裁判字號：高雄高等行政法院99年訴字第368號判決
裁判日期：民國99年10月28日
裁判案由：營利事業所得稅
高雄高等行政法院判決
99年度訴字第368號民國99年10月14日辯論終結原告長亨精密股份有限公司代表人 紀一珍 訴訟代理人 楊儀萍 會計師
王元宏 律師被告財政部台灣省南區國稅局代表人 許春安 局長訴訟代理人 劉美玲 上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國99年4月30日台財訴字第09900071800號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要︰緣原告民國94年度營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規定之免稅所得新台幣（下同）33,815,084元，被告原核依「全部機器設備技術比」計算核定7,416,651元。原告不服，申經復查獲追認295,391元，其餘未獲變更，原告仍表不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張︰
（一）原告之免稅產品係以不同生產機器機台（已區分應、免稅設備）及出貨區線來區分，且無免稅機台產製航太翼片銷售情況，加上免稅加工機台僅能用來專製免稅航太翼片，無須其他應稅設備配合，況其他設備亦不適用生產加工免稅產品，符合經核准並完成之投資計畫之產品，全部屬經核准並完成投資計畫之所載者機器所產製的規定。從銷售產品、直接材料、人工、製造費用到毛利認定，原告之應、免稅產品皆能從帳證及資訊系統獨立區分計算，且帳證登載完備應符合促進產業升級條例（下稱促產條例）核實認定免稅所得之規定。雖原告適用免稅所得年度，因新建廠尚未完成，需將免稅設備置於原仁武廠區內，但從生產線到出貨區全部皆○○○區○○○○○路電表皆獨立（免稅設備耗電量高為避免斷電亦需獨立，電表表號為0000000000000000），產製過程亦由系統統計各批次報工單－按機台統計及各操作員工時，其帳據統計與非屬投資計畫之產品可完全分開記載，其相關銷貨成本亦可個別單獨認定無誤，既然實質上其銷貨額、銷貨成本及毛利可與非免稅產品獨立計算，自應採用獨立計算法。計算要點規範整廠（棟、間）係為求能將銷貨收入、銷貨成本正確獨立計算目的，唯非必要要件，被告及訴願決定僅以書面認定未符合整廠（棟、間）即判定原告公司未能正確獨立計算損益，顯倒果為因之臆測，不能據以為核定獨立計算未能正確。
（二）被告原處分及訴願決定對於航太翼片機製如未能達到「受獎勵設備非整廠（棟、間）」即不符獨立計算要件，於邏輯上確有誤謬，因申請免稅投資計畫在前，計畫完成後可能會因產製需求增購機件供增加生產計畫產品，如果產品產出、領料、人工、製費各項皆能獨立計算損益，雖然同為應、免稅機件皆生產計畫產品，實無理由不准獨立計算。且如被告及訴願決定之理論，同於限制公司不得增加機件，否則即僅適用嚴苛公式計算免稅，喪失獎勵投資美意。
（三）被告原處分及訴願決定未了解航太業特性，由於航太需由FAA（美國聯邦航空管理局）規範認證，從原料供應、製程設計執行、標準化系統、到各項加工機械之功能、品質測度等等，皆有嚴格規範，絕不得有未經驗證機械進行機製，此亦經「經濟部工業局航太小組」專業鑑認此為航太業特殊特性。準此，縱使原告適用免稅所得年度，因新建廠尚未完成有非整廠應變措施，由於應免稅產品係屬全然不同產品品性，生產機台亦機製等級應用性不同，絕無可能會違反獨立計算損益實質要項。況且原告當時確有將航太機製產線獨立區隔廠間，亦符合免稅所得計算要點之「整間」規範，故被告應舉證證明導致銷貨額、銷貨成本及毛利未能正確獨立計算之理由，以服納稅義務人。
（四）依憲法第19條規定人民有依法律納稅之義務，所得稅法第24條、第80條及司法院釋字第640號解釋等均同，被告適用財政部92年10月13日台財稅字第0920454226號訂定「製造業及其相關技術服務業五年免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」（下稱免稅所得計算要點），牴觸所得稅母法，增加人民法律所無之租稅負擔，自有違憲法第19條租稅法律主義。且申請採用獨立計算法經認定不合規定，即不得給予納稅義務人補正資料機會，亦有未洽。
（五）原處分及訴願決定對於以全部機械比法計算免稅所得，除上項說明之誤繆外，更有以下誤判：有關原告之設備財產明細適用性：航太綜合、電子專屬、工具及輔助設備，並說明是為生產何產品如下：
1、航太綜合生產產品：SHROUD,AXIALCOMPRESSOR,2NDS、CONNECTOR-CASE-DIFFUSER夾治具、Pin,Grooved,Locat-
ing、BOSS夾治具、HOUSING機匣、weldingassembly等。
2、電子專屬生產產品：OMDCOREDIE步進馬達、母模入子、固定側入子、偏心輪、14基層CORE馬達軸心、28基層CORE馬達軸心、馬達蓋零件等。
3、工具及輔助設備：大部分係屬週邊組裝工具、輔助夾具、量具、模具等。
由於航太業之獨特必要驗證特性，以一般常理即可判斷。葉片專屬設備始可符合產製航太葉片需求；航太葉片僅能由專屬設備來產製；葉片專屬設備一般不會用來產製一般產品；非航太專屬設備絕不能也不可用來產製航太葉片；原告94年度營收項目除航太產品無任何中類29類外之產品建請由航太專業人士鑑定航太業之特性，可證被告核計以全部機械比法計算免稅所得之分母將原告全部機械設備列入之不合理性。次依產製流程，原處分及訴願決定將全數應稅設備加上免稅設備記入公式計算，理應考量免稅產品使用到免稅設備及部分應稅設備為公式分母，而非不論何者一併記入。而航太葉片在原告產製流程中為最終產品，與一般公司之產品會經過應、免稅設備而應全部設備計算分擔，因產製流程不同不應一概而論。另被告核定不符會計原理，機器設備技術比率公式計算未將折舊資產之累積折舊減除而以原購總成本作為分母，亦嚴重違反會計理論及經驗法則，資產折舊評價，乃在於資產經濟效能需按時間合理分攤之認定，有嚴重背離「會計學理論」及「財務會計準則公報」對於資產認定，10年前所購入之設備與現今設備縱使成本相同，現時之產能貢獻自無相同之理。
（六）原處分之理由以原告未在選擇「全部設備比法」及「增加銷量法」間期限內選擇，即不得在主張選擇，然其不知原告歷經93年及94年度營利事業所得稅行政救濟程序中從未放棄主張以「獨立計算法」計算免稅所得，既未放棄，何來選擇其他方案，被告無異要求納稅義務人若不主動選擇不利於己計算公式，即不得選擇符合實質課稅的核計方式，自有未洽。原處分及訴願決定俱有違誤等情。並聲明求為判決撤銷訴願決定及原處分（復查決定含原核定）不利原告部分。
三、被告則以︰
（一）「稱實際成本者，凡資產之出價取得，指取得價格，包括取得之代價，及因取得並為適於營業上使用而支付之一切必需費用。．．．資產之因擴充、換置、改良、修理而增加其價值或效能者，其所支付之費用，得就其增加原有價值或效能之部分，加入實際成本餘額內計算。」為所得稅法第45條第1項前段及第2項所規定。又「為健全經濟發展並鼓勵製造業及其相關技術服務業之投資，該等公司自91年1月1日起至92年12月31日止，新投資創立或增資擴展，得依下列規定免徵營利事業所得稅：．．．2、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。．．．第1項公司免稅之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院定之。」為促產條例第9條之2第1項及第3項所明定。
（二）「4、（獨立計算免稅所得）公司如會計帳冊簿據完備，其新投資創立或增資擴展投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務）銷貨收入、銷貨成本及毛利正確獨立計算，且合理分攤營業費用及與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額有關之非營業損益者，該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額依其帳證紀錄予以核實認定。．．．5、（獨立計算免稅所得之要件）前點所稱銷貨收入、銷貨成本正確獨立計算，指依下列規定辦理者：（1）當年度計算免稅所得額時，其整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後之免稅期間內所生產（提供），且會計帳冊簿據對於投資計畫產品（勞務）及非屬投資計畫之產品（勞務）能明確區分記載，並提供屬投資計畫之產品（勞務）相關明細資料者。．．．6、（依公式計算免稅所得）公司非依前2點規定計算免稅所得額者，其免稅所得額得就下列公式擇一計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；．．．。（1）採全部機器設備技術比公式計算：免稅所得額＝〔全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）〕×〔投資計畫之產品（勞務）收入淨額÷全部產品（勞務）收入淨額〕×機器設備技術比率×〔1－委外加工比率〕①機器設備技術比率＝完成證明所載全新機器、設備、技術總金額÷〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額＋租（借）機器、設備、技術等（土地除外）出租（借）人之取得成本〕②委外加工比率＝投資計畫之產品（勞務）委託加工成本÷投資計畫之產品（勞務）總成本．．．前項公式之選擇，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時一併為之；未選擇適用之公式者，稅捐稽徵機關得以全部機器設備技術比公式核定其免稅所得額。．．．10、（機器設備技術比率之計算）公司依第6點規定計算各機器設備技術比率時，按下列規定辦理：（1）『完成證明所載全新機器、設備、技術之總金額』指載於目的事業主管機關核發之完成證明及全新機器、設備、技術清單中之機器、設備、技術之總金額。（2）除第13點第5款第1目另有規定外，機器、設備、技術等服務不滿1年者，應按當年度服務月份占全年月份比例計算。（3）機器、設備、技術等未辦理資產重估價者，以所得稅法第45條規定之成本為計算基準；已辦理資產重估價者，以重估後之價值為計算基準。」為免稅所得計算要點第4點、第5點、第6點及第10點分別規定亦明。
（三）促產條例之訂定，係以稅捐減免之獎勵方法，達成促進產業升級，健全經濟發展之目的。該條例授權行政院訂定產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，並因而使諸多生產事業可進入受獎勵範圍；至於得依行政院訂定之適用範圍標準進入受獎勵範圍之產業，應如何自其所得中區分出符合獎勵之免稅所得而給予免稅優惠，則屬促產條例有關稅捐優惠法制之具體化，係屬稅捐主管機關財政部之職權。財政部為執行促產條例第9條之2之規定，本其規範意旨，於92年10月13日訂定免稅所得計算要點，供徵納雙方適用，並未違反憲法第19條租稅法定主義，是原告所稱顯係誤解。
（四）原告於被告原核時提示廠區平面配置圖及財產目錄等資料，其受獎勵設備及非受獎勵設備置於同一廠房，並非整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，是依首揭免稅所得計算要點規定，尚不符合獨立計算之要件。
（五）被告所屬高雄縣分局查核原告93年度營利事業所得稅（即5年免稅所得計算起始年度）時，曾以95年12月6日南區國稅高縣一字第0950066045號函請原告就本次增資擴展計畫於「全部機器設備技術比」與「增加銷貨量」兩公式中，擇一計算免稅所得，經合法送達，其逾期未選擇，乃依免稅所得計算要點第6點規定，以「全部機器設備技術比」公式核定其免稅所得。且凡採全部機器設備技術比公式計算免稅所得者，即應依該要點之規定計算之。原告主張被告原核將應稅設備計入公式分母，與其產製流程不符，又未將設備之累積折舊減除而以原購總成本作為分母，嚴重違反會計理論及經驗法則－資產折舊評價云云，洵不足採。
（六）原告增資擴展生產「296航空器及其零件（航空引擎葉片）」，經核准自93年1月12日起適用5年免稅在案。94年度營利事業所得稅結算申報，延續上（93）年度申報採「獨立計算」免稅所得，列報合於獎勵規定之免稅所得33,815,084元，被告原核以其本次增資擴展計畫，業經起始（93）年度核定不符獨立計算之要件，乃依上期核定採「全部機器設備技術比」計算免稅所得。原核定以原告完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元÷〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額〕99,666,089元，核定「機器設備技術比率」為25.61%，固非無據。惟原核定機器設備技術比率計算式之分母金額，業經被告第771次復查委員會審議決定，減除3,838,308元之生財器具，故復查決定重行計算該比率為26.63﹪【25,521,904元÷95,827,781元（99,666,089元－3,838,308元）】，免稅所得額為7,712,042元【〔全年所得額43,437,797元－免納或停徵所得稅之所得額0元－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）0元〕×收入比66.67﹪×機器設備技術比率26.63﹪×〔1－委外加工比率0﹪〕】，是原核定合於獎勵規定之免稅所得7,416,651元，復查決定追認295,391元。
（七）原告93年度營利事業所得稅（即5年免稅所得計算起始年度）同一系爭項目踐行行政救濟程序，業經鈞院97年度訴字第888號判決原告之訴駁回，並經最高行政法院99年度裁字第738號裁定駁回原告之上訴確定，本件原告之訴為無理由等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、本件原告94年度營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規定之免稅所得33,815,084元，被告原核定依「全部機器設備技術比」計算核定7,416,651元。原告不服，申經復查結果，獲追認295,391元，其餘未獲變更等情，業經兩造分別陳述在卷，並有經濟部工業局5年免稅投資計畫書（執行單位：原告）、被告94年度營利事業所得稅申報核定通知書調整法令及依據說明書、經濟部工業局93年12月6日工中字第09305056670號函暨其檢發之製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅完成證明及全新機器設備清單、被告94年度營利事業所得稅結算申報更正核定通知書、被告98年12月9日南區國稅法一字第0980049064號復查決定書、94年度營利事業所得稅復查決定應補稅額更正註銷單附原處分卷可稽，且為兩造所不爭執，洵堪認定。茲就兩造之爭執論述如下：
（一）按「稱實際成本者，凡資產之出價取得，指取得價格，包括取得之代價，及因取得並為適於營業上使用而支付之一切必需費用。．．．資產之因擴充、換置、改良、修理而增加其價值或效能者，其所支付之費用，得就其增加原有價值或效能之部分，加入實際成本餘額內計算。」為所得稅法第45條第1項前段及第2項所規定。又「為健全經濟發展並鼓勵製造業及其相關技術服務業之投資，該等公司自91年1月1日起至92年12月31日止，新投資創立或增資擴展，得依下列規定免徵營利事業所得稅：．．．2、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。．．．第1項公司免稅之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院定之。」為促產條例第9條之2第1項及第3項所明定。
（二）次按「4、（獨立計算免稅所得）公司如會計帳冊簿據完備，其新投資創立或增資擴展投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務）銷貨收入、銷貨成本及毛利正確獨立計算，且合理分攤營業費用及與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額有關之非營業損益者，該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額依其帳證紀錄予以核實認定。．．．
5、（獨立計算免稅所得之要件）前點所稱銷貨收入、銷貨成本正確獨立計算，指依下列規定辦理者：（1）當年度計算免稅所得額時，其整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後之免稅期間內所生產（提供），且會計帳冊簿據對於投資計畫產品（勞務）及非屬投資計畫之產品（勞務）能明確區分記載，並提供屬投資計畫之產品（勞務）相關明細資料者。．．．6、（依公式計算免稅所得）公司非依前2點規定計算免稅所得額者，其免稅所得額得就下列公式擇一計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；．．．。（1）採全部機器設備技術比公式計算：免稅所得額＝〔全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）〕×〔投資計畫之產品（勞務）收入淨額÷全部產品（勞務）收入淨額〕×機器設備技術比率×〔1－委外加工比率〕①機器設備技術比率＝完成證明所載全新機器、設備、技術總金額÷〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額＋租（借）機器、設備、技術等（土地除外）出租（借）人之取得成本〕②委外加工比率＝投資計畫之產品（勞務）委託加工成本÷投資計畫之產品（勞務）總成本．．．前項公式之選擇，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時一併為之；未選擇適用之公式者，稅捐稽徵機關得以全部機器設備技術比公式核定其免稅所得額。．．．10、（機器設備技術比率之計算）公司依第6點規定計算各機器設備技術比率時，按下列規定辦理：（1）『完成證明所載全新機器、設備、技術之總金額』指載於目的事業主管機關核發之完成證明及全新機器、設備、技術清單中之機器、設備、技術之總金額。（2）除第13點第5款第1目另有規定外，機器、設備、技術等服務不滿1年者，應按當年度服務月份占全年月份比例計算。（3）機器、設備、技術等未辦理資產重估價者，以所得稅法第45條規定之成本為計算基準；已辦理資產重估價者，以重估後之價值為計算基準。」免稅所得計算要點第4點、第5點、第6點及第10點分別規定亦明。
（三）另按「稅捐法定原則」、「量能課稅原則」及「稽徵經濟原則」為稅捐法制三大基本原則。依量能課稅原則，有所得即應依法納稅；所得稅法關於營利事業所得稅之課徵客體，係採概括規定，凡營利事業之營業收益及其他收益，除具有法定減免事由外，均應予以課稅，俾實現租稅公平負擔原則。惟國家往往為達到例如經濟發展之目的，例外給予人民租稅優惠。促產條例之訂定，即係以稅捐減免之獎勵方法，以達成促進產業升級，健全經濟發展之目的。該條例沿續獎勵投資條例之精神，陸續對重要科技事業、重要投資事業、創業投資事業、新興重要策略性產業、科學工業公司、製造業及其相關技術服務業等給予稅捐優惠。促產條例就上開獎勵業別雖授權行政院訂定產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，並因而使諸多生產事業可進入受獎勵範圍，享有雙重之免稅優惠，不但其購買機器設備之成本支出一定比例之金額可享有抵減應納稅額之優惠，且使用此等機器設備所產生之「所得」，又可享有免稅優惠，並可讓業者視其營收狀況選擇遲延適用免稅期間。然而，行政院及目的事業主管機關所重者為要將哪些產業納入獎勵範圍，故其訂定相關之適用範圍標準，均著重於經濟發展層面之策略布局，而非免稅所得之計算方式。至於得依行政院訂定之適用範圍標準進入受獎勵範圍之產業，應如何自其所得中區分出符合獎勵之免稅所得給予免稅優惠，則屬有關促產條例稅捐優惠法制之具體化，應屬稅捐主管機關財政部之職權。財政部為執行促產條例第9條之2之規定，本其規範意旨，於92年10月13日訂定免稅所得計算要點，供徵納雙方適用，足為納稅義務人於適用前所能預見。又為避免同一生產事業內免稅所得侵蝕應稅所得，形成不公，依前引促產條例第9條之2規定增資擴展之事業，係以新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅之文義，免稅所得之計算首以業者符合獨立計算要件為原則，惟須符合免稅所得計算要點第4點有關獨立計算即「投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務）銷貨收入、銷貨成本及毛利正確獨立計算，且合理分攤營業費用及與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得有關之非營業損益者，該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額依其帳證紀錄核實認定。」之規定。另在此免稅所得不能獨立計算之情形下，應如何計算始符合獎勵目的及租稅公平，財政部於免稅所得計算要點第6點第1項訂定「全部機器設備技術比」及「增加銷貨量」2種不能獨立計算公式，採行分攤方式計算免稅所得，使業者亦得有條件享受免稅所得，以免因無法獨立計算逕將免稅所得以「零」計算有過苛之嫌，亦免納稅義務人任意將其所得全歸入免稅所得，違反促產條例之獎勵目的，並兼顧「稽徵經濟」及「量能課稅」原則。是納稅義務人在無法獨立計算又欲享受租稅優惠之情形下，免稅所得計算要點非僅硬性規定一種計算公式，而已提供「全部機器設備技術比」及「增加銷貨量」2種公式讓納稅義務人選擇適用，使其參與稅負稽徵程序，則納稅義務人既有數個選項可以選擇，即應儘早行使此項租稅優惠選擇權，以確定租稅法律關係。又為避免納稅義務人藉申報免稅所得計算公式之選擇，導致租稅法律關係不確定，並鑑於適用5年免徵營利事業所得稅之公司辦理結算申報時需檢附該投資計畫之完成證明及其全新設備清單，另營利事業所得稅結算申報書中亦有財產目錄之機器、設備等資料，稅捐稽徵機關可依全部機器設備技術比率公式，據以計算公司之免稅所得。但以增加銷貨量公式計算免稅所得者，倘公司未提供投資計畫完成之日起投資計畫產品（勞務）銷貨量、基準年度投資計畫產品（勞務）銷貨量等資料，則稽徵機關尚無法依增加銷貨量公式計算公司之免稅所得，是以免稅所得計算要點第6點第2項規定：「前項公式之選擇，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時一併為之；未選擇適用之公式者，稅捐稽徵機關得以全部機器設備技術比公式核定其免稅所得額。」乃財政部為執行促產條例第9條之2之規範意旨所為規定，衡諸申請促產條例第9條之2租稅優惠之相關事實資料多半掌握於申請租稅優惠者自身，爰課予申請租稅優惠者主動於一定期間內檢具相關資料選擇適用免稅計算公式，符合上開法律規定之意旨，乃為確定國家與人民租稅法律關係所必要之合理手段，已調和稽徵正確、稽徵程序經濟效能暨租稅安定之原則，核與促產條例第9條之2規範意旨無違，自得適用。故納稅義務人於營利事業所得稅結算申報時如怠於行使選擇計算公式，形同放棄選擇權，稅捐稽徵機關為確定租稅法律關係，經依免稅所得計算要點第6點第2項規定按全部機器設備技術比公式核定免稅所得額後，納稅義務人即不得變更以增加銷貨量公式計算免稅所得進而指摘稽徵機關之核課違法。是稽徵機關適用財政部92年10月13日台財稅字第0920454226號訂定「製造業及其相關技術服務業5年免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」，尚無牴觸所得稅母法而增加人民法律所無之租稅負擔，核與憲法第19條、所得稅法第24條、第80條及司法院釋字第640號解釋均無違誤。
（四）本件原告增資擴展生產「296航空器及其零件（航空引擎葉片）」，經核准自93年1月12日起適用5年免稅在案。94年度營利事業所得稅結算申報，延續93年度申報採「獨立計算免稅所得」，列報合於獎勵規定之免稅所得33,815,084元，經被告以其本次增資擴展計畫，業經於93年度核定不符獨立計算之要件，乃依上期核定採「全部機器設備技術比」計算免稅所得，核定合於獎勵規定之免稅所得7,416,651元， 嗣復查 決定追認295,391元。經查，原告於被告原核時提示廠區平面配置圖及財產目錄等資料，其受獎勵設備及非受獎勵設備置於同一廠房，並非整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，有廠區平面配置圖及財產目錄等資料附卷可稽。是不符首揭免稅所得計算要點第5點規定「1.當年度計算免稅所得額時，其整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後之免稅期間內所生產（提供）．．．。」獨立計算免稅所得之要件。原告雖主張其已將該廠之設備區分為應稅、免稅設備（即非受獎勵設備、受獎勵設備），分別用以生產應稅、免稅產品，兩者並未混用，應可獨立計算云云，惟查，製造業產品成本之彙集，除直接材料、直接人工可直接歸屬（追溯）至產品外，其餘無法直接歸屬之製造成本，均須透過合理有系統之方法累積至各成本庫中，進而以製造費用分攤成為各項產品之成本，亦即製造費用本質上係透過分攤而來，故在同一廠房中生產數項產品，無論其生產線是否獨立，仍須為各項製造費用之分攤（如廠房租金、保險及財產稅，照明設備，廠房行政人員等支援成本），自難僅以原告主張即認可獨立計算，則本件尚不符採用獨立計算法。
（五）原告於營利事業所得稅結算申報時，所報免稅所得計算方式不符免稅所得計算要點第5點之獨立計算規定，被告所屬高雄縣分局乃於95年12月6日以南區國稅高縣一字第0950066045號函請原告就「全部機器設備技術比」「增加銷貨量」公式擇一計算免稅所得，經合法送達，惟原告逾期未提示，有上述被告所屬高雄縣分局函文及郵政掛號郵件收件回執附原處分卷可稽，則被告在原告放棄選擇之情形下，依免稅所得計算要點第6點第2項後段規定，按「全部機器設備技術比」計算原告本年度免稅所得，洵屬有據。再者，依免稅所得計算要點第6點第2項規定：「前項公式之選擇，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時一併為之。」原告顯未依此項規定辦理選擇，是被告依免稅所得計算要點第6點第2項後段「未選擇適用之公式者，稅捐稽徵機關得以全部機器設備技術比公式核定其免稅所得額」規定計算，尚非無憑，殊無於被告核定後再指摘原告仍有選擇權，被告適用方式違法之理。
（六）被告依「全部機器設備技術比公式」計算原告免稅所得，並無違誤，茲應審究者為在該公式下應納入「機器設備技術比率」分母之機器設備為何？按免稅所得計算要點第6點第1項第1款「全部機器設備技術比公式」之規定如下：
「免稅所得額＝【全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品(勞務)無關之非營業收益或(損失)】×[投資計畫之產品(勞務)收入淨額÷全部產品(勞務)收入淨額]×機器設備技術比率×〔１－委外加工比率〕。(1)機器設備技術比率＝完成證明所載全新機器、設備、技術總金額÷[完成證明所載全新機器、設備、技術總金額＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等(土地除外)總金額＋租(借)機器、設備、技術等(土地除外)出租(借)人之取得成本]。
(2)委外加工比率＝投資計畫之產品(勞務)委託加工成本÷投資計畫之產品(勞務)總成本。」又「公司依第6點規定計算各機器設備技術比率時，按下列規定辦理：（一）『完成證明所載全新機器、設備、技術之總金額』指載於目的事業主管機關核發之完成證明及全新機器、設備、技術清單中之機器、設備、技術之總金額。（二）除第13點第5款第1目另有規定外，機器、設備、技術等服務不滿1年者，應按當年度服務月份占全年月份比例計算。．．．。（五）公司擇採全部機器設備技術比公式計算免稅所得額者，其完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等金額，除依第1款至第4款規定辦理外，尚須按下列規定辦理：．．．4、公司之機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務），與符合投資計畫產品（勞務）分屬中華民國行業標準分類有中類以上之不同者，得免予納入『完成證明所載全新機器、設備、技術總金額以外之機器及設備、技術』內。稅捐稽徵機關對上開機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務）分類有疑義者，得洽各中央目的事業主管機關認定之。」「公司計算當年度之免稅所得額，其免稅期間不滿1會計年度者，應按免稅有效日數占全年日數之比例換算之。」為免稅所得計算要點第10點及第15點所明定。蓋「營利事業所得稅之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。．．．。」為所得稅法第24條第1項所明定；另所謂「免稅所得」乃生產事業於「免稅期間」以「免稅設備」「自行」生產「免稅產品」並「銷售」所產生之所得，即以免稅產品銷貨收入淨額減除免稅產品銷貨成本費用及與免稅業務無關之非營業損益後，所產生之所得；惟對於無法在生產過程中針對「個別」產品所需之各種直接材料、直接人工及製造費用予以明確歸屬並獨立計帳之生產事業，因無法獨立計算免稅所得，則須自「全年所得」中區分「免稅」所得與「應稅」所得兩部分；又在無法獨立計算下，因免稅產品可能同時由免稅設備及應稅設備生產，或以免稅設備同時生產免稅產品及應稅產品，致難以分辨所銷售之免稅產品係以應稅或免稅設備生產，故免稅所得之計算應以「全年所得」按收入比、設備比及自製比計算，其理在此。此種無法獨立計算免稅所得之生產事業在免徵營利事業所得稅期間內，其免稅產品收入既係由免稅設備及應稅設備（成本）所產生，故於計算增資「受獎勵」之免稅產品收入時，自應按受獎勵設備成本（即投資計畫完成證明所載機器設備）占全部應稅及免稅設備成本比例分攤計算。又鑑於促產條例第9條之2對製造業及其相關技術服務業之獎勵有別於其他新興高科技產業之獎勵目的，其重點不在產業升級，而在誘發中小企業投資以達到增加產值，並藉由其關聯效果帶動國內經濟成長，是以製造業及其相關技術服務業獎勵辦法第7條放寬獎勵限制，亦即經核發5年免稅投資計畫核准函之公司，除其投資計畫之產品或勞務別依中華民國行業標準分類有中類以上變更或投資計畫有展延之必要者，方應於投資計畫完成期限屆滿前，向經濟部工業局申請變更或延展，否則，均可納入獎勵範圍；相對於此，除非公司之機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務），與符合投資計畫產品（勞務）達到分屬中華民國行業標準分類中類以上不同之極大差異外，因各該中類以內之免稅及應稅機器設備（成本）均可能生產免稅產品（收入），則各該免稅及應稅設備均應納入設備比之分母，洵屬合理，且其業已將中類以上不同之機器設備排除於分母之外，已對納稅義務人有利。由是前引免稅所得計算要點第10點第5款第4目規定：「公司之機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務），與符合投資計畫產品（勞務）分屬中華民國行業標準分類有中類以上之不同者，得免予納入『完成證明所載全新機器、設備、技術總金額以外之機器及設備、技術』內。稅捐稽徵機關對上開機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務）分類有疑義者，得洽各中央目的事業主管機關認定之。」核與促產條例第9條之2及製造業及其相關技術服務業免稅所得獎勵辦法之規範意旨無違，亦得適用。準此，被告依前引「全部機器設備技術比」公式計算原告本年度免稅所得，即無不合。原核定以完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元÷〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額〕99,666,089元，核定「機器設備技術比率」為25.61%，嗣復查決定，再減除3,838,308元之生財器具，重行計算該比率為26.63﹪【25,521,904元÷95,827,781元（99,666,089元－3,838,308元）】，免稅所得額為7,712,042元【〔全年所得額43,437,797元－免納或停徵所得稅之所得額0元－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）0元〕×收入比66.67﹪×機器設備技術比率26.63﹪×〔1－委外加工比率0﹪〕】，復查決定將原核定合於獎勵規定之免稅所得7,416,651元，再予追認295,391元，即符首揭計算規定。本件原告經核准之投資計畫生產產品或提供技術服務為「296航空器及其零件（航空引擎葉片）」，有前引經濟部工業局93年12月6日工中字第09305056670號函暨其檢發之製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅完成證明及全新機器設備清單附於原處分可稽，核屬中華民國行業標準分類之中類第29類。而原告提供之機器設備清單經中央目的事業主管機關即經濟部工業局在本院97年度訴字第888號案件審理時參加訴訟，其認定結果，皆可生產中華民國行業標準分類中類29（運輸工具製造修配業）之產品（見前案98年6月18日準備程序筆錄），是被告依免稅所得計算要點第10點第5款第4目規定計算本件機器設備技術比率之分母，並無不合。原告上開主張，核與前述免稅所得計算要點之規定不符，並不可採。又原告既屬不能獨立計算，其復以本件免稅產品不會經由非免稅設備產製流程產出，故僅應以免稅產品使用到免稅及部分應稅設備為設備比之分母云云爭執，核與免稅所得計算要點第6點及第10點規定不符，亦無可取。
五、綜上所述，被告復查決定重行核算機器設備技術比率26.63﹪，核定免稅所得額7,712,042元，揆諸首揭規定，並無違法，訴願決定予以維持，核無不合。原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已明，兩造其餘攻擊防禦方法均核與判決結果不生影響，茲不一一論述，併予敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中華民國99年10月28日
高雄高等行政法院第二庭
審判長法官江幸垠
法官簡慧娟法官吳永宋以上正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中華民國99年10月28日
書記官李昱