有耕地三七五租約，即符合「農業用地作農業使用」不課徵土地增值稅範疇。次查：依行政院農業委員會頒訂之「農業用地作農業使用認定及核發證明辦法」第3條規定，得申請核發農業用地作農業使用證明書之情形為：一、依農業發展條例第18條規定申請興建自用農舍。二、依農業發展條例第37條第1項、第2項規定申請農業用地移轉不課徵土地增值稅。三、依農業發展條例第38條規定申請農業用地及其地上農作物免徵遺產稅、贈與稅或田賦。是農業用地作農業使用證明書之核發，並不因原告申請使用之目的究係為辦理不課徵土地增值稅、或免徵贈與稅、遺產稅而有不同，亦即只要受理申請時土地符合上開農業用地作農業使用認定及核發證明辦法之規定，即可予以核發。故原告出具新竹縣關西鎮公所核發之農業用地作農業使用證明書，僅係該所本於主管機關之地位，依據農業發展條例及農業用地作農業使用認定及核發證明辦法等相關規定自行裁量而予核發，至於是否准予原告不課徵土地增值稅，仍應由稅捐稽徵機關按稅法之相關規定依權責認定，並非謂已有該證明書，即當然應予核准不課徵土地增值稅。又查：原告檢附之新竹縣政府100年3月23日府產城字第1000038328號函（見本院卷第87頁）：「說明二、……有關關西鎮牛欄河附近地區行水區變更乙事，該都市計畫變更及細部計畫擬定機關為關西鎮公所，本案現由關西鎮公所辦理都市計畫變更及細部計畫作業，本府俟依該所所送計畫內容，依程序辦理主要計畫變更，細部計畫擬定之公開展覽及後續相關審議作業。」亦未能證明系爭土地符合土地稅法施行細則第57條之1不課徵土地增值稅規定。本件系爭土地在72年8月3日農業發展條例修正生效時，已被劃定為關西都市計畫內之河川用地，即已非屬土地稅法施行細則第57條及第57條之1規定（即農業發展條例施行細則第2條及第14條之1）範疇之農業用地，則該2筆土地於移轉時，自無土地稅法第39條之2第1項規定不課徵土地增值稅之適用。是被告乃以原處分按一般用地稅率核定系爭土地之土地增值稅，並無違誤。足見原告此部分之主張，洵非可採。
（七）原告再主張：被告曾認定系爭土地為「農業用地」而課徵田賦，原告亦依法繳納田賦，自38年直至72年11月系爭土地編為行水區後為止。又田賦代金繳納通知單上注意事項欄有關荒地稅之標註等，屬行政處分之範疇，即證實被告於38年至72年間內認定系爭土地確為「農業用地」無疑，在法律上原告應享有「農業用地」值得信賴保護之事實云云。惟查：土地稅法第22條第1項及第2項規定：「非都市土地依法編定之農業用地或未規定地價者，徵收田賦。但都市土地合於左列規定者亦同：一、依都市計畫編為農業區及保護區，限作農業用地使用者。二、公共設施尚未完竣前，仍作農業用地使用者。三、依法限制建築，仍作農業用地使用者。四、依法不能建築，仍作農業用地使用者。五、依都市計畫編為公共設施保留地，仍作農業用地使用者。前項第二款及第三款，以自耕農地及依耕地三七五減租條例出租之耕地為限。」是課徵田賦的都市土地，除編為農業區及保護區範圍內土地以外，尚有編為其他分區之土地，故縱使系爭土地自38年至72年課徵田賦，並無法證明72年8月3日當時符合農業發展條例施行細則第14條（現行農業發展條例施行細則第2條）規定範疇之農業用地。又田賦代金繳納通知單上注意事項，係提醒所有納稅義務人注意，並非針對特定對象而言，且查原告提供之繳納通知單，並未被加徵荒地稅，故原告主張依土地法第88條規定，系爭土地為農業用地，並非可採。足見原告此部分之主張，洵非可採。
（八）原告末主張：本件應適用新增訂之農業發展條例第38條之
1規定云云。惟查：有關行政訴訟案件裁判基準時之判斷，基本上是一個實體法之議題，而不是一個程序法之議題。涉及個別法規範時間規制效力之認定，本屬法律解釋論之一部。至於現行司法實務上之通行見解，認為：撤銷訴訟之裁判基準時是以「行政處分作成時」為準，而課予義務訴訟是以「法院言詞辯論終結時」為準。其背後之價值衡量，只是因為撤銷訴訟案件，通常言之，是以過去行政措施之合法性為檢討對象，因此比較偏重處分當時之規範體系狀態，而課予義務訴訟是以人民之請求應否被終局滿足為討論核心，故強調至言詞辯論終結時規範體系對請求內容之安排處理。但其都有例外，舉例言之，在商標爭訟案件中，基於該部門法之實證特徵，不問課予義務訴訟或撤銷訴訟，均傾向於以最新法規範為處理準據。而在專利爭訟案件中，同樣基於「專利權為國家與人民間對創新知識為交易，重視申請當時之給定條件限制」之部門法實證特徵，重視法安定性，因此其爭訟案件（課予義務訴訟或撤銷訴訟皆然），亦多以專利申請時之規範體系為準據。從而所謂「裁判基準時」理論，大體上僅是「為減輕法院工作負擔，在個別法規範意旨不太明顯時，做為一個判斷上的參考座標，而可因個別法規範之具體解釋而被調整。次查：農業發展條例增訂第38條之1條文於99年11月12日經立法院第7屆第6會期第8次會議通過，經99年12月8日總統華總一義字第09900331471號令公布，依中央法規標準法第13條規定，自99年12月10日起生效。該增訂農業發展條例第38條之1第2項規定係就72年8月3日前已變更為非農業用地，須經直轄市、縣（市）政府視都市計畫實施進度及地區發展趨勢等情況同意者，始得依該條第1項規定申請不課徵土地增值稅，並非一經公布生效後隨即發生不課徵土地增值稅之效力。因此，其規範意旨應該重在對新發生案件之向後規制，而無溯及既往之規制作用，而系爭土地已於99年9月9日移轉登記與訴外人吳美菊，並已於99年8月23日完納土地增值稅在案（見原處分卷第57頁、第79頁)。但土地稅法第28條前段明定：「已規定地價之土地，於土地所有權移轉時，應按其土地漲價總數額徵收土地增值稅」。依此規定明顯可知，土地增值稅之稅捐債務成立時點為「土地所有權移轉時」，則有無符合減徵稅捐優惠之構成要件，當然也在以稅捐債務成立之時點來判斷。從而，系爭土地已於99年9月9日移轉登記與訴外人吳美菊，並完納土地增值稅在案，農業發展條例增訂第38條之1條文，自99年12月10日起生效，並無追溯適用之規定，基於法律不溯及既往原則，行政機關為處分及行政法院為裁判而有適用此項實體法之必要時，自應適用行為時法。足見原告此部分之主張，亦非可採。
六、綜上所述，原告主張各節，均無可採，本件被告所為原處分，並無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合。原告仍執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中華民國100年9月13日
臺北高等行政法院第一庭
審判長法官王立杰
法官楊得君法官許麗華上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中華民國100年9月13日
書記官林淑盈