裁判字號：最高行政法院105年判字第307號判決
裁判日期：民國105年06月16日
裁判案由：退還稅款
最高行政法院判決
105年度判字第307號上訴人財政部中區國稅局代表人 許慈美 訴訟代理人 李玲珊 被上訴人經唐實業股份有限公司代表人 劉圳田 訴訟代理人 陳鴻飛 律師上列當事人間退還稅款事件，上訴人對於中華民國105年1月13日臺中高等行政法院104年度訴更三字第18號判決，提起上訴，本院判決如下：
主文原判決關於不利於上訴人部分廢棄，發回臺中高等行政法院。
理由
一、被上訴人於民國82年12月9日辦竣公司設立登記，經營不動產投資興建及租售業，其申報之留抵營業稅額，累積至89年9月止為新臺幣（下同）69,502,204元，嗣被上訴人經經濟部以91年5月7日經（091）商字第09101706530號函命令解散，復以91年8月27日經商字第09102184830號函予以廢止公司登記，其後經上訴人調整被上訴人截至92年10月底止之累積留抵稅額為53,205,614元，又因臺灣臺中地方法院（民事執行處）強制執行拍賣被上訴人之存貨及固定資產，經依其拍定價額730,440,000元，核定應補繳營業稅34,782,857元，經依被上訴人申請將其留抵稅額扣抵上開應補繳營業稅34,782,857元及營利事業所得稅29,967元暨地方稅（地價稅與房屋稅）欠稅款345,087元，結存累積留抵稅額18,047,703元。被上訴人隨於97年12月16日向上訴人所屬臺中分局申請退還留抵營業稅額，而依上訴人函示於98年1月22日向臺中市政府申辦營利事業歇業登記，並據該市政府以98年1月23日府經商字第0980601408號函予以核准在案。然上訴人所屬臺中分局經審核被上訴人上開退還留抵營業稅額申請案件結果，以被上訴人無法提供86年至89年度憑證及齊全帳證資料為由，以99年12月28日中區國稅中市三字第0990058809號函（下稱原處分）否准所請。被上訴人循經訴願程序未獲變更，提起行政訴訟，前經臺中高等行政法院（下稱原審）100年度訴字第201號判決駁回，惟經本院以101年度判字第895號判決予以廢棄發回，原審再以101年度訴更一字第44號判決撤銷原處分及訴願決定，命上訴人另為適法處分，仍經本院以102年度判字第642號判決廢棄，發回原審更審。復經原審以102年度訴更二字第22號判決訴願決定及原處分均撤銷；上訴人就被上訴人申請退還累積留抵稅額案件，應作成准予發還17,252,903元之處分；被上訴人其餘之訴駁回。被上訴人及上訴人均不服，乃分別提起上訴，經本院以104年度判字第357號判決將上開判決廢棄，發回原審更審。被上訴人於原審104年12月23日言詞辯論時減縮回復為最初之聲明「被告應依原告申請，作成發還原告18,047,703元處分」，並經原審准許其聲明之減縮與變更，嗣原審以104年度訴更三字第18號判決（下稱原判決）訴願決定及原處分逾794,800元部分均撤銷；上訴人就被上訴人申請退還累積留抵稅額案件，應作成准予發還17,252,903元之處分；被上訴人其餘之訴駁回。上訴人猶未服，遂提起本件上訴。
二、被上訴人起訴主張：（一）被上訴人於86至89年間均依照加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第35條規定，檢附退抵稅款及其他有關文件向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額，均經主管稽徵機關認可，而累積可扣抵稅額，上訴人既仍持有被上訴人當年之查核報告書，即不能謂無憑證可查明。況被上訴人業已解散，上訴人依法負有將留抵稅額返還被上訴人之義務，上開結存留抵稅額乃上訴人將靖晟營造股份有限公司（下稱靖晟公司）及勛晟股份有限公司（下稱勛晟公司）銷貨退回部分之稅額扣除後之數額，上訴人不得重複扣除。（二）被上訴人於88、89年依規定申報營業稅，並檢附退抵稅款及其他有關文件據以申報銷售額、應納或溢付營業稅額與統一發票明細表，是營業稅已於88、89年至遲於91年度就勾稽查核無誤，該等年度之營業稅早已經確定，上訴人無從要求重新查核認定營業稅。（三）依營業稅法第39條第1項第1款至第3款之規定，主管稽徵機關應查明營業人申報溢付稅額有無適用零稅率之貨物或勞務、所取得之資產是否屬於固定資產性質、有無合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記之事實等而後退還，並非將以前已經確定之營業稅再重新查核。再者，於公司因合併、轉讓、解散或廢止而向主管稽徵機關申請營業註銷登記之情況，主管稽徵機關查核無誤，無待申請即應主動退稅。至於勛晟公司之發票憑證，被上訴人既與其並非關係企業，如何有能力取得該公司之發票憑證？此既然為上訴人主張，須由上訴人舉證。（四）本件留抵稅額18,047,703元為訴訟時兩造所不爭執，亦為上訴人多次確認在卷，被上訴人已盡舉證責任。有關營業稅法第39條第1項第3款規定要件，依本院101年度判字第895號判決意旨，被上訴人已經證明於98年1月23日經臺中市政府准予歇業，並註銷營利事業登記證，與留抵稅額為18,047,703元，舉證責任已足。（五）依營業稅法第1條之規定，可見營業人並非支付價款後才開立發票，而是有交易就須開立發票繳納營業稅。因此，上訴人所謂因為被上訴人公司帳簿內有多項股東往來，所以有高度懷疑，認為並無交易云云，其說詞與是否應依營業稅法第39條申請退還稅款無關，且應繳納營業稅與是否取得銷售款無關，被上訴人並無逃漏營業稅之情事。（六）依統一發票使用辦法第20條第2項規定，銷貨退回證明聯是由買受人開立，不是由銷貨人開立。再依同條第1項第1款更明定開立統一發票之銷售額已申報者，應取得買受人出具之銷貨退回、進貨退出或折讓證明單。是被上訴人自已出具銷貨退回、進貨退出或折讓證明單，出賣人才能申報扣減銷項稅額，被上訴人亦扣減進項稅額。被上訴人因不願在其他枝節與上訴人爭論，始於申請本件退稅時以上訴人所稱留抵稅額為18,047,703元為請求，現上訴人反以否認其提供之數字爭論，上訴人一再以原本無爭論之事實，混淆法院審理事實，遲不支付被上訴人之退稅額。又關於被上訴人請求上訴人應加計利息退還部分，係依據稅捐稽徵法第38條第2項之規定，雖該條項之規定與本件案情不完全相同，但彼此相近，自得資為被上訴人請求權之依據。（七）營業稅為每次交易均需課稅，每兩個月申報，如有需繳納稅額即直接繳納；如有溢付稅額則留底於稅捐機關，於需繳納營業稅時得予扣抵；與公司帳冊毫無關連，即使沒有帳冊也是每兩個月申報繳納或扣抵，其扣抵稅額均為稅捐機關電腦中所保存。因此並無上訴人所指需提供帳冊，再重為查核之餘地。人民依營業稅法第39條申請發還稅款時，稅捐機關應即時發還，不應怠惰遲延或以任何理由塘塞。被上訴人主張應適用稅捐稽徵法第28條第2項，此可歸責於上訴人計算錯誤應自被上訴人繳納稅款之日起至填發收入退還書或國庫支票之日止，按溢繳之稅額依繳納稅款之日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併退還等語，求為判決訴願決定及原處分均撤銷；上訴人應依被上訴人申請，作成發還被上訴人18,047,703元處分，及自95年11月22日起至填發國庫支票日止，依各年度1月1日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息之行政處分。
三、上訴人則以：（一）營業稅法第39條第1項第3款規定之所謂「查明營業人留抵稅額正確數額」係指「核實查明」，即實質審查，而非如同每期營業稅申報之形式審查。倘若如被上訴人所稱：留抵稅額「與公司帳冊毫無關連」、「並無上訴人所指需提供帳冊，再重為查核之餘地」之論述合理，此舉無疑將各種會計憑證保存義務之規定形同具文，一切稽徵機關只能依納稅義務人申報資料來課稅，課稅真實與否「與公司帳冊毫無關連」，且無「重為查核之餘地」，課稅公平原則、量能課稅原則將難以實現，最後將導致稅制及財政之全面崩壞。（二）被上訴人就其退稅請求權之成立，繫諸進項稅額得否合法扣抵銷項稅額，及是否合法作為留抵稅額之事實認定，為其權利發生之要件事實，亦係對其有利之事項，被上訴人應負有舉證之責。又依按稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法（下稱帳簿憑證辦法）第26條及第27條規定，被上訴人申請退還溢付之營業稅額，自屬會計未結事項，相關之帳簿及憑證自應妥善完整保存以供查核。（三）上訴人並非無窮盡要求被上訴人應盡其協力義務，只是針對上游廠商之進項憑證予以釐清，實質審查進項稅額是否有跳開發票、虛報進項、違反常規交易或稅捐規避等情形。（四）被上訴人係經營不動產投資興建及租售業，應依商業會計法及帳簿憑證辦法規定保存相關帳簿憑證，並供稽徵機關查核。被上訴人僅提示88年度日記帳、分類帳、存貨帳及89年度日記帳、分類帳，因被上訴人無法提供完整資料供核，以致無法查明累積留抵稅額正確數。（五）被上訴人88年及89年所涉系爭交易，屬尚未完工之在建工程部分交易，為未結會計事項，依商業會計法第38條但書規定，自無保存會計憑證5年或會計帳簿等10年之問題，是被上訴人提出本件申請時，自有提出相關會計帳簿供上訴人查核之協力義務。關於被上訴人之留抵稅額，其進項稅額產生之交易對象及資金流程係涉及被上訴人該等進項稅額得否合法扣抵銷項稅額，及是否合法作為留抵稅額之事實認定，亦應由被上訴人就其退稅請求權之成立且無由構成該權利之限制事實負舉證責任。
（六）觀諸營業稅法第39條規定，溢付營業稅留抵稅額原則上應留供抵繳將來發生之營業稅，並不得退還，僅具特殊情形始可查明後發還，故而稽徵機關持有留抵稅額係有法律上依據，並非無法律上原因，其退還之原因事實基礎，明顯與稅捐稽徵法第28條第2項規定之情形迥異，亦無從類推適用，否則即與租稅法律主義有違。是被上訴人主張上訴人應自被上訴人繳納稅款之日起至填發收入退還書或國庫支票之日止，適用稅捐稽徵法第28條第2項規定按日加計利息，一併退還，實無理由等語，資為抗辯，求為判決駁回被上訴人之訴。
四、原審為訴願決定及原處分逾794,800元部分均撤銷；上訴人就被上訴人申請退還累積留抵稅額案件，應作成准予發還17,252,903元之處分；被上訴人其餘之訴駁回之判決，係以：
（一）營業人因已解散或廢止辦竣註銷登記，固得申請退還累積結存之溢付營業稅額，但該留抵稅額僅係稅捐稽徵機關依營業人申報之初核結果，依營業稅法第39條規定，稅捐稽徵機關仍應查明屬實，始能退還之，倘實質審查結果足認其真實性具高度合理懷疑者，自得命營業人履行協力義務，若營業人未能提出齊全之相關帳簿資料供核，因其真實性仍處於不明狀態，不能謂符合該條第1項所稱「查明」之要件，即不許發還之。但如僅部分項目有真實不明之情形，其餘部分可獨自確定其數額，無任何事證情況可懷疑其可信性時，稅捐稽徵機關本應扣除該不明部分之留抵稅額後，將其他部分發回之，不能全部否准所請。（二）依卷附相關資料觀之，靖晟公司於90年5月8日申報銷項退回及折讓銷售額240,185,354元、銷項稅額12,009,270元，及勛晟公司於90年5月7日申報銷項退回及折讓銷售額84,598,781元、銷項稅額4,229,939元均係全數開立予被上訴人。被上訴人截至89年8月止之累積留抵稅額為69,502,204元，其後被上訴人即未再申報營業稅，但至92年10月止，其營業稅累積留抵結存稅額業據上訴人調整為53,205,614元，其差額為16,296,590元，參酌該數額與退折讓稅額幾相符合，且依統一發票使用辦法第20條第1項及第2項規定，勛晟公司與靖晟公司須取具被上訴人開立之銷貨退回證明聯始可申辦扣減銷項稅額，堪認上訴人自查悉被上訴人有上開進項退貨之情事，即自行據以調整其留抵稅額使歸於正確，且上訴人復未能舉證證明其調整被上訴人營業稅留抵稅額係因其他事由而為。（三）因勛晟公司已就銷貨額向上訴人申辦扣減部分銷項稅額，且經上訴人據以扣減被上訴人之92年10月營業稅累積留抵結存稅額，於發還留抵稅額時，自不得再次重複扣除該已扣減之稅額，乃法理所當然。是被上訴人89年取具勛晟公司之發票未退折讓數額，僅剩銷售額15,896,001元，其產生之營業稅額794,800元，為上訴人針對勛晟公司89年開立發票予被上訴人應查核的範圍。上訴人不可用「一部不可信，即全部不可信」邏輯，全否認退稅權利。但上訴人就此銷售額15,896,001元，其營業稅額794,800元部分予以剔除，核無不合。（四）營業人申報當期營業稅後，稽徵機關應就該申報資料，於歸戶後立即查核，如發現有異常，應即通知營業人提示相關帳證處理，尚非於收到註銷登記當期或清算期間之營業稅申報書時，始對過去申報資料進行查核；且僅在發現異常時方可要求營業人提示未逾保存年限之帳證。上訴人辯稱被上訴人88年及89年所涉系爭交易，屬尚未完工之在建工程部分交易，為未結會計事項，依商業會計法第38條第2項但書規定，自無保存會計憑證5年或會計帳簿等10年之問題，是被上訴人提出本件申請時，自有提出相關會計帳簿供上訴人查核之協力義務云云，自有誤解，不可採取。（五）按稅法上不當得利返還請求權之金額，乃是稅捐義務人已繳納之金額與依法律上發生稅捐債務關係之請求權所應給付金額間之差額，在公法上並無金錢債務應由債務人加計利息之一般法律原則存在，因此必須法律有明文規定，始應加計利息。且觀諸營業稅法第39條之規定，溢付營業稅留抵稅額原則上應留供抵繳將來之發生之營業稅，並不得退還，僅具特殊情形始可查明後發還，其退還之原因事實基礎，明顯與稅捐稽徵法第38條第2項規定之情形迥異，自無從類推適用，否則，有違租稅法律主義。是被上訴人主張上訴人應適用稅捐稽徵法第38條第2項加計利息部分，顯有誤解，不足採取。（六）綜上所述，被上訴人以其已註銷營利事業登記，尚有溢付之營業稅留抵稅額為由，請求上訴人應作成發還之處分，核屬適法有據，原處分未區分尚不能查明其真實性之進項稅額部分是否具獨立性而予以剔除，即全部駁回被上訴人所請，認事用法自屬違誤。訴願決定未加糾正，仍予以維持，亦有未合。惟被上訴人請求退還之18,047,703元數額中，尚有794,800元可「高度合理懷疑其真實性」，尚無從查明，自應予以扣除，且其併請求上訴人應加計利息償付部分，亦失法據，無從准許等詞，為其判斷之基礎。
五、本院查：（一）按行政訴訟法第136條準用民事訴訟法第277條規定：「當事人主張有利於己之事實者，就其事實有舉證之責任。但法律別有規定，或依其情形顯失公平者，不在此限。」本件原判決以：營業人因已解散或廢止辦竣註銷登記，固得申請退還累積結存之溢付營業稅額，但該留抵稅額僅係稅捐稽徵機關依營業人申報之初核結果，依營業稅法第39條規定，稅捐稽徵機關仍應查明屬實，始能退還之，倘實質審查結果足認其真實性具高度合理懷疑者，自得命營業人履行協力義務，若營業人未能提出齊全之相關帳簿資料供核，因其真實性仍處於不明狀態，不能謂符合該條第1項所稱「查明」之要件，即不許發還之。但如僅部分項目有真實不明之情形，其餘部分可獨自確定其數額，無任何事證情況可懷疑其可信性時，稅捐稽徵機關本應扣除該不明部分之留抵稅額後，將其他部分發回之，不能全部否准所請，被上訴人以其已註銷營利事業登記，尚有溢付之營業稅留抵稅額為由，請求上訴人應作成發還之18,047,703元數額中，尚有794,800元可「高度合理懷疑其真實性」，尚無從查明，自應予以扣除，且其併請求上訴人應加計利息償付部分，尚乏法律依據為由，判命上訴人應作成准予發還被上訴人17,252,903元留抵稅款部分之處分，固非全然無見。惟查，納稅義務人違反協力義務雖不因此免除稽徵機關之職權調查或舉證義務，然如納稅義務人就其掌握範圍之課稅資料不予提出，致稽徵機關無從調查課稅事實者，自得因此減輕稽徵機關闡明事實之義務及所負擔之證明程度。本件被上訴人依營業稅法第39條規定申請退還溢付稅額，係屬租稅免除或減輕事實，如因納稅義務人協力不足或欠缺，致事實真偽不明時，因該事實之相關證據均在被上訴人管領範圍內，自應由被上訴人負舉證責任。原判決五、㈣、3略以：「……營業人因已解散或廢止辦竣註銷登記，固得申請退還累積結存之溢付營業稅額，但該留抵稅額僅係稅捐稽徵機關依營業人申報之初核結果，依營業稅法第39條規定，稅捐稽徵機關仍應查明屬實，始能退還之，倘實質審查結果足認其真實性具高度合理懷疑者，自得命營業人履行協力義務，若營業人未能提出齊全之相關帳簿資料供核，因其真實性仍處於不明狀態，不能謂符合該條第1項所稱『查明』之要件，即不許發還之。但如僅部分項目有真實不明之情形，其餘部分可獨自確定其數額，無任何事證情況可懷疑其可信性時，稅捐稽徵機關本應扣除該不明部分之留抵稅額後，將其他部分發回之，不能全部否准所請。」等云云，其中「若營業人未能提出齊全之相關帳簿資料供核，因其真實性仍處於不明狀態，不能謂符合該條第1項所稱『查明』之要件，即不許發還之。」之論述，即與上述舉證責任分配之法則有違。蓋若被上訴人未能提出詳實齊全之相關帳簿資料供核，甚至「僅提出部分帳簿資料之效果」，形同完全未盡協力義務，實與「未提出任何資料」無異，亦無從推論「僅部分項目有真實不明之情形」，其餘部分可獨自確定其數額。原判決竟認「無任何事證情況可懷疑其可信性時，稅捐稽徵機關本應扣除該不明部分之留抵稅額後，將其他部分發回之，不能全部否准所請。」實有可議。
（二）被上訴人於92年10月間留抵稅額53,205,614元，係基於進項稅額大於銷項稅額扣減後所產生，而累積留抵稅額大多產生於88及89年度，主要進貨廠商靖晟公司等4家公司，其中靖晟公司、勛晟公司及靖銓工程顧問有限公司（下稱靖銓公司）等3家公司之代表人為被上訴人直接或間接股東，該等4家公司2年內共開予被上訴人之發票金額高達1,007,869,483元，其稅額高達50,393,474元，其稅籍狀態分別於90、91年度已停業、廢止或撤銷登記，且88、89兩年度公司相互間交易金額占全年開立發票金額比率，有高達99%之情形。被上訴人因88年九二一地震後無法施工，並將面臨銀行債務清償及拍賣等問題，卻於89年度向靖晟公司及勛晟公司大量進貨高達456,553,548元再退貨，有違營業常規。靖晟公司、勛晟公司於90年1月已擅自歇業他遷不明，卻於90年3月至4月申報銷貨退回及折讓銷售額324,784,135元、銷項稅額16,239,209元，均係全數開立予被上訴人，並已退還營業稅額13,722,245元。被上訴人並未申報相對應之進貨退出及折讓，查其帳冊亦未記載對靖晟公司及勛晟公司進貨退出及折讓金額，以致其進項稅額未相對折減16,239,209元，致虛增進項稅額情事，上訴人為查明被上訴人是否有「利用關係企業刻意安排達取得退稅款之目的」、「該退稅款與被上訴人累積留抵稅額是否重複」等待證事實，遂要求被上訴人提示帳證以釐清事實，應屬正當。原判決竟認上訴人任憑己意，要求被上訴人提出難以提供且與待證事實認定無關之相關資料等情，亦屬率斷，且有判決適用法規不當之違法。（三）依卷附營業稅年度資料查詢表、營業稅稅籍資料查詢作業表、股東名冊及營業稅年度資料查詢進項來源及銷項去路明細表等資料，被上訴人於92年10月底留抵稅額53,205,614元，係基於進項稅額大於銷項稅額扣減後所產生，而累積留抵稅額大多產生於88及89年度，主要進貨廠商靖晟公司、勛晟公司、業豐營造有限公司及靖銓公司等4家公司，又靖晟公司、勛晟公司及靖銓公司等3家公司之代表人為被上訴人直接或間接股東，該等4家公司2年內開立予被上訴人之發票金額高達1,007,869,483元，稅額高達50,393,474元。其稅籍狀態分別為停業、廢止或撤銷登記，且88、89年度公司相互間交易金額占全年開立發票金額比率有高達99%之情形，非無關係企業利用循環對開方式，刻意安排開立發票予集團內營業人，以供扣抵營業稅或退稅之可能，上訴人實有查明之必要。而依營業稅年度資料查詢表、退稅主檔及營利事業所得稅之課稅資料歸戶清單等資料，上訴人查得靖晟公司與勛晟公司於88年至89年間分別為被上訴人第一及第二大進項來源營業人，共占被上訴人申報進貨及費用額之比例為88年89%，89年98%。而靖晟公司於88年至89年間雖繳納營業稅額12,984,750元，但於90年3至4月卻申報銷貨退回及折讓銷售額240,185,354元，稅額12,009,270元，且當期退稅額11,735,342元；勛晟公司於88至89年間雖繳納營業稅額4,428,879元，但於90年3至4月卻申報銷貨退回及折讓銷售額84,598,781元，稅額4,229,939元，且當期退稅額1,986,903元。被上訴人並未申報相對應之進貨退出及折讓，以致其進項稅額未相對折減16,239,209元（12,009,270元+4,229,939元），致虛增進項稅額情事，被上訴人報繳之營業稅及累積留抵稅額確有可疑。被上訴人係經營不動產投資興建及租售業，原應依商業會計法及帳簿憑證辦法規定保存相關帳簿憑證（例如：日記簿、總分類帳、明細分類帳、在建工程明細帳、施工日報表、其他必要之補助帳簿、契約書、進貨單、收據、簽收單、匯款紀錄等），並供上訴人查核，詎被上訴人僅提示88、89年度日記帳、分類帳，而未能提供完整資料供核，以致上訴人無法查明累積留抵稅額正確數。依商業會計法及稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法規定，公司進貨時應正確記載分錄為借：進貨及進項稅額，貸：應付帳款，還款時借：應付帳款、貸：現金或銀行存款，其主要目的是為清楚交待物流及金流，查被上訴人卻記載為借：進貨及進項稅額，貸：股東往來，其「股東往來」科目金額高達11億元以上。其帳冊未載明進貨明細品名、交易對象、單價、數量等資料，進、銷項金額僅記載總金額，以致無法勾稽查核被上訴人所取得進項是否有交易事實及實際付款。次查89年1月1日記載借：進項稅額（以往年度進項稅額調整）15,648,411元，貸：「股東往來」15,648,411元，亦即不明原因逕行調增「進項稅額」金額，涉有虛增進項稅額，導致虛增累積留抵稅額15,648,411元之情事。又將89年8月30日「股東往來」餘額119,372,975元，逕轉列為「其他負債」122,290,624元，導致「股東往來」異常餘額為負2,917,649元，乃為降低「股東往來」巨額之異常情事。再查88及89年度日記帳及總分類帳，未記載對靖晟公司及勛晟公司之進貨退出及折讓銷售額324,784,135元，因帳冊資料攸關系爭留抵稅額正確性，亦足見被上訴人有帳簿記載不詳實及迴避查核之嫌。（四）被上訴人於99年6月30日具文主張截至95年12月31日尚有累積留抵稅額34,719,347元，申請轉正為34,719,347元，上訴人所屬臺中分局以99年8月17日中區國稅中市三字第0990021122號函請提供相關據以轉正累積留抵稅額之帳簿憑證資料，被上訴人旋於99年8月19日具文撤回該申請案，其後又空言主張是上訴人自行調整為53,205,614元，不得再重複扣除其累積留抵稅額等語，實無所據。惟其差額16,296,590元攸關被上訴人留抵稅額事實認定，被上訴人自應盡協力義務以利查核。原判決率予推論被上訴人所稱：已自行將被上訴人之營業稅留抵稅額由原來（89年8月止）之69,502,204元，自行調整為53,205,614元（至92年10月止）乙節可信，亦乏論據。況上開營業稅留抵稅額調整數為16,296,590元（69,502,204元-53,205,614元），與前述被上訴人漏未申報靖晟公司及勛晟公司90年3至4月之進貨退出及折讓之營業稅額16,239,209元，兩者差距竟達57,381元（16,296,590元-16,239,209元），是否同一筆金額，原審未詳予調查並釐清「上開營業稅留抵稅額調整數為16,296,590元，與前述被上訴人漏未申報進貨退出及折讓之營業稅額16,239,209元，是否為同一筆金額」，僅以「幾相符合」遽行論斷為同一筆金額，亦有判決理由不備之違法。（五）原判決認事用法既有上開違誤，上訴人亦指摘及此，應認本件上訴為有理由，爰將原判決不利於上訴人之部分廢棄，發回原審法院另為適法之裁判。又因本件退稅請求權成立之待證事實仍應由被上訴人負舉證責任，而上訴人則可就退稅請求權之有無及或其金額之多寡等情（特別是其所掌握到之被上訴人有「虛進」或「漏銷」嫌疑等事實）提出反證，以決定被上訴人之請求應全額准許或部分准許，或全部駁回，此等判斷均有待於進一步之事實認定，方能為法律適用，本院101年度判字第895號判決於發回時業已指明，原審更行審理時自應一併注意及之。
六、據上論結，本件上訴為有理由。依行政訴訟法第256條第1項、第260條第1項，判決如主文。
中華民國105年6月16日
最高行政法院第五庭
審判長法官林茂權
法官黃淑玲法官劉介中法官吳東都法官鄭忠仁以上正本證明與原本無異中華民國105年6月16日
書記官蘇婉婷