裁判字號：最高行政法院91年判字第262號判決
裁判日期：民國91年02月07日
裁判案由：綜合所得稅
最高行政法院判決九十一年度判字第二六二號
原告甲○○被告財政部臺灣省北區國稅局代表人 林吉昌 右當事人間因綜合所得稅事件，原告不服行政院中華民國八十九年三月二十二日台八十九訴字第○八二一○號再訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如左：
主文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實緣原告八十一年度綜合所得稅結算申報，被告以其漏報取自國防部中山科學研究院（下稱中科院）之薪資所得計新台幣（下同）三二三、一三六元，乃核定補徵稅額四二、○○八元。旋原告申請更正減列扶養親屬 邵鄭有 ，經被告重新核定補徵稅額為二八、三九六元。原告不服，就取自中科院薪資所得三二三、一三六元及醫藥費扣除額部分，申請復查。被告僅就原告取自中科院薪資所得部分作成維持原核定之復查決定書。惟被告已核准原告自行減列 邵鄭有為 扶養親屬，該醫療支出四、三○○元無從減除，原告就取自中科院薪資所得及醫藥費扣除額部分，提起一再訴願，遞遭決定駁回，遂提起行政訴訟。茲摘敘兩造訴辯意旨如次：
原告起訴意旨略謂：一、被告以所得稅法第四條第八款後段：「．．．但受領之奬學金或補助費，如係為授與人提供勞務所取得之報酬，不適用之」及同法第十四條第一項第三類所明定薪資定義為由，認為本案爭執重點之財政部台財稅三八五○一號函並未就系爭所得為應予免稅承諾，是故稅捐稽徵機關長久以來有不作為之情事，並不能改變應為課稅之事實，故無信賴保護原則之適用。另外，原理由書中又陳述。應課稅與否，宜由稽徵機關依法認定，非可由事業團體或機關自行認定，原審原告主張系爭所得既經發放單位認定為免稅，應屬誤會。依此些法律依據，認定原審原告於八十年度綜合所得稅結算申報，其取自中科院四○五、三六○元非為依法免稅所得，卻未合併申報，原審被告乃核定應補徵稅額四三、○五六元，是有理由，據以駁回原告之訴。二、就稅捐稽徵法第一條：「稅捐之稽徵，依本法之規定，本法未規定者，依其他有關法律之規定。」明白規定稅捐稽徵法未規定事項，適用其他有關之法律規定，而其第三十八條：「納稅義務人對稅捐稽徵機關之復查決定，如有不服，得依法提起訴願及行政訴訟。」復又決定不服稅捐稽徵機關復查決定，得依法提起訴願，則訴願法為有關聯之法律，已昭然明確若前揭法條所述，是以其第二條：「本法所稱行政處分，謂中央或地方機關基於職權，就特定具體事件所為發生公法上效果之【單方行政行為】；中央或地方機關對於人民依法聲請之案件，於法定期間應作為而【不作為】，致損害人民之權利或利益者，【視同行政處分】。」所規定所定義的行政處分要件來論，則財政部及被告稅捐稽徵機關再如何文過飾非或遁詞巧辯，亦不能改變已構成核可免稅處分之既存事實，【蓋作為或不作為皆屬於單方行政行為】，就此立法先賢，必已預見行政主管機關會有怠墮、反覆無常，諉過於民之不當行政行為發生，致損及人民應受憲法保障之財產權或依法節稅權等等權利或利益之事實，而立此法條以為導正之本意，是為法之所當然。況且關係本系爭案件適用「信賴保護原則」之原證已由本院員工依法向監察院聲請於民國八十八年十月二日獲得，茲摘錄桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於民國八十年四月八日駁回檢舉訴願人之釋示全案如下：「主旨： 台端 建議改進本轄中山科學研究院給付薪資等給與核課綜合所得稅未盡合理乙節，復（覆）如說明二，請查照。說明：一、依據財政部賦稅署⒈⒋台稅一發第000000000號移文單辦理。二、查國防部中山科學研究院稱其員工薪資分成本俸及研究加給兩部分，本俸依法課稅；至於研究加給係政府為奬勵科技人員科技研究工作之補助費，此研究補助費台端建議應改成單一薪俸核課所得稅，以健全所得稅制，此案俟所得稅法修正時，將一併建議上級單位參採。三、承蒙台端提供寶貴意見，使所得稅制俞臻．．．」揆諸上述釋示，顯然鐵證如山，足證當時負責中山科學研究院國稅稽徵業務之桃園稅捐稽徵處大溪分處，再度明確認定中科院非軍職員工所領之研究補助費為合於所得稅法第四條第八款前段免稅規定為免稅之所得，而以極其委婉之口氣駁回檢舉訴願人的檢舉訴願，而檢舉訴願人亦認為係駁回其檢舉訴願，因桃園稅捐稽徵處並未就其檢舉而對中科院本身或非軍職員工納稅義務人，依稅捐稽徵法第三十條、第三十一條及所得稅法第七十九條、第八十條、第八十一條、第八十三條、第九十五條所賦與的法定職權為調查核定，開立核定稅額通知書、繳款書與非軍職員工，命其為補繳之行政行為，此可由監察院民國八十五年三月十五日所發布之糾正案第參項甲事實第四段所記述：「．．．八十一年九月又有納稅義務人檢舉略以：『政府財政負擔沈重，中科院給付非軍職人員所得有低報，造成課稅不公，請研究改進，以增裕稅收．．．』之實情而將此檢舉獨立為第二次行政處分（參原證三）。因之斯時財政部及核課主管機關以其法定職權，從民國五十五年至民國八十二年長達二十七年之久，所以對中科院非軍職員工所領「品位加給、技術津貼」部分未以核定稅額通知書為應稅之補徵作為，實是認定系爭實體，為合於所得稅法第四條第八款前段為免稅所得，核課主管稽徵機關及其上級督導機關的內在行政思維與外在的行政作為是內外表裡相一致，殆無疑義。就訴願法第二條中央或地方機關基於職權，就特定具體事件所為發生公法上效果之單方行政行為，為行政處分的明確定義而言，已構成核定免稅之既存法秩序，而被告機關故意隱瞞此一事實，意圖使鈞院誤判，蒙上司法不公之惡名，是應先陳明。三、中科院非軍職人員所領之「品位加給或技術津貼」所得，並非所得稅法第七十九條第二項所定之「另行發現課稅之資料」，其理至明。蓋財政部賦稅署八十八年一月十八日台稅一發000000000號書函所載：「國防部中山科學研究院非軍職人員薪給中之「品位加給」及「技術津貼」之免徵所得稅案，肇始於六十八年，由該院員工具名檢舉該院非軍職人員所領取「品位加給」及「技術津貼」未依法納稅。由行政院將檢舉函轉財政部，經財政部函請國防部查明給付之性質，惟國防部函覆基於業務機密之理由無從提供．．．」可知財政部至遲於六十八年已經知悉發現中科非軍職人員領有「品位加給」及「技術津貼」之事實，當時雖擬具處理辦法報請行政院函准備查在案，並於六十八年十一月三十日以（六八）台財稅三八五○一號函徵免原則，以「如係、如屬」等關鍵詞授權中科院自行認定「品位加給、技術津貼」為合於所得稅法第四條第八款免納所得稅之研究補助費，且財政部發文給國防部後，復為配合兩位蔣故總統、歷任行政院長之國防武器自主研發政策，以獲得國防實質嚇阻戰略能力，保障人民之生存、自由及尊嚴，使大、中、小企業能有安定之環境發展而發達茁壯，創造舉世稱羨之經濟奇蹟，更進一步在財政部所出版各年度版所得稅法令彙編、稅捐稽徵法令彙編中，刻意隱去財政部（）台財稅第三八五○一號函之積極作為，使全國皆不知有此函示存在，監察院（）院台財字第二四五七號函調查意見即指出：且桃園稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日回覆檢舉納稅義務人，亦認為研究加給及技術津貼係政府為獎勵科技人員科技研究之工作補助費（對人民公開表示），而北區國稅局於八十二年四月十五日北區國稅三第00000000號函，認「品位加給、技術津貼」可否適用所得稅法第四條第八款亦有疑義，採不溯既往原則，明定自：可知稅捐稽徵機關中、低階公務員亦不知有台財稅三八五○一號的存在；而在六十九年至八十三年以前亦從未對「品位加給、技術津貼」開立核定稅額通知書或繳稅扣繳憑單，更使人民信賴中科院非軍職員工所領之「品位加給、技術津貼」為符合所得稅法第四條第八款前段免稅要件為免稅所得，就訴願法第二條第一項：「本法所稱行政處分，謂中央或地方機關基於職權，就特定具體事件所為發生公法上效果之單方【行政行為】」而言，已構成有效之認可免稅行政處分，反之，就訴願法第二條第二項：「中央或地方機關對於人民依法聲請之案件，於法定期限內應作為而不作為，致損害人民之權利或利益者，視同行政處分」之定義而論，財政部至遲於六十八年已由檢舉訴願人依所得稅法第一○三條告發中科院非軍職員工領有品位加給、技術津貼之事實，屬已發現知悉課稅資料，當時財政部如堅持「品位加給、技術津貼」為所得稅法第四條第八款但書部份所稱核屬勞務所得，非免稅所得，即應命各地稅捐稽徵機關於六十九年所得稅結算申報時，發現中科院非軍職員工，未申報研究補助費之所得後，依稅捐稽徵法第三十條：「稅捐稽徵機關或財政部賦稅署指定之調查人員，為調查課稅資料，得向有關機關、團體或個人進行調查．．．被調查者不得拒絕。」第三十一條：「稅捐稽徵機關對所得稅及營業稅涉有犯罪嫌疑之案件，得明事由，聲請當地司法機關簽發搜索票後，會同當地警察或自治人員，進入藏置帳簿、文件或證物之處所，實施搜查．．．攜回該管稽徵機關，依法處理。司法機關接到稽徵機關前項聲請，如認為有理由，應儘速簽發搜索票．．．」、、所得稅法第七十九條：「．．．或同業利潤標準，核定其所得額，並填具核定稅額通知書，連同各計算項目之核定數額送達納稅義務人。．．．」、第八十三條：「稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿文據，其未提示者，稽徵機關得依其查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。」、第九十五條等有關法條為調查核定之法定行為，並開立「核定稅額通知書」與中科院非軍職員工，為法定期間應為之作為，卻在長達十餘年中不處分中科院非軍職員工所領「品位加給、技術津貼」之不作為事實，一方面駁回檢舉訴願人檢舉訴願，影響檢舉訴願人領取檢舉獎金之權利，另一方面復損害中科院非軍職員工依法節稅權（如依法多報撫養人數）、工作選擇權（選擇是否進入中科院服務）、生涯規劃處置財產權，已符合訴願法第二條第二項要件，視同核可中科院非軍職員工所「品位加給、技術津貼」為免稅之研究補助費，要不是在行政院院會議中財政部、國防部已達成為國防自主研發政策，應予免稅之認定，而無須調查核定，否則以稅法授予稽徵機關查核之森嚴，那有任何機關首長、企業主或納稅義務人能免責。故不論係刻意隱去台財稅三八五○一號函之積極作為或如後係應作為而不作為，中科院非軍職員工所領之「品位加給、技術津貼」，述應作為而不作為之論述下，中科院非軍職員工所領之「品位加給、技術津貼」，非屬另行發現課稅之資料，應有「信賴保護原則」之適用；而地方機關桃園稅捐稽徵處大溪分處基於職權（依訴願法第二條前段是謂有權解釋之機關）於八十年四月八日復以：「．．．研究加給及技術津貼係政府為獎勵科技人員科技研究之工作補助費，此研究補助費台端建議應改成單一薪俸核課綜合所得稅，以健全所得稅制，此案俟所得稅法修正時，將建議上級單位參採．．．」駁回檢舉訴願人之檢舉訴願，再度確認中科院非軍職員工所領之品位加給、技術津貼為合於所得稅法第四條第八款為免稅所得，而財政部及被告於八十三年一月二十二日始以北區國稅大溪審第00000000號函明確表示變更已往已核可免稅之處分。四、行政法院對中科院員工數千份判決中，對信賴保護原則的定義如下：「經查，行政法上所謂信賴保護原則，係指人民之因相信既之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民既得權益。本原則之適用，係在禁止新制定或修正的法規有溯及既往之效力。」、「至所稱信賴保護原則，係指人民信賴政機關之決定，就其生活關係已有適當之安排，應給予保護或給予合理補償而言。」是以行政法院亦已明確認定行政爭訟上有信賴保護原則之適用；而大法官吳庚博士在其所著之「行政法之理論與實用」五十九頁以下及二九三頁以下（八十二年增訂版）論及「信賴保護原則（DerGrundsatzdesVertrauenschutz）為戰後在西德發展成功之原則，最先適用於授益性質行政處分之撤銷【或廢止】，蓋相對人因此類處分獲有利益，一經撤銷自將遭受損害，故行政機關撤銷授益處分時，應考慮補償相對人信賴分有效存續之利益，其後此項原則經該國憲法法院之不斷引用，且逐漸成為憲法層次之法則，不僅拘束行政部門，對立法及司法部門亦有拘束力，故制定法規或適用法規均不得溯及既往發生效力，使人民更為不利」。除此之外，大法官城仲模博士在其所編之「行政法裁判百選」一五八頁以下亦論及「信賴保護原則係指人民因相信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民之既得權，並維護法律尊嚴。信賴原則亦係一般法律原則，具有憲法層次效力，可拘束立法、司法及行政。基於信賴保護原則，原則上禁止負擔性法律、命令或自治法規有溯及既往效力（基於此，八十三年一月二十二日北區大溪審第00000000函行政命令即違反此【不得溯及既往之原則】）；亦適用於授益行政處分之職權撤銷與廢止；德國學說實務並認為信賴保護亦可適用於行政規則，尤其是形式上已公開之行政規則；及一般法律生活上已無重大疑義而予接受之司法及行政慣例；行政指導上禁反言法理亦係信賴保護原則之適用。．．．大致上須有（一）信賴基礎：即須先有一個令人民信賴之行政行為，如一個有效之行政處分。（二）信賴表現：須人民因信賴該行政行為而為具體之信賴行為，如運用財產而生法律之變動。（三）信賴值得保護：人民之信賴係基於善意，若該行政處分具有瑕疵，並須非因過失而不知該瑕疵存在。在人民信賴值得保護之時，亦須斟酌公益以決定其保護方法（例如：在違法之授益處分之情形，或撤銷該處分而予人民適當之補償，或逕維持該違法處分。）我國實務界亦多所引用，如行政法院五十四年度判字第二五五號等判決重申上述解釋意旨。以上法學學理，亦明確地支持中科院非軍職員工應享有「信賴保護原則」之保護。
五、財政部刻意不公布（六十八）台財稅三八五○一號函如前揭所述理由外，財政部稅制委員會更於七十九、八十三、八十七年度所出版各年度所得稅法令彙編及八十六年稅捐稽徵法令彙編中，以其首揭財政部（七九）台財稅第000000000號函、財政部(八三）財稅第000000000號函、財政部（八七）台財稅第000000000號函、財政部（八六）第000000000號函各函示，再三對全國人民揭示：「本部及各權責機關在民國某年某月某日前發布所得稅釋示函令（稅捐稽徵釋示函令），凡未編入該各年度版之所得稅法令彙編（稅捐稽徵法令彙編）中，自七十九年十一月五日、八十三年十月一日、八十六年八月一日、八十七年十一月一日起，非經本部重行核定，一律不再援引適用」，經原告詳查各該年度版之所得稅法令彙編（稅捐稽徵法令彙編）中，皆未列入財政部六十八台財稅三八五○一函、行政院八十四年台八十四財三七○○七號函，依上開各函示之意旨，應為無效之函示，必經各權責機關重新核定後，始重新生效，故應對中科院非軍職員工，不具拘束力。就稅捐稽徵法第一條之一立法旨意，前述所得稅法令彙編三函、稅捐稽徵法令彙編首揭函示，對據以申請之案件發生效力，且為對納稅義務人有利者，應適用之。故北區國稅大溪審第00000000號函、財政部（六八）台財稅三八五○一號函及行政院八十四台財三七○○七號函（又皆未依中央法規標準法第七條之規定送立法院備查）對中科院非軍職人員無拘束力，因此三函所依據之財政部（六八）三八五○一號函違憲違法如前述，政府機關施政最忌反覆無常，憲法層次「禁反言」原則，具有拘束立法、司法、行政三者之效力。六、監察院在院台財字第二四五七號函中，亦調查指出桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日回覆檢舉納稅義務人，亦認為研究加給係政府為奬勵科技人員科技研究工作之補助費（對人民公開承認），而被告八十二年四月十五日北區國稅三字第八二○○七三○七號函認「品位加給及技術津貼」可否適用所得稅法第四條第八款，亦有疑義．．．應採不溯既往原則，明定自．．．所以本案未納稅，非可歸責於納稅義務人；又監察院分別於八十七年十一月二十日院台財字第八七二二○○五八○號、及十二月二十二日院台財字第八七二二○○六五八號函亦表明對中科院非軍職員工之處置顯非公平，而係中科院及稅捐機關之行政疏失所致；就桃園縣稅捐稽徵處大溪分處於八十年四月八日函覆檢舉人之函，中科院非軍職人員主觀上並無違章漏稅之故意，應享有「信賴保護原則」之適用，因其為主管機關對人民之函示，非政府機關內部建議函。七、請詳細審酌財政部賦稅署八十八年一月十八日台稅一發第000000000號書函之事實證據，證明本件係由人民依所得稅法第一○三條檢舉，但財政部為配合獲得國防實質嚇阻戰略能力而有台財稅三八五○一號函授權中科院自行認定之作為，（參財政部八十五年十二月五日台財稅第00000000號函說明三引國防部八十五年十月九日珍琥字第二五二六號函：【案經中科院查明，基於所得稅法第四條第八款獎勵科學研究補助費免所得稅及貴部六十八年徵免原則第二條函釋之精神，認定給付員工之科技品位加給暨技術津貼可免納所得稅，並未示知員工．．．】故國防部與中科院隱瞞此函示），而負責中科院國稅稽徵業務的地方機關桃園稅捐稽徵處大溪分處於八十年一月二十六日約談中科院，經中科院派員向承辦人 羅肇松 解釋未扣稅引用法條後，羅肇松表示理解，並願意摘錄要點向財政部賦稅署回報；更於同年四月八日以載明：「．．．研究加給係政府獎勵科技人員科技研究之工作補助費．．．」的釋示公函，駁回檢舉訴願人的檢舉訴願，並以其法定職權不開立核定稅額通知書補徵中科院所核發之研究補助（即品位加給或技術津貼），此一具有公法上效果之單方行政行為，確認系爭研究補助是屬所得稅法第四條第八款前段為獎勵研究而有免稅之適用，故由此可見長久以來該管核課稅捐機關之所以不作為，也是因此見解而成為「不作為行政處分」（蓋作為或不作為俱屬單方行政行為）。如參照行政法院就「信賴保護原則」所為「．．．人民相信既存之法秩序．．．」「．．．人民信賴政府機關之決定．．．」意旨，則既存之法秩序與政府機關之決定，已因有權解釋機關所為之行政處分而確立，致原告充分信賴，相信此為既存法秩序，並安排生涯規劃及處置財產。準此，縱核課主管機關及其上級督導機關事後因主管人事之更替而認知有所不同，而改予核課為應納所得，也不能因嗣後法規、命令之制定或修正，使原告遭受不能預見之損害，以保護人民即原告之既得權益。在此原則之適用下可知，縱然法令有所為的追溯規定，但因已明確的禁止新制定或修正法規、命令有溯及既往效力，舉重所以明輕，是以被告所屬大溪稽徵所八十三年一月二十二日北區國稅大溪審第00000000號函件之通知、八十四年八月十四日台財稅第000000000號函釋暨行政院秘書長八十四年十月十七日台八十四財三七○○七號函釋，核定系爭薪資所得（研究補助費或品位加給）應納稅之重新認定，應於新處分作成之後方能發生效力，不能驟然推翻前面既有之法秩序，方足以維持人民對法秩序的信賴。而原告所爭執的是八十一年度之所得稅，應有此信賴保護之適用。綜上所述，請判決撤銷原處分及一再訴願決定等語。
被告答辯意旨略謂：一、按「左列各種所得，免納所得稅，．．．八、中華民國政府或外國政府、國際機構，教育、文化、科學研究機關、團體、或其他公私組織，為獎勵進修、研究或參加科學或職業訓練而給與之獎勵金及研究、考察補助費等。但受領之獎學金或補助費，如係為授與人提供勞務所取得之報酬，不適用之。」「一、凡依職級按月定額發給者，應屬各該研究人員之薪資所得，應於給付時應依法辦理扣繳，所得人並應於年度結算申報時合併申報課稅。二、如係按研究計畫個案給付、並非通案按職級按月給付者，則為研究補助費，依法可免納所得稅。三、如屬第一種情形，中科院以往未依法扣繳，所得人以往年度亦未申報納稅者，應即請中科院轉知各所得人自行向稽徵機關補報並補繳應納稅款，可免予處罰，自六十九年一月起，中科院應於給付時依法扣繳，所得人應於每年終後合併申報綜合所得稅。四、本案經報奉行政院六十八年十一月八日台六十八財第一一二○四號函准予備查在案。」，「中科院給付非軍職人員「科技品位加給」暨「技術津貼」之所得稅徵免原則，仍請依本部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函辦理。」分別為所得稅法第四條第八款所規定及財政部六十八年十一月三十日台財稅第三八五○一號函、八十四年八月十四日台財稅第000000000號函釋在案。次按「中科院給付非軍職人員之科技品位加給暨技術津貼，免扣繳所得稅一案，與現行法令規定不合，奉示：本案應依法課徵所得稅；至追課以往年度所得部分，請洽商財政部妥為處理．．．。」亦為行政院秘書長八十四年十月十七日台八十四財第三七○○七號函釋在案。二、經查中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應其員工之各項給與，但實際上領受「科技品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位或參與不同計畫，悉依該院所訂「科技人員品位加給支給標準表」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按職級定額領取「科技品位加給」或「技術津貼」。該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與，是以該院非軍職人員所領受之「科技品位加給」或「技術津貼」，核屬其因提供勞務所取得之報酬，另本局於八十二年間曾派員前往該院現場瞭解結果，該院支付非軍職人員之「科技品位加給」及「技術津貼」係採按月給付方式，是依前揭法條及函釋規定，原核定以系爭薪資所得（研究補助費或品位加給）三二三、一三六元，併課當年度綜合所得額，核定應補稅額四二、○○八元，要無不合。又本件原核定發單補徵稅款，並未逾前揭稅捐稽徵法第二十一條所定核課期間，原告所稱基於信賴利益不宜追溯補徵等節，殊無足採。綜上所述，請判決駁回原告之訴等語。
理由按中華民國政府或外國政府，國際機構、教育、文化、科學研究機構、團體，或其他公私組織，為獎勵進修、研究或參加科學或職業訓練而給與之獎學金及研究、考察補助費等所得，免納所得稅。但受領之獎學金或補助費，如係為授與人提供勞務所取得之報酬，不適用之，為行為時所得稅法第四條第八款所規定。又凡公、教、軍、警、公私事業職工薪資及提供勞務者之所得，為薪資所得，該項所得之計算，以在職務上或工作上取得之各種薪資收入為所得額；前項薪資包括薪金、俸給、工資、津貼、歲費、獎金、紅利、各種補助費及按月或按年分期給付之退休金或養老金。但為雇主之目的，執行職務而支領之差旅費、日支費及加班費不超過規定標準者，及依同法第四條規定免稅之項目，不在此限，復為同法第十四條第一項第三類所明定。本件原告八十一年度綜合所得稅結算申報，其取自中科院之薪資所得三三二、一三六元，未合併申報，被告乃核定應補徵稅額二八、三九六元。原告不服，就該薪資所得本稅部分及醫葯費扣除額部分循序提起行政訴訟，主張如事實欄所載。經查，憲法第一百六十五條、第一百六十六條、第一百六十七條第三款，係規定教育科學藝術工作者生活之保障、科學之發明與創造之獎勵及古蹟文物之保護、於學術或技術有發明者之獎勵與補助等，與憲法第十九條規定人民有依法律納稅之義務，兩者併行不悖。前者，要求政府依國民經濟進展之情形，隨時提高教育科學藝術工作者之待遇、奬勵或補助發明者；但並不因此免除該類人員依法納稅之義務。故除法律明定得免納稅義務者外，稅捐單位對之課徵各類稅款，無違憲法第一百六十五條、第一百六十六條、第一百六十七條第三款、第一百七十條及中央法規標準法第十一條規定。是中科院不論依何法源設立，其所屬人員除非法律明定免徵所得稅外，自不得解免其納稅之義務，原告指所得稅法第四條第八款但書之規定違憲云云，要無可取。又行政法上所謂信賴保護原則，係指人民因相信既存之法秩序，而安排其生活或處置其財產，則不能因嗣後法規之制定或修正，而使其遭受不能預見之損害，用以保護人民之既得權益。本原則之適用，係在禁止新制定或修正法規有溯及既往之效力。而所謂平等原則，係指相同之事件應為相同之處理，不同之事件則應為不同之處理，除有合理正當之事由外，否則不得為差別待遇。本件中科院之預算雖分別依計畫編列人事費支應其員工之各項給與，但實際上領受「品位加給」或「技術津貼」之非軍職人員，無論配屬之單位參與不同計畫，均依該院所訂「科技人員品位加給支給標準表」、「技術員薪給標準表」之等級，每月按級定額領取科技品位加給或技術津貼。且該院與其聘僱人員之約定事項亦載明所指薪給，除實物代金及眷補費外，包括全部給與，其非軍職人員所領受之科技品位加給或技術津貼，核屬因提供勞務所取得之報酬，應無行為時所得稅法第四條第八款免納所得稅規定之適用。況財政部臺灣省北區國稅局於八十二年間派員前往該中科院瞭解結果，其支付非軍職人員之科技品位加給及技術津貼確係按月給付方式，復經中科院八十一年十一月三日（八一）訓誠字第一六八七三號函致該局，說明該院各類薪資扣繳所得稅狀況：「本院於年度開始即訂有各項研究計畫，並按照研究計畫逐月實施。各項研究計畫除一般經費外，為獎勵科技人員竭盡心智參與研發工作，另編列研發人員研究補助費及技術津貼。為便利作業，研發人員研究補助費係採按月發放方式，再經由成本歸戶手續，回歸計畫預算內（研究補助費採個案給付，必將增加人力及作業之負擔，不符經濟效益）」等語。足見中科院給付非軍職員工之品位加給及技術津貼之所得，屬經常性研究補助費給與，依職級按月定額支給，為提供勞務所取得之報酬，依首揭規定，核非免稅之薪資所得，被告依法發單補徵稅款，未逾稅捐稽徵法第二十一條所定核課期間，於法並無不合。次查，所得稅法第四條第八款立法意旨，固在獎勵研究等，但仍須合於該款規定要件者，始能獲免稅獎勵，尚非所有獎學金或補助費均得免稅。而首揭所得稅法規定一直未變更，解釋該稅法之行政院及財政部之函釋縱有變更，既未及於法規之制定或修正，則上開函釋之變更應追溯至首開稅法頒布時生效適用，無行政法信賴保護原則之適用，且與中央法規標準法第五條、第六條無違，亦無須依該法第七條送立法院。況財政部（六十八）台財稅第三八五○一號函係謂：「一、凡依職級按月定額發給者，應屬各該研究人員之薪資所得，應於給付時應依法辦理扣繳，所得人並應於年度結算申報時合併申報課稅。二、如係按研究計畫個案給付、並非通案按職級按月給付者，則為研究補助費，依法可免納所得稅。三、如屬第一種情形，中科院以往未依法扣繳，所得人以往年度亦未申報納稅者，應即請中科院轉知各所得人自行向稽徵機關補報並補繳應納稅款，可免予處罰，自六十九年一月起，中科院應於給付時依法扣繳，所得人應於每年終後合併申報綜合所得稅。．．．」該函釋明白指出，凡依職級按月定額發給者，應屬研究人員之薪資所得，所得人應申報課稅，並未就系爭依職級按月定額發給之所得為應予免稅之承諾，無信賴保護原則之適用。財政部臺灣省北區國稅局八十二年四月十五日北區國稅三第00000000號函僅係該局對財政部之建議函，並非對外發布之有效函釋，亦不因該建議函而生信賴保護之問題。行政院、財政部就中科院非軍職人員所領品位加給及技術津貼等函釋，均係對該類所得是否合於所得稅法第四條第八條免稅條件為解釋，亦即對條文文義為闡明，性質上為解釋函，應自法規生效之日起有其適用，上開函釋並非就稅法未規定事項另作補充規定，本院八十七年度判字第二○一九號判決亦認上開函釋為「解釋」函，自法規生效日起適用，與行政院七十八年四月二十九日行政院台八十七規字第一○九○號函並無不同。原告所引本院其他判決，與本案情形有間，且非判例，尚無拘束本件效力。而有無扣繳憑單，扣繳義務人是否違反扣繳義務，於原告之納稅義務並無影響。蓋扣繳制度係納稅義務人於結算申報前取得所得時，預計其應納之稅額，責由扣繳義務人於給付該所得時，先行扣繳預計之稅款，嗣納稅義務人結算申報時，持以扣抵應納稅額，是所扣繳之稅款，實由納稅義務人負擔。扣繳義務人未盡納稅義務時，稅捐稽徵機關固得依所得稅法第九十五條第一項令扣繳義務人補繳，再由扣繳義務人向納稅義務人追償之。如扣繳義務人有行蹤不明或其他情事致無從追究者，依同法第八十九條第二項規定，得經向納稅義務人徵收之。惟該二規定，並非禁止稽徵機關於結算申報繳稅期限屆滿後，亦不得直接向納稅義務人徵收。扣繳主要用意在於結算申報期前先行收取稅款，如已屆結算申報期，納稅義務人漏未申報，稅捐稽徵機關可依稅捐稽徵法第二十一條第二項規定補徵其稅款，無庸先向扣繳義務人追繳應扣繳之稅款，扣繳義務人再向納稅義務人追償之；所追繳之扣繳稅款再與結算申報之應納稅額相較，不足部分再向納稅義務人徵收，多餘部分退還納稅義務人，徒增勞費。又稅捐稽徵法第二十一條第一項第一款、第三款，係關於稅捐核課期間之規定，與所得稅法第九十四條扣繳義務人未履行扣繳義務之處理及第八十九條第二項扣繳稅款之追補規定事項不同，無中央法規標準法第十六條所定普通法與特別法關係。另納稅義務人如有前開所得稅法第十四條第一項各類之所得，即應依同法第七十一條規定申報納稅，非以扣繳憑單之有無，為課稅之依據。所得稅法第九十五條之規定，僅係為加強課稅資料之正確性，授予稽徵機關調查及督促扣繳義務人對於扣繳報告之確實，尚不因稽徵機關未為調查或督促扣繳義務人，即認納稅義務人就其取得之所得不負申報納稅之義務。該條文雖規定稽徵機關「應」隨時調查、督促，稽徵人員如未盡調查、監督責任，僅其應否負失職責任而已，納稅義務人並非因而享有免稅優惠。再者，課稅與否應由稽徵機關依法認定，非可由事業團體或機關自行認定，原告主張系爭所得既經發放單位認定為免稅，足堪信實云云，應屬誤解。原告既自行申請減列邵鄭有為扶養親屬，並經被告核准在案，則非扶養親屬所發生之醫療支出，即系爭醫療支出四、三○○元自無從減除。綜上所述，原告主張各節均無可採，被告依首揭規定補徵原告漏報稅款，一再訴願決定遞予維持復查決定，並無違誤，原告起訴意旨，經查無理由，應予駁回。本件事證已明，原告請求行言詞辯論及命中科院參加訴訟，核無必要，併此敍明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法施行法第二條、行政訴訟法第九十八條第三項前段，判決如主文。
中華民國九十一年二月七日
最高行政法院第二庭
審判長法官陳石獅
法官劉鑫楨法官彭鳳至法官高啟燦法官黃合文右正本證明與原本無異
法院書記官蘇金全中華民國九十一年二月八日