臺北高等行政法院94年度訴字第3783號判決

裁判字號：臺北高等行政法院94年訴字第3783號判決

裁判日期：民國95年08月16日

裁判案由：促進產業升級條例

臺北高等行政法院判決
94年度訴字第3783號原告華興化學製藥廠
股份有限公司128號代表人甲○○（董事長）訴訟代理人 鄭筑瑩 會計師被告財政部代表人乙○○（部長）訴訟代理人丙○○上列當事人間因促進產業升級條例事件，原告不服行政院中華民國94年10月3日院臺訴字第0940090737號訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如下：
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實
壹、事實概要：緣原告民國（以下同）87年至90年間委託明生生物科技顧問股份有限公司（以下簡稱明生公司）執行生體相等性試驗及生體可用率試驗等費用，於91年7月30日依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法（以下簡稱投資抵減辦法）第2條第1項第9款規定，向行政院衛生署申請專案認定屬研究與發展之支出。案經該署以91年8月21日衛署藥字第0910047136號函請被告專案核准。被告審查結果以94年3月11日台財稅字第09404518300號函復略以，原告87年至89年間委託明生公司執行藥品試驗費用，因明生公司於行為時非屬投資抵減辦法及公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點（以下簡稱投資抵減辦法審查要點）所稱研究機構，是該項試驗費用無法專案認定屬研究與發展之支出；至90年間委託明生公司執行藥品試驗費用，如符合90年1月1日起實施之生技醫藥產業委託國內醫藥研發服務公司從事研究與發展之支出適用投資抵減認定要點（以下簡稱生技醫藥產業投資抵減認定要點）之規定，自得依該要點認定屬研究與發展之支出。原告不服，提起訴願，遭駁回後，遂向本院提起行政訴訟。
貳、兩造聲明：
一、原告聲明：求為判決訴願決定及原處分均撤銷。
二、被告聲明：求為判決駁回原告之訴。
叁、兩造爭點：
原告向被告申請專案認定其87年至90年間委託明生公司執行生體相等性試驗及生體可用率試驗等費用屬研究與發展之支出，被告予以否准，有無違誤？
一、原告陳述：
㈠、按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅；當年度不足抵減時，得在以後四年內抵減之：…三、投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出。…前項投資抵減，其每一年得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅百分之五十為限。但最後年度抵減金額，不在此限。…」為行為時（以下同）促進產業升級條例第6條所明定。次按「本辦法所稱研究發展支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：…七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。…九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。」為投資抵減辦法第2條第1項第7、9款所明定。又按「一、為執行行政院加強生物技術產業推動方案，特依據投資抵減辦法第2條第1項第9款規定訂定生技醫藥產業投資抵減認定要點，為生技醫藥產業投資抵減認定要點第1款所明定，又按憲法第19條規定人民有依法律納稅義務，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。」為司法院釋字第369號解釋所明釋。
㈡、生技醫藥產業投資抵減認定要點第1項明定，有關明生公司等生技醫藥產業研發服務公司是否准適用投資抵減，係依據投資抵減辦法第2條第1項第9款規定辦理，並非適用投資抵減辦法第2條第1項第7款規定，被告仍執詞認定為投資抵減辦法第2條第1項第7款規定，率予否准原告專案申請，影響原告抵稅權，難令人甘服。
㈢、經查明生等公司係從事生體可用率及生體相等性分析試驗為業之生技醫藥研發公司，原告委託其對藥品所實施該類試驗，業經中央目的事業主管機關行政院衛生署85年4月17日衛署藥字第8501837號函認定為研究與發展之支出，並且列入91年11月7日經工字第09104625370號及台財稅字第0910457312號函令會銜發布之生技醫藥產業投資抵減認定要點中所稱「醫藥研發服務公司」之參考名單中，審究生技醫藥產業投資抵減認定要點第1款開宗明義明定其係「為執行行政院加強生物技術產業推動方案，特依據投資抵減辦法第2條第1項第9款規定訂定生技醫藥產業投資抵減認定要點」，原告委託明生等公司之生體可用率及生體相等性分析試驗之性質核屬投資抵減辦法第2條第1項第9款規定，並非財政部所稱應適用第2條第1項第7款，其規定事實甚明。
㈣、生技醫藥產業投資抵減認定要點中規定醫藥研發服務公司要列入主管機關訂定參考名單內，委託人所支付研究發展支出方得適用投資抵減，此乃條件性限縮規定，從而其明定自90年1月1日起實施，換言之，90年1月1月起，凡已納入該函參考名單之列，即可通案直接適用而無需再專案申請核准，其反面解釋，90年1月1日前之各案雖不得逕以通案認定為研究發展支出，但仍可專案申請適用投資抵減。
㈤、原告於80年度曾遭財政部臺灣省中區國稅局以明生公司非屬研究機構予以否准適用投資抵減，依法提起行政救濟後，經行政院台八十五訴字第20318號再訴願決定及財政部臺灣省中區國稅局86年5月12日中區國稅法字第860026785號再訴願決定重核案件復查決定書之決定准予增列明生公司之試驗費511,000元為研究發展支出並適用投資抵減在案。人民依法定程序，提起行政救濟後獲得平反，原應受到終局解決及保障，無奈原告87年度營利事業所得稅結算申報案起，財政部臺灣省中區國稅局又對原告委託明生等公司之試驗費，以明生等公司非投資抵減辦法第2條第1項7款規定之研究機構為由，陸續予以否准，此對原告權益影響甚鉅，雖原告對歷年來上開投資抵減事由各款並無變動，相同事實、相同法源卻有不同結果，產生不解，但仍本於法治精神，於91年7月30日以華字第91120號函向行政院衛生署申請專案核准，並經行政院衛生署91年8月21日衛署藥字第0910047136號函轉請被告專案核准，但此申請案竟在被告睡了二年多，直到原告88年度營利事業所得稅行政救濟案，經被告93年11月26日台財訴字第09300463780號訴願決定以「申請人委託明生公司執行生體相等性試驗及生體可用性試驗是否研究發展範圍及有無投資抵減辦法第2條第1項第9款規定」予以撤銷，原告又於93年12月27日華字第93113號函再次催請被告，但其函復文卻未列詳細理由、原因及準據，難令民甘服。又倘本件依性質自始並無投資抵減辦法第2條第1項第9款專案核准之適用，為何被告之訴願會以此為由，對此訴願案撤銷重核，且財政部臺灣省中區國稅局也三次函請原告提示「中央目的事業主管機關及財政部專案核准文」，是依法依情，原告主張並無不合。
㈥、中華民國行政體系乃分官設職，各司其職。對於該項研究支出內容及相關事項有疑義時，應洽各中央目的事業主管機關對其適用範圍予以認定，作為稅捐稽徵機關查核之依據，此為投資抵減辦法審查要點第2項可稽。既此行政院衛生署為藥業之中央目的事業主管機關，原告委託明生等公司既經其認定屬研究發展支出性質，被告本應依前揭投資抵減辦法第2條第1項第9款規定，對於藥品有研究開發之事實，核實對其所執行生體相等性試驗及生體可用性試驗等費用審查後予以適用，並非越權否准原告無投資抵減辦法第2條第1項第9款規定，致原告喪失法定之租稅優惠，顯已違反上揭司法院釋字第369號解釋。
㈦、本件為申請專案核准適用投資抵減之許可案件，依中央法規標準法第18條從新從優原則規定，應有生技醫藥產業投資抵減認定要點之適用：
１、按「各機關受理人民聲請許可案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。」為中央法規標準法第18條前段所明定。又按「中央法規標準法第18條所稱『處理程序』，係指主管機關處理人民申請許可案件…」改制前行政法院72年判字第1651號著有判例。
２、本件原告之申請專案許可案件，被告於94年3月11日否准原告之申請，然生技醫藥產業投資抵減認定要點係於91年11月7日發布，在該命令法發布前，整個專案申請許可案件處理程序尚未終結，故依前揭中央法規標準法第18條規定，本案應適用之。
㈧、有關生體可用率及生體相等性試驗之從事機構需有先進技術及設備始能進行人體試驗，非一般學術機構所能執行，更是製藥業無法自行達成之研發工作，一定要委託研發服務公司
（CRO）方能完成藥品之研究發展程序：
１、按「本辦法所稱研究與發展支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務及改善製程所支出之下列費用：…七、委託國內大專校院或研究機構或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。…九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定研究與發展之支出。」為投資抵減辦法第2條第1項第7款、9款所明定。
２、原告委託明生等研發服務公司（或稱合約研究機構CRO）從事生體可用率及生體相等性分析試驗，其法律依據為投資抵減辦法第2條第1項第9款規定，此由生技醫藥產業投資抵減認定要點第1項規定可證，並非適用投資抵減辦法第2條第1項第7款「委託國內大專校院或研究機構或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用」，事實至臻明確。
３、投資抵減辦法第2條第1項第9款專案認定條款係採用行政法之「擇一例示（概括）分款法」，授權主管機關得依社會實際情況依法裁量，其目的在避免法規制定當時，所未預見、未及規範之情形，保留法規適用之彈性。又投資抵減辦法之立法意旨主要為鼓勵業者從事自行研發，以促進產業升級，進而投資抵減辦法第2條第1項第9款所訂專案審查目的，無非係依該立法意旨及是否對該產業升級有實質助力等兩項標準，進而對被委託對象及委外支出之性質進行實體之審查，以決定其是否可適用投資抵減，然本件系爭之明生等服務研發公司已是公告之生技醫藥產業投資抵減認定要點所稱「醫藥研發服務公司」名單中之公司，故明生等研發服務公司之專業水準及原告委託其辦理有關生體可用率及生體相等性試驗等性質，符合投資抵減辦法第2條第1項第9款所定專案審查目的，應無庸置疑。
４、參見行政院85年6月22日行政院再訴願決定書中撤銷意旨「…本院衛生署85年4月17日衛署藥字第85018737號函影本亦載明該試驗費用，係為研究新產品，改進生產技術及改善製程所支出之費用，應屬研究與發展支出。按進行人體試驗倘非一般學術機構所能執行，並參酌本院衛生署上開函文之記載，再訴願人委託明生公司試驗分析費可否認係研究發展支出？亦待審究。爰將本部分原決定及原處分均撤銷，由原處分機關究明後另為適法之處分。」原處分機關即財政部臺灣省中區國稅局依撤銷意旨，按訴願法第96條「原行政處分經撤銷後，原行政處分機關須重為處分者，應依訴願決定意旨為之…」規定，以財政部臺灣省中區國稅局86年5月12日中區國稅法字第860026785號重核復查決定究明准予認列委託明生公司之支出適用投資抵減。此等事實可證有關生體可用率及生體相等性試驗非一般學術機構所能執行。再者其更是製藥業無法自行達成之研發工作，故一定要委託研發服務公司（CRO）方能完成藥品之研究發展程序，屬研究發展之範疇。
５、綜上論述，原告委託明生等研發服務公司（或稱合約研究機構CRO）從事生體可用率及生體相等性分析試驗，其法律依據既為投資抵減辦法第2條第1項第9款」規定；明生等研發服務公司之專業水準及原告委託其辦理有關生體可用率及生體相等性試驗等性質，符合投資抵減辦法第2條第1項第9款所定專案審查目的，已無庸置疑；有關生體可用率及生體相等性試驗既非一般學術機構所能執行，且更是製藥業無法自行達成之研發工作，故一定要委託研發服務公司（CRO）方能完成藥品之研究發展程序，屬研究發展之範疇。倘被告仍稱應為研究機構方有本專案許可之核准者，當依行政訴訟法第136條規定準用民事訴訟法第277條前段「當事人主張有利於己之事實者，就其事實有舉證之責任…」規定，對87年間至90年間，明確舉證有何研究機構確實有辦理生體相等性及生體可用性之試驗。
㈨、至於被告所稱投資抵減辦法第4條「公司申請適用第2條第1項第8款、第9款及前條第3項第6款規定之支出，於費用發生當年度向中央目的事業主管機關及財政部專案認定申請，經核准者，自費用發生年度起適用；逾費用發生年度始向中央目的事業主管機關及財政部提出專案認定申請，經核准者，自申請之年度起適用。」認為本案係於91年度提出申請，縱然核准亦無實益為由乙節，經查，有關投資抵減辦法之法源為促進產業升級條例第6條第4項規定所訂定之，其立法目的係鼓勵業者從事自行研發，以促進產業升級，進而投資抵減辦法第2條第1項第9款所定專案審查目的，無非係依該立法意旨及是否對該產業升級有實質助力等兩項標準而對被委託對象及委外支出之性質進行實體之審查，以決定其是否可適用投資抵減，投資抵減辦法第4條之認定申請，即對委託對象及委外支出性質作審查後核准，並非金額之核准。又本件系爭之明生等服務研發公司已是生技醫藥產業投資抵減認定要點所稱「醫藥研發服務公司」名單中之公司，故明生等研發服務公司之專業水準及原告委託其辦理有關生體可用率及生體相等性試驗等性質，符合投資抵減辦法第2條第1項第9款所定專案審查目的。雖其後才提出申請，但無礙其時間上認定，論其性質乃符合促進產業升級條例第6條第4項立法意旨，雖程序上有少許暇疵，但其已因生技醫藥產業投資抵減認定要點所稱「醫藥研發服務公司」名單中而治癒。
㈩、綜上所述，原處分及訴願決定顯有違誤，爰請判決如原告訴之聲明。
二、被告陳述：
㈠、按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：…
三、投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出…。」、「公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額百分之五至百分之二十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，…當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之。」分別為87年至88年行為時促進產業升級條例第6條第1項及89年行為時同法條第2項所明定。87年至88年行為時同法條第3項規定，各款投資抵減之適用範圍、施行期限及抵減率由行政院定之，並每二年檢討一次；89年行為時同法條第4項規定，前述投資抵減之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項，由行政院定之。是以，有關公司研究與發展之支出可否適用投資抵減獎勵，尚不以該項支出屬研究與發展性質為已足，仍應以行政院依法律授權所定之獎勵範圍、施行期限，且依規定程序申請者為限。次按「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出下列費用：…七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用。八、（或…九、）其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。」復分別為87年至88年行為時投資抵減辦法第2條第7款、第8款及89年行為時投資抵減辦法第2條第1項第7款、第9款所規定。又上開規定所稱研究機構之認定原則，復分別為87年至88年行為時投資抵減辦法審查要點第1點及附表項目壹規定：「公司依88年12月31日修正前促進產業升級條例第6條第1項第3款及投資抵減辦法規定，適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件，如附表。
┌─────┬────────────┬──────┐│項目│認定原則│應檢附之證明││││文件│├─────┼────────────┼──────┤│壹、研究與│一、研究與發展支出係指公│一、研究計畫││發展支│司為研究新產品、改進│及紀錄或││出│生產技術、改進提供勞│研究計畫││…│務技術及改善製程所支│及報告│││出之費用。│…│├─────┤二、公司從事研究與發展需│││七、委託國│研提具體計畫，稅捐稽│││內大專│徵機關於查核時，應就│││校院或│公司檢附之證明文件，│一、委託國內││研究機│核實認定是否屬研究與│大專校院││構研究│發展之範圍，尚不以有│或研究機││或聘請│無研發成果為認定之依│構研究之││國內大│據。│支付憑證││專校院│…│、委託合││教授或│一、所稱研究機構，包括政│約及研究││研究機│府之研究機構、中央衛│機構經政││構研究│生主管機關核准之準醫│府核准登││人員之│學中心以上之教學醫院│記之相關││費用│、經政府核准登記有案│證明文件││…│以研究為主要目的之財│。│││團法人、社團法人及其│二、聘請國內│││所屬研究機構│大專校院│││…│或研究機││││構研究人││││員從事研││││究之聘書││││或受聘人││││員之證明││││。││││…│└─────┴────────────┴──────┘」及89年行為時投資抵減辦法第2條第2項規定：「前項第7款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。」再者，89年行為時投資抵減辦法第4條就專案認定之申請程序及適用年度規定，於費用發生當年度向中央目的事業主管機關及財政部提出專案認定申請，經核准者，自費用發生年度起適用；逾費用發生年度始向中央目的事業主管機關及財政部提出專案認定申請，經核准者，自申請之年度起適用。
㈡、上開規定公司投資於研究與發展之支出得適用投資抵減，其立法意旨主要係為鼓勵業者從事自行研發，以突破我國產業在邁向現代化技術密集產業之瓶頸，進而促進產業升級；另鑒於充實學、研單位之研發能量，亦能有助於提升國內公司之研發水準，進而提高我國業者於國際間之競爭力，故於投資抵減辦法第2條規範研究發展適用投資抵減之範圍，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程之支出，且屬於該條文各款列舉之費用，以資明確。其中屬委託他人研究發展者，於投資抵減辦法第2條第1項第7款中規定，委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用為投資抵減辦法所稱研究與發展之支出。次按「所稱研究機構，以政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構為限。」復為87年至88年行為時投資抵減辦法審查要點之附表項目壹及89年行為時投資抵減辦法第2條第2項所明定。此外，投資抵減辦法第2條第8款（或第1項第9款）授權其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出，亦得適用投資抵減。
㈢、上開專案認定條款係採用行政法之「擇一例示（概括）分款法」，授權主管機關得依社會實際情況依法裁量，其目的在避免法規制定當時，所未能預見、未及規範之情形或有特殊政策考量時，保留法規適用之彈性；91年11月7日發布之生技醫藥產業投資抵減認定要點即係依據上開法理而訂定。是以，本案有關委託國內他人研究之支出得否適用研發投抵，於法規制定時業有考量；被告審酌其案情並無特殊性，且屬同辦法同條項第1款至第7款（或第8款）已有明確規定，故予否准。況原告於91年7月30日始向行政院衛生署就其87至90年度之委託研發費用申請依投資抵減辦法第2條第1項第9款規定專案認定屬研究與發展之支出，惟依據同辦法第4條規定，逾費用發生年度始向中央目的事業主管機關及財政部提出專案認定申請，經核准者，自申請之年度起適用。是以，原告委託明生公司之費用，如經核准，亦僅得自91年度起適用，對其主張亦無實益。
㈣、本案原告指陳生技醫藥產業投資抵減認定要點規定，醫藥研發服務公司要列入主管機關訂定參考名單內，委託人所支付研究發展支出方得適用投資抵減，乃條件性限縮規定，從而明定自90年1月1日起實施乙節，查被告91年11月7日台財稅字第0910457312號令發布生技醫藥產業投資抵減認定要點，係配合行政院「加強生物技術產業推動方案」，推動生技醫藥產業之持續發展，基於政策上特殊考量而會同經濟部共同訂定發布生技醫藥產業投資抵減認定要點，並自90年1月1日起施行。生技醫藥產業投資抵減認定要點係就生技醫藥產業針對自行開發配方、劑型或製程之藥物，委託經核定之國內醫藥研發服務公司，依行政院衛生署規定，從事臨床前實驗、臨床試驗、生體可用率試驗（BA）、生體相等性試驗（BE）或藥物溶離率曲線比對之支出，得依投資抵減辦法第2條第1項第9款予以專案認定屬研究與發展支出之期間及要件予以明定；生技醫藥產業投資抵減認定要點發布施行前，生技醫藥產業委託醫藥研發服務公司提供試驗服務所發生之費用，未經中央目的事業主管機關及被告專案認定者，自非屬投資抵減辦法所定之獎勵範圍。故生技醫藥產業投資抵減認定要點實乃擴大研發支出投資抵減之獎勵範圍，尚非原告所認為之條件性限縮規定。又原告於87年至89年間委託明生公司等執行藥品生體相等性試驗及生體可用率試驗之費用，因生技醫藥產業投資抵減認定要點僅溯自90年1月1日起施行，故尚無生技醫藥產業投資抵減認定要點適用之餘地，被告原核定於法並無不合。
㈤、至於原告稱明生公司等係列入生技醫藥產業投資抵減認定要點所稱醫藥研發服務公司之參考名單，且其委託明生公司等對藥品所實施之試驗，業經行政院衛生署85年4月17日衛署藥字第8501837號函認定為研究與發展之支出，被告越權否准原告適用投資抵減辦法第2條第9款規定，致其喪失法定之租稅優惠，顯已違反司法院釋字第369號乙節，查有關醫藥研發服務公司之參考名單係依據生技醫藥產業投資抵減認定要點第4點而公告，並不等同可據此援引明生公司具投資抵減辦法所稱研究機構之性質；又其委託明生公司等對藥品實施試驗所生之費用，雖經行政院衛生署認定為研究與發展之支出，惟亦不必然表示該項支出符合87年至89年行為時相關投資抵減辦法第2條各款列舉規定之獎勵範圍。被告既為財稅主管單位，亦為本項政策獎勵工具之主管機關，且本案經查明原告所委託測試之明生公司等，非屬投資抵減辦法所規定之研究機構，且經審酌亦無特殊性，尚無該辦法有關投資抵減之適用，而予以否准，是原處分應無違反司法院釋字第369號解釋。
㈥、原告復稱倘本件依性質自始並無投資抵減辦法第2條第1項第9款專案核准之適用，為何被告之訴願會以此為由，對此訴願案撤銷重核乙情，查本案原告於91年7月30日以華字第91120號函向中央目的事業主管機關行政院衛生署申請專案認定，該署並於91年8月21日以衛署藥字第0910047136號函轉請被告續為審議。惟嗣被告於93年8月26日受理原告系爭訴願案時，因該申請案仍在被告辦理專案認定之審理作業，故被告93年11月26日台財訴字第09300463780號訴願決定書，即載以系爭案件尚待專案認定審理，而撤銷財政部臺灣省中區國稅局之原處分，並由該局查明後另為處分，尚非認為本案有考量專案認定之必要。
㈦、揆諸投資抵減辦法及生技醫藥產業投資抵減認定要點等規定，委託他人研究發展者，其委託之對象既已有明文規定，自應依循相關規定辦理；本件原告於87年至90年間委託明生公司等執行藥品生體相等性試驗及生體可用率試驗之費用，除90年度得按生技醫藥產業投資抵減認定要點規定依法辦理外；其餘87年至89年度所發生之費用，因行為時之法令，僅規定委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用，始得認定為投資抵減辦法所稱研究與發展之支出，而明生公司等非屬上開研究機構，且經審酌亦無特殊性；此外，逾費用發生年度始提出專案認定申請，尚無法追溯適用。故被告依據前開各項規定於94年3月11日以台財稅字第09404518300號函否准其專案認定之申請，並無違誤。
㈧、據上論述，本件原處分、訴願決定均無違誤，爰請判決如被告答辯之聲明。
理由
一、按87年1月7日及同年月21日修正公布之促進產業升級條例第6條規定：「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：…三、投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出。…第1項各款投資抵減之適用範圍、施行期限及抵減率，由行政院定之，並每二年檢討一次…。」88年12月31日修正公布之促進產業升級條例第6條規定：「為促進產業升級需要，…公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額百分之五至百分之二十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；…當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之。…投資抵減範圍、核定機關、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項，由行政院定之…。」是以，有關公司研究與發展之支出可否適用投資抵減獎勵，尚不以該項支出屬研究與發展性質為已足，仍應以行政院依法律授權所定之獎勵範圍、施行期限，且依規定程序申請者為限。次按86年5月28日及88年3月17日修正發布之投資抵減辦法（89年3月24日廢止）第2條規定：「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：…七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用。八（88年修正公布為第九款）、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。」89年10月25日發布之投資抵減辦法（89年1月1日起適用）第2條及第4條規定：「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：…七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。…九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。前項第7款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。」、「公司申請適用第2條第1項第8款、第9款…規定之支出，於費用發生當年度向中央目的事業主管機關及財政部提出專案認定申請，經核准者，自費用發生年度起適用；逾費用發生年度始向中央目的事業主管機關及財政部提出專案認定申請，經核准者，自申請之年度起適用。」又依投資抵減辦法審查要點第1點附表項目壹之7，就該辦法第7款之認定原則一，亦明定所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。
二、本件原告87年至90年間委託明生公司執行生體相等性試驗及生體可用率試驗等費用，於91年7月30日依投資抵減辦法第2條第1項第9款規定，向行政院衛生署申請專案認定屬研究與發展之支出。案經該署以91年8月21日衛署藥字第0910047136號函請被告專案核准。被告審查結果以94年3月11日台財稅字第09404518300號函復略以，原告87年至89年間委託明生公司執行藥品試驗費用，因明生公司於行為時非屬投資抵減辦法及投資抵減辦法審查要點所稱研究機構，是該項試驗費用無法專案認定屬研究與發展之支出；至90年間委託明生公司執行藥品試驗費用，如符合90年1月1日起實施之生技醫藥產業投資抵減認定要點之規定，自得依該要點認定屬研究與發展之支出。原告不服，循序起訴主張，生技醫藥產業投資抵減認定要點規定，醫藥研發服務公司要列入主管機關訂定參考名單內，委託人所支付研究發展支出方得適用投資抵減，乃條件性限縮規定，從而明定自90年1月1日起實施。明生公司等係列入生技醫藥產業投資抵減認定要點所稱醫藥研發服務公司之參考名單，且原告委託明生公司等對藥品所實施之試驗，業經行政院衛生署85年4月17日衛署藥字第8501837號函認定為研究與發展之支出，被告越權否准原告適用投資抵減辦法第2條第9款規定，致其喪失法定之租稅優惠，顯已違反司法院釋字第369號。倘本件依性質自始並無投資抵減辦法第2條第1項第9款專案核准之適用，為何被告之訴願會以此為由，對此訴願案撤銷重核？云云。惟查：
㈠、揆諸投資抵減辦法及生技醫藥產業投資抵減認定要點等規定，委託他人研究發展者，其委託之對象既已有明文規定，自應依循相關規定辦理；本件原告於87年至90年間委託明生公司等執行藥品生體相等性試驗及生體可用率試驗之費用，除90年度得按生技醫藥產業投資抵減認定要點規定依法辦理外；其餘87年至89年度所發生之費用，因行為時之法令，僅規定委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用，始得認定為投資抵減辦法所稱研究與發展之支出，而明生公司等非屬上開研究機構，且經審酌亦無特殊性；此外，逾費用發生年度始提出專案認定申請，尚無法追溯適用。故被告依據前開各項規定於94年3月11日以台財稅字第09404518300號函否准其專案認定之申請，並無違誤。
㈡、上開專案認定條款係採用行政法之「擇一例示（概括）分款法」，授權主管機關得依社會實際情況依法裁量，其目的在避免法規制定當時，所未能預見、未及規範之情形或有特殊政策考量時，保留法規適用之彈性；91年11月7日發布之生技醫藥產業投資抵減認定要點即係依據上開法理而訂定。是以，本案有關委託國內他人研究之支出得否適用研發投抵，於法規制定時業有考量；被告審酌本件案情並無特殊性，且屬投資抵減辦法第2條第1項第1款至第7款（或第8款）已有明確規定，故予否准。況原告於91年7月30日始向行政院衛生署就其87至90年度之委託研發費用申請依投資抵減辦法第2條第1項第9款規定專案認定屬研究與發展之支出，惟依據同辦法第4條規定，逾費用發生年度始向中央目的事業主管機關及財政部提出專案認定申請，經核准者，自申請之年度起適用。是以，原告委託明生公司之費用，如經核准，亦僅得自91年度起適用，對其主張亦無實益。
㈢、被告91年11月7日台財稅字第0910457312號令發布生技醫藥產業投資抵減認定要點，係配合行政院「加強生物技術產業推動方案」，推動生技醫藥產業之持續發展，基於政策上特殊考量而會同經濟部共同訂定發布生技醫藥產業投資抵減認定要點，並自90年1月1日起施行。生技醫藥產業投資抵減認定要點係就生技醫藥產業針對自行開發配方、劑型或製程之藥物，委託經核定之國內醫藥研發服務公司，依行政院衛生署規定，從事臨床前實驗、臨床試驗、生體可用率試驗（BA）、生體相等性試驗（BE）或藥物溶離率曲線比對之支出，得依投資抵減辦法第2條第1項第9款予以專案認定屬研究與發展支出之期間及要件予以明定；生技醫藥產業投資抵減認定要點發布施行前，生技醫藥產業委託醫藥研發服務公司提供試驗服務所發生之費用，未經中央目的事業主管機關及被告專案認定者，自非屬投資抵減辦法所定之獎勵範圍。故生技醫藥產業投資抵減認定要點實乃擴大研發支出投資抵減之獎勵範圍，尚非原告所認為之條件性限縮規定。又原告於87年至89年間委託明生公司等執行藥品生體相等性試驗及生體可用率試驗之費用，因生技醫藥產業投資抵減認定要點僅溯自90年1月1日起施行，故本件尚無適用中央法規標準法第18條規定，而適用生技醫藥產業投資抵減認定要點之餘地。
㈣、有關醫藥研發服務公司之參考名單係依據生技醫藥產業投資抵減認定要點第4點而公告，並不等同可據此援引明生公司具投資抵減辦法所稱研究機構之性質；又其委託明生公司等對藥品實施試驗所生之費用，雖經行政院衛生署認定為研究與發展之支出，惟亦不必然表示該項支出符合87年至89年行為時相關投資抵減辦法第2條各款列舉規定之獎勵範圍。被告既為財稅主管單位，亦為本項政策獎勵工具之主管機關，且本案經查明原告所委託測試之明生公司等，非屬投資抵減辦法所規定之研究機構，且經審酌亦無特殊性，尚無該辦法有關投資抵減之適用，而予以否准，是原處分應無違反司法院釋字第369號解釋。
㈤、本案原告於91年7月30日以華字第91120號函向中央目的事業主管機關行政院衛生署申請專案認定，該署於91年8月21日以衛署藥字第0910047136號函轉請被告續為審議。惟嗣被告於93年8月26日受理原告系爭訴願案時，因該申請案仍在被告辦理專案認定之審理作業，故被告93年11月26日台財訴字第09300463780號訴願決定書，即載以系爭案件尚待專案認定審理，而撤銷財政部臺灣省中區國稅局之原處分，並由該局查明後另為處分，尚非認為本案有考量專案認定之必要。
三、綜上所述，原告之陳詞均不可採，則被告就原告申請專案認定其87年至90年間委託明生公司執行生體相等性試驗及生體可用率試驗等費用屬研究與發展之支出，所為之否准處分，揆諸首揭規定，並無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合。原告徒執前詞，訴請撤銷訴願決定及原處分，並無理由，應予駁回。
四、本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第3項前段判決如主文。
中華民國95年8月16日
第二庭審判長法官徐瑞晃
法官李得灶法官吳慧娟上為正本係照原本做成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中華民國95年8月16日
書記官劉道文